2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...     

2018－2020年上海市B/Victoria系流感病毒的流行特征及基因特性分析

  目的  分析2018 — 2020年上海市分离的B/Victoria系流感毒株与疫苗株的匹配性及基因变异情况。  方法  利用血凝抑制实验,对142株B/Victoria系流感毒株进行了抗原性分析,并选取了63株开展了血凝素（HA）及神经氨酸酶（NA）基因序列分析。  结果  2018 — 2020年上海市流行的B/Victoria系流感毒株主要属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支及未缺失的V1A分支;抗原性分析显示,26.76%的流行株是疫苗株B/Colorado/06/2017鸡胚株的低反应株,与疫苗株相比,V1A.3分支流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇及受体结合关键部位发生了5个氨基酸位点改变。  结论  2018 — 2020监测年度B/Victoria系流行株与世界卫生组织推荐的疫苗株组分B/Colorado/06/2017匹配性不佳,仍需密切监测流行株的谱系及变异情况,为疫苗株的筛选提供可靠的数据。     

2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行和进化分析

目的 了解2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行分布和基因进化情况。方法 通过测序和全球流感共享数据库（global initiative on sharing all influenza data,GISAID）获得2010-2015年湖北省乙型流感病毒血凝素（hemagglutinin, HA）和神经氨酸酶（neuramidinase, NA）氨基酸序列,分别对其进行系统进化树、氨基酸突变位点和三维建模分析,结合同期病毒分离株流行分布,分析重配株基因进化与病毒流行分布间的关系。结果 2010-2015年湖北省乙型流感病毒存在系内重配和系间重配,首例重配株出现后,该病毒都会形成较大流行。同期病毒在HA四个主要抗原表位上发现的突变位点有:N116K、N129S、A146T、K162R和N197S,在NA上发现了神经氨酸酶活性突变位点D197N,三维建模表明该位点并非直接与底物或抑制物接触。结论 2010-2015年湖北省乙型流感病毒的流行与该病毒的基因进化关系密切,监测该病毒抗原表位突变位点和耐药突变位点有助于深入分析其进化特性。     

由维多利亚系乙型流感病毒引起的流感暴发疫情流行病学调查分析

目的 了解乙型维多利亚系(Victoria)流感病毒引起的暴发疫情的发生、发展和危害,制定科学的防治措施.方法 通过三间分布调查、临床体征、核酸检测法、病毒分离、基因变异分析进行疫情研究.结果 乙型Victoria系统流感病毒引起的暴发疫情传播速度快、波及范围广;罹患率高,核酸检测阳性率高;随着疫情发生时间推移,罹患率、阳性检出率呈下降趋势;临床症状较轻,预后良好.结论 对乙型Victoria系流感病毒应引起高度重视,应尽早采取科学、有力的应对措施.     

2015-2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化分析

目的了解2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化特征、抗原表位和耐药位点突变情况。方法在中国流感监测信息系统下载流感病毒核酸检测阳性率并划分流行高峰,选取2015 — 2019年湖北省39株经实时荧光PCR检测阳性后病毒分离培养的甲型H1N1流感病毒株并测序,另在全球流感共享数据库下载13株湖北省毒株序列,采用生物信息学软件分析其进化簇分布、抗原表位和耐药突变位点,通过三维建模,分析其突变位点结构。结果2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒每年流行高峰持续长达11～14周,流行强度逐年增加,在血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）进化树6B簇内进化出6B.1A到6B.1A7等多个分支,发现12处HA抗原表位突变位点和2处NA基因耐药位点,其中毒力标签D222G和耐药位点I223V三维模拟结构差异明显。结论2015 — 2019年甲型H1N1流感病毒流行强度不断提高,进化出多个分支簇,零星检出毒力标签和耐药突变位点,该分析有助于提高湖北省流感病毒流行病学和基因进化监测水平。     

2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析及流行趋势预测

摘要:目的：分析2009至2016年中国甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因（NA）进化特征,预测其流行趋势,为流感疫苗评价提供依据。 方法：从全球共享禽流感数据倡议组织（GISAID）数据库及美国国家生物技术中心（NCBI）数据库下载甲型H1N1流感病毒NA基因序列1 141条。利用邻接法进行系统进化分析和遗传变异分析,利用Bayesian skyline Plot预测流行趋势。 结果：2009至2016年中国甲型H1N1毒株NA基因与参考毒株的同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布。除2012年,其余各年份的毒株均通过不同模型得到正向压力选择位点。动力学分析显示2017年甲型H1N1可能达到一个流行高峰。 结论：甲型H1N1流感病毒NA基因所编码的氨基酸逐年变异,需进一步加强流感监测。     

2011－2019年江苏省不同型别流感病毒流行特征差异分析

  目的  了解2011 — 2019年江苏省流行性感冒（流感）病毒不同亚型和系之间的流行病学特征差异,为本地区流感的精准防控提供依据。  方法  对2011 — 2019年中国流感监测系统中报告的江苏省实验室确诊的流感病例进行分析,分类资料的分布差异比较使用χ2检验,使用logistic回归识别危险因素并计算OR值。  结果  在2011年1月至2019年12月期间,江苏省共报告26 934例流感确诊病例,A（H3）亚型占比最多,占40.40%。 在不同监测年度和地区间,流感病例中各个亚型和系分布比例的差异有统计学意义（χ2=13588.399,P<0.001;χ2=180.333,P<0.001）。 A（H3）亚型在12月至次年1月以及8 — 9月呈双峰流行,A（H1）亚型和B-Y系在1 — 2月出现高峰,B-V系则滞后至3 — 4月病例数增多。 在人群分布上,各年龄组、职业的流感亚型和系分布差异有统计学意义（χ2=1126.665,P<0.001;χ2=70.724,P<0.001）。 多因素logistic回归分析显示,经调整地区和月份,不同年龄组人群感染流感病毒各亚型和系的风险差异有统计学意义,0～5岁儿童更容易感染A（H1）亚型,6～15岁易感染B-V系,而65岁以上老年人易感染A（H3）亚型和B-Y系。  结论  江苏省流感病毒型别交替变化并呈现一定规律,不同亚型、系流行具有型别特异的季节性特征和人群感染风险,及时分析不同病毒亚型和系的流行特点是流感精准防控的关键。     

2017年深圳市学校乙型/Yamagata系流感传播动力学研究及防控措施评价

目的探讨2017年深圳市乙型Yamagata系(B/Y)流感在学校暴发疫情中的传播能力,评价疫苗接种和隔离措施的防控效果。方法运用SEIAR动力学模型对暴发现场调查数据进行模拟,计算疫情的基本再生数(R0)评价B/Y的传播能力;设计SEIARV疫苗接种模型和SEIARQ隔离模型,计算累计罹患率(TAR)和暴发持续时间(DO),评价疫苗接种与隔离措施的防控效果。结果 2017年深圳市B/Y流感暴发疫情的R0为5.97(95%CI:3.66~8.28);无干预措施下模拟疫情将持续52 d,TAR为99.57%。模拟单独采取在疫情发生前接种流感灭活疫苗(IIV),当接种比例为30%、50%和70%时,接种三价流感灭活疫苗(IIV3)或四价流感灭活疫苗(IIV4)的TAR分别为80.51%/76.81%、65.07%/58.48%和44.06%/33.77%;模拟单独采取疫情发生后应急接种,当接种比例为30%、50%和70%时,接种IIV3/IIV4的TAR分别为85.94%/82.46%、73.55%/67.03%和57.90%/47.54%;当接种比例≥50%,如采取疫情发生前疫苗接种+隔离的联合干预措施,TAR均<1%;如采取疫情发生后应急接种+隔离,TAR均<5%。结论 2017-2018年流感季B/Y在学校暴发疫情中传播能力较强;无论接种IIV3或IIV4,高覆盖率的疫苗接种结合隔离措施是有效的流感防控措施。     

2005-2007年吉林省乙型流行性感冒病毒HA1基因序列分析

目的了解2005-2007年吉林省乙型流行性感冒（流感）病毒HA1基因的演变特征。方法采用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经反转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果2005-2007年吉林省同时流行着乙型Victoria系和Yamagata系流感毒株。与B/Shanghai/361/02相比,2005年流行的乙型Yamagata系病毒有8个氨基酸位点发生改变;2007年流行的乙型Yamagata系病毒有10个氨基酸变化位点;2007年流行的乙型Victoria系毒株与B/Malaysia/2506/04相比,只有3个氨基酸位点发生替换。结论2005-2007年吉林省流行的乙型Yamagata系病毒与B/Shanghai/361/02相比已经发生变化;吉林省2007年Victoria系毒株与疫苗代表株B/Malaysia/2506/04比较接近。     

2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流感病毒流行特征和进化分析

目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...     

2005-2010年浙江省宁波市流行性乙型脑炎流行病学分析

目的 分析探讨宁波市2005-2010年流行性乙型脑炎(乙脑)的流行病学特征,为制定乙脑预防控制措施提供参考依据。 方法 收集和分析2005-2010年宁波市乙脑疫情监测资料。 结果 宁波市2005-2010年报告乙脑确诊病例136例,死亡16例,年平均发病率0.4/10万,病死率11.76%,其中2006年发病率最高为0.80/10万,2010年最低为0.12/10万;发病呈明显的季节性,集中在6-9月,7月最多;发病者多为农村及外来流动的散居儿童,占总发病数的52.94%,其中年龄最小为2月龄;15岁以上病例占总病例数的8.82%,其中年龄最大为77岁。 结论 宁波市乙脑疫情总体情况良好,但乙脑防制工作需重视流动人口居住地农村及城乡结合部,应加强外来流动儿童的免疫接种、防蚊灭蚊和健康教育宣传的综合防治措施,并且要加强成年人和老年人的免疫接种,使人群达到并维持高免疫水平,从而有效地控制乙脑发病。     

浙江地区2012年麻疹病毒流行株基因特征研究

摘要:目的：探讨浙江地区2012年3～9月麻疹病毒（MV）的基因特征。 方法：用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测麻疹患者的咽拭子标本,对部分PCR扩增阳性的片段进行基因测序并绘制系统进化树进行同源性分析。 结果：88例麻疹患者咽拭子标本中经RT-PCR检测阳性76例,阴性12例;随机选择13例阳性标本进行基因测序,结果显示均为H1a亚型;系统进化树分析结果表明,13株均为H1a基因亚型,与该型参考株AF045205、AF045206核苷酸同源性为98.0%～99.0%。 结论：H1a基因型是浙江地区2012年MV流行的优势亚型,无输入性的其他亚型出现。     

2011-2021年湖北省荆州市手足口病流行特征及病原学监测分析

目的 描述2011—2021年湖北省荆州市手足口病(HFMD)流行病学特征,分析重症病例危险因素,为该地区HFMD防制提供科学依据。方法 自《中国疾病预防控制信息系统》收集荆州市HFMD病例、病原学监测结果、聚集性和暴发疫情资料。采用描述性流行病学方法描述HFMD三间分布特征,计算发病率、重症率、占比、标本检测阳性率及亚型占比。采用logistic回归分析HFMD重症的危险因素。结果 2011—2021年荆州市累计报告HFMD 62 521例,年均发病率100.87/10万,重症数146例,重症率0.23%,死亡5例,病死率0.80/万,重症死亡率3.42%。发病率随年份无明显趋势变化(r_s=-0.21,P=0.539);重症率随年份呈下降趋势(r_s=-0.66,P=0.031)。HFMD发病呈双峰型特点(4—6月和11—12月);县(市/区)发病率介于51.85/10万～140.23/10万,高发地区随年份不断变化;人群分类以散居儿童(69.58%)和幼托儿童(28.18%)为主,男性(59.01/10万)发病率高于女性(41.66/10万...     

2016-2021年云南省大理白族自治州手足口病流行特征及时空聚集性分析

目的 分析2016—2021年云南省大理白族自治州（大理州）手足口病（HFMD）的流行特征及时空聚集性,为该地区HFMD的防控提供科学依据。方法 收集传染病监测系统中网络直报的大理州HFMD的发病资料,对2016—2021年HFMD的流行病学特征进行描述性分析,通过空间自相关分析与时空扫描分析相结合的方法探索大理州HFMD的时空分布特征。结果 2016—2021年大理州累计报告HFMD 32 476例,年均发病率为149.00/10万,多数年份为双峰流行,主高峰在7月,而少数年份为单峰流行,2020年高峰在11月,2021年高峰在1月;男女发病率性别比为1.30∶1;发病年龄主要集中在0～6岁,散居儿童占比最高;高发病率地区逐年变化。全局空间自相关分析显示,大理州仅有2017年的HFMD发病率存在空间正相关性。局部空间相关性显示,2016—2019年大理州HFMD发病率具有局部空间相关性,而2020—2021年不具有。时空扫描分析显示,大理州HFMD发病率具有时空聚集性,主集群在地理空间上均有所变化,其中2018年覆盖范围最大,相对危险度值为5.34,对数似然比值1 452.77,P ...     

2020年—2021年昭通市中医医院流感病毒监测及流行病学调查

目的 监测2020至2021年昭通市中医医院流感病毒感染情况并分析其流行病学特征。方法 对2020年2月至2021年1月昭通市中医医院收集的18 798份流感样病例鼻咽拭子分别应用Real-Time RT-PCR技术及MDCK细胞培养技术行流感病毒阳性样本筛选,并对检出阳性毒株的样本行分离,运用统计学软件SPSS25.0进行分析。统计昭通市中医医院及不同变量流感病毒分布情况与阳性率检出情况,各月份流感样病例(ILI)病原监测情况。结果 2020至2021年18 798份流感样病例鼻咽拭子共检出2 054份流感阳性标本,检出阳性率为10.93%。鼻拭子、鼻炎抽取物和鼻洗液样本检出率高,冬季检出率高于其他季节检出率,5～15岁年龄段检出阳性率高于其他年龄段阳性检出率占比,学生流感病毒检出阳性率高于其他职业流感病毒阳性率检出占比,差异有统计学意义(χ²=68.310、1646.134、58.439、24.172,P均<0.05),多数初诊首要诊断以急性上呼吸道感染、急性扁桃体炎、发热原因待查为主,差异有统计学意义(χ²=64.878,P<...     

2016-2019年河北省手足口病流行特征及时空聚集性分析

目的 分析河北省2016—2019年手足口病流行特征和时空分布特征,探讨河北省手足口病发病的重点区域,为制定手足口病防控策略提供科学依据。方法 收集传染病信息网络直报系统报告的手足口病发病资料,对2016—2019年河北省手足口病流行病学特征进行描述性分析;通过空间自相关分析与时空扫描分析相结合的方法探索2016—2019年河北省手足口病的时空分布特征。结果 2016—2019年河北省累计报告手足口病病例179 705例,年均发病率为59.63/10万,发病高峰期主要分布于6—8月。男女发病性别比为1.50∶1,发病主要集中在0～5岁年龄组,散居儿童为主要发病人群,发病率最高的地区主要分布在河北省中部、中南部和东部。空间自相关分析与时空扫描分析结果显示河北省手足口病发病具有时空聚集性,聚集时间主要分布在5—12月,2016—2018年高发病聚集区主要分布在河北省中部和中南部地区,2019年分布在河北省北部地区。结论 河北省手足口病发病有明显季节、人群、地区差异,且存在明显的时空聚集性,中部及中南部地区为手足口病的重点防控地区;发病聚集区在各年间存在变化,对低发病地区的防控同样不可忽视。     

2016－2021年广西壮族自治区手足口病流行特征及时空聚集性分析

  目的   分析2016—2021年广西壮族自治区（广西）手足口病的流行特征及时空变化规律,为手足口病防控提供依据。  方法   手足口病数据来源于中国疾病预防控制信息系统,地理信息数据来源于中国疾病预防控制中心。采用ArcGIS 10.5软件进行可视化制图及空间自相关分析,SaTScan 9.3软件进行时空扫描统计分析。  结果   2016—2021年广西累计报告手足口病发病1 174 847例,发病以5岁以下儿童为主（91.36%）,男女性别发病数比为1.46∶l。 2016—2021年手足口病发病在县（区）级水平存在空间正相关（Moran's I为0.18～0.35,P<0.01）;高–高聚集区主要发生在南宁市、柳州市及其周边县（区）,且与高发病率区域一致。 时空扫描结果显示,发病主要聚集在4—10月;Ⅰ类聚集区分别出现在以南宁市、柳州市、河池市为中心的广西中部地区和以防城港市为中心的广西南部地区;Ⅱ类聚集区多位于广西东部。  结论   广西手足口病发病呈现较明显的时空聚集性,中部和南部地区聚集性高,需重点防控。此外,在疫情高发期也应注重广西东部地区的防控。