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相似文献
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1.
目的了解北京市门头沟区H3N2亚型流感病病毒HA基因变异规律和进化趋势。方法随机选择2014年-2015年流感病原学监测中分离到的H3N2型毒株10株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因后序列测定,并与WHO推荐疫苗株进行比对、构建系统进化树。结果 2014年-2015年流感监测期间,北京市门头沟区人群中流感病毒以H3N2型占优势,通过分离到的10株病毒HA基因绘制种系发生树,表明这些毒株与WHO推荐的疫苗株A/Texas/50/2012相比,处于同一大分支上,不同的小分支上。结论北京市门头沟区2014年-2015年H3N2流感病毒HA基因特性与疫苗株虽然接近,但当年疫苗株大部分滞后流行株。  相似文献   

2.
分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本, 进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示, 新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%), 流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支, 与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位, HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点, 一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上, 新冠疫情大流行期间, 引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支, 进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。  相似文献   

3.
目的 分析2018 - 2019年云南省昭通市新甲型H1N1、H3N2亚型流感病毒流行情况及基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 收集2018年1月 - 2019年10月昭通地区哨点医院流感样病例咽拭子标本2 863份进行real - time RT–PCR检测,用狗肾传代细胞( Madin - Darby canine kidney cell,MDCK)对核酸阳性样本进行病毒分离,分离得到的流感毒株采用血凝抑制实验进行鉴定分型。最终选取43株新甲型H1N1亚型流感毒株,及15株H3N2亚型毒株进行全基因组测序,使用MEGA 5.2软件进行序列分析。结果 系统发生分析表明95.35%(41 / 43)昭通新甲型H1N1分离株属于6B.1A支系, 93.33%(14/15)H3N2分离株属于3C.2a1b支系。与参考株A/California/07/2009相比,新甲H1N1分离株HA蛋白有7处抗原位点和1处受体结合位点发生变异,H3N2分离株有5处抗原位点和4处受体结合位点发生变异。结论 2018 - 2019年昭通地区流行的新甲型H1N1和H3N2亚型流感病毒毒株与WHO推荐的当年北半球的疫苗组分匹配,但H3N2亚型与WHO推荐的2019 - 2020年H3亚型疫苗株发生偏离,需加强监测。  相似文献   

4.
目的分析江西省2009年-2011年新型甲型H1N1流感病毒HA1基因的特点,了解江西省流感病毒变异情况及WHO推荐疫苗株对人体的保护作用,为新型甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,从江西省流感监测网中随机选择19株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增HA1基因片段,双向序列测定,采用DNAStar 5.0和MEGA 3.0软件分析HA1基因特征。结果 2009年-2011年江西省新型甲型H1N1流感病毒HA1基因序列与疫苗推荐株具有高度同源性,但毒株变异位点逐年增加,部分变异在抗原决定簇位点。结论目前的疫苗仍对人群有保护作用,但存在新型甲型H1N1流感再次流行的风险。  相似文献   

5.
目的 研究甲型H3N2亚型流感病毒(简称A(H3N2)流感病毒)的血凝素(hemagglutinin,HA)基因序列,与流感疫苗株基因序列进行对比分析,了解武汉市2017年儿童中A(H3N2)流感病毒基因变异及3C.2a1次分支病毒的流行状况。方法 采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法对30株A(H3N2)流感病毒HA基因全长进行扩增,测序后进行基因序列和进化分析。结果 2017年,武汉市1 041份儿童流感样病例标本中,流感病毒阳性标本219份,其中A(H3N2)流感病毒阳性106份(占阳性标本的48.4%),高峰主要集中在7~9月。HA基因进化分析显示,30株A(H3N2)流感病毒均属于3C.2a分支,其中14株属于3C.2a1次分支。与A/Hong Kong/4801/2014(2017-2018年度北半球流感疫苗推荐H3N2组分)HA氨基酸序列比较,出现K92R、N121K、T131K、T135K/N、R142K/G、N171K、R261Q、H311Q、I406V、G484E等氨基酸位点变异,其中出现在3C.2a1次分支内的变异位点包括K92R、T135N、N171K、H311Q、I406V和G484E。结论 与当季的流感病毒疫苗内组分序列比较,2017年武汉市儿童中流行的A(H3N2)流感病毒HA抗原决定簇内出现多个位点变异,属于3C.2a1次分支的病毒接近50%。  相似文献   

6.
目的掌握宜春市2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,了解WHO甲3型疫苗推荐株对宜春市甲3亚型流感病毒预防效果。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar 5.0、Bio Edit 7.0、Mega 3.1软件对测序结果进行分析处理。结果对14株毒株进行HA1基因序列测定,分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2010年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为98.6%~98.7%、99.2%~99.3%、98.4%~98.8%;氨基酸平均替换数分别为7.5个、5个、8.25个,2012年和2013年分别有2处和4处变异位于抗原决定簇,2010年未在抗原决定簇区发生氨基酸变异替换;14株所测甲型H3N2亚型流感病毒与当年疫苗推荐株均在同一分支上,亲缘性较近。结论 2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,根据WHO不同年度推荐疫苗株生产的疫苗,对本市的甲型H3N2亚型流感保护效果良好。  相似文献   

7.
许晶  史伟  张蕾  李慎  郑媛  魏菁  余鹏博  马萍 《现代预防医学》2019,(20):3782-3786
目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA(5.05) 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。  相似文献   

8.
龚甜  熊英  李健雄  施勇  周珺  徐刚 《现代预防医学》2015,(3):395-397,409
目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。  相似文献   

9.
目的 了解上海地区近几年的流行性感冒(简称流感)病毒型与亚型分布及甲亚型流感病毒血凝素(HA)基因的进化.方法 采集2004-2008年上海地区5个流感监测哨点流感样患者和聚集性流感暴发患者的962份咽拭子标本进行流感病毒分离鉴定,确定病毒型及亚型.对上海市不同年份、不同区域的甲型流感病毒散发、聚集性暴发分离株进行HA基因全片段测序,并与近几年世界卫生组织(WHO)疫苗推荐株进行比对分析,绘制基因进化树.结果 A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型,占阳性标本构成比为54.9%(162/295),但在2005年末至2006年夏季流行强度低,仅占阳性标本构成比分别为0%(0/16)和23.5%(8/34);A/H1N1在2005-2006年3个流行季节活跃,占阳性标本构成比分别达到21.4%(12/56)、43.8%(7/16)、76.5%(26/34),近2年分离株明显减少,占阳性标本构成比仅分别为0%(0/44)和5.0%(7/139);B型在2004年至2005年季节性流感中活动强度较高,占阳性标本构成比分别为42.9%(24/56)和56.2%(9/16),在2006-2007年季节性流感中未分离到,2008年流行强度又有增加,占阳性标本构成比为34.5%(48/139).2005-2008年,A/H1N1 HA基因进化树显示,同一年份HA基因成簇分布,序列相近;2004-2008年,A/H3N2 HA基因进化树显示,虽然同一年份序列相近,但相近序列进化枝插有相近年份的分离株,并且同一年份存有变异较大的序列.A/H1N1、A/H3N2流行株的序列与当年WHO的疫苗推荐株序列相似.结论 各年份流感流行的型与亚型分布不同,A/H3N2是近几年季节性流感的主要亚型.同一年份的A/H1N1、A/H3N2 HA基因序列成簇分布,但在A/H3N2同一年份的进化枝中插有相近年份的分离株序列,并且存在变异较大的序列.近年,WHO疫苗推荐株HA序列与当年流行株序列相近.  相似文献   

10.
目的 了解包头市流感病毒的变异情况,评估流行株在致病性、毒性、耐药性方面的改变,以研究结果为依据,为流感防控、指导抗流感药物的选用及筛选新的疫苗代表株提供依据。方法 按分离比例随机抽取2016 - 2019年甲型H1N1疫苗株进行基因测序分析。结果 包头市2016 - 2019的甲型H1N1分离株主要属于6B.1A分支,与疫苗株A/Brisbane/02/2018同源性较高。各年度病毒株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.014,0.016,0.014和0.012。分离株抗原位点集中在 Sa 区的163 - 164位点发生变异。分离株2018 - 1139 - HA.seq发生了H275Y位点变异。结论 包头市2016 - 2018年度内甲型H1N1流感病毒分离株与A/Brisbane/02/2018亚型流感病毒同源性较高。相对A/Brisbane/02/2018疫苗株而言,本次分析的病毒基因并未发生抗原漂移现象,可以初步判定目前推荐的疫苗株对当前流行的甲型H1N1流感具有较好的保护效果。  相似文献   

11.
目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。  相似文献   

12.
《Vaccine》2020,38(35):5707-5717
BackgroundThe 2018/2019 influenza season in the WHO European Region was dominated by influenza A (H1N1)pdm09 and (H3N2) viruses, with very few influenza B viruses detected.MethodsCountries in the European Region reported virus characterization data to The European Surveillance System for weeks 40/2018 to 20/2019. These virus antigenic and genetic characterization and haemagglutinin (HA) sequence data were analysed to describe and assess circulating viruses relative to the 2018/2019 vaccine virus components for the northern hemisphere.ResultsThirty countries reported 4776 viruses characterized genetically and 3311 viruses antigenically. All genetically characterized A(H1N1)pdm09 viruses fell in subclade 6B.1A, of which 90% carried the amino acid substitution S183P in the HA gene. Antigenic data indicated that circulating A(H1N1)pdm09 viruses were similar to the 2018/2019 vaccine virus. Genetic data showed that A(H3N2) viruses mostly fell in clade 3C.2a (75%) and 90% of which were subclade 3C.2a1b. A lower proportion fell in clade 3C.3a (23%) and were antigenically distinct from the vaccine virus. All B/Victoria viruses belonged to clade 1A; 30% carried a double amino acid deletion in HA and were genetically and antigenically similar to the vaccine virus component, while 55% carried a triple amino acid deletion or no deletion in HA; these were antigenically distinct from each other and from the vaccine component. All B/Yamagata viruses belonged to clade 3 and were antigenically similar to the virus component in the quadrivalent vaccine for 2018/2019.ConclusionsA simultaneous circulation of genetically and antigenically diverse A(H3N2) and B/Victoria viruses was observed and represented a challenge to vaccine strain selection.  相似文献   

13.
甲型H1N1流感病毒基因组序列分析及其特性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的 分析甲型H1N1流感病毒的基因组序列特征,阐明该毒株的遗传变异及分子特性.方法 GenBank中获取流感病毒全序列,对各段基因与已知序列进行分析比较,绘制进化树,并分析和预测甲型毒株的致病性、药物敏感性和现有疫苗的预防保护作用.结果 甲型H1N1病毒的HA、PB2、PB1、PA、NP、NS基因与美国本土的猪流感病毒序列具有高度同源性,NA和M基因具有典型的欧亚株系猪流感病毒特征.该病毒具有人传人的分子基础,HA上HA1和HA2裂解位点序列为PSIQSR↓+GLFGAI,尚不具备高致病性流感病毒的特征.病毒对金刚烷胺类药物耐药,而对达菲和扎那米韦敏感.HA片段5个抗原决定区氨基酸序列与人用流感疫苗具有较大差异,推测现有疫苗对预防本次疫情基本无效.结论 甲型H1N1是一种北美和欧亚两种猪流感病毒的混合体,开发针对本病毒的流感疫苗有助于进一步控制疫情蔓延.  相似文献   

14.
目的 监测青海省2007~2008年度季节性流感病毒型与亚型分布,了解2007~2008年度部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集监测哨点医院流感样病例的鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2007~2008年度部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况.结果 2007~2008年度在哨点医院送检标本中共分离到144株流感病毒,其中124株为A/H3N2,B型20株,型与亚型有明显分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,青海省6株分离株与2008、2009年部分省份分离株及江西同期分离株接近,与WHO 2008~2009年度疫苗推荐株相近.结论 WHO推荐的2006~2007年度疫苗株A/Hiroshima/52/2005滞后于在我省流行的流感病毒毒株.  相似文献   

15.
目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例(ILI)标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。  相似文献   

16.
Shi H  Liu XF  Zhang X  Chen S  Sun L  Lu J 《Vaccine》2007,25(42):7379-7384
In the face of disease outbreaks in poultry and the potential pandemic threat to humans caused by the highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs) of H5N1 subtype, improvement in biosecurity and the use of inactivated vaccines are two main options for the control of this disease. Vaccine candidates of influenza A viruses of H5N1 subtype have been generated in several laboratories by plasmid-based reverse genetics with hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes from the epidemic strains of avian viruses in a background of internal genes from the vaccine donor strain of human strains, A/Puerto Rico/8/34 (PR8). These reassortant viruses containing genes from both avian and human viruses might impose biosafety concerns, also may be do if C4/F AIV would be a live attenuated vaccine or cold-adaptive strain vaccine. In order to generate better and safer vaccine candidate viruses, we genetically constructed attenuated reassortant H5N1 influenza A virus, designated as C4/F AIV, by plasmid-based reverse genetics with all eight genes from the avian strains. The C4/F AIV virus contained HA and NA genes from an epidemic strain A/Chicken/Huadong/04 (H5N1) (C4/H5N1) in a background of internal genes derived from a low pathogenic strain of A/Chicken/F/98(H9N2). The reassortant virus was attenuated by removal of the multibasic amino acid motif in the HA gene by mutation and deletion (from PQRERRRKKR (downward arrow) G to PQIETR (downward arrow) G). The intravenous pathogenicity index (IVPI) of C4/F AIV virus was 0, whereas that of the donor virus C4/H5N1 was 3.0. The virus HA titer of C4/H5N1 in the allantoic fluid from infected embryonated eggs was as high as 1:2048. The inactivated vaccine prepared from the reassortant virus C4/F AIV-induced high HI titer in vaccinated chickens and gave 100% protection when challenged with highly pathogenic avian influenza virus of H5N1 subtype.  相似文献   

17.
[目的]了解2009年郴州市流感病毒流行株的病原学特征,为流感防控提供科学依据。[方法]采集哨点医院ILI咽拭子标本,用MDCK细胞进行病毒分离,采用HA和HI试验对流感病毒进行分型鉴定;采集暴发疫情ILI咽拭子用PCR法检测流感病毒核酸;随机抽取4、10月份的季节性A(H1N1)流感毒株进行NA基因测序,测序结果与国内各省市流行株及WHO推荐的北半球疫苗株作同源性比对,绘制种系进化树。[结果]分离哨点医院监测标本2284份,阳性254份:其中季节性A(H1N1)109株、A(H3N2)97株、甲型H1N130株、B型18株;PCR检测3024份标本,甲型H1N1核酸阳性1002份,阳性率33.13%;BLAST比对结果显示,4、10月份的季节性A(H1N1)毒株与2009年WHO推荐的北半球疫苗毒株A/Brisbane/59/2007的核酸同源性分别为99%和98%;种系进化分析结果表明4月份分离株与疫苗株亲缘关系最近,而10月份分离株较4月份分离株已明显发生变异。[结论]2009年郴州市甲型流感病毒异常活跃,其中1~6月季节性A(H1N1)为优势毒株,7~9月A(H3N2)为优势毒株,10~12月甲型H1N1为优势毒株,且出现甲型H1N1流感大流行。季节性A(H1N1)病毒在流行过程中NA基因已经发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测其变异情况。  相似文献   

18.
目的:研究2005~2006年流感流行期河北省分离的甲3(H3N2)亚型流感病毒株血凝素重链(HA1)的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法:用狗肾(MDCK)细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸(RNA),采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果:2005~2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%~98.2%,氨基酸同源性为98.7%~99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区(188N〉D、193S〉F),1个在受体结合位点(225D〉N)。结论:H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。  相似文献   

19.
H7N9 influenza virus infection in humans was reported in China on March 31, 2013. Humans are immunologically naïve to the H7N9 subtype, for which the seasonal influenza vaccine is not effective. Thus, the development of an H7N9 influenza virus vaccine is an urgent issue. To prepare for the emergence of an influenza pandemic, we have established a library comprising more than 1300 influenza virus strains with 144 different combinations of 16 HA and 9 NA subtypes. An H7N9 virus strain isolated from a 35-year-old woman, A/Anhui/1/2013 (H7N9), was found to be antigenically similar to H7N9 influenza viruses isolated from migratory ducks. In the present study, the potency of an inactivated whole virus particle vaccine prepared from an H7N9 low pathogenic avian influenza virus, A/duck/Mongolia/119/2008 (H7N9), selected from the library, was assessed by a challenge with A/Anhui/1/2013 (H7N9). The results indicate that the test vaccine was potent enough to induce sufficient immunity to reduce the impact of disease caused by the challenge with A/Anhui/1/2013 (H7N9) in mice. The present results indicate that an inactivated whole virus particle vaccine prepared from an influenza virus strain stored in the library could be useful as a vaccine strain in case of an influenza pandemic.  相似文献   

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