梅毒螺旋体寡核苷酸芯片探针的设计及筛选

【目的】设计梅毒螺旋体寡核苷酸探针,筛选出适合芯片检测的高敏感性和特异性寡核苷酸探针。【方法】根据梅毒螺旋体特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。提取梅毒螺旋体的DNA,采用通用引物联合标记法进行标记,标记样品与芯片杂交,用芯片扫描仪检测杂交结果。【结果】设计出23条50 mer梅毒螺旋体寡核苷酸探针。标记样品与芯片杂交部分探针有较强的杂交信号,并筛选出符合要求的9条梅毒螺旋体寡核苷酸探针。【结论】以上方法能设计和筛选出敏感性和特异性较高的梅毒螺旋体寡核苷酸探针,可用于制备梅毒螺旋体寡核苷酸芯片。     

痘苗病毒寡核苷酸检测芯片的设计及研制

目的 对痘苗病毒进行寡核苷酸检测芯片的初步研究，为建立寡核苷酸芯片检测该类病毒提供初步研究依据。方法 根据痘苗病毒特异基因设计寡核苷酸探针，人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。在病毒感染的不同阶段提取病毒样品DNA及阴性样品DNA，采用限制性显示技术标记，标记样品与芯片杂交后，用Agilent芯片扫描仪检测杂交结果。结果 芯片与病毒样品杂交有较强的杂交信号，而与阴性样品杂交除阳性探针外均无信号。结论 病毒样品与阴性样品杂交信号区别明显，在病毒感染的各个时段也都有明显的杂交信号，反映了寡核苷酸芯片具有较高的特异性和灵敏度。     

癌症诊断芯片的癌-睾丸基因的寡核苷酸探针的设计

目的 设计用于专门进行肿瘤内睾丸特定基因--癌-睾丸(cancer-testis, CT)基因转录分析的微阵列的探针系列,以阐明CT基因在肿瘤发生过程中的作用并检测它们在肿瘤细胞或肿瘤样本中的表达.方法 通过二个探针设计工具,IDT和MEDIANTE的结合使用,设计出CT基因的寡核苷酸探针.同时,应用"Oligonucleotide Properties Calculator寡核苷酸性质计算软件"和"OligoAnalyzer 3.0"检测探针的解链温度(Tm)、GC含量和可能形成的次级结构等特性.结果 为CT基因家族的44个成员成功设计了113个50 mers 左右的寡核苷酸探针.其Tm值分布在63.2 ℃～67.5 ℃之间, GC百分含量为35.3%～51.5%. 结论 结合IDT和MEDIANTE两个探针设计软件,能有效的进行CT基因寡核苷酸探针的设计.     

寡核苷酸醛基芯片点样条件的优化

对点样探针的浓度、探针缓冲液的浓度及pH值对醛基玻片探针固定效果的影响进行了探讨,实验结果表明:pH=9、探针浓度为200mmol/L时,探针固定效果较好,所制备的芯片的灵敏度高.     

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针.方法 使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer 4.2对其进行寡核苷酸探针设计.结果 设计出12条60 mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备.结论 将BLAST系统和Array designer 4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

B19微小病毒70-mer寡核苷酸探针的设计

目的　设计B19微小病毒诊断基因芯片的寡核苷酸探针。方法　以微小病毒B19为例 ,利用BLAST软件对其序列进行比对并获得特异序列 ;利用软件Oligo 6设计特异性高、Tm值接近、长度均一的寡核苷酸探针。 结果　获得 12条 70 mer寡核苷酸探针 ,用于芯片打印及病毒检测。结论　利用BLAST系统和生物学软件Oligo 6可简便而有效地设计诊断芯片探针     

痘苗病毒寡核苷酸检测芯片的设计及研制

目的对痘苗病毒进行寡核苷酸检测芯片的初步研究,为建立寡核苷酸芯片检测该类病毒提供初步研究依据。方法根据痘苗病毒特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。在病毒感染的不同阶段提取病毒样品DNA及阴性样品DNA,采用限制性显示技术标记,标记样品与芯片杂交后,用Agilent芯片扫描仪检测杂交结果。结果芯片与病毒样品杂交有较强的杂交信号,而与阴性样品杂交除阳性探针外均无信号。结论病毒样品与阴性样品杂交信号区别明显,在病毒感染的各个时段也都有明显的杂交信号,反映了寡核苷酸芯片具有较高的特异性和灵敏度。     

寡核苷酸探针在法医学上的应用研究

采用寡核苷酸探针对（ＣＡＣ）５对河南汉族５０名无关个体和两个家系１０名成员进行了ＤＮＡ指纹检验，结果：得到了清晰可辨的寡核苷酸指纹图谱，经统计学处理，无关个体的相关机率为９．８×１０＾－１０，家系调查表明，亲代与子代之间，杂交片段的遗传答合孟德尔法则，提示，寡核苷酸探针（ＣＡＣ）５在法医学个人识别和亲权鉴定中具有重要的实用价值。     

非修饰性寡核苷酸芯片用于HLA-DQA分型的初步研究

利用非修饰寡核苷酸基因芯片技术,根据HLAⅡ类抗原DQA位点不同基因亚型的特异性序列设计探针,制成分型芯片;待测样本经PCR反应标记上荧光之后,与探针在芯片上进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值,确定样品DQA位点基因亚型。将这一方法应用于125例临床样本和10例标准品的HLA-DQA分型,该方法分型的结果与准确结果相比,准确率达到93.3%。实验结果表明:非修饰性寡核苷酸芯片用于HLA-DQA分型技术可行。     

肝炎诊断芯片60-mer长链寡核苷酸探针的设计研究

目的:通过生物信息学软件对易引起慢性肝炎的三种肝炎病毒基因组结构进行分析,设计肝炎病毒诊断分型芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)、丙型肝炎病毒(HCV)6个亚型的DNA及cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物信息学软件Array designer 3.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得156条60-m er探针,用于打印成DNA芯片,进行HBV、HDV的联合检测和HCV的基因分型。结论:利用BLAST检索系统和生物学软件Array desig-ner 3.0设计肝炎病毒诊断分型芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

应用寡核苷酸芯片筛选宫颈癌患者外周血生物标志物的研究

目的 应用人类全基因组寡核苷酸芯片技术在宫颈癌患者外周血中确定生物分子标志物.方法 从24例早期宫颈癌患者和18例正常对照者的外周血淋巴细胞中提取总RNA.应用微阵列技术,采用人类全基因组寡核苷酸芯片检测4例宫颈癌患者和3例正常对照者的差异表达基因,再对20例宫颈癌患者和15例正常对照者将初步筛选出的5个候选基因用实时定量逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)的方法进行验证.结果 筛选得到57个差异表达基因,其中38个基因表达上调,19个基因表达下调;对初步筛选出的5个候选基因经实时定量逆转录多聚酶链反应的方法进行验证后发现黏合素-C、核仁素和磷酸丙酮酸水合酶2(enolase 2,ENO2)基因在宫颈癌患者中较之在正常对照者中有显著的上调表达.结论 黏合素-C、核仁素和ENO2基因在宫颈癌患者外周血中的上调表达可能为确定宫颈癌外周血的生物标志物提供有益的依据.     

利用荧光标记的通用引物检测基因芯片的制备质量

【目的】报告一种新的基因芯片质量控制方法。【方法】采用限制性显示技术制备一种两端具有1段特异通用引物互补序列的探针,分别以不同浓度梯度的荧光标记通用引物（Cy3-UP）和随机引物（Cy3-RP）与芯片杂交,比较两者杂交效率。【结果】Cy3-UP的杂交结果显著优于Cy3-RP的杂交结果,在较低浓度就可显示较强的荧光信号。【结论】这种新的基因芯片质量控制方法具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片的质量控制。     

应用寡核苷酸芯片确定宫颈癌患者外周血生物标志物的研究

背景 目前寡核苷酸芯片技术越来越多地被应用于一些复杂疾病的基因表达谱的确定。外周血淋巴细胞与人体中几乎所有组织和器官的细胞和细胞外基质密切相关,从而提示外周血淋巴细胞基因表达谱可能可以反映人体某种疾病的存在。本研究的目的为应用人类全基因组寡核苷酸芯片技术在宫颈癌患者外周血中确定生物分子标志物。方法 从24例早期宫颈癌患者和18例健康对照者的外周血淋巴细胞中提取总RNA。应用微阵列技术,采用人类全基因组寡核苷酸芯片检测4例宫颈癌患者和3例正常对照妇女的差异表达基因,将初步筛选出的5条候选基因再对20例宫颈癌患者和15例正常对照妇女用实时定量逆转录多聚酶链反应的方法进行验证。结果 筛选得到57个差异表达基因,其中38个基因表达上调,19个基因表达下调;对初步筛选出的5个候选基因经实时定量逆转录多聚酶链反应的方法进行验证后发现粘合素-C (tenasin-c,TNC）,核仁素(nucleolin, NCL)和磷酸丙酮酸水合酶2(enolase 2, ENO2)在宫颈癌患者中较之对照组有显著的上调。结论 TNC,NCL和ENO2在宫颈癌患者外周血中的上调表达可能为确定宫颈癌外周血的生物标志物提供有益的依据。     

特异性寡核苷酸探针反向杂交在mtDNA点突变检测中的应用研究

目的：建立一种快捷、有效的mtDNA点突变检测体系。方法：线粒体病患者15例，根据临床表现分为3组，线粒体脑肌病伴高乳酸血症、卒中样发作（MELAS）组7例，单纯型线粒体肌病组4例，慢性进行性眼外肌麻痹（CPEO）组4例。用苯酚／氯仿法提取外周全血DNA，采用PCR／ASO反向杂交技术。用PCR扩增mtDNA的突变“热区”——tRNA^Leu（UUR）基因，在下游引物的5’端标记上地高辛，与点在尼龙膜上的5对寡核苷酸（AS0）探针：A3243／A3243G（野生型／突变型）、T3271／T3271C、G3460／G3460A、T3291／T3291C、C3256／C3256T进行反向杂交，根据杂交显色信号，确定有无突变。同时利用PCR／RFLP方法加以验证。结果：MELAS组中有A3243G点突变3例，但没有其他4个位点的突变。单纯型线粒体肌病组和CPEO组均未发现以上5个位点的突变。PCR/ASO反向杂交法与PCR／RFLP法结果一致。结论：PCR/ASO反向杂交技术，适用于已知mtDNA点突变的检测，具有敏感、节时、节省费用的特点。尤其适用于大批量标本的筛选。     

应用六西格玛质量标准评价电化学发光系统性能和设计质量控制方案

目的应用六西格玛(6σ)质量管理方法对Roche Cobas E601电化学发光免疫分析系统检测项目的性能进行量化,并设计各项目的质量控制方案,指导质量持续改进。方法根据σ=[允许总误差(TEa)-偏倚(Bias)]/变异系数(CV),计算14个检测项目的σ水平,评价各项目的分析性能。其中TEa以卫生部临床检验中心(NCCL)室间质量评价的评价标准,Bias以本室参加NCCL室间质量评价的平均偏倚计算所得,本室室内质量控制日间不精密度(CV%)反映不精密度。根据Westgard等对σ值的说明,制定个体化的室内质量控制方案;同时计算各项目的质量目标指数(QGI),对于性能未达到6σ的项目,查找导致性能不佳的主要原因,并确立性能改进的方案。结果 14个检测项目的总性能σ水平为3.80⁹.19,平均σ=6.20,σ≥6、5、4、3的分别占42.9%、21.4%、28.6%、7.1%;分析性能未达到6σ的项目中,75%需要优先改进精密度。结论 6σ质量标准能对电化学发光免疫分析系统的性能作出全面的评价,对设计个体化的质量控制方案和指导质量持续改进具有重要意义。     

质控小组对科室护理管理质量的影响分析

目的探讨质控小组对科室护理管理质量的影响。方法统计本院2010年1～12月间上报的医疗护理事故情况和患者满意度情况,对护理管理情况进行探讨、总结经验,在2011年1月成立质控小组,并对科室护理管理质量进行重点监督,对2011年1～12月间的医疗护理事故情况和患者满意度情况进行统计对比。结果本院2010年1～12月间上报医疗护理事故48例,本院2011年1～12月间上报医疗护理事故14例;本院2010年1～12月间患者护理满意度平均(71.21±8.43)分,本院2011年1～12月间患者护理满意度平均(90.12±10.21)分。两阶段医疗护理事故上报情况和护理满意度情况比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论成立质控小组可以在实践工作中不断发现护理管理工作上存在的问题以及安全隐患,并通过有效的预防措施及时纠正,避免重大护理事故的发生,保证了本院护理管理工作的质量。