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我国药用动物分子遗传标记鉴别研究进展 总被引:2,自引:1,他引:2
药用动物是中国重要的中药资源,在中药市场、药品及临床上得到广泛的应用。但目前动物类药材鉴定工作尚面临着一定的困难。在生物技术不断进步和日益成熟的今天,利用分子遗传标记鉴定药用动物成为了可能。目前DNA分子标记技术已有数十种,限制性片段长度多态性(RFLP)标记、随机扩增多态性DNA(RAPD)标记、微卫星DNA(SSR)标记、线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)标记等几种是在药用动物鉴别中较常用的DNA分子标记技术,DNA条形码技术在药用动物鉴别中也得到了很好的应用。 相似文献
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目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增(inter-primer binding site,iPBS)分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析,并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱,采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带,多态性条带为143条,多态条带百分率(percentage of polymorphic bands,PPB)为90.51%;在遗传距离0.70处,35份种质分为7大类群,居群在分子水平上出现明显分化;遗传相似系数(genetic similarity coefficient,Gs)变化范围为0.559 0~0.975 9,变幅为0.416 9;平均观测等位基因数(observed number of alleles,Na)、平均有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Nei’s基因多样性指数(Nei’s gene diversity index,He)、Shannon多样性信息指数(Shannon information index,I)分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2,居群间存在丰富遗传多样性;基因多样度(total genetic diversity,Ht)、各居群基因分化系数(gene diversity within population,Hs)、居群间遗传分化系数(coefficient of gene differentiation,Gst)分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0,居群间遗传变异占总变异的28.30%,居群内的遗传变异占总变异的71.70%,遗传变异主要来源于居群内部;基因流(gene flow,Nm)为1.266 5,居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质,试验基于引物2399的“0,1”矩阵构建35份种质的指纹图谱,此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富,总变异主要来源于居群内变异,居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性,为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。 相似文献
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《中华中医药学刊》2017,(4)
目的:采用DNA条形码技术和随机多态性(RAPD)分子标记技术对12个不同品种(系)的白芍种质资源进行遗传多样性研究。方法:采用CTAB法提取白芍叶片基因组DNA,利用ITS2引物和RAPD随机引物对样品进行PCR扩增,对于ITS2-PCR体系,测序后采用相似性搜索(BLAST法)进行鉴定分析;对于RAPD-PCR体系,根据条带数目,应用NTSYS2.10e软件采用UPGMA法进行聚类分析。结果:12个品种的ITS2序列的BLAST结果高度一致,未见碱基位点的变异。RAPD引物碱基序列共扩增出308条带,其中多态性条带有257条,多态百分率为83.4%,各品种(系)间的相似系数在0.558~0.847之间。结论:白芍的各品种间保存着丰富的遗传多样性。 相似文献
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目的:选择云南境内应用面较广、市场流通量较大的14个石斛品种,建立其DNA条形码鉴定方法。方法:结合Genbank数据库序列,选择ITS、psbA-trnH、matK、rbcL等4条常用序列对石斛DNA样品进行扩增和测序,利用MEGA5.0计算种间种内K2P遗传距离并构建NJ树,同时采用Taxon DNA软件计算Barcoding gap(条形码种内种间遗传差异)。结果:ITS序列的K2P种内遗传距离小于种间遗传距离,NJ树可以很好地将不同品种的石斛分开,且有较明显的Barcoding gap。结论:ITS序列可以作为鉴别这14种滇产主要石斛的优选序列。 相似文献
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甘草为我国传统常用大宗中药材,分布区域广泛,形态变异幅度大,种质资源的遗传多样性丰富。甘草的种源混乱及基原鉴定困难一直是困扰甘草产业发展的重要因素。本文概述RFLP(restriction fragment length polymorphism,限制性片段长度多态性)、基于PCR的分子标记如RAPD(randomly amplified polymo-rphic DNA,随机扩增多态性DNA)、AFLP(amplification fragment length polymorphism,扩增片段长度多态性)、SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)、ISSR(inter-simple sequence repeat,内部简单序列重复)等分子标记技术在甘草基原鉴定和遗传多样性中的研究进展,分析不同分子标记技术的特点及其在甘草中的应用方向,并对分子标记技术在甘草中的应用前景做出展望。 相似文献
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目的 利用COI序列对中药材蝉蜕Cicadae Periostracum及其混淆品进行DNA条形码鉴定研究,为蝉蜕药材的快速准确鉴定提供新的技术手段。方法 收集全国市售蝉蜕药材、基地自采蝉蜕及其混淆品总45份样本,同时采集江苏徐州黑蚱养殖基地不同树种中蝉卵样品5份作为对照。提取DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用DNAMAN和SnapGene进行拼接校对,运用MEGA11.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离并构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树。结果 黑蚱种内遗传距离远小于种间最小遗传距离,NJ树结果显示,黑蚱蝉蜕样品全部聚集为独立的一支,支持率为99%。混淆品样品分别聚集为单独的一支,支持率均大于90%,表明基于COI序列的DNA条形码技术可以有效鉴别蝉蜕药材真伪。结论 应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别蝉蜕及其混淆品。 相似文献
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目的 研究半夏种质间遗传多样性,解析种质间的亲缘关系,为半夏种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。方法 该研究以27份半夏作为实验材料,测定其株高、叶长、叶宽等7个表型性状,并基于半夏转录组数据开发设计简单重复序列(SSR)引物,对27份半夏进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,利用POPGENE32、PowerMarker V3.25和NTSYS-PC 2.10e软件对半夏种质进行遗传多样性分析。结果 共筛选出10对具有高度多态性的引物(PIC>0.5),4对中度多态性的引物(0.25<PIC<0.5)。平均检出等位基因3.928 6个,平均Nei''s多样性指数(H)和Shannon''s指数(I)分别为0.557 8和1.002 9,表现出较高的遗传多样性水平。聚类分析将半夏种质分为7个亚类,同一省份的半夏聚类在相同亚类。采用14对引物构建了27份半夏种质的SSR分子身份证,实现了对每个地区半夏的快速鉴别。结论 研究结果可为后续半夏的遗传多样性和居群结构研究奠定基础,并为半夏种质资源的鉴定、图谱构建和分子辅助育种提供科学依据。 相似文献
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铁皮石斛种质资源DNA身份证的构建及遗传相似性分析 总被引:2,自引:0,他引:2
该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证。聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类。采用PopG ene(version 1. 32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0. 403 4~1. 0。基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致。本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息。 相似文献
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目的 应用DNA条形码技术对翻白草及易混品委陵菜进行分子鉴定,保障药材质量和临床用药安全。方法 提取翻白草及委陵菜的基因组DNA,扩增内转录间隔区2(ITS2)序列并双向测序,所得序列用SeqMan软件校对、拼接;在线双序列比对翻白草对照药材(FR)及委陵菜对照药材(WR)的ITS2序列,并预测其二级结构;从GenBank下载部分相关序列,运用MEGA X软件进行多序列比对,分析序列变异位点,计算种内、种间遗传距离,采用邻接法(NJ)构建系统进化树。结果 所有样品均成功扩增出ITS2序列,翻白草和委陵菜的ITS2序列长度均为210 bp。双序列比对结果表明,FR与WR的ITS2序列相似性为92.9%,二级结构存在明显差异。多序列分析结果表明,翻白草ITS2序列平均鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)占比为63.0%,存在2个变异位点,种内遗传距离为0~0.009 6;委陵菜ITS2序列平均G+C占比为64.4%,存在5个变异位点,种内遗传距离为0~0.019 3;种间遗传距离为0.054 8~0.075 8。NJ树结果显示,翻白草、委陵菜聚为不同分支,可明显区分。结论 利用ITS2序列可以准确鉴别翻白草与委陵菜,为保障其安全用药提供了新的技术手段。 相似文献
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目的:评价和比较几个常用DNA条形码候选序列对地枫皮及伪品假地枫皮的鉴定作用。方法:采集不同产地的地枫皮及假地枫皮样品,进行总DNA提取,选取核基因内转录间隔区2(ITS2)序列、叶绿体rbcL,mat K基因序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,纯化产物测序,利用Condon Code Aligner V3. 7. 1校对拼接。结果:地枫皮及假地枫皮rbcL序列进行多次PCR扩增及测序结果均不理想,初步推测地枫皮及假地枫皮rbcL序列太长,进化较慢,不适合作为地枫皮及假地枫皮种间鉴别;地枫皮及假地枫皮的matK基因序列测序成功率分别为0和76. 8%,可能是不同类群的植物matK序列的引物标准不一;对地枫皮及假地枫皮的ITS2序列PCR扩增及测序结果最为理想,测序的成功率分别为89. 3%及91. 2%,对测序结果序列进行分析,地枫皮的ITS2序列总长度均为268个碱基,存在2个变异位点;假地枫皮的ITS2序列总长度均为430个碱基,存在4个或3个变异位点。实验结果说明地枫皮及假地枫皮ITS2序列较短,有明显的变异性,便于扩增,表明ITS2序列用于地枫皮及假地枫皮的分子鉴定优于rbcL和matK序列。结论:ITS2序列作为标准的DNA条形码能够有效地鉴定地枫皮及其伪品假地枫皮。 相似文献
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利用COI序列作为DNA条形码对名贵珍稀动物药材穿山甲及其混伪品进行鉴定,为穿山甲药材分子鉴定提供科学依据。该实验采用试剂盒法提取穿山甲及其混伪品的基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner软件进行校对拼接,采用MEGA 6.0软件对所有7个物种的56份样品进行序列比对,构建邻接(NJ)树。结果表明穿山甲药材COI序列扩增成功,所构建的NJ树结果显示穿山甲及其混伪品均可明显区分。因此,基于COI序列,应用DNA条形码技术可有效鉴定名贵动物药材穿山甲及其混伪品,为其市场监管提供了新的技术手段。 相似文献
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鼓槌石斛特异性PCR分子鉴定 总被引:2,自引:1,他引:2
目的 研究能够特异性鉴别鼓槌石斛的PCR引物,并优化PCR检测体系,确立一种快速、准确鉴别鼓槌石斛的方法.方法 从GenBank数据库中下载石斛属rDNA ITS序列170余条,运用MEGA 5.0对所有序列进行同源性比较,找出各变异位点,在非保守区设计1对特异性引物.对35份石斛属植物DNA模板进行特异性引物PCR扩增,显示阳性者为鼓槌石斛.结果 将退火温度升至58℃时,鼓槌石斛能被该引物特异性地扩增出来,而其他石斛属植物均为阴性,且该引物的灵敏度可达到0.69 ng/μL.结论 建立一种特异性鉴别鼓槌石斛的方法,运用该特异性引物可实现从同源物种中快速、准确地鉴定出鼓槌石斛,具有特异性好,操作简便、高效、准确等优点. 相似文献