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1.
目的 基于网络药理学和分子对接相关技术探讨黄芪治疗桥本甲状腺炎(HT)的作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪的成分及作用靶点,使用OMIM和GeneCards数据库筛选HT靶点;采用Cytoscape软件构建化学成分-潜在靶点网络图和蛋白相互作用网络图,进而筛选出关键靶点,借助DAV...  相似文献   

2.
王惠临  张立平 《世界中医药》2021,16(10):1507-1513
目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病...  相似文献   

3.
目的:运用网络药理学研究方法及分子对接技术探讨四逆散治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用TCMSP数据库检索出四逆散全方(柴胡、枳实、白芍、甘草)4味中药活性成分,运用UNIPROT数据库筛选活性成分的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.6.0软件对活性成分及靶点进行可视化分析处理,构建中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards数据库检索获得UC的靶点,利用Venny图得到四逆散和溃疡性结肠炎的共同靶点,将共同靶点信息录入STRING数据库中得到蛋白网络互作图,利用DAVID数据库进行GO分析、KEGG通路富集分析。运用Autodock Tools 1.5.6软件及Pymol软件对PPI中前六的靶标与君药活性成分进行分子对接。结果:筛选出四逆散活性成分133个,有效化合物靶点蛋白156个,基因靶点153个,溃疡性结肠炎疾病靶点1 111个,通过维恩图得到共同靶点65个,这些靶点涉及的生物过程有RNA聚合酶II启动子转录的正调控、细胞增殖的正调控、转录的正调控-DNA的模板、对药物的反应、信号转导等;涉及的细胞成分有细胞核、胞浆、细胞外空间、细胞质、质膜等;涉及的分子功能有蛋...  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学探讨补中益气汤治疗桥本甲状腺炎的作用机制。方法 以TCMSP数据库为基础,根据ADME筛选补中益气汤中黄芪、白术、人参、当归、陈皮、柴胡、升麻、甘草8味中药的主要活性成分,并以SwissTargetPrediction数据库作为补充预测相关作用靶点,通过Genecards、DiGSeE、DisGeNET、CTD、NCBI和MalaCards数据库获取桥本甲状腺炎相关靶点,通过Cytoscape3.9.0软件构建“中药-成分-靶点网络”网络,并利用cytoHubba插件得到核心靶点;应用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;依托Metascape平台进行KEGG信号通路和GO生物富集分析;最后利用CB-DOCK对成分及核心靶点进行分子对接验证。结果 补中益气汤治疗桥本甲状腺炎的核心活性成分164个,包括槲皮素、山柰酚、豆甾醇和β-谷甾醇等;核心靶点177个,包括JUN、MAPK1、MAPK14、AKT1、STAT3和IL-6等;共涉及2281个生物学过程、117个细胞组成和196个分子功能;富集通路196条,包括PI3K-Akt、MAPK、FoxO、HIF-1和T...  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍(erectile dysfunction, ED)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四逆散组方中药的活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape3.9.1软件可视化“四逆散-活性成分-靶点”网络图。利用治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、人类基因数据库(GeneCards?:the human gene database)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、DisGeNET数据库筛选疾病相关靶点。通过Venny2.1.0将药物活性成分靶点与ED相关靶点进行映射,取交集,即为四逆散治疗ED的潜在靶点。将交集靶点与对应药物活性成分导入Cytoscape3.9.1软件,构建“四逆散-活性成分-潜在靶点-疾病”网...  相似文献   

6.
目的:应用网络药理学及分子对接探讨四逆散从缓解消化道症状及精神神经症状方面综合干预肠易激综合征的分子作用机制。方法:检索TCMSP数据库获取四逆散的主要活性成分及其靶点,GeneCards数据库及疗效药靶数据库(TTD)获取肠易激综合征的靶基因,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出...  相似文献   

7.
目的:运用网络药理学方法研究四逆散治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制,旨在为其基础研究及临床应用提供依据。方法:通过多个数据库检索并筛选四逆散中不同药物的活性成分及其与T2DM的交集靶点,通过Cytoscape分别构建药物、靶点、疾病靶点网络图;利用STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,利用CytoNCA进行网络拓扑分析,利用Cluster Marker进行网络模块化分析,再通过ClueGO进行基因功能(GO),京都基因和基因组合百科全书(KEGG)富集分析。结果:四逆散中筛选得到137个活性成分,涉及T2DM靶点110个;CytoNCA分析筛选出12个关键靶点。Cluster Marker分析提示,交集靶点分别涉及4个模块,GO分析结果显示:模块一主要涉及急性炎症反应、乙酰胆碱受体信号通路等生物学过程;模块二主要涉及类固醇刺激的反应,对外源性刺激的反应等;而模块三主要参与细胞对各种营养物质的代谢反应以及对缺氧的调控反应等。KEGG分析主要与晚期糖基化终末产物及其受体通路、凋亡通路、炎症通路、细胞周期以及各种代谢通路高度相关。结论:四逆散治疗T2DM可能是其综合调控炎症、细胞凋亡、物质代谢等的结果。该研究不仅揭示了四逆散治疗2型糖尿病的潜在机制,还揭示了四逆散与糖尿病血管并发症、糖尿病认知障碍及恶性肿瘤的关系,为四逆散的基础研究提供方向。  相似文献   

8.
目的:基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法:结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果:筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、转录因子AP-1(JUN)、Myc 原癌基因蛋白(MYC)、前列腺素G/H 合成酶2(PTGS2) 和过氧化氢酶(CAT) 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达(P<0.05),升高CAT mRNA 表达(P<0.05)。结论:风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。  相似文献   

9.
冯贺龙  王晓雪  张福利 《中草药》2020,51(24):6258-6268
目的 基于网络药理学探讨四逆散治疗慢性肝炎、脂肪肝与肝癌的物质基础和保肝的作用机制,同时揭示四逆散治疗肝病“异病同治”的分子机制。方法 利用TCMSP、CTD、Genecards、Omim等数据库与相关文献检索四逆散有效化学成分、靶点和慢性肝炎、脂肪肝、肝癌疾病靶点;利用TBtools软件获取四逆散保肝作用的潜在靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“有效化学成分-靶点”网络与潜在靶点蛋白互作网络;利用Uniprot数据库对潜在靶点进行注释;利用David数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)生物功能与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获取四逆散有效化学成分137个、靶点223个,慢性肝炎靶点478个,脂肪肝靶点17 277个,肝癌靶点16 930个,四逆散保肝作用的潜在靶点30个。GO生物功能与KEGG通路富集分析显示潜在靶点共涉及178个生物过程,参与51条信号通路,排名前20的通路中与肝病相关的有9条。结论 四逆散可能是通过调控IL-6、VEGFA、EGFR、PPARG、CASP3等潜在靶点和HIF-1、TNF、PI3K-Akt等相关信号通路,发挥抗炎、抗氧化应激、抑制细胞凋亡等功能,从而对肝脏起到保护作用。  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学探索六味地黄丸治疗高血压的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集六味地黄丸的有效化合物,在PharmMapper数据库中预测化合物可能的靶点,与GeneCards数据库中高血压相关靶点相映射,获得六味地黄丸调节高血压的可能作用靶点;对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建、基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,以揭示六味地黄丸治疗高血压可能的作用机制;运用AutoDock进行分子对接验证。结果:共筛选出六味地黄丸中的69个化合物及269个作用靶点,其中作用于高血压的相关靶点有14个;PPI网络显示,血清白蛋白(ALB)、一氧化氮合酶3 (NOS3)、表皮生长因子受体(EGFR)、肾素(REN)是4个联系最多的靶点,涉及对胆固醇的反应、血小板活化的负调节等生物过程,作用机制与调控黏附分子表达、破骨细胞分化、FoxO信号通路、肾素-血管紧张素系统等生物学通路有关。结论:六味地黄丸治疗高血压的主要成分有茯苓酸、泽泻醇、芍药苷、谷甾醇、豆甾醇等,ALB、NOS3、EGFR、REN是其主要作用靶点。  相似文献   

11.
宗阳  陈婷  董宏利  居文政 《中草药》2019,50(20):4995-5002
目的探讨四逆散治疗抑郁症的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四逆散中柴胡、白芍、枳实、甘草的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与抑郁症(depression)相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含121个化合物和相应靶点259个,关键靶点涉及PTGS2、CALM1、ESR1、HSP90AA1、AR等。PPI核心网络包含15蛋白,关键蛋白涉及CASP3、CHRM2、CYP3A4等。GO功能富集分析得到GO条目375个(P0.05),其中生物过程(BP)条目307个,细胞组成(CC)条目37个,分子功能(MF)条目31个。KEGG通路富集筛选得到37条信号通路(P0.05),涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、多巴胺信号通路、IL-17信号通路等。结论四逆散中的有效活性成分主要通过作用于CASP3、CHRM2、DRD1等15个关键靶点调节多条信号通路从而发挥抗抑郁作用。  相似文献   

12.
目的:运用网络药理学、分子对接探讨异功散治疗支气管哮喘(BA) 作用机制。方法:通过 BATMAN-TCM、中医药百科全书(ETCM) 平台、SymMap、TCM Database@Taiwan、中药系统药理学数据库和 分析平台(TCMSP) 获取异功散各药物的潜在活性成分及对应靶点;利用DisGeNET、TTD、GeneCards、 PharmGkb、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、NCBI、人类表型本体(HPO) 和Drugbank 数据库收集BA 疾病作用靶点,使用Bioinformatics & Evolutionary Genomics 平台筛选药物与疾病共有靶点;利用GEO 下载基 因芯片,使用R 语言分析获取差异表达基因,通过药物与疾病共有靶点基因交叉验证获得关键靶点,构建 “活性成分-关键靶点”网络;使用R 软件对关键靶点进行基因本体论(GO) 生物功能分析和京都基因和基因 组百科全书(KEGG) 通路富集分析;采用STRING 数据库和Cytoscape 软件获得关键靶点蛋白相互作用关系, 筛选出核心靶点;通过AutoDock 软件进行核心靶点与活性成分的分子对接验证。结果:共筛选176 个药物活 性成分及其对应的作用靶点265 个,获得差异基因1 263 个,交叉验证得到原癌基因1(PIM1)、人肾上腺素 能受体β2(ADRβ2)、V-rel 网状内皮细胞病毒癌基因同源物A(RELA)、碳酸酐酶2(CA2) 基因、肿瘤坏死 因子(TNF) 等16 个关键靶点,关联的活性成分有槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素 等。异功散治疗BA 的关键靶点主要富集通路有NOD 样受体信号通路、C 型凝集素受体信号通路、TNF 信号 通路等。分子对接结果显示,TNF、RELA、白细胞介素1A(IL1A)、连环蛋白β1(CTNNβ1)、螺旋环螺旋结 构域扩散激酶(CHUK)、CXC 型趋化因子配体2(CXCL2)、磷酸酶-张力蛋白基因(PTEN)、信号转导子和转 录激活子1(STAT1) 等核心靶点与槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素等活性成分均具 有良好的结合能力。结论:异功散中槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B 等成分可通过PIM1、ADRβ2 等多 靶点调控NOD 样受体、C 型凝集素受体信号通路、TNF 信号通路等治疗BA。  相似文献   

13.
侯雪楠  张苗  崔赛男  杨蕾  李强 《新中医》2020,52(11):26-31
目的:运用网络药理学的方法探讨四逆散"一方多效"的分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库进行四逆散主要活性成分、相关作用靶点的预测和筛选。借助检索相互作用的基因/蛋白质搜索工具平台(STRING)构建靶蛋白互作网络,利用BiNGO和MCODE插件对靶基因进行基因本体(GO)生物过程富集和聚类分析,运用注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)平台对关键靶点京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路进行富集分析。结果:从四逆散中共筛选出121种活性成分,并作用于248个潜在靶点,参与炎症免疫调控、体内物质代谢、信号转导等54个主要GO生物过程,调控癌症、免疫炎症、细胞信号转导等137条信号通路。结论:四逆散有"一方多效"的临床应用价值,其不仅对多种免疫炎症疾病(如溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎等)具有很好的疗效,同时也可以有效治疗神经系统疾病、癌症等。  相似文献   

14.
基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学研究小柴胡汤治疗亚急性甲状腺炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库获取柴胡、黄芩、半夏、生姜、人参、大枣、甘草的主要化学成分及靶点,根据ADME筛选其中活性成分,通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK数据库获取亚急性甲状腺炎主要靶点,采用String平台进行蛋白质互相作用分析。应用CytoScape 3.7.1软件构建“小柴胡汤活性成分-亚急性甲状腺炎靶点-通路”网络,在Metascape平台进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:小柴胡汤治疗亚急性甲状腺炎的有效活性成分为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚等,核心靶点有前列腺素-内过氧化物合酶2(PTGS2)、热休克蛋白90Alpha Family A 类成员1(HSP90AA1)、钙调蛋白(CALM1)、前列腺素-内过氧化物合酶1(PTGS1)、雄激素受体(AR)、雌激素受体-1(ESR1)、核受体辅激活蛋白2(NCOA2)、一氧化氮合酶诱导型(NOS2)、钠电压门控通道 α 亚基5(SCN5A)、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPARG)等。小柴胡汤治疗亚急性甲状腺炎的生物通路主要有单纯疱疹感染、NF-κB信号通路、细胞凋亡、白细胞跨内皮迁移的通路以及AMPK信号通路等。结论:本研究初步揭示了小柴胡汤通过多成分、多靶点、多通路治疗亚急性甲状腺炎的作用机制,为小柴胡汤的临床应用提供了现代医学依据。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的作用机制.方法 通过TCMSP数据库找出白芍主要化学成分,查阅文献进行补充,筛选出候选药效成分,采用Swiss TargetPrediction和Stitch预测与药效成分相关的生物大分子,收集DrugBank上已有的靶点,并利用GeneCards等数据库获取与贫血相关的靶标,筛选...  相似文献   

17.
目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折(OPF) 的作用机制。方 法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP) 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards 和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的 可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白 质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论(GO) 和京都基因和基因组百科全 书(KEGG) 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果:续断治疗 OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱(Gentisin)、β-谷甾醇(β-sitosterol)、谷甾醇(Sitosterol)、(E,E)-3,5-二 邻咖啡酰奎宁酸([ E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt(SylvestrosideⅢ-qt)等成分,其作用 于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、β2-肾上腺素受体基因(ADRB2)、Bcl-2 相关X 蛋白(BAX)、B 淋巴 细胞瘤-2 基因(BCL2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)、雌激素受体2(ESR2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋 白酶9(CASP9)、二肽基肽酶-4(DPP4)、糖原合成酶激酶3(GSK3β)、异常凝血酶原(F2) 等靶点。续断 能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过 程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉 粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分(E,E) -3,5-二邻 咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论:续 断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能 是其治疗OPF 的关键靶点及通路。  相似文献   

18.
目的:采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法:首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果:获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论:逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...  相似文献   

19.
目的:运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法:筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果:共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论:八珍汤抗疲劳的机制...  相似文献   

20.
目的 基于网络药理学探讨辛夷治疗过敏性鼻炎的活性成分及作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取辛夷活性成分,并借助SwissTargetPrediction、PubChem进行辛夷成分的作用靶点预测和筛选,构建成分-靶点网络.通过TTD、DrugBank、DisGeNET、OMIM数据库获取...  相似文献   

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