四川石渠县鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征

目的：对四川省石渠县鼠疫耶尔森菌的遗传特性进行分析。并与其他类型的鼠疫苗株相比较。方法：特征性基因的PCR扩增，随机扩增多态性DNA，脉冲场电泳、rRNA基因指纹图分析等。结果：石渠县的菌株为典型的鼠疫菌株，具有鼠疫强毒菌的典型特征，从该县青海田鼠中分离的鼠疫菌株，其分子生物学特征与我国其他疫源地中的鼠疫菌株明显不同。结论：该地可能存在一种新类型的鼠疫自然疫源地，其鼠疫菌属于一单独型别；1999年该县发生的人间鼠疫。感染来自该疫源地之外；对该疫源地仍须密切监视，以确定其对人类的威胁。     

随机扩增多态性DNA技术用于青藏高原型鼠疫菌的比较

目的对青海、西藏和甘肃省（自治区）境内不同宿主体内分离的21株青藏高原型鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的基因进行分析,旨在比较不同宿主鼠疫菌之间的关系。方法采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术。结果扩增产物在凝胶电泳上显示的条带,其中16007、28001、01080号菌株相同,且与其余18株菌株存在差别。结论该实验中不同宿主体内检出的21株青藏高原型鼠疫菌在遗传学上属于同源。     

鼠疫耶尔森菌rRNA基因识别特征研究

目的 分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征.方法 通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5S rRNA及16S～23S基因间隔区序列,以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征.结果 菌株D182038、D106004、Z176003和CO92分别有6个rRNA基因簇拷贝(6拷贝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和Pestoides F分别有7个rRNA基因簇拷贝(7拷贝菌株).按照两侧2000bp序列不同,可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型,并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分;16S～23S rRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因,可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分;23S rRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝间的碱基突变数方差分析显示,各菌株间F=0.548,P=0.815>0.05;各拷贝间F=5.228,P<0.01.结论 鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23S rRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标,将鼠疫菌不同菌株进行分类.

Abstract：

Objective To study the identification characteristics of rRNA genes on Yersinia (Y.)pestis.Methods By means of comparative genomics,we compared the rRNA genome sequences of nine completely sequenced strains of Y. pestis isolated from China and other countries by Clustal W software.we also compared the 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,rRNA genes and 16S-23S rRNA spacer region respectively to determine the identification features of rRNA genes for Y. pestis.Results There were 6 rRNA gene clusters in the strains of D182038,D106004,Z176003 and CO92 respectively(6 copies strain).There were 7 rRNA gene clusters in the strains of 91001,KIM,Nepa1516,Antiqua and Pestoides F(7 copies strain).According to the 2000 bp sequence,13 types of rRNA gene clusters could classify the strains between the 6 copies and 7 copies.There were 4 types of tRNA gene among the 16S-23S rRNA spacer region that could classify the strains among the 6 copies and 7 copies strains respectively.The number of point mutation among the 23S rRNA gene was statistically different in some copies under ANOVA analysis(F=0.548,P=0.815>0.05 among the strains and F=5.228,P<0.01 among the copies).Conclusion The 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,tRNA gene and 23S rRNA gene sequence could serve as the identification sign of rRNA genes for classifing the strains of Y. pestis.     

河北省鼠疫菌CRISPR基因分型及流行病学分析

目的对河北省鼠疫菌株进行规律聚集间隔短回文重复序列CRISPR)基因分型。方法利用聚合酶链式反应(PCR),采用3对CRISPR引物,对河北省分离的128株鼠疫菌进行扩增,测定扩增产物核酸序列并进行分析,确定河北省菌株CRISPR基因型。结果 128株鼠疫菌在3个CRISPR位点上有8种间隔序列,包括al、a2、a3、b1、b2、c1、c2、c3,分为2个基因型。118株鼠疫菌株为Cb2型,另外10株鼠疫菌均为新基因型(命名为Cc△1型)。结论通过CRISPR分析显示河北省鼠疫菌株遗传进化比较稳定,建立了CRISPR基因库,为鼠疫菌种群遗传进化和鼠疫防控的研究提供参考。     

嗜肺军团菌基因检测及分子特征研究

目的:了解外环境水中分离的嗜肺军团菌菌株的基因特征及遗传背景。方法:40株分离株分别经血清学凝集试验、胶乳凝集试验确定为LP1型嗜肺军团菌后,利用普通PCR技术对军团菌属5S rRNA基因和嗜肺军团菌mip毒力基因的特异序列进行扩增,应用实时荧光定量PCR技术扩增嗜肺军团菌mip基因,使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对菌株进行全染色体DNA酶切电泳分型,并用BioNumerics Version 4.0软件进行聚类分析。结果:所有的菌株均带有属特异性5S rRNA基因及mip毒力基因,PFGE聚类分析结果显示大多数菌株的遗传相似度有一定差异。结论:所有菌株经普通PCR或定量PCR均相应扩增出其特征基因,PFGE聚类分析结果提示浙江省散在水系中分离的嗜肺军团菌菌株存在遗传多样性。     

鼠疫耶尔森菌遗传学研究进展

染色体、质粒作为鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的遗传基础,决定着鼠疫菌的生物学特征及致病力.在现有的鼠疫菌全基因组序列中,各型菌株基因组都表现出G+C含量偏差、存在丰富的插入序列、大量的假基因及频繁的基因重组等特征,这些都是鼠疫菌迅速进化的关键.鼠疫菌遗传学通过基因组学、比较和进化基因组学的研究,确定鼠疫菌对人体的毒力因子和致病机制,探索鼠疫菌致病性和进化的遗传学机制,从而为鼠疫的流行监测及疫苗研制等防治工作提供科学的理论依据.     

中国鼠疫菌种资源遗传特征分析

目的 建立《中国甲类传染病菌种资源库》，选择适当的指标，以反映中国鼠疫菌种的遗传背景。方法 使用传统的和分子生物学方法，测定中国鼠疫菌种代表菌株的遗传特征。并对遗传特征的分布及其意义进行分析。结果 利用6项指标，将中国的鼠疫菌划分成15种遗传型，每一型占据一片相对独立的而又自相延续的地理空间。分析遗传型之间的亲缘关系，并根据菌株间的差异，追溯鼠疫耶尔森菌作为一个生物种形成后的进化过程。结论 中国各鼠疫自然疫源地存在着不同特征的鼠疫菌株，但为达到对菌株认同的目标，还需要确定更多的遗传指征。     

鼠疫耶尔森菌的多重PCR检测方法

目的研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法选用针对鼠疫菌F1抗原基因、pla基因、inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。     

布氏田鼠鼠疫菌102 kb pgm基因座结构研究

目的　研究布氏田鼠鼠疫菌株 1 0 2kbpgm基因座结构与其他类型鼠疫菌是否有区别 ,及其与布氏田鼠鼠疫菌株的独特特征的关系。方法　采用聚合酶链反应 (PCR)的方法 ,共设计 2 5对嵌套的引物 ,以喜玛拉雅旱獭鼠疫菌株和布氏田鼠鼠疫菌株的染色体DNA为模板 ,分段扩增该区域内的DNA ,选择差异较大的扩增片段进行克隆和测序 ,与已发表的序列比较。结果　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座一端缺失了1 952个碱基 ,即插入序列IS1 0 0。另外 ,在测序的这段基因中 ,一类似于可变数量串联重复序列 (VNTR)的区域 ,布氏田鼠鼠疫菌比已发表的序列多出几个拷贝。结论　布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座序列改变了 ,一端缺失了插入序列IS1 0 0 ,这就使得它的毒力岛不容易丢失 ,保持了 pgm+表现型的稳定 ;与其毒力的关系 ,有待于进一步研究     

河北省鼠疫耶尔森菌多位点串联重复序列分析

目的对分离自河北省长爪沙鼠鼠疫疫源地的116株鼠疫菌株进行基因分析研究。方法根据鼠疫基因组比对,选择15对引物对测试菌株进行PCR扩增,并对扩增结果进行分析。结果 15对引物对116株实验菌株均得到相应的扩增结果,同一引物测试菌株扩增结果目标条带长度均一致,串联重复序列的重复数相同。不同引物扩增目标条带长度不同,串联重复序列的重复数也不同,如引物M52对所有菌株扩增产物长度均为153 bp,串联重复序列的重复数均为3,而引物M59的扩增产物长度为250 bp,重复数均为7。结论多位点串联重复序列分析(MLVA)证实河北省鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因稳定,鼠疫菌MLVA数据库将对未来的鼠疫菌变异和溯源提供技术支持。     

中国鼠疫菌核糖体型地理分布

目的 了解鼠疫菌核糖体型在中国的地理分布情况。方法 用限制性内切酶对鼠疫菌染色体进行消化，电泳后，用16s-23s-5s rRNA基因探针进行Southern杂交。结果 把分离自中国不同地区的鼠疫菌共分成了三个核糖体型，每种类型的杂交图谱大概一致，区别仅在于1～2个酶切片段的有无。核糖体A型及B型较常见，分布于中国较大范围的地理区域内，C型最少，只见于某一特殊地区；核糖体型与中国鼠疫自然疫源地之间有一定的对应关系，一种疫源地对应一种核糖体型常见。结论 核糖体型在中国鼠疫自然疫源地内比较稳定，不同核糖体型在中国的分布具有明显的地域性；A、B、C三种核糖体型具有不同的来源，而A型与C型的亲缘关系更近。     

安徽省 2012 年小肠结肠炎耶尔森菌分离株特征分析

目的对安徽省2012年小肠结肠炎耶尔森菌分离株进行PFGE分型,分析菌株相关性。方法对22株菌株通过血清凝集实验和生物分型了解菌株生物学特征,采用PFGE对菌株进行分子分型,并分析PFGE与血清型和生物型的关系。结果 22株小肠结肠炎耶尔森菌分为11个生物型别,K6GN11C30021为优势PFGE型。结论 PFGE与血清型和生物型有一定相关性,提示PFGE可用于分析爆发流行和常规监测,追踪传染源。     

中国鼠疫菌某些生化特征及流行病学意义

目的 探讨中国鼠疫菌株生化表征的遗传变异与分型地位。方法 采用平皿单菌落法，实验观察我国17个生态型共336株鼠疫菌酵解麦芽糖、鼠李糖、阿胶糖、甘油及脱氮反应的变化。结果 发现松辽平原、滇闽居民区和滇西纵谷区3个生态型部分菌株对甘油、阿胶糖、麦芽糖酵解有变异，可同时出现酵解和不酵解的单菌落，而且特性较稳定；其余14个生态型鼠疫菌单菌落酵解能力与过去资料报道一致无明显变化；根据实验结果可将中国鼠疫菌分为12个生化型。结论 我国鼠疫菌对糖酵解特性稳定，具有一定的分型意义，滇闽居民区与滇西纵谷区生态型鼠疫菌株可能源于一个祖先。     

青海省三江源地区鼠疫病原学分析

目的 研究青海省三江源地区鼠疫菌株生物学特性并确定疫源地空间结构及性质.方法 对1954-2007年青海省三江源地区分离的鼠疫菌株进行生物学表型鉴定及分子生物学研究.结果 411株代表性菌株中,12株脱氮(-)阿胶糖(-)甘油(+)属田鼠型,399株为脱氮(+)阿胶糖(+)甘油(+)属古典型.411株均能产生F1和Pst I;vw+菌株占95.13%(391/411),VW-菌株占4.87%(20/411);Pgm+菌株占80.78%(332/411)、Pgm+菌株占9%(37/411)、Pgm-菌株占10.22%(42/411).220株代表株中96.82%(213/220)的菌株对小白鼠表现为强毒株,3.18%(7,220)为中等毒力,说明绝大多数具高致病性,其毒力很强.90.02%(307/341)菌株携带6×106 45×106 x65×106质粒.80株代表株包括8个基因组型,其中6个基因型与原分型相同,另有2个新的基因组型.结论 三江源地区鼠疫菌株具备青藏高原鼠疫病原体特性,人类一旦感染可导致发病急、病情重、传染性强、病死率高等特点.     

利用插入序列IS285对云南玉龙鼠疫耶尔森菌进行初步分析

目的了解新发现的玉龙鼠疫菌的遗传特征，分析其与中国各型鼠疫菌的亲缘天系。方法根据鼠疫菌C092株基因组DNA中的6个IS285位点设计引物，利用聚合酶链反应（PCR）对五龙鼠疫菌及我国其他各型鼠疫菌进行分析，通过SPSS软件对结果进行聚类。结果与CO92相比，我国鼠疫菌的某些IS285位点存在变异。5株玉龙鼠疫菌中有4株结果一致，另1株的一个位点发生变异。通过6个位点的PCR，可以将我国鼠疫菌聚为8类。所研究的5株玉龙鼠疫菌分别属于2种聚类，其中4株与滇西纵谷型、滇闽居民型及大部分灰旱獭菌株、全部喜马拉雅旱獭菌株聚为一类。结论对玉龙鼠疫菌的遗传特征获得初步了解，提示玉龙菌株在我国鼠疫菌传播演化过程中可能具有较重要地位．     

鼠疫耶尔森氏菌环介导等温扩增检测方法的建立

目的:将环介导等温扩增技术(LAMP)应用于鼠疫耶尔森氏菌的快速检测。方法:针对鼠疫耶尔森氏菌F1基因设计特异性引物,进行LAMP扩增。应用LAMP技术对鼠疫菌和非鼠疫菌进行检测以确定其特异性;对倍比稀释鼠疫菌液进行检测以确定其灵敏度,并与常规PCR方法进行比较。结果:对10种非鼠疫菌进行LAMP扩增,均为阴性结果,证明该方法具有很高的特异性。LAMP方法最低检出量为20个鼠疫菌,比常规PCR方法的灵敏度高10倍。通过加入染料进行LAMP扩增可直接观察结果。结论:本方法检测鼠疫耶尔森氏菌特异性强、灵敏度高,并且操作简便、结果易于判定,有望发展成为快速检测鼠疫耶尔森氏菌的有效手段。