糖尿病性勃起功能障碍大鼠的基因表达谱芯片数据分析

目的研究糖尿病性勃起功能障碍大鼠基因表达谱芯片数据,应用生物信息学方法挖掘与糖尿病性勃起功能障碍相关的基因,初步探讨其功能及相应分子机制。方法应用GeneSifter在线分析软件对5个正常大鼠阴茎组织和5个糖尿病性勃起功能障碍大鼠阴茎组织基因芯片数据进行分析。结果筛选得到661个差异表达基因,其中280个上调,381个下调。其中kruppel-like factor 5(klf5)基因上调表达4.01倍,ceruloplasmin(cp)基因上调表达5.14倍,collagen,type Ⅺ,alpha1基因下调表达5.84倍,collagen,type Ⅰ,alpha1下调表达5.77倍。661个差异表达基因的功能涉及糖蛋白生物合成、胶原纤维组建、血管发生过程、脂质代谢、细胞增殖等多种重要的生物学过程,以及脂肪酸代谢、神经变性机能紊乱、细胞外基质受体相互作用等信号通路。结论应用生物信息学方法分析糖尿病性勃起功能障碍大鼠基因表达谱发现上调的klf5、cp基因和下调的collagen基因在糖尿病性勃起功能障碍的发病机理中起重要作用,生物信息学方法可为糖尿病性勃起功能障碍发病机制的研究开辟新思路。     

小鼠胚胎期与成熟期肝脏表达谱芯片数据挖掘及生物信息学分析

目的 深度分析小鼠胚胎期与成熟期肝脏差异表达基因.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库下载编号为GSE65063的基因表达谱数据,提取其中胚胎期14 d及生后56 d芯片,采用在线分析工具GEO2R完成差异表达基因(DEGs)筛选.使用DAVID对DEGs进行基因本体论及京都基因与基因组百科全书生...     

哮喘患者上气道基因表达谱芯片的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法对哮喘患者上气道基因表达谱芯片进行分析,进一步探讨其可能的发病机制。方法:从GEO(Gene expressionomnibus)数据库下载哮喘表达谱的芯片数据(GSE41861),利用R语言Limma软件包筛选哮喘患者与非哮喘患者鼻黏膜的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对差异基因作基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)分析,并用Cytoscape软件及其插件NetworkAnalyzer进行可视化,寻找关键(Hub)基因。结果:共筛选出118个差异基因,其中包括93个上调基因和25个下调基因。对差异基因进行生物信息学分析,上调DEGs主要参与唾液分泌相关通路和结核相关通路,下调DEGs主要参与TGF-β相关信号通路。蛋白网络分析筛选出CDC5L、AR和ACTR2 3个degree得分>10的关键基因。结论:CDC5L、AR、ACTR2可能在哮喘的发生发展中起着重要作用,为研究哮喘的发病机制提供了新的策略。     

转移性前列腺癌生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利用R语言、SRTING、Cytoscape等软件对两个数据集进行组间差异分析、基因模块聚类分析和富集分析等。结果 TCGA数据集中差异基因共3 336个(上调1 161个,下调2 175个),GSE6919数据集中差异表达基因共758个(上调370个,下调388个),取交集后得到基因206个。对206个基因分别进行相关性分析并取交集,最终得到14个基因(MYLK、ACTA2、MYH11、TPM1、LMOD1、CALD1、FLNA、RND3、PPP1R12B、KCNMB1、CHRDL1、CSRP1、SPARCL1、SYNM)。对这14个基因进行富集分析,发现其主要富集到血管平滑肌收缩、局部黏着、Apelin信号通路、催产素信号通路、环鸟苷酸蛋白激酶G信号通路中,蛋白互作网络分析发现10个基因间存在相互作用,并且MYH11、MYLK和ACTA2是其中的关键基因。前列腺增生组、局限性前列腺癌组、转移性前列腺癌组的免疫组织化学染色评分分别为(7. 43±0. 49)分、(4. 85±0. 22)分、(2. 66±0. 27)分,各组比较差异有统计学意义(P <0. 01)。Gleason评分≥7分的患者ACTA2低表达率高于Gleason评分<7分的患者(P <0. 05);转移性前列腺癌患者ACTA2低表达率高于局限性前列腺癌患者(P <0. 05)。结论前列腺癌的发生、发展存在复杂的调控网络,生物信息学分析可以从中筛选出有效信息,为进一步研究前列腺癌分子机制提供思路和理论基础。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱影响及生物信息学分析

研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞（EA.hy926）基因表达谱的影响,初步探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。 方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。     

ARGl基因的生物信息学和基因表达谱分析

目的：对ARGl进行生物信息学和基因表达谱分析，并对其可能的抗砷机理进行探讨。方法：对砷相关基因ARGl作进一步的生物信息学分析，用不同浓度砷染毒L-02细胞两周以上，抽RNA转膜作Northern杂交，以及人类多组织膜的Northern杂交。结果：Northern杂交结果显示该基因在未染毒L-02细胞中几乎不表达，在砷染毒细胞中该基因的表达量明显增加，在2．3Kb处有一个单一的条带，且随剂量增加表达量亦增加。生物信息学分析显示ARGl具有一个液泡-ATP酶(Vacuolar—ATPase，v—ATPase)样的功能域。结论：ARGl是一条新的全长抗砷相关基因，其抗砷机理可能是通过液泡-ATP酶介导的。     

去势抵抗性前列腺癌潜在关键基因的生物信息学分析

背景去势抵抗性前列腺癌（CRPC）是男性常见恶性肿瘤疾病之一,病死率高,分子机制仍不十分清楚,且无有效治疗药物。目的应用生物信息学方法挖掘CRPC发生、发展的关键基因,为其诊治提供新思路。方法从基因表达综合数据库（GEO）中下载关于人类原发性前列腺癌（PCa）和CRPC的数据集GSE32269并进行生物信息学分析。使用R语言鉴定CRPC的差异表达基因（DEGs）。通过DAVID软件对DEGs进行基因本体论（GO）富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络进一步筛选关键基因,并对关键基因进行生存分析和受试者工作特征（ROC）曲线分析。结果通过对微阵列数据集GSE32269分析共筛选出279个DEGs,进一步通过GO富集分析和KEGG通路分析发现在CRPC发展中,细胞分裂、有丝分裂和细胞周期等信号通路发挥重要作用。PPI网络分析筛选出15个关键基因,对关键基因进行生存分析发现：CDC20、MAD2L1和NUSAP1高表达组CRPC患者总生存率和无病生存率均分别低于CDC20、MAD2L1和NUSAP1低表达组（P<0.05）;且CDC20、MAD2L1和NUSAP1预测CPRC发生的ROC曲线下面积分别为0.933、0.762、0.950,提示其对CRPC具有较高的诊断价值。结论CDC20、MAD2L1和NUSAP1可能是参与CRPC发展的关键候选基因。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

基于大数据的前列腺癌生物信息学分析

【目的】利用生物信息学的方法,对GEO和TCGA两个基因组学数据库进行分析,探究与前列腺癌相关的差异基因及相关的调控网络。【方法】综合GEO数据库的前列腺癌基因表达芯片数据（GSE46602、GSE55945）和TCGA数据库的RNA-seq数据,利用GEO2R及R语言的edgeR包进行基因差异分析,获得共同的显著差异基因,结合R语言的clusterProfiler包进行GO功能分析及KEGG通路分析,同时利用string网站进行蛋白互作网络分析,筛选出前列腺癌中调节蛋白表达量的关键基因,再结合TCGA临床随访数据分析关键节点基因的临床预后价值。【结果】获得共同差异基因共278个,其中表达上调100个,表达下调178个,它们与上皮细胞的调节增殖、含苯化合物的代谢过程等功能以及谷胱甘肽代谢和粘着斑等信号通路密切相关。蛋白互作网络分析结果得出3个重点蛋白表达模块以及12个关键节点基因。在这些关键基因中,EDN3、EDNRB和AMACR与前列腺癌患者的生存率密切相关。【结论】通过对前列腺癌基因芯片和RNA-seq数据的生物信息学分析,我们发现EDN3、EDNRB与AMACR很可能在前列腺癌的发生发展过程中发挥重要作用。     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱的影响及机制分析

目的研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞(EA.hy926)基因表达谱的影响,探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。     

cDNA macroarray for analysis of gene expression profiles in prostate cancer

Background Early diagnosis and timely treatment are important for improving therapeutic efficiency of prostate cancer. DNA array is a new bio-technology for disease diagnosis. This study was conducted to diagnose prostate cancer with cDNA macroarray and analysis gene expression profiles of some selective genes in prostate cancer. Methods Total RNA was isolated from patients with prostate cancer and from normal people, and poly（A） RNA was further purified. Then it was analyzed for differentially expressed genes in prostate cancer and normal prostate by cDNA macroarray system. Results There were different expressions in the nine prostate-associated specific genes in prostate cancer as compared with normal prostate, in which, 7 were significantly upregulated and 2 were down-regulated. Conclusion As a diagnostic approach at molecular level, the cDNA macroarray is an effectively diagnostic method for orostate cancer.     

新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱研究

目的 探讨新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱情况，为RS1的克隆和功能研究提供更多的线索。方法 利用半定量RT—PCR的方法研究RS1在辐射损伤小鼠肠上皮、肝、肾、脾脏的表达情况，利用原位杂交的方法观察RS1在辐射损伤小鼠肝、肾、脾脏和心肌的表达情况。结果 RS1在辐射损伤小鼠除在肠上皮表达以外，在。肾、肝、脾等多处表达，其中脾脏和。肾脏的表达较高。结论 RS1具有广泛的组织表达谱。可以利用肾脏和肝脏来源的，RS1表达丰度高的总RNA为模板进行全长cDNA克隆。     

KIAA0101基因在人非小细胞肺癌中的功能预测

目的应用生物信息学分析方法对肺癌组织中高表达的基因KIAA0101进行功能预测与分析。方法通过dChip软件对人肺癌基因表达谱数据集中癌旁组织与癌组织两组样本进行比较,筛选出与KIAA0101基因共表达的差异基因。运用DAVID、GO、STRING等生物信息学软件对筛选基因进行生物学功能分析,并通过GATHER转录因子预测软件预测该组基因的共同转录因子。结果与癌旁正常组织比较,肺癌组织中KIAA0101等9个基因表达水平升高两倍以上,并且具有相似表达变化趋势;转录因子预测发现该组多数基因启动子区含有转录因子E2F1结合位点。结论筛选出人非小细胞肺癌组织中与KIAA0101基因共表达的一组基因,其中BUB1B、CDC20、CCNB2等基因与细胞周期的调节密切相关,推测KIAA0101基因可能参与肺癌细胞周期的调节,并且该组基因转录水平表达升高可能受转录因子E2F1的调控。     

氯胺酮诱导大鼠丘脑基因表达谱的改变

目的:用基因芯片研究氯胺酮麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化.方法:SD大鼠4只,分为对照组(n=2)和氯胺酮组(n=2).两组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg氯胺酮.1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交.杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其进行功能分析.结果:1323条待测基因中,氯胺酮麻醉后237条基因差异表达,上调表达132条,下调表达105条,其中差异表达超过两倍的为59条.差异性表达的基因功能可分为NMDA受体、离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等.结论:氯胺酮麻醉可以引起大鼠丘脑基因的差异表达.     

人食管鳞状细胞癌基因表达变化的cDNA芯片研究

目的 利用TaKaRa人癌基因芯片研究食管鳞状细胞癌（ESCC）和相应正常组织差异表达基因．分析基因差异表达谱,以期找到更快捷、高通量的方法来筛选与原发性食管癌发生、发展以及与食管癌临床进展相关的分子标记物。方法 应用基因芯片技术及激光捕获微切割术、T7RNA聚合酶扩增技术,对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析。结果 在886个目的基因中有110条（12．42％）至少2次出现差异表达．其中56条（6-32％）基因表达上调幅度〉2．0倍,54条（6．09％）基因表达下调幅度〈0．5。结论 高通量的基因芯片技术可筛选出大量ESCC相关基因,对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路。     

基因芯片在筛选宫颈癌相关基因中的应用研究

目的：通过研究宫颈癌组织和正常宫颈组织中差异表达的基因，筛选出与宫颈癌相关的基因群，并进一步研究其表达和初步功能。方法：以含2048条人类全长基因的cDNA基因表达谱芯片，检测3例宫颈癌标本和正常宫颈标本的基因表达谱，计算机分析比较两种组织中差异表达的基因。结果：3例宫颈癌差异表达基因分别有197条、429条和665条，共同差异表达的基因有64条。结论：宫颈癌同其他肿瘤一样，是多种基因结构和功能改变的结果，有关宫颈癌特异性相关基因及其作用有待进一步研究。     

前列腺癌组织中PSMA基因及蛋白的表达

目的: 检测前列腺特异性膜抗原(prostate specific membrane antigen,PSMA)基因及蛋白在前列腺癌组织中的表达?方法:分别采用半定量RT-PCR法及免疫组织化学法检测52例前列腺癌组织及35例前列腺增生组织中PSMA基因及蛋白的表达情况?结果:①PSMA在前列腺癌及前列腺增生组织中表达阳性率分别为84.6%(44/52)及68.6%(24/35),虽然前列腺癌组织中PSMA表达阳性率高于前列腺增生组织,但两组阳性率间差异无统计学意义(P > 0.05)?PSMA mRNA半定量结果在两组间存在差异,癌组织中PSMA的表达量明显高于增生组织中的表达(P < 0.05)?②前列腺癌组织中PSMA蛋白表达总阳性率高达94.2%,明显高于增生组织中的阳性率(65.7%),且以++~+++居多?结论:PSMA基因及蛋白的表达在前列腺癌组织均高于前列腺增生组织,提示其可作为前列腺癌诊断指标?