基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

基于网络药理学探讨厚朴-广藿香治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学预测厚朴-广藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Dis-ease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制.方法:通过TCMSP,BATMAN-TCM数据库查询和相关文献检索筛选出厚朴-广藿香的活性成分及对应作用靶点,经过Uniprot数据库查询靶点对应的...     

射麻口服液治疗新型冠状病毒肺炎作用机制的网络药理学探讨

目的 探讨射麻口服液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索射麻口服液的活性成分及靶点;从GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点.将药物靶点与疾病靶点进行映射得到射麻口服液治疗COVID-19的潜在作用靶点进行后续分析.通过STRING...     

基于网络药理学探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的分子机制

目的通过网络药理学初步探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的可能作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台获得麻黄汤的有效活性成分及其作用靶点,再在UniProt数据库中利用Perl脚本获取药物靶点对应的人类基因。通过OMIM和GeneCards数据库收集与发热相关的疾病靶点。运用Venny平台获取药物-疾病交集的靶点基因后,通过STRING数据库建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。运用R×64 3.6.1软件对PPI网络中的30个关键基因进行可视化,并对所有交集靶点基因进行功能富集和通路富集分析。结果获得141个麻黄汤有效活性成分及194个药物-疾病交集的靶点基因,筛选出30个关键基因,包括STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL-6、CXCL2、VEGFA、IL-1B等。交集靶点基因涉及DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合、细胞因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性等170个生物过程,同时主要涉及胞内磷脂酰肌醇激酶-蛋白激酶B信号通路、低氧诱导因子1信号通路、核因子κB信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路等46个信号通路。结论麻黄汤缓解新...     

基于网络药理学探讨新型冠状病毒肺炎时方不同治则中药特色机制研究

目的 分析比较新型冠状病毒肺炎(COVID-19)时方中不同治则代表中药的作用机制,以期阐释中药防治新型冠状病毒肺炎不同病程阶段的药理作用机制及主要防治途径.方法 依据国家卫生健康委员会发布的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第六版)》中临床治疗期的处方中药,总结疾病证候演变中四类基本治则,并且选定各治则高频次及具...     

基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

基于网络药理学探讨金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的?采用网络药理学方法探究金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的可能性和潜在作用靶点。方法?利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选金欣口服液的物质组成分,以口服生物吸收度和成药相似性为限制条件筛选类药性成分及其作用靶点。以规范化的MeSH主题词搜索疾病相关的靶点基因,并对靶点进行蛋白交互作用分析。进一步利用DAVID数据库进行基因本体分析,以类药性成分→基因靶点→作用通路的交互网络分析金欣口服液治疗新型冠状病毒肺炎的可能效应成分和潜在作用靶点。结果?金欣口服液中筛选得到129种类药性成分,以苯丙素和脂类成分为主。筛选到类药成分作用于病毒性肺炎相关的靶点基因75个,基因本体分析和交互网络分析结果显示其黄酮类成分和脂质类成分具有抗病毒免疫和抗炎作用。结论?金欣口服液具有潜在的抗新型冠状病毒肺炎的作用。      

基于网络药理学探讨岐黄避瘟方预防新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学探讨岐黄避瘟方预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索岐黄避瘟方中各味中药的有效成分及相关靶点;采用美国国立生物技术信息中心（NCBI）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCards数据库检索COVID-19疾病相关靶点;构建岐黄避瘟方相关靶点与疾病相关靶点韦恩图,筛选岐黄避瘟方预防COVID-19的潜在靶点;将潜在靶点导入STRING数据库筛选出关键靶点,并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;采用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-化学成分-关键靶点网络图;对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果 得到岐黄避瘟方预防COVID-19的潜在靶点122个;根据Betweenness Centrality值与Degree值大于中位数筛选出关键靶点45个,包括白细胞介素（IL）-6、IL-4、IL-2、IL-1β、Toll样受体4(TLR4)、Toll样受体2(TLR2)、趋化因子CC配体2(CCL2)等;按Degre...     

基于网络药理学探究连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎的作用机制

[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)分别获取连花清瘟胶囊有效成分作用靶点和COVID-19靶点。利用String平台构建共同靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape软件筛选核心靶点。在Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建“有效成分-核心靶点”网络,筛选主要有效成分。[结果]共获得连花清瘟胶囊有效成分184种,有效成分的作用靶点255个,COVID-19靶点587个,其中共同靶点65个。通过String平台及Cytoscape软件对共同靶点PPI网络进行拓扑学分析,得到血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤抗原p53(tumor antigen p53,TP53)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等23个核心靶点。Metascape数据库的富集分析表明,核心靶点主要涉及多种病毒感染通路。通过对“有效成分-核心靶点”进行交互网络分析,从连花清瘟胶囊中筛选得到槲皮素、木犀草素等22种主要活性成分,参与COVID-19的治疗。[结论]连花清瘟胶囊可以作用于VEGFA、MAPK3、TP53、IL-6等核心靶点,通过抑制炎症因子、调控心血管疾病相关通路、抗病毒等过程,发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学的扶土生金康复方调节新型冠状病毒肺炎恢复期免疫功能机制研究

目的 探讨扶土生金康复方治疗新型冠状病毒肺炎恢复期免疫抑制的作用机制.方法 采用中医药网络药理学智能信息平台,检索扶土生金康复方的化学成分以及对应的靶点,通过GeneCards数据库获得免疫抑制相关靶点,将药物成分靶点与免疫抑制相关靶点对应,筛选交集靶点及相关功效成分.利用Cytoscape软件,构建"中药-成分-作用...     

基于网络药理学探讨人参有效成分对骨关节炎的保护作用机制研究

目的：运用网络药理学技术探究人参有效成分对骨关节炎的作用机制。方法：利用TCMSP 数据库筛选人参主要活性化合物和药效基因靶点,并利用GeneCards 和OMIM 数据库筛选骨关节炎相关的靶基因。利用R 语言对人参和骨关节炎相关靶基因取交集,筛选出人参活性化合物治疗骨关节炎的基因靶点,通过Cytoscape 软件绘制基因网络,并用String 数据库构建人参- 蛋白互助图,筛选出核心靶基因,最后采用R 语言对筛选基因靶点进行GO 及KEGG 通路分析。结果：筛选得到人参22 种活性化合物,可能参与治疗骨关节 炎的基因靶点共51 个。获得144 条GO 生物学过程和143 条KEGG 信号通路,主要富集AGE-RAGE、Fluidshear stress and atherosclerosis 和IL-17 等信号通路。结论：人参治疗骨关节炎的作用机制可能与通过抗细胞炎症,降低细凋亡等有关。     

基于网络药理学和分子对接分析桑菊饮治疗COVID-19的潜在机制

[目的]基于网络药理学分析桑菊饮的活性成分、靶点和信号通路,并探索桑菊饮治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的潜在分子机制.[方法]通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacolog...     

基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨四神煎治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)、中医药百科全书数据库(encyclopedia of traditional chinese medicine, ETCM)检索四神煎组方中药的主要化学成分,并结合文献进行筛选、补充;通过Pubchem有机小分子生物活性数据库检索化学成分的SMILES结构式及2D结构,经Swiss ADME数据库筛选后将符合标准的化学成分上传至Swiss Target Prediction数据库预测药物活性靶点;通过人类基因数据库(Gencards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、DrugBank数据库获取RA疾病相...     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

大柴胡汤治疗高血压病潜在机制的网络药理学研究

目的:基于网络药理学的研究方法,对大柴胡汤治疗高血压病的作用机制进行预测分析.方法:从中药系统药理学分析平台,根据口服利用度≥30％和类药性≥0.18分析,对大柴胡汤有效活性成分进行筛选;采用Swiss Target Prediction数据库检索成分相对应的靶点,构建"中药-化合物-靶点"网络图;利用OMIM、Dis...     

穴位贴敷防治新型冠状病毒肺炎作用机制探讨

穴位贴敷可通过相关经络的传导间接作用于肺脏,进而调节其宣发肃降之功,起到祛邪、化痰、平喘、止咳等功效.特别是取天枢穴行穴位贴敷治疗,可以有效改善患者的呼吸力学指标,减轻炎症反应.新型冠状病毒由口鼻而入,首先侵犯肺脏,邪气壅肺,影响全身气机升降出入,子病犯母,进而导致中焦脾胃升降功能失调,表现出一系列消化系统症状.穴位贴...     

柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎网络药理学分子机制研究

目的 基于网络药理学研究柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎的药物成分,预测作用靶点,并探讨其潜在的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集柴胡-黄芩药对的药物成分及相应作用靶点;运用STRING数据库与Cytoscape软件构建“药物成分-靶点”网络和蛋白相互作用网络;通过ClueGO对靶点的基因本体...