加权基因共表达网络分析筛胃癌相关分子

目的 运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出与胃癌发生、预后相关的分子,为胃癌的治疗和预后判断提供参考依据.方法 从TCGA数据库中下载胃癌患者基因表达谱和临床数据,检索时间为建库至2020年11月14日.采用WGCNA方法对胃癌患者进行基因表达分析;筛选出核心靶基因并分析其功能,利用ONCOMINE和GEO数...     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因

目的 综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因,探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物.方法 从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数...     

VCAN在胃癌中的表达及预后价值研究

目的分析VCAN在胃癌组织中的表达情况,并探讨VCAN在胃癌发生发展中的作用机制及临床预后价值。方法收集胃癌组织表达谱数据集和临床信息,分析VCAN表达差异以及与临床病理特征相关性,采用COX回归分析其预后价值,并采用GSEA富集方法分析VCAN的调控网络。结果与正常胃组织相比,VCAN的表达水平在胃癌组织中显著提高,且与胃癌分级、分期、T分期呈显著正相关,VCAN高表达的胃癌患者总生存期明显低于VCAN低表达的患者,VCAN是胃癌的独立预后危险因素(P<0.01);上皮间充质转化、细胞外基质受体相互作用、焦点黏着、Hedgehog通路、TGFβ通路、细胞粘附分子和胃癌晚期等基因集在VCAN高表达组中显著富集。结论 VCAN可能是胃癌预后的潜在预测分子标记,并可能参与调控胃癌的上皮间充质转化过程。     

通过加权基因共表达网络构建结肠癌的预后风险标志物及其临床意义

目的 结肠癌(colon adenocarcinoma, COAD)患者预后较差。因此筛选结肠癌预后相关基因,建立结肠癌新的预后风险评估模型。方法 基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)和基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库中结肠癌相关数据,分别作为训练集和验证集。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、Cox回归模型结合最小绝对值选择与收缩算子(least absolute selection and shrinkage operator, LASSO)回归分析筛选结肠癌预后相关基因并构建预后模型,受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)结合生存曲线验证模型的准确性,并建立列线图。根据中位值将患者分为两组,免疫细胞阳性比例分数(immune cell proportion score, IPS)评估两组患者免疫治疗反应。结果 最终筛选出15个特征基因,以此建...     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

基于生物信息学的胃癌关键基因的鉴定和预后分析

目的 通过生物信息学方法鉴定胃癌(GC)发生发展的关键基因,并寻找GC诊断和预后的生物标志物.方法 从GEO数据库下载3个数据集(GSE54129、GSE29998和GSE19826).利用在线分析工具GEOR2筛选出3个数据集中GC差异表达基因,并筛选出共有的GC差异表达基因.对共有的差异表达基因进行功能富集分析.通...     

基于TCGA数据库分析整合素αV在胃癌中的表达差异及临床意义

目的 利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析整合素αV(integrinαV,ITGAV)在胃癌中的表达差异及临床意义.方法 在TCGA数据库获取胃癌临床病例资料及对应的ITGAV mRNA转录组数据,利用R软件分析ITGAV在胃癌组织样本及正常胃组织样本中的mRNA表达差异,分析其表达差异与胃癌患者临床病理特征及预后的关系.基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测ITGAV在胃癌中调控的可能信号通路.结果 ITGAV在胃癌组织中的mRNA表达量显著高于正常胃组织(W=3161,P=8.837×10-6).ITGAV的表达水平与胃癌患者的T分期、N分期、病理分期及分化程度相关(P<0.05).ITGAV高表达组的患者的生存时间显著短于ITGAV低表达组患者(P=0.00049).单因素分析结果显示T分期、N分期、M分期、病理分期、年龄及ITGAV表达量与胃癌的预后相关(P均<0.05).多因素分析结果显示ITGAV的表达水平与年龄是影响胃癌患者预后的独立危险因素(P均<0.05).ITGAV mRNA高表达样本富集到Janus激酶/信号转导与转录激活子(Janus kinase/signal transducer and activator of tranions,JAK STAT)信号通路、Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)信号通路、转化生长因子(transforming grow th factoryβ,TGF-β)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、趋化因子(Chemokine)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、erb-b受体酪氨酸激酶(erb-b tyrosine kinase receptor,ERBB)信号通路及血管内皮生长因子(vascular endothe-lial growth factor,VEGF)信号通路上调(P均<0.05).结论 ITGAV在胃癌组织中高表达,且ITGAV表达水平与胃癌恶性程度及不良预后具有一定的相关性,并通过上调JAK STAT等信号通路在胃癌中发挥作用.     

基因集富集分析探讨HER2基因对胃癌代谢的影响

目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。     

凋亡相关基因Survivin在人胃癌组织中的表达及其意义

目的探讨Survivin基因在人胃癌发生、发展中的作用及其与胃癌预后的关系.方法采用Western blot方法检测Survivin蛋白在30例胃癌组织、30例胃癌旁组织、10例正常胃组织标本中的表达.结果30例胃癌组织中22例Survivin表达阳性,30例胃癌旁组织及10例正常胃组织无Survivin蛋白表达,Suvivin蛋白阳性表达与胃癌的临床分期、腹膜和(或)远处转移有关,而与患者性别、年龄及胃癌附近淋巴结转移无关.结论Survivin在胃癌发生、发展中起有一定重要作用,对胃癌患者临床预后有参数价值.     

胃癌中IBSP基因表达及预后的生物信息学分析

目的：通过生物信息学分析筛选出胃癌和正常胃黏膜间差异表达基因,分析并预测其在胃癌发生发展及预后中的价值。方法：从癌症基因组图谱（theCancerGenomeAtlas,TCGA）数据库下载胃癌患者RNA-seq数据,使用软件R-Studio筛选差异表达基因,运用DAVID进行基因本体（geneontology,GO）富集分析和京都基因与基因百科全书（Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,KEGG）通路分析,研究PI3K-Akt通路中表达差异最明显的基因,通过网站UALCAN对其进行表达量及临床病理特征分析,利用在线网站STRING构建蛋白互作网络,同时利用Kaplan-MeierPlotter在线分析其与胃癌患者预后的相关性。结果：共获得5704个差异表达基因,包括1225个上调和1479个下调的蛋白编码基因;KEGG通路分析确定骨涎蛋白（inte－grinbindingsialoprotein,IBSP）为目的基因;IBSP基因在胃癌组织中明显高表达（P<0.001）;且与胃癌患者的临床病理特征及不良预后明显相关（P<0.05）。结论：IBSP基因作为胃癌中潜在的癌基因,可能通过PI3K-Akt信号通路调控胃癌的早期进展,进而导致胃癌患者预后不良,有望成为胃癌新的临床诊断和预后标志物。     

基于TCGA数据库分析ITGA5 mRNA在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其预后价值

目的：分析头颈部鳞状细胞癌中整合素α5（integrin α5,ITGA5）的表达与预后的相关性。方法：利用TCGA 数据库中头颈部鳞状细胞癌的RNA表达数据集和相应的临床随访信息,提取mRNA表达谱进行差异分析,并在GEO数据库中进一步验证。结果：通过TCGA表达谱数据分析发现ITGA5 mRNA在肿瘤组织中的表达明显高于正常组织,且Kaplan?Meier 分析显示ITGA5高表达组的患者总体存活时间明显缩短（P < 0.05）。在GEO数据库中验证后证实ITGA5 mRNA表达水平是1个独立的预后指标,对预测患者生存具有较好的敏感性和特异性。结论：ITGA5与头颈部鳞状细胞癌患者的生存预后密切相关,可能作为新的预后标志物。     

1340例胃癌根治术后患者预后的多因素分析

目的:探讨影响胃癌根治术后患者预后的因素?方法:完整随访2005年1月~2009年12月于南京医科大学第一附属医院行胃癌根治术的1 340例患者(Ⅰ~Ⅲ期),对其临床病理特征和术后辅助化疗等因素进行统计分析?结果:1 340例患者目前存活956例,死亡384例,总体术后1?3?5年累积生存率分别为87%?63%?52%?单因素?多因素分析显示,年龄?肿瘤直径?脉管神经侵犯?浸润深度?区域淋巴结转移数目及TNM分期是胃癌根治术患者的独立预后因素(P < 0.05)?结论:年龄?肿瘤直径?脉管神经侵犯?浸润深度?转移淋巴结数目及TNM分期能为临床判断胃癌预后及选择合理治疗方案提供参考?     

66例胃癌手术临床特点及预后影响因素分析

目的探讨因胃癌行手术治疗患者的生存情况及其预后的影响因素。方法回顾性分析2002年1月～2006年11月在新疆医科大学第一附属医院胃肠肿瘤外科行手术治疗的66例胃癌患者的临床资料。采用Kaplan-Meier生存率分析和Cox比例风险模型进行单因素和多因素分析。结果 66例胃癌患者的1、3、5年生存率分别为68.0%、44.0%、11.0%。单因素分析显示PTNM分期、肿瘤浸润深度、淋巴结转移、有无远处转移、根治度是影响术后生存率的因素。Cox多因素分析显示,胃癌患者行手术治疗后的独立影响因素为根治度、PTNM分期及有无远处转移的交互作用。结论 TNM分期及有无远处转移是影响胃癌患者预后的最重要因素。加强宣传、早期发现对改善胃癌患者手术后的预后有重要意义。     

胃癌多基因表达及病理

作者应用免疫组化技术检测７５例胃癌组织中多种基因表达的变化，分析它们与胃癌病理特征及预后的关系。结果：１．Ｐ５３和ｃ－ｅｒｂＢ－２表达分别主要出现于胃粘膜癌变早期和晚期，前者在肠型胃癌中呈高表达，后者在高分化胃癌中阳性率较高；ＥＧＦＲ和ｒａｓ表达与胃癌浸润转移指标呈正相关；２．ｒａｓ表达与ＥＧＦＲ表达呈正相关，而与ｃ－ｅｒｂＢ－２呈负相关；３．对６５例进展期胃癌作生存分析，ｒａｓ、ＥＧＦＲ表达和ＤＮＡ倍体类型及浸润转移指标对胃癌预后有显著影响；Ｃｏｘ模型多因素分析，ＤＮＡ倍体、ＥＧＦＲ表达、淋巴结转移和远处转移是影响胃癌预后的独立因素。结论：多基因表达的检测对胃癌的诊断、恶性程度的判断及预后的估计有一定的意义。     

Analysis of comparative genomic hybridization and loss of heterozygosity in 43 primary gastric carcinomas

Objective To investigate common chromosomal changes and the LOH frequency of microsatellite loci in primary gastric cancer samples in order to locate the deleted regions in which human gastric cancer related genes might exist.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to define global chromosomal aberrations in 43 primary gastric tumors. Based on the results of CGH, analysis of loss of heterozygosity (LOH) was performed in chromosome 19 in which the loss was first discovered in the gastric cancers. The PCR-based approach was used to investigate 22 loci, which are spaced at 1.1 -10. 9 cM intervals throughout chromosome 19. The amplified PCR fragments were subjected to electrophoresis in PAGE gel and analyzed with GenescanTM and GenotyperTM.Results CGH analysis revealed gains in chromosome 3p(8/43), 8q(8/43), 20 [20 (9/43), 20p(7/43), 20q(4/43)], 12q(16/43), 13q(12/43) and losses in 19 [19 (15/43)], 7 [17 (8/43),17p (10/43)], 16 (10/43) and lp (11/43). Among the 43 evaluated samples, the most frequent LOH was detected at locus D19S571 (27. 81% ).Conclusions The tumorigenesis of gastric cancer includes several chromosomal changes. The aberration of chromosome 19 was the first common change founded in gastric cancer. The region near the D19S571 miclht harbor potential clenes related to the tumoriQenesis of Qastric cancer.     

56例胃癌患者的外科治疗及预后分析

目的：探讨胃癌患者外科治疗的效果及影响预后的因素。方法：对56例胃癌患者的临床资料进行回顾性分析。56例患者均接受胃癌根治性切除手术，胃远端大部切除毕Ⅰ式吻合术28例，毕Ⅱ式吻合术13例，全胃切除14例，肿瘤局部切除1例，分析不同性别、手术方式、组织学类型、临床分期、浸润深度及有无淋巴结转移、有无术后化疗患者术后1、3年的生存率。结果：术后发生并发症9例；全组患者的1、3年生存率分别为78．6％、48．2％，其中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期的1、3年生存率分别为93．3％、80．0％，92．3％、69．2％，72．2％、27．8％，50．0％、10．0％；单因素分析结果显示，胃癌临床分期、浸润深度、淋巴结转移、远处转移、手术方式与预后相关；多因素分析未发现影响预后的独立因素。结论：胃癌患者的预后与肿瘤分期、浸润深度、淋巴结转移、远处转移有关，早期发现、早期诊断和治疗胃癌是提高患者术后生存率的关键。     

Effect of Neoadjuvant Chemotherapy Treatment on Prognosis of Patients with Advanced Gastric Cancer:a Retrospective Study

Objective To evaluate the prognostic effects of neoadjuvant chemotherapy (NAC) in patients with local advanced gastric cancer.
Methods We retrospectively analyzed prognosis in 191 patients with advanced gastric cancer, of whom 71 were treated with NAC and 120 received surgery only between February 2007 and July 2013. Postoperative complication rate was recorded. Survival by clinicopathological features, pathological T and N stages, and histopathological tumor regression was retrospectively compared between the two groups.
Results According to Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, none of the 71 patients in the NAC followed by surgery group showed complete response, 36 showed partial response, 25 had stable disease, and 10 had progressive disease. The chemotherapy response rate was 50.7%;the disease control rate was 85.9%. Grade 3/4 adverse events were seen in less than 20% patients, with acceptable toxicities. No difference was found in the overall postoperative complication rates between the two groups (7 versus 22 cases, P=0.18). Median survival time was significantly different, at 54 months in the NAC combined with surgery group and 25 months in the surgery-only group (P=0.025).
Conclusion In patients with operable gastric adenocarcinomas, NAC can significantly improve overall survival without increasing surgical complications.     

肿瘤直径对胃癌患者预后判断价值的分析

目的:探讨肿瘤直径对胃癌患者预后判断的价值。方法:回顾性分析在南京医科大学第一附属医院接受手术和化疗的胃癌患者共489例,通过统计学方法分析肿瘤直径对胃癌预后的影响。结果:影响患者生存的肿瘤直径最佳截断值是3 cm,据此将患者分为2组:小病灶组(small size group,SSG)直径<3 cm,大病灶组(large size group,LSG)直径≥3 cm,肿瘤直径与分化程度、神经脉管侵犯、浸润深度、淋巴结转移数目及TNM分期密切相关。单因素分析显示SSG组患者的中位生存时间及5年生存率明显优于LSG组患者。多因素COX回归分析显示肿瘤直径与大体分型、肿瘤浸润深度、淋巴结转移、远处转移情况均是影响胃癌患者生存的独立预后因素。T2、T3期SSG组患者生存率明显高于LSG组。结论:对于胃癌患者,肿瘤直径是判断预后重要的参数,可作为生存的独立预后因素。