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1.
目的 探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在脓毒症患者中的临床诊断价值。方法 回顾性分析首都医科大学大兴医院ICU 2021年10月至2023年2月采用mNGS技术对脓毒症患者感染灶和外周血样本配对进行检测的病例资料42例,同时进行感染灶和外周血样本常规培养,评价配对感染灶和外周血样本mNGS检测在脓毒症患者中的诊断效能。结果 脓毒症患者感染灶和外周血样本常规培养检出率分别为61.90%(26/42)和23.81%(10/42),感染灶和外周血样本mNGS检出率分别为95.24%(40/42)和76.19%(32/42)。感染灶和外周血mNGS结果与感染灶培养结果一致性较高(84.62%vs.57.69%)。如以感染灶培养结果为金标准,外周血标本mNGS较感染灶标本mNGS而言,仍表现出了较高的敏感度(84.62%vs. 100%),且二者有相似的阳性预测能力(68.75%vs. 65.00%);外周血mNGS较外周血培养有更高的敏感度(84.62%vs. 11.54%)和阳性预测值(68.75%vs. 30.00%),差异均有统计学意义(χ2=27.810... 相似文献
2.
目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对脊柱感染病原学诊断的价值。方法:回顾性分析2018年1月至2019年12月复旦大学附属中山医院收治的24例疑似脊柱感染患者的病例资料,采用常规微生物培养法和mNGS技术检测脊柱组织标本。结果:mNGS总体检测阳性率高于常规培养法(62.5%vs 35.0%),mNGS平均耗时36~48 h,明显短于常规培养法的平均天数21.8 d。脊柱感染主要检出病原体为结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌。结论:mNGS能够快速检测脊柱感染病原体,为临床早期精准治疗提供重要的病原学依据。 相似文献
3.
目的:探讨宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)技术对肝脓肿病原学诊断的价值。方法:前瞻性纳入2020年2月至2021年4月复旦大学附属中山医院急诊科收治的35例肝脓肿患者,采用常规微生物培养法和mNGS技术分别检测血液和脓肿引流液样本。并将患者按是否出现休克分为两组,采用SPSS 25.0进行统计学分析,对比分析两组患者之间的差异。结果:mNGS技术在血液样本和引流液样本中总体检测阳性率显著高于常规培养法(血液:67.6%
vs. 15.2%,
P<0.05;引流液:100%
vs. 55.2%,
P<0.05)。35例肝脓肿病例中71.4%检出致病病原体为肺炎克雷伯菌。休克组患者脓肿引流液样本中mNGS检测出的致病病原体序列数显著高于非休克组(
P<0.05)。
结论:mNGS能够快速准确的检测出肝脓肿的致病病原体,为临床精准治疗提供重要的病原学依据。 相似文献
4.
目的探讨宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在中枢神经系统(central nervous system,CNS)感染性疾病中的病原学诊断价值。方法以2018年1月至2020年6月郑州大学第一附属医院收治的中枢神经系统感染患者为研究对象,根据纳入和排除标准最终确定170例患者。收集患者的一般临床资料以及病原体检测结果。纳入患者均送检常规以及mNGS检测,将检测结果分为常规方法检测组及mNGS检测组。符合正态分布的计量资料用均数±标准差(x±s)表示;不符合正态分布的计量资料用中位数及四分位数表示;分类资料采用例数及百分比[n(%)]表示;比较采用χ2检验或Fisher's精确检验;一致性检验以Kappa值表示;对比分析两种方法对病原微生物的检出情况及检出病原谱的规律。结果在CNS感染性疾病中mNGS检测的总体阳性率高于常规方法(58.23%vs.18.82%),且差异有统计学意义(P<0.01)。两种检测方法均阳性的20例样本中,所检出病原体种类完全一致者10例,完全不一致者和部分一致者各5例。在结核性神经系统感染病例检测中,检测阳性率从高到低依次为血T-SPOT、脑脊液mNGS、结核杆菌DNA、腺苷脱氨酶(ADA)以及结核特异性抗原抗体检测,分别为66.7%、53.8%、40.0%、24.0%、4.0%,抗酸染色阳性率为0%;mNGS与常规方法结合的检测阳性率为80.8%。结论脑脊液mNGS在CNS感染中病原菌检出率总体优于常规方法;但对结核杆菌的检测阳性率较T-SPOT未显示出明显优势;mNGS检测的病原菌更为广泛,有助于深入全面地了解中枢神经系统感染的菌种特点,两者结合在一定程度上弥补了临床常规检测的不足,可最大化提升检出率。 相似文献
5.
目的:研究宏基因病原二代测序技术及传统培养法对非结核分枝杆菌的检出率差别,探讨宏基因检测法对非结核分枝杆菌病的病原学诊断价值。方法:回顾性收集2018年9月-2019年12月期间我院收治的非结核分枝杆菌检测阳性的病例共388例,比较传统培养法及宏基因检测法的阳性率差异及不同样本类型的亚组分析。结果:培养法及mNGS阳性率均不足50%,两者阳性率比较无统计学差异。对于痰液标本,培养法的阳性率明显高于mNGS检测法(56.6% vs 22.9%,p<0.0001);相反,对于组织标本,培养法的阳性率明显低于mNGS检测法(7.8% vs27.8%,p<0.0001)。宏基因检测的各类标本中,肺泡灌洗液的检测阳性率高于其他标本,差异有统计学意义,p=0.01。结论:mNGS是一项具有前景的研究,但是在NTM的病原学检测领域敏感性较低,需重点改进以促进此技术更好的应用于临床。 相似文献
6.
目的评估无细胞血浆宏基因组二代测序(mNGS)病原体识别对重型再生障碍性贫血(AA)血流感染的诊断意义。方法应用mNGS与常规检测方法(血培养等)同步检测2021年2月至2022年2月中国医学科学院血液病医院贫血诊疗中心连续收治的29例AA患者共33例次送检样本, 评估mNGS与常规检测的诊断一致性、对临床治疗获益的影响及临床准确度。结果①33例次患者经mNGS和常规检测方法检测, 其中25例次(75.76%)检出潜在病原微生物;共检出病原微生物72株, 其中65株(90.28%)仅经mNGS检出。②诊断一致性评估:2例次(6.06%)组合符合(Composite), 18例次(54.55%)mNGS唯一符合(mNGS only), 2例次(6.06%)常规检测方法唯一符合(Conventional testing only), 1例次(3.03%)共同符合(mNGS/Conventional testing), 10例次(30.3%)完全不符合(None)。③临床治疗获益评估:8例次(24.24%)为启动靶向治疗(Initation of targeted treatment), 1... 相似文献
7.
目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术对慢性肺曲霉病(chronic pulmonary aspergillosis, CPA)病原学诊断的价值。方法:回顾性收集2017年9月至2019年9月复旦大学附属中山医院感染病科收治的78例疑似CPA患者病例资料,采集样本进行常规微生物学培养、血清烟曲霉特异性抗体IgG检测和mNGS,比较3种检测方法的灵敏度和特异度。根据诊断标准,将78例疑似CPA患者最终诊断结果分为CPA组(35例)和非CPA组(43例)。结果:以最终诊断结果为金标准,常规培养法、烟曲霉特异性抗体IgG检测和mNGS的灵敏度分别为28.6%、48.6%和65.7%,特异度分别为93.0%、90.7%和86.0%,其中mNGS的灵敏度显著高于常规培养法(P=0.001)。ROC曲线下面积分别为0.759、0.696和0.608。结论:在CPA的诊断中,mNGS的灵敏度显著高于常规培养法和烟曲霉特异性抗体IgG检测,且在检测时间上具有明显优势。 相似文献
8.
目的评估无细胞血浆宏基因组二代测序(mNGS)病原体识别对重型再生障碍性贫血(AA)血流感染的诊断意义。方法应用mNGS与常规检测方法(血培养等)同步检测2021年2月至2022年2月中国医学科学院血液病医院贫血诊疗中心连续收治的29例AA患者共33例次送检样本,评估mNGS与常规检测的诊断一致性、对临床治疗获益的影响及临床准确度。结果①33例次患者经mNGS和常规检测方法检测,其中25例次(75.76%)检出潜在病原微生物;共检出病原微生物72株,其中65株(90.28%)仅经mNGS检出。②诊断一致性评估:2例次(6.06%)组合符合(Composite),18例次(54.55%)mNGS唯一符合(mNGS only),2例次(6.06%)常规检测方法唯一符合(Conventional testing only),1例次(3.03%)共同符合(mNGS/Conventional testing),10例次(30.3%)完全不符合(None)。③临床治疗获益评估:8例次(24.24%)为启动靶向治疗(Initation of targeted treatment),1例次(3.03%)为降级治疗(Treatment de-escalation),13例次(39.39%)为确认治疗(Confirmation),11例次(33.33%)为无治疗获益(No clinical benefit)。④临床准确度:mNGS与常规检测方法差异有统计学意义(21/12对5/28,P<0.001),mNGS的敏感性80.77%,特异性70.00%,阳性预测值63.64%,阴性预测值84.85%,阳性似然比2.692,阴性似然比0.275。结论mNGS不仅有助于精准诊断AA患者的血流感染,而且有利于指导进行精准抗感染治疗,临床准确度高。 相似文献
9.
目的:评估宏基因组二代测序技术在慢性肺曲霉病诊断中的价值。方法:回顾性收集2017年9月至2019年9月在复旦大学附属中山医院感染病科住院的疑似慢性肺曲霉病患者,并同步采集标本进行传统培养、血清烟曲霉特异性抗体IgG检测及mNGS检测,分析mNGS在慢性肺曲霉病诊断中的价值。
结果:共有78例疑似慢性肺曲霉病的患者纳入分析,根据诊断标准,最终诊断CPA 35例,non-CPA 43例。送检的的78例样本中,痰标本55例、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本17例、肺组织标本6例。与最终诊断相比,mNGS诊断CPA的敏感度和特异度分别为65.7%和86.0%,烟曲霉特异性抗体IgG的敏感度和特异度分别为48.6%和90.7%,传统培养的敏感度和特异度分别为28.6%和93.0%,其中mNGS的敏感度显著高于传统培养方法(P=0.001)。对于临床诊断的CPA患者,mNGS检测的阳性率为50.0%。mNGS、烟曲霉特异性抗体IgG和传统培养方法的ROC曲线下面积(Area Under Curve, AUC)分别为0.759、0.696和0.608。在所有最终诊断为CPA的35例患者的样本中,痰标本、BALF标本和肺组织标本的mNGS阳性率分别为56.5%(13/23)、77.8%(7/9)和100%(3/3),但三组之间的差异无统计学意义。结论:在CPA的诊断中,mNGS的敏感度显著高于传统培养方法,在传统诊断方法无法确诊的患者中,mNGS仍有较高的阳性率,同时在检测时间上具有明显优势。 相似文献
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目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术对医院传染性疾病防控的价值。方法:回顾性分析2018年1月1日至2019年12月31日复旦大学附属中山医院收治的5例传染性疾病患者的病例资料,比较其常规微生物培养和mNGS结果。结果:5例患者常规微生物培养均为阴性,mNGS结果:炭疽芽孢杆菌1例,霍乱弧菌1例,结核分枝杆菌复合群1例,三日疟原虫1例,恶性疟原虫1例。根据mNGS结果,提早确诊传染性疾病并调整医院感染防控措施,随访30 d内,未出现院内传播新发病例。结论:mNGS在传染性疾病的早期识别与诊断中有重要作用,对于医院感染防控早期干预起到良好的指导效果。 相似文献
11.
ObjectiveInfection is one of the most common causes of death in children with hematological diseases. Here, we aim to investigate the value of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) in the detection of causative pathogens in children with hematological diseases.MethodsIn this retrospective study, specimens from children with hematological diseases, who were admitted to Sun Yat-Sen University between June 2019 and September 2021, were collected for culture and mNGS.ResultsA total of 67 pediatric patients were enrolled, and 96 specimens were collected. The positive rate of mNGS was significantly higher than that of culture (57.2% vs 12.5%, P < 0.01). The concordance (90.9%, 10/11) between the positive results of the two methods was high. mNGS detected more cases with Pneumocystis jeroveci, Aspergillus flavus, viruses, and some rare pathogens than culture. Mixed infections were detected by mNGS in 16 cases. Clinical anti-infective treatment was adjusted according to the results of mNGS, the conditions of most patients improved.ConclusionCompared to culture, mNGS shows great advantages in diagnosing bacterial, fungal, viral, and mixed infections in children with hematologic diseases, positively impacting clinical care. mNGS can be used as a complement to culture for pathogen detection. 相似文献
12.
目的通过对宏基因组学第二代测序技术(mNGS)获得的病原体与实验室培养结果进行对比,了解mNGS在脓毒症病原学诊断中的优势及其临床指导意义。方法将入选的脓毒症患者的标本(肺泡灌洗液、痰液、血液、脑脊液、胸水、腹水、分泌物等)同时送检mNGS和实验室细菌培养,对结果进行对比分析,评价mNGS在脓毒症病原学诊断方面的临床价值。结果mNGS的阳性率为78.9%;细菌培养的阳性率为40.4%(P<0.05)。通过mNGS共检出致病病原体57种,其中细菌31种,真菌16种,病毒7种,非典型病原体3种;细菌培养共检出病原体24种,其中细菌18种,真菌6种。以培养结果为金标准,mNGS的敏感度为76.2%,特异度为29.8%,阳性预测值为42.3%,阴性预测值为64.8%。根据病原学结果的抗生素调整将患者分为三组:按mNGS调整为mNGS组、经验性调整为经验组、按培养结果调整为传统培养组。mNGS组ICU住院时间更短(P<0.05),培养组降钙素原下降更明显(P<0.05)。结论mNGS在感染性疾病病原体的诊断方面较传统微生物培养时间更短,阳性率更高,在少见病原体、罕见病原体诊断方面有显著优势,可缩短患者ICU住院时间。 相似文献
13.
Dandan Zhang Xue Yang Junli Wang Jian Xu Mengyi Wang 《The Journal of international medical research》2022,50(4)
ObjectiveMetagenomic next-generation sequencing (mNGS) has the potential to overcome the shortcomings of traditional culture methods. This study aimed to assess the diagnostic value of mNGS in patients with lower respiratory tract infections (LRTIs).MethodsThis retrospective observational study sequentially enrolled 47 patients with LRTIs admitted to Shenzhen Hospital of Southern Medical University between February 2019 and November 2020. Pathogens in bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples were investigated to compare diagnoses by mNGS with culture methods.ResultsCompared with culture methods, mNGS had a diagnostic sensitivity of 80% and a specificity of 35.13% with an agreement rate of 44.68% between these two methods. mNGS significantly increased the pathogen detection rate.ConclusionsmNGS may show some advantages in identifying a wide range of LRTI pathogens, improving the sensitivity for viruses and atypical pathogens. The clinical application of NGS technology is worth looking forward to. 相似文献
14.
BackgroundDue to the limitations of traditional microbiological detection techniques in evaluating complicated infections in ICU patients, it is necessary to explore novel and effective methods to improve the clinical detection of ICU patients’ infections.ObjectiveThis study aimed to evaluate the efficiency and specificity of mNGS in screening pathogens in the blood, deep phlegm, urine, and other sample types of ICU patients exploring an effective method for infection detection.MethodsA total of 56 ICU patients with 131 samples were included in this study. The sample types included blood, deep phlegm, urine, drainage, anal swabs, and other types. Samples were analyzed by both conventional detection method and mNGS tests. The diagnosis efficiency and consistency of the two methods were compared. The distribution of the identified pathogens was analyzed. Moreover, the clinical features of patients with mNGS-positive or mNGS-negative results were compared.ResultsThe positive rate of mNGS was 81.7% (107/131) including 3.1% (4/131) weakly positive, while the positive rate of traditional detection was only 30.5%, including 29 strong positive results and 11 weak positive results. Additionally, there were 41 patients chose to adjust anti-infection strategies according to the results of mNGS, which significantly saved treatment costs. The mNGS-positive patients showed a shorter ICU hospitalization and higher intention to adjust anti-infection strategies than the mNGS-negative patients.ConclusionmNGS is of great potential for the pathogen detection of ICU patients, and has a higher detection rate than traditional detection methods. Further clinical application investigations can be carried out to expand the application of mNGS. 相似文献
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目的:探讨中央型占位对接受手术的N_2型非小细胞肺癌患者预后的影响。方法:回顾性分析2005年1月至2015年12月复旦大学附属中山医院胸外科收治的657例N_2型淋巴结转移的非小细胞肺癌患者的临床资料,根据是否存在中央支气管侵犯和阻塞性肺炎,将患者分为中央型组(n=157)和非中央型组(n=500),结合预后进行单因素和多因素分析。结果:657例患者中,中央型组男性患者比例更高(79.0%vs 58.6%),全肺和袖式切除术比例更高(15.3%vs 0.2%, 10.2%vs 1.6%),鳞癌患者更多(57.3%vs 16.6%),肿瘤更大(40.2 mm vs 32.9 mm),累及胸膜比例更低(46.5%vs 65.4%),差异均有统计学意义(P0.05)。中央型组和非中央型组的5年生存率分别为27.2%和44.8%(P0.001),年龄、肿瘤大小、手术方式、N分期、有无放化疗、是否中央型占位是患者手术预后的独立影响因素(P0.05),其中中央型HR为1.38(P=0.016)。在602例接受标准肺叶切除患者中,中央型占位是影响其预后的独立危险因素(HR=1.34,P=0.032)。中央型鳞癌和腺癌患者5年生存率均低于非中央型患者(32.7%vs 36.0%,P=0.678;19.4%vs 48.1%,P0.001),其中,中央型占位是影响腺癌患者预后的独立危险因素(HR=2.30, 95%CI 1.51~3.50,P0.001)。结论:对于N_2淋巴结转移的非小细胞肺癌手术患者,中央型占位是不良预后因素;这种表现在腺癌患者中更为明显,N_2中央型腺癌患者手术后的预后较差,选择手术时应更加慎重。 相似文献
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目的:探讨母亲感染乙型肝炎病毒(HBV)后,新生儿免疫预防措施及远期保护效果。方法:选择2013年1月至2014年12月定期产检并顺利分娩的240例HBV感染孕产妇及其新生儿(240例)作为研究对象。将接受免疫预防措施的120例孕产妇及其新生儿作为观察组,将未接受免疫预防措施的120例孕产妇及其新生儿作为对照组。比较2组新生儿HBV感染率,出生时、出生1年后乙型肝炎表面抗体(HBsAb)阳性率。随访5年,根据新生儿免疫预防效果,将母亲分为免疫成功组和失败组,分析影响免疫预防效果的因素。结果:观察组新生儿HBV感染率为0,低于对照组的16.67%(P0.05);出生时、出生1年后,观察组新生儿HBsAb阳性率分别为22.50%、96.67%,高于对照组(5.00%、78.33%,P0.001);观察组5年内加强接种乙肝疫苗率为26.67%,低于对照组(55.00%,P0.001)。免疫成功组与失败组母亲血清乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)滴度、HBV-DNA浓度、是否使用抗病毒药物、病毒变异情况差异均有统计学意义(P0.05)。结论:同时给予HBV感染孕产妇及其新生儿乙型肝炎免疫球蛋白(HBIg)、乙肝疫苗预防HBV母婴传播,可有效降低新生儿感染HBV风险,提高HBsAb阳性率,获得远期保护效果。 相似文献
18.
目的:将肺隐球菌病(pulmonary cryptococcosis,PC)患者肺部CT表现分为结节为主型或团块渗出为主型两组,分析两组患者的临床表现的差异,为早期诊断识别肺隐球菌病提供帮助。方法:回顾性分析2010年1月1日至2021年1月1日期间复旦大学附属中山医院非HIV感染PC的住院患者,依据首次诊断时胸部CT病灶表现,分为结节型组、团块渗出型组,收集并分析两组间年龄、性别、基础疾病、临床症状、炎症指标和隐球菌荚膜抗原(CrAg)等相关临床资料。结果:本研究共纳入患者187例(男女比例1.71:1),分为结节型组(121例,64.7%)、团块渗出型组(66例,35.3%)。与结节型组患者比较,团块渗出型组发病年龄更早[(46.61±15.35)岁 vs (53.31±12.39)岁,P<0.01];咳嗽(57.6% vs 35.5%,P<0.01)、咳痰(36.4% vs 17.4%,P<0.01)、发热(36.4% vs 11.6%,P<0.01)更多见;血沉[(28.34±24.11)mm/H vs(16.08±16.41)mm/H,P<0.01]、C反应蛋白[(18.20±25.02)mg/L vs (6.35±12.71)mg/L,P<0.01]更高;淋巴细胞比例低于20%的发生率更高(46.9%vs 25.4%,P<0.01);CrAg阳性率更高(93.4% vs 81.3%,P<0.05),CrAg滴度更高(采用-lg值表示,2.01±0.93 vs 1.08±0.81,P<0.05)。而两组间白细胞计数、中性粒细胞计数、中性粒细胞比例、淋巴细胞计数、降钙素原均无显著性差异(P>0.05)。结论:非HIV感染PC患者胸部CT结节型更多见(64.7%)。相较于结节型患者,团块渗出型PC患者年龄更小、临床症状更多、炎症指标更高、CrAg阳性率及滴度更高。 相似文献