快速曲霉菌基因组DNA的提取方法

随着骨髓移植、器官移植的广泛应用,侵袭性曲霉感染逐渐增多。研究曲霉致病的分子机制以及进行临床快速基因诊断已成为研究的热点。而这些工作的前提就是获得足量、高质、稳定的供分析用的DNA分子。我们经过反复摸索、比较找出一个较为简便、经济、可靠的方法,报告如下。     

基于COⅠ与16S rRNA基因对广地龙的DNA分子鉴定研究

目的:建立一种快速、准确和标准化的广地龙DNA分子标记鉴别方法。方法:测定了5个不同居群广地龙的线粒体细胞色素酶亚单位(CO)Ⅰ和16S rRNA基因序列,采用CodonCode Aligner进行序列拼接,通过下载GenBank地龙原动物的COⅠ与16S rRNA序列,采用MEGA4.1计算广地龙及其伪品地龙的种内、种间的K2P遗传距离,并基于K2P模型构建NJ和MP树。结果:COⅠ变异位点、信息位点均高于16SrRNA,COⅠ基因无插入和缺失,16S rRNA存在4个插入和缺失。COⅠ和16S rRNA序列种间遗传距离均明显大于种内,COⅠ和16S rRNA基因均能将广地龙从其他地龙或蚯蚓物种鉴别开来。结论:获得的广地龙COⅠ和16S rRNA序列可为动物性中药材地龙的分子水平鉴定提供参考,为动物性中药材DNA条形码数据库积累了相关信息数据。     

人外周血DNA提取方法比较

分子生物学技术已经广泛应用于生物学、基础医学、临床医学和预防医学等多个学科领域,人外周血DNA的提取是分子生物学的一项基础研究技术,从全血中提取高浓度、高纯度和高质量的DNA在实验研究中尤为重要[1～3].张宁等[4]提出的酚抽提法、甲酰胺裂解法以及异丙醇沉淀法是提取DNA最为经典的实验方法,但其操作繁琐,耗时较长,且所用试剂具有一定的毒性.目前,很多学者针对不同实验样品的传统DNA提取方法都提出了改良方法[5-7],应用试剂盒提取人外周血DNA被广泛应用于现在的实验研究,本文针对试剂盒提取人外周血DNA方法的操作过程以及其注意事项等展开讨论,以期为其他研究者提供参考.     

芋螺基因组DNA提取方法的优化

热带药用海洋生物芋螺产生的芋螺毒素(Conotoxin),已成为神经科学研究的有力工具药和新药开发的新来源。近来出现了从芋螺基因组DNA中克隆新型芋螺毒素基因的新方法．因而快速获得芋螺基因组DNA是分离多样性毒素基因、建立基因库及药用芋螺基因资源开发的前提。本研究采用不同的DNA提取方法．从6种芋螺的不同组织和器官中分离总DNA，经综合比较，建立了简便快速的提取芋螺总DNA的改良苯酚-SDS优化方法。     

分子标记中植物DNA提取方法的研究进展

自20世纪80年代初,分子生物学大量运用于植物研究领域后,DNA分子标记不仅在农业上对植物选种、育种和改良等方面的应用稳步增长,而且在中药资源、鉴定、栽培等方面也有着很好的发展前景.在一般情况下,DNA分子标记技术涉及的分子生物学原理比较简单,实验方法也不复杂,但熟练掌握、灵活运用,并有效地解决实验中出现的各种情况,仍有许多问题值得重视.其中,如何有效地提取高质量的植物DNA已成为生物化学研究的一个重要方面.DNA是遗传信息的载体,是最重要的生物信息分子,是分子生物学研究的主要对象,因此DNA的提取应是分子生物学实验技术中的最重要、最基本的操作,如不能有效地完成DNA提取,那就无法进行分子生物学方面的实验.植物DNA的有效提取,根据不同研究需要,应保证结构的相应完整性;应尽量排除其他大分子成分的污染(蛋白质、多糖及RNA等);应保证提取样品中不含对酶有抑制作用的有机溶剂及高浓度的金属离子,尽可能少地降解.提取DNA的质量一般采用核酸蛋白质分析仪检测.植物DNA的有效提取,它是进行任何DNA工作的前提和基础,也是最关键的一步.     

植物类药材基因组DNA提取与纯化的方法学研究

本文探讨了菊科9种植物和地胆草的4种对口商品药材基因组DNA提取与纯化的原理、方法，通过对3种常用植物基因组DNA提取方法（CsC1梯度超速离心法、CTAB／CsC1梯度超速离心法和DTAB微量提取法）的条件摸索，在DNA产率、纯度以及提取纯化过程中影响PCR扩增因子方面进行比较，认为CTAB微量提取法是植物类药材基因组DNA一种比较省时、有效、经济的提取方法。     

牡丹皮基因组DNA提取的影响因素研究

目的:研究牡丹皮基因组DNA提取的影响因素。方法:以根皮类中药材牡丹皮为材料,在快速少量抽提(CTAB)法的基础上对提取缓冲液中氯化钠、β-巯基乙醇浓度,水浴温度、时间,RNA酶(RNaseA)、聚合酶链(PCR)反应体系等条件进行考察。结果:使用经过改进后的CTAB法获得的DNA纯度和完整性较好,A260/A280值在1.8～2.0之间,PCR扩增条带清晰且亮,从而为接下来的分子生物学实验打下了良好的基础。结论:本方法经济、快速、高效,可作为根皮类中药材基因组DNA的提取方法,可为大规模生产提供理论依据。     

玉竹基因组DNA的提取与分析

目的以玉竹根茎为材料,寻找一种适合于玉竹总DNA提取的方法,便于下游分子生物学的操作。方法采用经典CTAB法与改良CTAB法。结果改良CTAB法提取得到的DNA可以很好地用于PCR扩增。结论改良CTAB法适用于类似玉竹这类含多糖较多的根及根茎类中药材DNA的提取。     

常用外周血DNA提取方法的比较

目的比较目前常用的外周血DNA提取的三种方法。方法用三种方法提取全血DNA,通过吸光度检测、PCR扩增分析各自优缺点。结果三种方法提取的DNA纯度和作为模板PCR扩增无显著差别,只是操作时间和成本不同。结论天根离心柱型试剂盒应用比较广泛,Promega试剂盒操作时间最短,Chelex-100方法最经济,适合微量提取。     

从极少量人血凝块中快速提取基因组DNA的方法

目的建立从极少量血凝块中快速提取基因组DNA的方法,并对其应用价值进行评价。方法分别对TIANamp基因组DNA提取试剂盒和TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒进行方法改良,并提取DNA,比较2种方法提取DNA的含量和纯度;并用人P450酶系的CYP3A4＊4引物对提取的DNA进行PER扩增,检测生物活性。结果用TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒提取的DNA在含量、纯度和生物活性上均优于用TIANamp基因组DNA提取试剂盒提取的DNA。结论应用TaKaRa全能基因组DNA提取试剂盒可以对极少量的血凝块进行基因组DNA提取,方法简便快速,在分子生物学研究中有重要的实际意义和推广价值。     

地皮菜抗三阴性乳腺癌作用活性成分的发现与靶点验证

目的 采用网络药理学方法和分子生物学实验探究地皮菜抗三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）的活性成分与靶点。方法 查阅文献并结合实验室前期研究收集地皮菜的活性成分,采用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,TTD、Genecards和OMIM数据库获取TNBC靶点。应用STRING在线平台进行蛋白互作,使用Metascape数据库进行KEGG信号通路和GO基因功能富集分析。通过AutoDock软件将地皮菜成分N-乙酰基色胺与靶点AKT1进行分子对接。采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测地皮菜活性成分对乳腺癌细胞凋亡的影响。利用RT-qPCR和Western blotting检测地皮菜活性成分抗TNBC的作用机制。结果 网络药理学结果发现N-乙酰基色胺、Scytonemin和Nostocionone等8个有效成分,涉及细胞信号传导和AKT1、STAT3、CCND1等75个关键靶点。KEGG信号通路和GO基因功能富集分析结果涉及癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示N-乙酰基色胺与AKT1的亲和作用较好。N-乙酰基色胺对乳腺癌细胞没有明显的促凋亡作用,Western blotting结果显示N-乙酰基色胺下调了AKTI的蛋白表达量。RT-qPCR结果显示N-乙酰基色胺可以有效降低乳腺癌细胞AKT1的mRNA表达。结论 N-乙酰基色胺可能通过抑制AKT1信号通路抑制TNBC细胞增殖,从而发挥抗TNBC作用。     

葛仙米多糖对白色念珠菌诱导的免疫低下小鼠免疫功能的影响

目的 考察葛仙米多糖对免疫低下小鼠免疫功能的影响。方法 BALB/c小鼠分成对照组,模型组,葛仙米多糖低、中、高剂量（0.1,0.2,0.4 g·kg^-1）组,阳性药组（玉屏风颗粒2.5 g·kg^-1）,动物分组后持续灌胃给药28 d,第29天除对照组外,其余组小鼠尾静脉注射白色念珠菌每只5×10⁴ CFU,造成免疫低下模型。注射白色念珠菌后第14天,解剖,检测小鼠体质量、脏器指数、血常规、脾组织形态、脾淋巴细胞增殖能力、腹腔巨噬细胞吞噬能力和凋亡以及Bcl-2和Bax蛋白的表达。结果 与对照组比较,模型组小鼠体质量下降,白细胞下降,中性粒细胞增加,胸腺、脾脏指数降低,脾脏组织形态损伤,脾淋巴细胞增殖能力降低,腹腔巨噬细胞吞噬能力降低,腹腔巨噬细胞凋亡增加,Bcl-2/Bax蛋白比值降低,P均<0.01。与模型组比较,葛仙米多糖各剂量组脏器指数显著增大（P<0.01）,中性粒细胞显著减少（P<0.01）,脾组织形态修复,脾淋巴细胞增殖能力明显增加（P<0.05或P<0.01）,腹腔巨噬细胞的吞噬能力显著改善（P<0.01）,腹腔巨噬细胞的凋亡显著降低（P<0.01）,Bcl-2/Bax蛋白比值显著升高（P<0.01）。结论 葛仙米多糖能显著增强免疫低下小鼠的免疫功能。     

DNA分子标记技术在甘草属植物鉴定中的应用研究进展

近年来,利用DNA分子标记技术对甘草属植物进行遗传标记,以探讨该属植物分子层面差异性的相关研究取得了较为丰富的成果。但对于这方面的总结并不多见。本文以甘草属植物在遗传多样性、变异种质的鉴定和系统发育构建等方面研究的应用现状为线索,总结了甘草属植物研究中常用的DNA分子标记技术——随机扩增多态性DNA、扩增片段长度多态性、简单重复序列、间简单重复序列区间、目标起始密码子多态性和DNA条形码及其衍生技术的应用现状,以期为甘草属植物后期的研究提供一定的参考。     

益母草与鸡血藤及其配伍的抗氧化活性比较

目的 研究益母草与鸡血藤及其配伍抗氧化的能力,并探讨益母草与鸡血藤及其配伍采用水提和醇提是否会对抗氧化能力产生影响,确定最优配比.方法 分别以95％的乙醇和蒸馏水为溶剂超声提取,按比例量取益母草和鸡血藤,在抗氧化实验中,研究各个配比的提取液的DDPH自由基清除能力及还原螯合Fe的能力.结果 水提和醇提在益母草-鸡血藤(...     

金线莲多糖的提取优化与纯化

目的 以响应面法优化超声提取金线莲多糖的工艺,同时,对多糖纯化中除蛋白方法进行考察。方法 以多糖提取率为检测指标,在单因素考察的基础上采用Box-Behnken实验设计及响应面法对料液比、超声时间、超声提取温度3个因素进行优化;以多糖保留率和蛋白脱除率对Sevage试剂法、TCA法、盐法（NaOH-CaCl₂法和NaOH-NaCl法）、盐酸法5种脱蛋白方法进行考察。结果 金线莲多糖最佳提取工艺为: 料液比1∶10,超声提取温度48 ℃,超声提取时间36 min,超声提取次数2次,超声功率为300 W,该条件下金线莲多糖提取率达到了13.13%;同时以NaOH-CaCl₂法脱蛋白,多糖损失率为18.74%,蛋白脱除率为95.62%。结论 超声提取操作简单,优化后提取方法能够取得较高提取率,NaOH-CaCl₂法脱蛋白能够获得较高蛋白脱除率及多糖保留率,该方法适用于金线莲多糖活性成分的开发研究。     

东南亚燕窝的12S rRNA和Cytb基因序列分析

目的 对实地采集的25份未进行任何加工的东南亚燕窝样品的12S rRNA和Cytb基因序列进行分析,确定东南亚地区燕窝来源物种的真实身份,其中包括2份珍贵的采集自马来西亚燕洞的黄燕和血燕标本。方法 25份未经过任何加工的样品采集自马来西亚、新加坡和越南地区的燕洞和燕屋,以直接提取自燕窝的基因组DNA为模板,利用重新设计的引物扩增得到12S rRNA和Cytb基因序列,并进行克隆测序。结果 测序结果与GenBank中的同源序列进行BLAST比对分析并构建亲缘关系树,结合样品采集地的金丝燕种类信息初步确定爪哇金丝燕（Aerodramus fuciphagus）和大金丝燕（Aerodramus maximus）。结论 分析结果证实扩增的均为正确的来自对应金丝燕属的线粒体基因序列,结合金丝燕种源地的物种分布资料和基因序列信息,为制定进口燕窝的质量标准提供了依据。     

铁皮石斛多糖的闪式提取工艺及质量评价

目的 建立铁皮石斛多糖的闪式提取工艺及质量标准。方法 采用闪式提取器常温快速提取铁皮石斛粗多糖,正交试验优化液料比、提取次数、提取温度等参数。对24批不同产地、不同品种石斛的多糖糖含量及单糖组成进行聚类分析,拟定铁皮石斛多糖质量标准。结果 铁皮石斛多糖闪式提取最佳工艺条件为：液料比30 mL·g^-1,浸泡30 min后,常温提取3次,每次提取2 min。采用优化工艺制备的铁皮石斛多糖的糖含量为70.68%~99.82%,单糖组成中甘露糖与葡萄糖比例为3.75~25.60,可与水草石斛、金钗石斛多糖明确区分。结论 闪式提取铁皮石斛多糖工艺高效、稳定,所制备的粗多糖糖含量不低于70%,甘露糖与葡萄糖的含量比值不低于3.5。     

滇南金线兰的植物形态和显微鉴定

目的 对滇南金线兰进行生药鉴定,明确其原植物形态和显微特征。方法 采用生药学鉴定方法,观察滇南金线兰的原植物形态、组织构造及粉末显微特征。结果 叶片呈卵形或卵状披针形,具金红色叶脉,花不倒置,唇瓣黄色,呈Y字形,前部明显扩大并2裂,裂片狭长圆形或狭倒披针形,中部收狭成长10 mm左右、其边缘具狭翅。显微结构中,根、茎横切面中皮层明显,具草酸钙针晶、黏液细胞等;叶横切面上表皮细胞乳突状,下表皮气孔类型多样,以不定式气孔为主。粉末中可见草酸钙针晶和导管。结论 滇南金线兰的生药鉴定为其资源开发利用提供了参考依据。     

结直肠癌患者粪便细菌DNA提取方法的比较研究

摘要：目的比较结直肠癌患者粪便细菌DNA提取方法的优缺点及获得DNA的质与量,有利于结直肠癌患者肠道相关分子微生态的研究。方法采用传统法,化学裂解法和TIANamp bacteria DNA Kit试剂盒法,提取粪便中细菌DNA,比较其作为模板,用于细菌16SrRNA基因PCR扩增后凝胶电泳的优缺点及用核酸蛋白检测仪Biophotmeter测定提取DNA的质与量。结果传统法提取DNA的量及纯度均较低（22．37±2．45,3．24±0．22）,化学裂解法和试剂盒方法提取的量及纯度均较高,（分别为33．87±2．06,2．18±0．44;38．60±9．00,1．70±0．09）;传统法与化学裂解法、试剂盒法相比差异有统计学意义（P〈0．05）,化学裂解法与试剂盒法相比差异无统计学意义（P〉0．05）,但以试剂盒法为佳。结论3种方法各具优缺点,不同的DNA提取方法会影响结直肠癌患者肠道相关分子微生态的研究结果。与传统法和化学裂解法比较,试剂盒提取法的效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道相关分子微生态的研究。     

葎草的化学成分研究

从葎草全草的75%乙醇提取物中分离得到11个化合物,分别鉴定为苯甲酸（1）、乌苏酸（2）、香草醛（3）、对香豆酸（4）、木栓酮（5）、白桦脂酸（6）、香草酸（7）、山柰酚（8）、山柰酚-4′-甲醚（9）、二氢山柰酚（10）、金丝桃苷（11）。化合物1~4、8~11为首次从该植物中分离得到。