肝癌中m7G甲基化相关lnc RNAs预后模型和动态列线图的开发

目的 基于癌症基因组图谱（TCGA）数据库探究m7G甲基化相关的长非编码RNAs(lnc RNAs)在肝癌中的预后价值并开发动态列线图。方法 应用TCGA数据库来检索临床和转录组数据。采用单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析筛选预后相关的m7G甲基化相关lncRNAs,最后构建预后模型和动态列线图。结果 通过单因素和多因素Cox回归分析,得到4个m7G甲基化相关的lnc RNAs(AL031985.3、AL365203.2、AC009403.1和AC015908.3)。构建了预后模型并验证了该模型的有效性。在评估了免疫细胞浸润水平、免疫功能、免疫检查点后,发现高风险组和低风险组之间存在显著差异。最后开发了有效的在线版动态列线图。结论 基于m7G甲基化相关的lncRNAs的肝癌预后模型和动态列线图可以更准确预测肝癌患者的预后,并为临床的诊治提供了更大的方便性。     

m7G相关lncRNAs是影响结肠癌患者预后和肿瘤微环境的潜在生物标志物

目的 探讨m7G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法 TCGA数据库筛选m7G-lncRNAs（|Pearson R|>0.4,P<0.001）,多因素Cox分析构建m7G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m7G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果 从TCGA数据库鉴别出1722个m7G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期（T1~T2 vs T3~T4：P=0.034）、N分期（N0 vs N2：P=7.8e-08; N1 vs N2：P=0.00081）以及M分期（M0 vs M1：P=0.007）均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态（MSS vs MSI-H：P=0.034）。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关（r=-0.19;P=7.3e-05）。高风险组患者基质细胞打分（P=0.0028）以及总打分（P=0.007）明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞（r=-0.11;P=0.045）和静息CD4+T细胞（r=-0.14;P=0.01）的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达（P<0.05）。蛋白印迹实验表明m7G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2 （P=0.006）and G3BP1（P=0.007）在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论 12个m7G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。     

m6A甲基化修饰在乳腺癌中作用及调控机制研究进展

乳腺癌(breast cancer,BC)是全球女性发生率最高的恶性肿瘤,也是危及女性健康的主要危险因素。N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)是高等真核生物mRNA中富含的内部修饰物,对于mRNA代谢和多项生物过程都具有关键作用。近年来研究表明,m6A与多种类型的肿瘤发展息息相关,但是其与BC之间的关联还不十分明确。本文综述了m6A甲基化修饰在癌症中作用的研究进展,包括m6A甲基转移酶、去甲基化酶、甲基识别蛋白各自的生物功能,以及m6A甲基化修饰在BC的增殖、侵袭、耐药及预后等方面的作用。开发针对m6A的化学调节剂为BC的治疗提供了一个全新的可能,同时m6A甲基化修饰因子有望成为BC诊断、预后以及疗效监测的重要治疗靶点。     

m6A甲基化修饰调控结直肠癌细胞中PD-L1表达

目的 检测程序性死亡配体-1(PD-L1)mRNA在结直肠癌细胞中是否存在m6A甲基化修饰以及m6A对PD-L1表达的影响,为结直肠癌的免疫治疗提供新的理论依据.方法 利用实时荧光定量聚合酶链式反应技术(qPCR)及蛋白质印迹法检测m6A相关蛋白表达变化对PD-L1mRNA和蛋白表达的影响,通过双荧光素酶报告基因实验验...     

m6A甲基转移酶METTL3在结直肠癌中的研究进展

越来越多的证据表明RNA 甲基化作为mRNA 最常见的修饰方式在肿瘤发生、发展中发挥重要的作用。结直肠癌是消化系统常见恶性肿瘤,严重危害中老年人健康。尽管关于结直肠癌的发生和发展的生物学机制已有许多研究,但对结直肠癌的诊断和预后作用仍存在较大的不足。随着对RNA 甲基化研究的深入,发现m6A 甲基转移酶METTL3 与结直肠癌的发生、发展及预后显著相关;但是,其在结直肠癌中的作用尚存在争议。本文将对m6A 甲基转移酶METTL3 在结直肠癌发生、发展及预后中的作用进行综述。     

基于TCGA数据库探究m7G相关基因在肺腺癌的表达及预后意义

目的 应用生物信息学分析N7-甲基鸟苷(m7G)相关基因对肺腺癌(LUAD)的诊断和预后价值,探究治疗LUAD新的分子靶点。方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的LUAD数据集,使用R软件运用LASSO回归与Cox回归进行模型的构建与检验,并进行差异基因功能分析及免疫细胞浸润和药物敏感性分析。结果 成功构建15个m7G相关基因的LUAD预后模型,且风险评分可作为独立预测因子;功能相关性分析表明,模型核心基因细胞免疫和药物敏感性密切相关。结论 本次研究成功建立m7G相关的LUAD预后模型,对LUAD的预后和免疫相关以及药物敏感性的研究具有一定提示作用。     

高甲基化导致EphA7基因在结直肠癌中低表达

目的：Eph基因和配体在多种肿瘤中呈高表达，并可能在肿瘤的发生、发展及预后中发挥重要作用。作者探讨EphA7基因在大肠癌细胞系和结直肠癌组织及其正常黏膜中的表达情况，以及EphA7基因在大肠癌发生、发展中的作用。方法：定量RT—PCR检测大肠癌细胞系和原发性结直肠癌标本中EphA7的表达。经甲基化特异性PCR（MSP）和亚硫酸氢钠处理后，用DNA测序等方法分析EphA7基因启动子区CpG岛甲基化状况。构建pEGFPN3-EphA7质粒，并转染至EphA7表达丢失的大肠癌细胞系中，对转染子进行mRNA基因表达芯片分析。结果：大肠癌细胞系DLD1、HT29、HCT116、SW480和SW620中Epha7基因低表达。59例进行定量RT-PCR测定的原发性结直肠癌患者中，29例患者癌组织中EphA7基因的表达水平低于来源相同患者的正常黏膜（P=0．008）。经MSP、亚硫酸氢钠处理后DNA测序等发现，EphA7基因启动子区CpG岛高甲基化。EphA7的高甲基化与肿瘤分化、性别以及肿瘤发生部位等有关。对EphA7质粒转染子mRNA基因芯片分析，观察到多种基因表达改变。结论：EphA7基因启动子区CpG岛甲基化是EphA7在大肠癌中低表达的机制。Epha7基因可能在结直肠癌的肿瘤发生、发展中起重要作用。     

m6A修饰调控卵母细胞及早期胚胎发育的研究进展

N6-甲基腺苷(m6 A)修饰是广泛存在的一种表观修饰,在有性生殖卵子的发育与早期胚胎成熟中发挥重要作用.m6 A修饰呈现出动态变化,m6 A及相关甲基化酶、去甲基化酶和甲基化识别酶的表达参与各种生理活动,主要在调节转录、调控相关蛋白质翻译、影响mRNA稳定性及降解等方面发挥作用.围绕m6 A修饰在生殖领域的研究大多围...     

microRNA let-7a-3调节结直肠癌中RAB11FIP2的表达

目的 探索microRNA let-7a-3在结直肠癌(CRC)中的表达状态、生物学功能及可能的机制。方法 使用联合亚硫酸氢钠限制性内切酶分析法(COBRA)或亚硫酸氢盐测序法(BSP)分析let-7a-3启动子内的DNA甲基化状态。使用实时定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测CRC细胞系中let-7a-3和RAB11FIP2的表达。使用流式细胞仪和锚定-非依赖性生长试验检测let-7a-3表达上调时CRC细胞凋亡水平及集落形成能力。结果 let-7a-3基因甲基化在CRC组织中很常见,let-7a-3的甲基化状态与组织来源有关(P<0.001)。去甲基化剂5-氮杂-2-脱氧胞苷(5-aza-dC)可以诱导let-7a-3的表达。let-7a-3表达上调时促进细胞凋亡并抑制细胞集落形成能力(P<0.001)。let-7a-3通过靶向RAB11FIP2基因3’-UTR区域中的同源DNA区域抑制RAB11FIP2的表达。结论 CRC中let-7a-3甲基化是一种常见现象,let-7a-3过表达可诱导细胞凋亡,抑制锚定非依赖性生长,提示let-7a-3可能是结直肠癌治疗的潜在生物...     

结直肠癌中MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3的表达相关性研究

目的:通过检测结直肠癌中基质金属蛋白酶-7(Matrix metalloproteinase-7,MMP-7)、血管内皮生长因子-D(Vascularendothelial growth factor-D,VEGF-D)和血管内皮生长因子受体-3(Vascular endothelial growth factor receptor-3,VEGFR-3)的表达,探讨MMP-7与淋巴管生成因子的关系。方法:应用免疫组化法检测124例结直肠癌和70例正常黏膜组织中MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3的表达,比较两种组织中3种蛋白表达的差异,分析其与结直肠癌临床病理指标的关系及三者的相关性。结果:MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3表达的阳性率在结直肠癌中明显高于黏膜组织(P<0.001),MMP-7的表达与结直肠癌的肿瘤体积、Dukes分期、浸润深度及淋巴结转移有关(P<0.05);VEGF-D和VEGFR-3的表达与肿瘤体积、淋巴结转移有关(P<0.05)。结直肠癌中MMP-7和VEGF-D、VEGFR-3的表达呈正相关性(均P=0.01)。MMP-7和VEGF-D、VEGFR-3的高表达与患者的不良预后相关(P<0.05)。结论:结直肠癌中MMP-7的表达与VEGF-D、VEGFR-3的表达密切相关,可能在淋巴管新生中起协同作用,促进淋巴道转移。联合检测MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3可能对判断结直肠癌的预后有一定的指导意义。     

结直肠癌中MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3的表达相关性研究

目的：通过检测结直肠癌中基质金属蛋白酶-7（Matrix metalloproteinase-7,MMP-7）、血管内皮生长因子-D（Vascular endothelial growth factor-D,VEGF-D）和血管内皮生长因子受体-3（Vascular endothelial growth factor receptor-3,VEGFR-3）的表达,探讨MMP-7与淋巴管生成因子的关系。方法：应用免疫组化法检测124例结直肠癌和70例正常黏膜组织中MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3的表达,比较两种组织中3种蛋白表达的差异,分析其与结直肠癌临床病理指标的关系及三者的相关性。结果：MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3表达的阳性率在结直肠癌中明显高于黏膜组织（P<0.001）,MMP-7的表达与结直肠癌的肿瘤体积、Dukes分期、浸润深度及淋巴结转移有关（P<0.05）;VEGF-D和VEGFR-3的表达与肿瘤体积、淋巴结转移有关（P<0.05）。结直肠癌中MMP-7和VEGF-D、VEGFR-3的表达呈正相关性（均P=0.01）。MMP-7和VEGF-D、VEGFR-3的高表达与患者的不良预后相关（P<0.05）。结论：结直肠癌中MMP-7的表达与VEGF-D、VEGFR-3的表达密切相关,可能在淋巴管新生中起协同作用,促进淋巴道转移。联合检测MMP-7、VEGF-D和VEGFR-3可能对判断结直肠癌的预后有一定的指导意义。     

基于TCGA数据库分析m6A调节因子甲基化修饰对肺腺癌预后的影响

目的 通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法 通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督类的方法进行m6A聚类生存分析。结果 16个m6A甲基化调节因子在肺腺癌中差异表达,其中有5个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、YTHDC2)与肿瘤分期、7个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、METTL3、YTHDF2、METTL14)与T期和2个m6A甲基化调节因子(IGF2BP3、YTHDC2)与N期显著相关。Cox回归分析结果表明6个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、HNRNPA2B1、HNRNPC、RBM15)是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。结论 m6A甲基化调节因子与肺腺癌进展有关,6个m6A甲基化调节因子可以作为预测肺腺癌患者预后的潜...     

消化系统肿瘤m6A甲基化修饰对非编码RNA调控的研究进展

m6A甲基化修饰是哺乳动物中最丰富的RNA修饰方式,是表观遗传学重要的调控方法之一,通过添加、移除或者识别结合m6A位点,参与RNA合成与代谢过程,进而调控基因的表达。非编码RNA(ncRNA)是一类缺乏编码多肽或蛋白质能力的RNA,在肿瘤的发生和发展中发挥着重要作用,是癌细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭、耐药等生物学特性的调节因子。越来越多的研究表明,m6A甲基化修饰可通过调控ncRNA参与肿瘤的发生和发展。本研究就消化系统肿瘤中m6A甲基化修饰对ncRNA表达调控的研究进展作一综述。     

脊髓损伤后m6A甲基化修饰在神经干细胞自发分化中的调控作用

目的探讨脊髓损伤后mRNA m6A甲基化修饰对神经干细胞自发分化的调控作用。方法8周龄C57小鼠构建脊髓钳夹损伤模型,采用后肢运动功能评分（basso mouse scale, BMS）评价小鼠脊髓钳夹损伤模型构建情况;脊髓组织冰冻切片免疫荧光染色检测脊髓损伤1、3d后,损伤位点周围神经干细胞的数量及m6A甲基化水平;microRNA干扰技术敲低神经干细胞内的METTL14蛋白表达,并利用细胞免疫荧光检测神经干细胞自发分化后,神经元细胞、少突胶质细胞及星形胶质细胞数量;Western印迹法及Northern印迹法检测髓鞘碱性蛋白（myelin basic protein, MBP）与神经干细胞共培养后神经干细胞内METTL3、METTL14、FTO及ALKBH5蛋白表达情况及细胞内m6A甲基化水平。结果BMS评分结果表明小鼠脊髓钳夹损伤模型构建成功。免疫蛋白印迹结果显示,脊髓损伤后组织内脊髓损伤后星形胶质细胞的细胞标志蛋白GFAP显著增加,神经元标志蛋白NeuN和少突胶质细胞标志蛋白MBP表达显著降低。组织免疫荧光结果表明,损伤早期受损位点周围神经干细胞标志蛋白NESTIN达量增加,但m6A水平减少。细胞免疫荧光结果表明,m6A甲基化水平降低可促进神经干细胞神经向星形胶质细胞的自发分化。免疫蛋白印迹结果显示,MBP处理神经干细胞可使细胞内METTL3/METTL14表达量及细胞整体m6A甲基化水平降低。结论脊髓损伤后mRNA m6A甲基化降低可促进神经干细胞向星形胶质细胞分化。     

m6A甲基化修饰调控肿瘤免疫的研究进展

N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m⁶A)是一种调控真核细胞基因表达最常见的修饰方式,影响RNA的剪接、降解、稳定性以及蛋白翻译等过程。研究表明m⁶A甲基化修饰与肿瘤发生发展密切相关,在肿瘤免疫应答的相关过程中也发挥着重要的调控作用。m⁶A修饰参与调节免疫细胞的分化、成熟过程以及相关的抗肿瘤免疫反应。在肿瘤微环境中,m⁶A修饰也可影响免疫细胞的募集、活化和极化等,从而促进或抑制肿瘤细胞的增殖与转移,起到重塑肿瘤免疫微环境的重要作用。近年来肿瘤的免疫治疗逐渐应用于临床,如免疫检查点抑制剂治疗、过继性细胞免疫治疗等,都取得了较好的临床效果。通过靶向m⁶A修饰来干预机体免疫系统,如通过小分子抑制剂靶向失调的m⁶A调控因子、诱导免疫细胞重编程等,可提高抗肿瘤免疫反应,加强免疫细胞对肿瘤细胞的识别和杀伤能力。m⁶A修饰是肿瘤免疫治疗的一个新方向,具有潜在的临床应用价值。该文围绕m⁶A甲基化修饰对免疫细胞...     

辽宁地区汉族人群G2m（23）因子遗传多态性分布的研究

辽宁地区汉族人群Ｇ２ｍ（２３）因子遗传多态性分布的研究李春梅，王保捷，贾静涛（法医学系血清学教研室，沈阳１１０００１）关键词Ｇ２ｍ（２３）；基因频率；遗传学从１９５５年Ｇｒｕｂｂ发现人类免疫球蛋白的第一个遗传标记［１］以来，免疫球蛋白的同种异型的遗传...     

辽宁地区汉族人群G1m（3）因子遗传多态性的研究

自从１９５６年Ｇｒｕｂｂ首先发现人类免疫球蛋白第一个同种异型以来，免疫球蛋白的同种异型的多态性受到了广泛重视，其多态性分布的研究对法医学个人识别以及群体遗传学研究均有重要意义。本文应用Ｄｏｔ－ＥＬＩＳＡ方法调查了辽宁地区２２１例无血缘关系汉族人Ｇ１ｍ...     

利用补丁甲基化技术构建特殊报告载体检测DNA甲基化对FCER1G基因启动子的调控活性

目的:构建一种特殊的荧光素报告载体检测DNA甲基化对FCER1G基因启动子调控序列的调控活性。方法:用补丁甲基化技术构建特殊的含完全甲基化和模拟甲基化的FCER1G启动子调控序列的PGL-3荧光素报告载体;通过比较完全甲基化与模拟甲基化荧光素报告载体活性来检测DNA 甲基化对FCERG基因启动子调控序列的调控活性。结果:成功构建特殊的完全甲基化与模拟甲基化FCER1G启动子调控序列荧光素报告载体;并检测出完全甲基化与模拟甲基化荧光素报告载体活性比为(0.36±0.07):1(P<0.001)。结论:FCER1G启动子调控序列是甲基化敏感位点,FCER1G启动子受DNA甲基化调控。