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相似文献
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1.
目的 研究有丝分裂相关基因ASPM(abnormal spindle microtubule assembly)在乳腺癌中的表达及临床意义,并探讨ASPM作用机制。方法 利用Oncomine数据库检测ASPM在乳腺癌组织中的表达情况,采用GSE3494数据集和Kaplan-Meier在线分析ASPM表达与乳腺癌患者的预后关系,并结合TCGA数据库分析ASPM表达与临床病理指标的相关性。利用GSE3494数据集进行基因富集分析 (GSEA)预测ASPM相关通路。利用String数据库分析与ASPM相关的蛋白并通过TIMER数据库验证。利用RT-qPCR验证在13对乳腺癌组织与配对的癌旁组织中ASPM的表达情况。结果 与正常乳腺组织比较,ASPM在乳腺癌组织中高表达,且高表达组具有较短的总生存期 (HR=1.71, P=0.000)。GSE3494和TCGA数据库分析发现ASPM表达与ER、PR水平显著相关(P=0.000),TCGA数据库分析结果显示ASPM表达还跟年龄 (P=0.002)以及TNM分期中的T分期 (P=0.000)和N分期 (P=0.030)显著相关。ASPM高表达样本主要富集在细胞周期、氧化磷酸化、DNA修复、错配修复、剪接体和蛋白酶体等基因集 (P<0.01),结合String以及TIMER的结果,ASPM可能与BUB1、CCNA2、TTK、CDC20、CDK1相互结合作用,促进乳腺癌的发生、发展。RT-qPCR结果显示,ASPM在乳腺癌组织中表达上调。结论 ASPM基因在乳腺癌组织中高度表达,并与临床病理指标相关,可作为预测乳腺癌预后的标志物进一步研究。  相似文献   

2.
目的 研究CAPN4(calpain small subunit 1)在结直肠癌中的表达及其临床意义。方法 免疫组织化学法检测10对结直肠癌组织和相应的癌旁非瘤组织中CAPN4的表达,并检测74例结直肠癌组织中CAPN4的表达,结合临床随访资料探讨其表达与临床病理因素和预后的相关性。结果 结直肠癌组织中CAPN4的表达均高于相应的癌旁非瘤组织。CAPN4的表达强度与结直肠癌患者的Dukes分期(P=0.000),TNM分期(P=0.000),病理分级(P=0.021)和生存预后(P=0.040)显著相关,而与患者的年龄和性别无相关性。Kaplan-Meier分析显示,CAPN4高表达病例组生存时间明显少于CAPN4低表达病例组,经Log-rank检验,差异有统计学意义。结论 CAPN4在结直肠癌中表达上调,其表达差异与结直肠癌Dukes分期、TNM分期、病理分级和患者生存预后呈显著负相关,提示其可能与结直肠癌的发生、发展相关。  相似文献   

3.
目的: 应用生物信息学对基因芯片数据进行分析,探讨结直肠癌的转移机制,寻找潜在的转移及预后标记物。方法: 从GEO数据库选取GSE41568、GSE68468进行分析,使用R语言limma包筛选结直肠原发癌与转移瘤之间的差异基因,获得2个数据集的共同差异基因;运用clusterProfiler包进行功能富集分析并进行可视化;通过STRING数据库、Cytoscape软件进行蛋白质互作网络分析及关键模块的筛选;使用TCGA数据库的结直肠癌数据对差异基因进行表达分析和生存分析。结果: 共筛选出108个共同差异基因;通过基因富集分析发现,差异基因主要富集在补体及凝血级联等通路及生物学过程中;通过蛋白质互作网络分析发现3个关键模块;基于TCGA数据对共同差异基因分析发现,CLCA1、COLEC11、FCGBP、PDZD2、SERPINA1、SPINK4共6个基因在Ⅰ-Ⅱ和Ⅲ-Ⅳ期结直肠癌的表达有显著差异(P<0.05),并且与结直肠癌的预后显著相关(P<0.05)。结论: 通过生物信息学筛选出108个共同差异基因及3个关键模块,并得到6个预后相关基因,为研究结直肠癌的转移机制及预后、靶向治疗提供了一定的理论支持。  相似文献   

4.
目的: 通过生物信息学方法研究ITGA2(integrin alpha-2)基因在胰腺癌中的表达情况、表达与预后的关系、表达与临床病理特征的关系,并进一步预测ITGA2的生物学功能。方法: 使用GEPIA在线工具分析肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中ITGA2基因在胰腺癌组织和正常组织中的表达差异,并回顾性分析表达水平与生存预后的关系。利用LinkedOmics数据库筛选ITGA2在胰腺癌中的共表达基因列表,在WebGestalt数据库中分析生物学功能。下载TCGA数据库中胰腺癌患者临床信息和ITGA2表达数据,分析ITGA2表达量与临床病理特征的关系,研究影响胰腺癌生存预后的危险因素。结果: ITGA2在胰腺癌组织中显著高表达(P<0.05);与低表达患者相比,ITGA2高表达的胰腺癌患者的总体生存期(log-rank P=0.002)、无病生存期(log-rank P=0.004)明显降低。利用LinkedOmics找出278个与ITGA2共表达的基因,GO分析显示这些基因主要参与细胞黏附、细胞间连接组成、细胞骨架形成等生物过程;KEGG分析显示显著富集于黏着斑、黏附连接、紧密连接、肌动蛋白细胞骨架的调节、肿瘤蛋白聚糖等通路。ITGA2表达水平与肿瘤分期(χ2=6.380,P=0.036)、肿瘤大小或侵袭范围(χ2=5.214,P=0.022)、肿瘤分化程度(χ2=11.998,P=0.002)显著相关具有统计学意义。Cox回归分析结果显示,ITGA2表达水平是影响胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.888,95%CI=1.021~3.490,P=0.043)。结论: ITGA2基因与胰腺癌发生发展密切相关,可作为临床判定胰腺癌预后的标志物,并有成为肿瘤治疗靶点的潜力。  相似文献   

5.
目的: 探索过表达NR4A1是否能够缓解狼疮性肾炎(lupus nephritis,LN)的肾炎症状。方法: 通过腹腔注射0.5 mL pristane构建狼疮小鼠模型,分为生理盐水对照(SC)组、pristane对照(PC)组、空载体对照(VC)组及过表达NR4A1治疗(NR4A1)组。第20周尾静脉注射过表达NR4A1的脾脏单核细胞进行治疗。第28周测量小鼠踝关节左右直径。HE染色及半定量评分评估肾脏病理改变,ELISA检测血清肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor α,TNF-α)及抗ds-DNA浓度。荧光定量qPCR检测脾脏NR4A1、Bcl-2基因mRNA表达。结果: 与SC组相比,PC组LN相关活动指标明显升高,踝关节直径[4.69(4.26,5.14)mm,P=0.000]、抗ds-DNA抗体浓度[(173.11±25.49)ng/mL,P=0.000]、肾脏病理评分[2.78(2.68,2.81),P=0.000]和NR4A1表达(0.40±0.09,P=0.008)明显降低。与PC组、VC组相比,NR4A1组LN活动指标明显改善,踝关节直径[3.80(3.44,4.20)mm,PPC=0.002,PVC=0.033]、抗ds-DNA抗体浓度[(51.92±10.91)ng/mL,PPC=0.008,PVC=0.025]、肾脏病理评分[1.39(1.30,1.49),PPC=0.002,PVC=0.018]。ELISA结果显示NR4A1组TNF-α浓度[(542.86±108.28)pg/mL]明显低于PC组[(1 779.00±358.40)pg/mL,P=0.008]、VC组[(1 759.71±280.27)pg/mL,P=0.010]。Real-time PCR结果显示NR4A1组Bcl-2基因表达(1.92±0.58)明显高于PC组(0.48±0.20,P=0.000)。结论: 过表达NR4A1缓解LN小鼠LN症状,降低肾炎活动指标,可能涉及NR4A1、TNF-α及Bcl-2之间的相互作用。  相似文献   

6.
目的:筛选结肠癌中奥沙利铂耐药相关基因,并验证其对奥沙利铂治疗结肠癌疗效的影响。方法:从NCBI-GEO数据库下载并综合分析数据集GSE42387,筛选奥沙利铂耐药相关基因;通过Ualcan和GEPIA数据库检测耐药相关基因在结肠癌中的表达和对预后的影响;转染siRNA-ZIP8干扰结肠癌细胞SW620中锌转运体8(zinc transporter 8,ZIP8)表达;CCK-8实验检测ZIP8表达降低后奥沙利铂对结肠癌细胞增殖抑制的影响;流式细胞术检测ZIP8表达降低后奥沙利铂对结肠癌细胞凋亡的影响;对化疗前结肠癌组织标本进行免疫组织化学染色,评估ZIP8与化疗效果的关系。结果:筛选出ZIP8、NUPR1、SLC43A1 和TEME73共4个耐药相关基因;ZIP8在结肠癌组织中高表达(P < 0.05),且与患者预后相关(P=0.005);在相同药物浓度下, siZIP8组细胞的增殖抑制率明显高于siNC组(P < 0.05),siZIP8组中奥沙利铂诱导的细胞凋亡率显著高于siNC组(P < 0.05); ZIP8低表达的患者有更长的总生存期(P=0.001)和无病生存期(P < 0.001)。结论:ZIP8促进了结肠癌患者的奥沙利铂耐药性,可作为预测患者化疗预后的指标之一。  相似文献   

7.
目的 探讨沉默信息调节因子2相关酶-1(SIRT-1)、核因子-κB(NF-κB)在小细胞肺癌(SCLC)中的表达及其与临床特征的相关性,分析其与临床预后的关系。方法 采用SP法免疫组化检测79例局限期小细胞肺癌癌组织和69例癌旁正常肺组织中SIRT-1和P65的表达情况,结合临床资料进行相关性分析。采用电话形式进行随访,利用Kaplan-Meier曲线进行单因素生存分析,生存率比较采用Log-rank检验。结果 SCLC癌组织中,SIRT-1(χ2=38.581,P=0.000)和P65(χ2=26.348,P=0.000)的表达率均显著高于癌旁正常肺组织,与术前血清NSE水平呈正相关(χ2=6.707,P=0.010和χ2=4.017,P=0.045)。SCLC癌组织中,SIRT-1与P65的表达呈低度正相关(r=0.223,P=0.042)。SCLC中,SIRT-1表达阴性(χ2=15.117,P=0.000)、P65表达阴性(χ2=3.971,P=0.046)的患者,预后更好。结论 SIRT-1和NF-κB在SCLC患者的发生、发展过程中起到促进作用,并且可能与术后患者的预后相关。  相似文献   

8.
目的 研究BYSL基因在胃癌中的表达情况和临床意义,并探究可能的作用机制。方法 收集胃癌相关生物大数据,对样本中的BYSL基因表达数据及其对应的临床信息进行回顾性分析和生存分析,采用基因集富集分析方法探讨BYSL基因在胃癌中可能的作用机制,采用胃癌及癌旁组织基因芯片数据验证BYSL基因与胃癌发生的相关性。结果 376例胃癌RNA测序样本中,BYSL基因表达与肿瘤分级存在一定相关性(P=0.047),表达越高,肿瘤恶性程度越高,且BYSL基因高表达患者的预后明显差于低表达患者(P=0.000)。基因富集分析提示,BYSL基因高表达的样本中,Myc、E2F1、RPS14、HOXA9等多个肿瘤细胞通路相关基因表达上调。31对胃癌及癌旁组织基因芯片数据也证实,BYSL基因在胃癌中表达明显升高(P=0.000),且具有较大的鉴别诊断价值(AUC=0.958)。结论 BYSL基因表达与胃癌的分级及发展存在一定相关性,具有较大的临床意义。  相似文献   

9.
周彦君  陆肖玮 《医学研究杂志》2016,45(12):125-129,96
目的 评估三阴性乳腺癌患者引起化疗诱导粒细胞减少症对预后的影响。方法 回顾性研究笔者医院接受环磷酰胺联合表柔比星4周期序贯多西他赛4周期(EC×4-T×4)方案化疗117例三阴性乳腺癌患者数据。按照中性粒细胞减少症程度分组,无中性粒细胞减少(中性粒细胞计数≥2.0×109/L)为1组、轻度中性粒细胞减少[(1.0~1.9)×109/L]为2组、重度中性粒细胞减少(<0.9×109/L)为3组。结果 各组临床病理特征比较,差异无统计学意义,比较1组与2组总生存时间差异有统计学意义(P=0.000),1组与3组总生存时间差异有统计学意义(P=0.022)。单因素分析中,病理T分期、N分期、Ki-67、脉管癌栓及中性粒细胞减少症是影响OS的因素(P=0.002、P=0.000、P=0.021、P=0.004、P<0.05)。在多因素分析中,轻度粒细胞减少症死亡风险比为0.581(95% CI:0.546~0.785,P=0.005),重度粒细胞减少症死亡风险比为0.623(95% CI:0.612~0.798,P=0.005)。结论 中性粒细胞减少症提示患者预后较好,可能是化疗有效性的表现。  相似文献   

10.
目的 探讨C型凝集素结构域家族1成员B(CLEC1B)在肝细胞癌(HCC)组织中的表达及其与HCC患者临床病理特征和预后的关系。方法 利用基因表达汇编(GEO)数据库检索HCC组织芯片数据(GSE49515、GSE115018)对癌组织及正常对照样本中的基因进行差异表达分析。在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库筛选HCC转录组数据集,分析CLEC1B在HCC中的差异表达。采用基因集富集分析(GSEA)探寻HCC中与CLEC1B相关的信号通路。收集37例HCC患者的癌组织和相应的癌旁组织,采用实时荧光定量PCR法检测CLEC1B mRNA表达,蛋白质印迹分析法检测CLEC1B蛋白表达,并采用χ2检验分析CLEC1B表达与患者临床病理特征的关系,通过Kaplan-Meier法和log-rank检验分析CLEC1B mRNA表达与HCC患者预后的关系;留取37例HCC患者和37名健康志愿者血液标本,用酶联免疫吸附试验检测血浆中CLEC1B水平,通过受试者工作特征(ROC)曲线评估CLEC1B对HCC的诊断价值。结果 CLEC1B在HCC癌组织中低表达,CLEC1B的低表达与HCC患者的肿瘤出血有关(P<0.01)。血浆中CLEC1B水平可作为诊断HCC的生物标志物,以62.44 ng/mL作为截断值时,CLEC1B的诊断效能最佳(ROC曲线下面积为0.966,灵敏度为92.7%,特异度为91.3%)。高表达CLEC1B的HCC患者总生存期长于低表达CLEC1B的患者,差异有统计学意义(P<0.01)。在HCC中,CLEC1B基因与ATR通路(ATM and Rad3-related pathway)、细胞周期通路、DNA修复通路、myc信号通路呈现出一致的表达差异趋势。结论 CLEC1B在HCC中低表达并与肿瘤出血有关,CLEC1B低表达的患者预后较差。  相似文献   

11.
目的 寻找卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新的靶点.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库GSE18520和GSE14407数据集、癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载卵巢癌相关数据,用R 3.6.2软件limma包进行差异表达基因分析,随后使用R 3.6.2软件cluster...  相似文献   

12.
目的 研究乳腺癌患者组织中精子相关抗原9(sperm associated antigen 9,SPAG9)和血清中SPAG9抗体的表达水平,了解其对乳腺癌诊断的价值。方法 免疫组化(immunohistochemistry,IHC)法检测40例乳腺癌患者病灶及其癌旁组织中SPAG9表达水平,分析SPAG9表达水平与临床病理分期(tumor node metastasis stage,TNM)的关系。酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)检测53例初诊乳腺癌、48例良性病变和43例健康对照血清SPAG9抗体浓度,分析血清SPAG9抗体浓度与患者临床指标的关系;并绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评价血清SPAG9抗体对乳腺癌诊断的价值及意义。结果 乳腺癌病灶组织中SPAG9蛋白表达高于癌旁组织,二者差异有统计学意义(P=0.000)。乳腺癌血清SPAG9抗体浓度[10.22(5.055~16.660)mU/ml]显著高于良性病变组[6.666(3.369~11.517)mU/ml](P<0.05)和健康对照组[5.079(2.857~8.571)mU/ml](P=0.000),且与年龄和TNM分期明显有关。ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.715,得出SPAG9抗体最佳临界值为10.185mU/ml时,SPAG9抗体诊断乳腺癌的敏感度为50.9%,特异性为88.4%。结论 SPAG9及其抗体在乳腺癌病灶组织和血清中高表达,血清SPAG9抗体对乳腺癌诊断具有一定的价值。  相似文献   

13.
目的探讨乳腺癌中血管生长因子(DLL4)的表达及其与临床病理参数和腋窝淋巴结转移的关系。方法免疫组化法检测132例乳腺癌组织及40例癌旁组织中DLL4的表达情况,分析DLL4的表达与乳腺癌患者临床病理参数和腋窝淋巴结转移的相关性。结果乳腺癌患者中DLL4的高表达率为56.8%,显著高于癌旁组织组(13.8%)。DLL4的高表达率与乳腺癌患者腋窝淋巴结转移以及TNM分期呈正相关。DLL4高表达是乳腺癌患者出现腋窝淋巴结转移的独立预测因子(OR=3.726,95% CI:1.751~7.929,P=0.001)。结论乳腺癌组织中DLL4呈高表达的患者的恶性程度较高,更易出现腋窝淋巴结转移。  相似文献   

14.
目的 探讨微纤维相关蛋白5(MFAP5)在膀胱癌中的表达水平及其对膀胱癌细胞的生物学作用。方法 收集上海交通大学附属第一人民医院确诊的膀胱癌患者手术切除标本,通过免疫组织化学染色检测MFAP5的表达情况。分别从膀胱肿瘤组织和正常膀胱组织分离纯化得到肿瘤相关成纤维细胞(CAF)和正常成纤维细胞(NF),通过qRT-PCR检测CAF、NF及人膀胱癌细胞系(T24、5637、UMUC3、J82)中MFAP5 mRNA的相对表达量。通过美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因表达汇编(GEO)数据库GSE13507数据集中的膀胱癌表达谱数据,分析MFAP5表达与膀胱癌进展和恶性程度的相关性。用重组人MFAP5蛋白处理膀胱癌细胞系T24、5637,检测其对细胞迁移和侵袭能力及迁移相关蛋白表达的影响。结果 MFAP5在膀胱癌组织中主要表达于肿瘤间质,其表达水平与膀胱癌T分期和肿瘤分级有关(P均<0.05),并且CAF中MFAP5 mRNA相对表达量高于NF、T24、5637、UMUC3、J82细胞(P均<0.01)。TCGA和GSE13507数据库分析结果均显示,高表达MFAP5的膀胱癌患者总生存期短于低表达患者(P均<0.05)。基因集差异分析结果显示MFAP5表达水平随肿瘤恶性程度的升高而升高(P<0.01),并与上皮-间质转化相关基因钙黏蛋白2、Twist1、基质金属蛋白酶9(MMP9)、E盒结合锌指蛋白1(ZEB1)密切相关(P均<0.01)。重组人MFAP5蛋白刺激能促进T24、5637细胞中包括N-钙黏蛋白、MMP9、ZEB1、Twist在内的上皮-间质转化相关蛋白表达(P<0.05,P<0.01),同时增强细胞的迁移和侵袭能力(P均<0.01)。结论 MFAP5可能是预测膀胱癌发生侵袭进展的潜在分子标志物。  相似文献   

15.
目的 利用公共数据库癌症基因组图谱(TCGA),通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘乳腺癌诊断年龄和肿瘤分期相关疾病靶标。方法 利用TCGA得到53例亚洲人种和126例非洲人种乳腺癌基因芯片表达数据及相应的临床指标,然后用R软件的WGCNA包分别构建这2个人群的共表达网络,得到与诊断年龄和肿瘤分期的相关显著性模块,并用在线网站DAVID进行功能富集,用在线网站UALCAN进行生存分析。结果 WGCNA分析得到11个与肿瘤分期和诊断年龄显著相关的模块。将11个模块取交集后得到42个候选基因,利用在线网站DAVID进行基因本体(GO)富集分析,发现这些候选基因主要富集在蛋白质结合功能方面。取42个候选基因中9个由WGCNA识别出的核心基因,输入在线网站UALCAN上行差异分析和生存分析,最终筛选出2个(ERLIN2ASH2L)候选生物标志物,这2个基因在正常组织和癌组织中的表达差异有统计学意义(P<0.01),且表达水平影响乳腺癌患者的生存期(P<0.05)。结论 利用数据挖掘寻找生物标志物或疾病靶标是一种高效、经济的研究方式。本研究通过数据挖掘发现ERLIN2ASH2L为乳腺癌的候选生物标志物,可用于大样本临床验证及机制探讨。  相似文献   

16.
目的 应用生物信息学技术分析筛选影响宫颈癌预后的关键基因并深度挖掘基因功能.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载宫颈癌微阵列数据集(GSE6791、GSE39001、GSE55940、GSE63678),合并和批量标准化后筛选差异表达基因(DEG).对DEG进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)...  相似文献   

17.
目的 研究乳腺癌患者血清中的Six1(sine oculis homeobox homolog 1)水平,探讨其与乳腺癌临床病理特征的关系。方法 应用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测原发性乳腺癌患者(60例)、乳腺良性疾病患者(45例)和正常对照者(20例)的血清Six1水平。结果 乳腺癌患者血清中Six1水平明显高于乳腺良性疾病患者及正常对照者,且乳腺良性疾病患者血清Six1水平也高于正常对照者(P<0.05)。乳腺癌患者血清中Six1高水平与肿瘤TNM分期、组织学分级以及淋巴结转移有关(P<0.05),与年龄、肿瘤直径无关(P>0.05)。结论 Six1与乳腺癌的发生及其侵袭转移具有相关性,其变化在乳腺癌的转移和预后评测中起重要作用。  相似文献   

18.
目的 检测人类脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(apurinic/apyrimidinic endonuclease/redox effector factor1,APE-1/REF-1)在乳腺癌中的表达,分析其与乳腺癌的临床病理特征的关系,及APE-1对三阴性乳腺癌患者预后的影响。方法 采用免疫组化Envision两步法检测323例乳腺癌中APE-1蛋白的表达,其中108例为三阴性乳腺癌。计数资料采用χ2检验和Fisher精确检验。采用Kaplan-Meier法进行生存分析及Log-rank检验进行生存率的比较,并用COX比例风险回归模型进行多因素分析。结果 APE-1在乳腺癌组织较癌旁组织有更高的表达,且在非三阴性乳腺癌中与肿瘤大小、腋窝淋巴结状态、临床分期、雌激素受体、人类表皮生长因子2型受体的表达显著相关(P<0.05)。在三阴性乳腺癌中,APE-1表达与肿瘤大小(P=0.006)呈正相关,且APE-1低表达组有较好的生存率(P=0.007)。腋窝淋巴结阳性的三阴性乳腺癌患者中,APE-1低表达组有较好的预后(P=0.042)。结论 APE-1是影响三阴性乳腺癌患者预后的独立因子,可能成为三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点。  相似文献   

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