肺腺癌关键基因筛选及CDC20在肺腺癌中的表达

目的：筛选肺腺癌的关键基因,揭示肺腺癌潜在的分子机制。方法：利用3个肺腺癌相关基因芯片数据集,共包括156例肺腺癌和106例正常肺组织,进行肺腺癌潜在关键基因的筛选。结果：通过芯片数据分析得到341个重叠差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）,DEG主要富集的生物学过程是细胞外基质组织、调控化学激酶介导的信号通路、细胞对转化生长因子刺激的反应、细胞外基质组装、调控新生血管生成等。通过蛋白互作网络（protein protein interaction,PPI）筛选出10个关键基因,其中8个基因AURKA（aurora kinase A）、CDC20（cell division cycle 20）、CDH5（cadherin 5）、COL1α1（collagen Ⅰ,α1）、EDN1（endothelin 1）、MMP9（matrix metalloprotein 9）、PECAM1（platelet endothelial cell adhesion molecule 1）、SPP1（secreted phosphoprotein 1）与肺腺癌预后相关。其中CDC20与肺腺癌预后相关性最高,亚组分析发现,CDC20在肺腺癌各年龄段患者中的表达均明显高于正常组,CDC20在一期肺腺癌中表达低于二期、三期、四期,CDC20在腺泡型、实性为主型、混合型、透明细胞型表达高于其他亚型,CDC20在吸烟的肺腺癌患者中的表达低于不吸烟者。免疫组化检测显示CDC20在肺腺癌组织中表达明显高于正常肺组织,且腺泡型、实体型表达高于其他亚型。结论：CDC20在肺腺癌中高表达,且其高表达与肺腺癌的不良预后显著相关。CDC20有可能成为肺腺癌治疗的新靶点。     

基于生物信息学方法识别肺腺癌预后相关基因

目的利用生物信息学方法筛查肺腺癌的差异基因,分析其在肺腺癌的发生发展过程中可能参与的信号传导通路,寻找肺腺癌的关键基因并评估其对肺腺癌预后的意义。方法从GEO数据库中获取肺腺癌基因表达芯片数据集GSE10072、GSE32863、GSE43458和GSE116959,将四组数据集整合后获得肺腺癌的差异表达基因,采用STRING数据库对差异表达基因构建肺腺癌蛋白-蛋白互相作用网络,通过在线网站DAVID对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,用Cytohubba筛选关键基因,并利用GEPIA分析关键基因与预后的相关性。结果初步筛查得到214个差异基因,包括42个上调基因和172个下调基因,最后筛选得到6个关键基因。生存分析显示PECAM1、SPP1和KIAA0101的表达对肺腺癌的预后有显著影响(P<0.05),Diseasemeth分析显示SPP1、KIAA0101、COL3A1、GNG11和FOS基因在肺腺癌组织中的甲基化水平异常(P<0.05)。结论这6个基因可能参与了肺腺癌的发生发展,对肺腺癌的诊断、靶点治疗和预后提供一定参考。     

肺腺癌关键基因筛选及CDC20在肺腺癌中的表达及预后分析

目的：肺腺癌的发生发展是一个多因素、多基因参与的过程。本研究的目标是筛选出肺腺癌的关键基因,揭示肺腺癌潜在的分子机制。方法：本研究利用三个肺腺癌相关基因芯片数据集,共包括156例肺腺癌和106例正常肺组织,进行肺腺癌潜在关键基因的筛选。结果：首先,通过芯片数据分析得到341个重叠差异基因,差异基因主要富集的生物学过程是细胞外基质组织、调控化学激酶介导的信号通路、细胞对转化生长因子刺激的反应、细胞外基质组装、调控新生血管生成等。然后,通过PPI(Protein Protein Interaction )蛋白互作网络筛选出10个关键基因,其中8个基因AURKA（ Aurora Kinase A）、CDC20（Cell Division Cycle 20）、CDH5（Cadherin 5）、COL1α1（Collagen I,α1）、EDN1(Endothelin 1)、MMP9(Matrix Metalloprotein 9)、PECAM1(Platelet Endothelial Cell Adhesion Molecule 1)、SPP1(Secreted Phosphoprotein 1)与肺腺癌预后相关。其中CDC20与肺腺癌预后相关性最高,在亚组分析中发现：CDC20在肺腺癌患者中随着年龄的增加表达逐步增加,CDC20在一期肺腺癌患者中表达低于二期、三期、四期患者,CDC20在腺泡型、实性为主型、混合型、透明细胞型表达高于其他亚型,CDC20在吸烟的肺腺癌患者中的表达低于不吸烟者。进一步,我们通过免疫组化检测显示CDC20在肺腺癌组织中表达明显高于正常肺组织,且腺泡型、实体型表达高于其他亚型。结论：本研究发现CDC20的高表达与肺腺癌存在明显的相关性,且其高表达与肺腺癌的不良预后显著相关。CDC20有可能成为肺腺癌治疗的新靶点。     

胃腺癌相关关键基因的筛选及其调控通路研究

目的 筛选胃腺癌(Gastric adenocarcinoma,GAC)差异表达的关键基因并进行验证,分析其调控通路.方法 自美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO)下载GAC基因芯片数据集GSE118916.应用R语言Limma程序包筛选GAC与癌旁对照组织差异...     

基于生物信息学筛选女性肺腺癌核心基因及其特征分析

目的：利用生物信息学方法对女性肺腺癌肿瘤组织及正常组织的差异表达基因进行筛选及分析,筛选出女性肺腺癌发生发展的关键基因,并为后续研究提供候选基因。方法：从GEO数据库中下载肺腺癌基因芯片数据集GSE19804、GSE40791、GSE31210、GSE7670、GSE10072、GSE32863、GSE75037,利用在线工具GEO2R筛选出数据集中正常女性肺组织和女性肺腺癌组织的差异表达基因（DEGs）,然后利用DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析,接着利用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互相网络（PPI）并筛选出Hub基因,并利用oncomine、UALCAN数据库进行验证,最后使用Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的Hub基因进行生存分析。结果：在7个数据集中共筛选出276个DEGs,其中69个上调,207个下调。共筛选出CDC20、CENPF、KIAA0101、TOP2A、ASPM、TYMS、MCM4、NUSAP1、MELK、UBE2C等10个Hub基因,Kaplan-Meier生存分析显示除ASPM外,其余9个均与女性肺腺癌的总...     

浸润性肺腺癌组织上调表达基因的筛选及验证

目的筛选及验证浸润性肺腺癌组织上调表达基因,寻找肺腺癌诊断和预后评估的新型分子标记物。方法收集经手术病理证实的浸润性肺腺癌患者6例,制作癌组织及相应癌旁组织基因表达谱芯片,进一步通过Geneontology、Pathway分析、标记物预测分析和基因网络关系分析方法对芯片数据进行处理,结合TheLungCancer数据库检索与肺癌发生相关的mRNA信息,筛选出浸润性肺腺癌组织上调表达基因。另收集经手术病理证实的浸润性肺腺癌患者97例,抽提癌组织及相应癌旁组织RNA,逆转录,设计芯片筛选出的上调表达目的基因引物,实时荧光定量PCR技术（qPCR）扩增目的基因,以PUM1为内参基因,获得各样本组织ΔCt值,与癌旁组织对比,分析103例癌组织目的基因表达情况。结果基因芯片数据结合数据库,初步筛选出浸润性肺腺癌组织14个上调表达基因,分别为SPINK1、ITGA11、TOX3、SPP1、MCM10、MMP12、COL11A1、SIX1、FOXA1、CLIC6、TMEM45B、GDF15、CEACAM1、ESR1。qPCR验证结果表明,与相应癌旁组织相比,SPINK1mRNA、TOX3mRNA、MMP12mRNA、CLIC6mRNA、TMEM45BmRNA在浸润性肺腺癌组织上调表达,差异均有统计学意义（P＜0.05或0.01）,而ITGA11mRNA、SPP1mRNA、MCM10mRNA、COL11A1mRNA、SIX1mRNA、FOXA1mRNA、GDF15mRNA、CEACAM1mRNA、ESR1mRNA在肺腺癌组织表达未见上调,差异均无统计学意义（均P＞0.05）。结论本研究成功筛选及验证SPINK1、TOX3、MMP12、CLIC6、TMEM45BmRNA水平在浸润性肺腺癌组织上调表达,提示可作为肺腺癌诊断和预后评估的新型分子标记物。     

胃腺癌的关键基因及通路的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法探索胃腺癌的关键基因及相关通路并进行初步验证,为确定胃腺癌相关的新型生物标志物提供候选基因。方法 分析GSE103236、GSE79973和GSE54129数据集以获得差异表达基因,进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过基因集富集分析（GSEA）GSE118916数据集以验证生物学过程。使用癌症基因组图谱（TCGA）胃腺癌数据库分析这些关键基因与预后的关联。通过在MKN45胃腺癌细胞系中加入5-氟脲嘧啶（5-Fu）以探索上述关键基因在化疗后的变化。结果 从GSE103236、GSE79973和GSE54129分别鉴定出289、576和763个差异表达基因,其共有的差异表达基因有205个。这些差异基因主要富集在消化过程和细胞外基质形成等生物学过程和细胞色素P450对异生物质的代谢和药物代谢-细胞色素P450等通路上。通过Cytoscape的CytoHubba插件获得了9个关键基因,分别是Ⅰ型胶原α1亚基（COL1A1）、Ⅱ型胶原α1亚基（COL1A2）、Ⅳ型胶原α1...     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

生物信息学方法筛选乳腺癌关键基因初探

目的寻找具有诊断或靶向治疗作用的乳腺癌关键基因。方法通过美国国立生物技术信息中心(NCBI)中已明确的乳腺癌相关数据集,运用生物信息学中的基因组富集分析(GSEA)初步筛选,并富集出相应的通路;在此基础上继续用Meta分析方法筛选出乳腺癌的关键基因。结果根据GSEA和Meta分析出差异基因22个,再与NCBI数据中与乳腺癌相关的基因的结构、功能比较,得出TGFBR2、CDKN1A、GADD45α、CXCL12为关键基因。结论 TGFBR2、CDKN1A、GADD45α、CXCL12等基因与乳腺癌细胞周期、分化和凋亡有密切关系,可进一步研究以期作为乳腺癌诊断和靶向治疗的基因。     

基因变异相关的肺腺癌分子分型及其靶向治疗

肺腺癌常见的基因变异有表皮生长因子受体(EGFR)、Kirsten鼠肉瘤病毒基因(K-ras)、原癌基因人类表皮生长因子受体2(HER2)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1(BRAF)基因突变,棘皮动物微管相关类蛋白4(EML4)与间变性淋巴瘤激酶(ALK)融合基因EML4-ALK、驱动蛋白家族5B基因(KIF5B)与酪氨酸激酶受体(RET)融合基因KIF5B-RET,EGFR突变与EML4-ALK融合并存以及活性氧基团基因1(ROS1)的重排,不同的基因变异型患者存在不同的治疗靶点,临床治疗及疗效存在明显的个体差异性。该文从基因变异角度将肺腺癌分为9型(包括8种变异型和全野生型),并对其相关的靶向治疗进行综述。     

肺腺癌相关蛋白的筛选及鉴定

目的建立肺腺癌组织及配对癌旁组织的2-DE图谱,分析两者蛋白质表达的差异,进而寻找有诊断价值的相关蛋白。方法应用双向凝胶电泳(2-DE)和基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对肺腺癌组织、配对癌旁组织进行蛋白质组学比较研究。结果获得了分辨率高、重复性好的双向凝胶电泳图谱。经过Im-ageMaster 2DPlatinum 5.0软件对图像分析后,获得差异大于3倍的蛋白点63个,12个点仅在肺腺癌组织中表达,5个点仅在配对癌旁组织中表达。质谱鉴定去冗余后确定了5种蛋白质,其中4种蛋白与肿瘤相关,分别为S100钙结合蛋白(S100-A11)、Ras相关蛋白Rab-14、微管辅助蛋白(Stathmin)、凝溶胶蛋白(gelsolin)。结论肺腺癌组织与配对癌旁组织的双向电泳结果有明显差异,这些差异蛋白可作为肺腺癌的候选肿瘤标志物。     

早期肺腺癌中关键驱动基因及抑癌基因的研究进展

肺癌在恶性肿瘤中具有极高的发病率及致死率,给全球造成了沉重的社会经济负担,而肺腺癌是肺癌的主要类型。尽管肺腺癌患者预后差,但大部分早期肺腺癌具有较高的5年生存期。因此,对早期肺腺癌患者进行个体化评估、判断预后以及选择个体化治疗方案非常重要,同时肺癌关键驱动基因及抑癌基因的相关研究也引起了热议。本文综述了肺癌的五个关键基因,即驱动基因〔表皮生长因子（EGFR）、间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros原癌基因1络氨酸激酶（ROS1）、Kirsten大鼠肉瘤病毒基因同源物（KRAS）〕及抑癌基因（TP53）,对其在早期肺腺癌患者中的临床特征、预后、治疗及与其他生物小分子关联进行描述及总结,以期提高全科医生对于早期肺腺癌关键基因的认识,更好地对早期肺腺癌患者进行个体化管理。     

肺鳞癌、肺腺癌Ki-ras和p53基因序列分析

目的 :研究肺鳞癌、腺癌与Ki-ras基因外显子 1,2及p5 3基因外显子 7,8突变谱并观察肺鳞癌、腺癌预后同Ki-ras和 p5 3基因突变的关系。方法 :用PCR和测序方法分析 33例肺鳞癌和 2 7例肺腺癌Ki-ras基因外显子 1,2和 p5 3基因外显子 7,8错义突变。并追踪观察突变者和非突变者的二年存活率。结果 :肺鳞癌中发现 5例 (15 .16 % )Ki-ras基因突变和 12例 (36 .37% )p5 3基因突变 ;肺腺癌中发现 2例 (7.4 1% )Ki-ras基因突变和 7例 (2 5 .93% ) p5 3基因突变 ,两型肺癌间Ki-ras和p5 3基因突变阳性率差异均无统计学意义 (P>0 .0 5 ) ;肺鳞癌、腺癌中 p5 3基因突变总阳性率为 31.6 7% ,Ki-ras基因突变总阳性率仅 11.6 7% ,p5 3基因突变率高于Ki-ras基因突变率 (P <0 .0 5 )。p5 3基因突变谱与一般报道相似。Ki-ras基因突变情况与一般报道有所不同 ,未发现一般文献报道较多的第 12位等密码子突变 ,发现有第 6位密码子纯合性突变和第 31位和第 79位密码子杂合性突变。预后追踪显示 :无突变的病例 2年生存率为 4 0 % ,存在突变的病例 2年生存率仅 12 %。结论 :肺鳞癌、腺癌的Ki-ras和 p5 3基因突变谱较广 ,肺鳞癌和腺癌的预后均与这两个基因突变有关。     

维甲酸诱导的人肺腺癌细胞促分化基因的克隆

肿瘤分子生物学研究揭示,正常细胞发生恶性转化时,有显性癌基因激活和抑癌基因失活,由于这些遗传改变破坏了细胞增殖与分化平衡的调控机制,导致癌症的发生和演进。大量基础和临床研究资料还表明,肿瘤细胞并没有完全丢失控制正常生长     

181例肺腺癌的多基因检测分析

目的：报道肺腺癌病例多基因检测的结果,分析肺腺癌驱动基因突变状态的相关因素。方法：回顾性总结武汉大学中南医院2017年1月至2021年7月肺腺癌检测EGFR、ALK、KRAS、HRAS、NRAS、PIK3CA、BRAF、PTEN、AKT1、HER2、ROS1、RET等12个驱动基因突变的病例资料,探讨肺腺癌驱动基因突变状态的相关因素。结果：181例肺腺癌病例纳入研究,94例为穿刺活检标本,87例手术切除标本。81.21%(147/181)的病例存在驱动基因突变,3个主要突变是EGFR(60.8%,110/181)、KRAS(16.6%,30/181)、NRAS(2.2%,4/181)。6例多基因突变,EGFR/NRAS、EGFR/KRAS、EGFR/PIK3CA、HER2/NRAS、HER2/PTEN和EGFR/KRAS/NRAS各1例。EGFR突变与女性(P<0.001)和非吸烟(P<0.001)相关,最常见的突变位点是Exon 19-del和Exon 21L858R;KRAS突变与男性(P<0.001)和吸烟(P<0.001)相关,最常见的突变位点是Exon...     

肺腺癌组织中的耐药相关基因蛋白的表达及意义

目的检测P-gp，LRP。MRP在肺腺癌组织中的表达并探讨其临床意义。方法采用S-P免疫组织化学方法，检测46例术前未做化疗的肺腺癌组织中P-gp、LRP、MRP的表达水平。结果肺腺癌组织中P-gp、LRP、MRP表达阳性率分别为78．26g，89．13％，43．48％，均显著高于正常肺组织（P〈0．005）。三种耐药基因相关蛋白在肺腺癌中可协同表达，二种耐药基因蛋白及二种以上程度耐药表达率为89．13％。P-gp、LRP、MRP的表达与年龄、分化程度及淋巴结转移无密切相关性（P〉0．05）。结论肺腺癌对转运蛋白类耐药基因有较强的耐药性，检测P-gp、LRP、MRP的协同表达对于指导临床化疗方案的实施有重要意义。     

p73基因在肺腺癌组织中的表达

目的：p73基因在肺腺癌与癌旁正常组织中表达情况及突变的研究。方法：采用竞争性定量RT－PCR和PCR－SSCP方法检测62例肺腺癌及其癌旁非癌组织中p73基因突变情况。结果：（1）通过定量PCR分析，肺腺癌组织中p73的表达量与正常对照组表达量存在显差异（P＜0．01）。（2）在21例中高分化标本中检出9例呈中高表达，在41例低分化标本中检出32例呈中高表达，两之间存在显差异（P＜0．01）；（3）p73基因表达程度在29例Ⅰ-Ⅱ期标本中检出14例呈中高表达，33例Ⅲ-Ⅳ期标本中检出18例呈中高表达，两之间无显差异（P＞0．05）。（4）PCR－SSCP未检测出基因突变。结论：p73基因mRNA的表达可能与肺腺癌发生，发展和分化程度有关，与临床分期无关。     

基于TGGA数据库构建肺腺癌自噬相关基因预后风险模型

目的 基于TCGA数据库,结合人类自噬数据库构建预测肺腺癌患者预后的风险模型,探讨自噬相关基因预后风险模型对肺腺癌患者预后的预测性能及与免疫微环境的相关性。方法 从癌症基因组图谱数据库下载肺腺癌患者临床信息和转录组数据,结合人类自噬数据库筛选出232个自噬相关基因。通过Cox回归分析筛选出4个独立与预后相关的自噬基因,并采用风险评分构建肺腺癌预后预测模型,用ROC曲线评价预测模型性能。使用ESTIMATE和CIBERSORT在线网站(https://cibersort.stanford.edu/)探索风险评分与肿瘤免疫微环境之间的关系。结果 肺腺癌中有30个差异表达的自噬相关基因,其中4个自噬基因(BIRC5、ERO1A、ITGB4、NLRC4)具有预测患者预后的功能。依据风险评分进行分组,Kaplan-Meier分析表明高风险组生存率低于低风险组(P <0.000 1)。ROC曲线表明风险评分模型判断肺腺癌预后的准确性(AUC=0.757)。ESTIMATE和CIBERSORT分析提示风险评分模型与肿瘤微环境中的多个免疫细胞亚群浸润相关。结论 自噬相关基因预后风险模型较临床数据...     

EGFR基因在肺腺癌中突变的研究

目的:探讨表皮生长因子受体(EGFR)基因酪氨酸激酶域体细胞在肺腺癌患者中突变的相关因素。方法:分析和检测64例肺腺癌石蜡包埋标本EGFR基因突变状况,采用PCR和序列分析技术进行EGFR基因18、19和21外显子突变分析。结果:64例PAC患者中有16例(25%)酪氨酸激酶域存在体细胞突变。其中2例(3.1%)为18外显子,7例(10.93%)为19外显子,7例(10.93%)为21外显子。结论:肺腺癌(PAC)患者肿瘤组织中EGFR基因突变主要集中于19、21外显子突变,女性高于男性。