巴瑞特食管差异表达基因及中药预测的生物信息学分析＊

目的 本研究通过生物信息学技术分析Barrett食管（BE）患者与健康对照的基因芯片数据，筛选BE的差异表达基因，探寻BE的发病机制及生物标记物，预测BE治疗的潜在中药。方法 从基因表达数据库（GEO）提取GSE34619，GSE13083，GSE1420，GSE13898，GSE26886基因芯片原始数据，使用GEO2R筛选差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行功能和信号通路的富集分析，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape软件及其插件筛选核心基因，并在TCGA数据库中检测核心基因的表达。使用Kaplan Meier-plotter算法分析关键基因对食管腺癌患者整体生存率的影响。将核心基因与中药预测工具相互映射，筛选治疗BE可能的靶向中药。结果 筛选出下调DEGs109个，上调DEGs24个。上调DEGs的KEGG通路主要富集在自噬和mTOR信号通路，下调DEGs主要富集在胰腺分泌，胃酸分泌，胆汁分泌，酪胺酸代谢等通路。RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2筛选为关键基因。AGR2和EPCAM的异常表达与食管腺癌患者整体生存率有关。筛选治疗BE的潜在中药有三七、丹参、牛膝、姜黄、人参、白果、黄芪、甘草等。结论 RRAGD，APP，KRT20，EPCAM，CFTR和AGR2可能与BE发生发展相关，APP、EPCAM、CFTR、ACR2可作为BE患者风险分级指标。以丹参、三七为代表的活血祛瘀药和以人参、黄芪为代表的补气药可能为BE治疗的潜在靶向中药。本研究将差异基因表达与中药治疗靶点相结合，以期阐明BE的发病机制，寻找BE高危预警标记物，为中药新药研发提供了理论依据和技术支持，为BE诊断治疗的中西医结合之路做出了初步探索。     

胃癌发病关键基因调控网络构建及其靶向治疗中药活性成分筛选研究

目的 通过生物信息学方法分析与胃癌发病密切相关的基因调控网络,探讨其在胃癌预后中的价值,并进一步挖掘靶向治疗胃癌的中药活性成分。方法 通过GEO数据库获取GSE103236胃癌芯片数据,对芯片数据进行均一化处理,分析胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）;应用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论（genetic ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析;通过String数据库构建DEGs蛋白交互作用网络;采用Cytohubba筛选关键基因,分析关键基因表达程度与患者的预后及免疫细胞浸润的相关性;运用CTD数据库筛选能靶向作用于关键DEGs的中药活性成分。结果 共获得45 015个胃癌组织与正常组织的DEGs,其中显著性DEGs 176个。它们与细胞周期过程调控、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen activated protein kinases,MAPK）级联调控等生物过程密切相关,集中于细胞外区域、细胞外泌体等细胞组分,主要参与胰岛素样生长因子结合、Wnt蛋白结合等细胞功能。KEGG分析发现显著性DEGs主要参与环磷酸酰胺（cyclic adenosine monophosphate,cAMP）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、癌症转录失调、p53信号级联等信号通路。筛选出TIMP1、SPP1、APOE、APOB、FGA、FGG、CYR61、IGFBP1、CHGB、SCG3 10个关键基因。这些基因表达异常均与免疫细胞的大范围浸润存在极高的相关性,其中TIMP1、IGFBP1、CYR61、FGG、APOE、APOB 6个关键基因的异常表达显著影响患者的生存率。进一步挖掘出桦木酸、长春新碱、丹参酮等30个可能靶向治疗胃癌的中药活性成分。结论 筛选出10个与胃癌发病密切相关的核心基因,并分析了这些核心基因与胃癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性;挖掘出30个可能用于胃癌靶向治疗的中药活性成分;研究结果可为胃癌生物标志物的筛选、胃癌的防治及预后分析提供思路和参考。     

肝细胞癌外周血单个核细胞关键基因与治疗中药的生信分析及系统评价

目的 基于生物信息学的方法探索肝细胞癌外周血单个核细胞（HCC-PBMC）的关键基因和潜在的治疗中药,并通过系统评价进一步确认该药的临床疗效。方法 利用基因表达数据库（GEO）下载关于HCC-PBMC的芯片GSE58208和GSE36076。通过RStudio软件分析获得差异表达基因（DEGs）。利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析,DAVID在线功能注释工具进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过Cytoscape软件对HCC-PBMC差异基因进行可视化,同时,利用CytoHubba插件计算出HCC-PBMC的关键基因。通过将关键基因与医学信息检索平台相互映射,筛选出治疗肝细胞癌（HCC）的潜在中药并纳入下一步的系统评价。结果 共得出203个DEGs（上调基因194个,下调基因9个）。经DAVID分析,可知这些DEGs主要富集的生物学过程和信号通路包括DNA模板转录调控、核糖核酸磷酸二酯键水解,核内裂解、核分裂的正调控、骨骼肌纤维发育、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）活性的激活、范可尼贫血途径、代谢途径。通过Cytoscape软件计算出HCC-PBMC的关键基因,分别是GTP酶IMAP家族成员1（GIMAP1）,GTP酶IMAP家族成员4（GIMAP4）,GTP酶IMAP家族成员6（GIMAP6）,GTP酶IMAP家族成员7（GIMAP7）,GTP酶IMAP家族成员8（GIMAP8）,白细胞介素-1β（IL-1β）,趋化因子（CX3C基元）受体1（CX3CR1）,趋化因子（C-C基元）受体2（CCR2）,Toll样受体7（TLR7）,表皮生长因子（EGF）。经Coremine Medical分析得出人参、姜黄、积雪草、白花蛇舌草与关键基因关系较为密切,其中人参具有补益肺脾、增强气力功效,与HCC肝郁脾虚、气阴两虚证相符合,故将以人参为君药的四君子汤纳入系统评价。经过评价得出人参在提高临床总体疗效,改善患者中医证候及血清CD4⁺,CD4⁺/CD8⁺水平,降低患者血清CD8⁺,总胆红素（TBIL）水平方面均优于单纯西医治疗（P<0.01）,且安全性高。结论 本研究基于基因层面展开分析,为临床工作者在诊断和治疗HCC方面提供了新思路,人参治疗HCC的系统评价为中医药临床防治HCC提供了依据。     

基于miRNA-34a-5p/PI3K/Akt信号通路探讨泄浊解毒方预防小鼠结直肠腺瘤的作用机制

目的 通过生物信息学方法寻找并分析结直肠腺瘤（CRA）的关键微小RNA（miRNAs）,筛选差异表达基因（DEGs）构建调控关系,推测泄浊解毒方预防CRA的作用机制,并通过动物实验进行验证。方法 从基因表达谱数据库（GEO）获取CRA患者肠黏膜组织miRNAs数据集GSE50194,通过GEO2R、Excel筛选差异表达的miRNAs;运用TargetScan、miRTarbase、miRDB数据库对差异表达的miRNAs进行靶基因预测并取得交集;通过STRING数据库及Cytoscape软件筛选关键DEGs,并利用TRRUST数据库预测下游结合转录因子;通过Metascape数据库对交集mRNA进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,通过DIANA TOOLS工具对关键miRNAs进行KEGG富集分析,选取关键信号通路进行动物实验验证。动物实验采用葡聚糖硫酸钠（DSS）饮用联合氧化偶氮甲烷（AOM）腹腔注射方法（10 mg·kg^-1）诱导CRA小鼠模型建立,同时给予泄浊解毒方（9.62、19.24、38.48 g·kg^-1）及阿司匹林（0.015 g·kg^-1）灌胃干预9周。苏木素-伊红（HE）染色法观察结直肠组织病理变化;实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测腺瘤组织中miR-34a-5p mRNA表达量;蛋白免疫印迹法（Western blot）检测磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）、蛋白激酶B（Akt）、磷酸化-PI3K（p-PI3K）、磷酸化-Akt（p-Akt）、B细胞淋巴瘤-2（Bcl-2）蛋白表达水平;免疫组织化学法（IHC）检测细胞周期蛋白D1（CCND1）的表达;原位末端标记法（TUNEL）检测腺瘤组织细胞凋亡情况。结果 GEO数据库筛选出GSE50194数据集,从CRA与正常肠黏膜组织中筛选出miR-34a-5p作为研究对象,筛选出93个DEGs,其GO和KEGG富集分析发现主要与转录调控复合体、RNA聚合酶Ⅱ转录调控复合物、酶联受体蛋白信号通路、DNA结合转录激活因子活性等生物学过程,癌症途径、PI3K/Akt信号通路等密切相关,miR-34a-5p主要汇集在PI3K/Akt信号通路、细胞周期、结直肠癌等途径。通过Matescape数据库筛选出5个关键DEGs,其中Bcl-2、CCND1是miR-34a-5p的关键DEGs,进一步筛选关键DEGs的转录因子发现,E2F转录因子1（E2F1）、肿瘤蛋白P53（TP53）等是Bcl-2、CCND1的主要转录因子。动物实验结果显示,与模型组比较,泄浊解毒方可显著上调CRA小鼠结直肠组织中miR-34a-5p mRNA的水平（P<0.01）,泄浊解毒方中、高剂量组显著下调PI3K、Akt、p-PI3K、p-Akt、Bcl-2蛋白表达（P<0.01）,显著下调CCND1的阳性表达率（P<0.01）,显著增加肠上皮细胞凋亡率（P<0.01）。结论 推测泄浊解毒方可能通过调控CRA小鼠miR-34a-5p/PI3K/Akt信号通路,抑制CRA小鼠肠上皮细胞异常增殖,促进上皮细胞的凋亡,发挥预防CRA的作用。     

泄浊解毒方通过miRNA-155-5p/JAK2/STAT3通路改善溃疡性结肠炎小鼠结肠黏膜炎症反应分析

目的 应用生物信息学方法分析溃疡性结肠炎（UC）活动期与缓解期之间差异表达的微小RNA（miRNAs）,筛选差异表达基因（DEGs）构建调控关系,推测泄浊解毒方治疗UC的作用机制,并通过动物实验进行验证。方法 从基因表达数据库（GEO）中获取UC患者结肠黏膜组织miRNAs数据集,运用GEO2R、Excel等工具筛选差异表达最显著的miRNAs作为研究对象,运用TargetScan、miRTarbase、miRDB及STRING、TRRUST、Matescape数据库筛选关键DEGs、预测下游转录因子（TF）、基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,选取关键信号通路进行动物实验验证。动物实验采用2.5%的葡聚糖硫酸钠（DSS）自由饮方式制备UC小鼠模型,泄浊解毒方及美沙拉嗪灌胃7 d,苏木素-伊红（HE）染色观察结肠黏膜炎性浸润情况,实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）检测结肠组织中miR-155-5p mRNA表达量;免疫组化法及蛋白免疫印迹法（Western blot）检测结肠组织中细胞因子信号转导抑制因子1（SOCS1）、磷酸化转录信号转导子及激活子3（p-STAT3）、磷酸化JAK激酶2（p-JAK2）、维甲酸受体相关孤儿受体-γt（ROR-γt）蛋白表达量;酶联免疫吸附测定法（ELLSA）检测血清中转换生长因子-β（TGF-β）、白细胞介素-17（IL-17）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-10（IL-10）表达量。结果 GEO数据库筛选出GSE48957数据集,从活动期与缓解期样本中筛选到miR-155-5p作为研究对象,筛选出131个DEGs,其GO/KEGG富集分析主要与miRNA转录的正调节、蛋白质磷酸化等生物学过程,干细胞信号通路、IL-17信号通路、辅助性T细胞17（Th17）细胞分化等信号通路密切相关。运用Matescape数据库筛选出关键DEGs 10个,其中SOCS1是miR-155-5p的关键DEGs之一,进一步筛选关键DEGs的TF发现,STAT3是SOCS1的主要TF之一。动物实验结果显示,泄浊解毒方能有效下调UC小鼠结肠组织中miR-155-5p mRNA和p-STAT3、p-JAK2、ROR-γt蛋白表达,上调SOCS1蛋白表达,下调UC小鼠血清中IL-17、IL-6表达,上调TGF-β、IL-10表达,提高抑炎因子水平,减轻炎症细胞浸润情况。结论 推测泄浊解毒方可能通过调控UC小鼠miR-155-5p表达干预SOCS1,抑制STAT3磷酸化,抑制CD4⁺T细胞分化为Th17细胞,降低促炎因子（IL-17、IL-6）升高抑炎因子（TGF-β、IL-10）的水平,进而缓解UC小鼠结肠黏膜炎症反应。     

生物信息学筛选活动性肺结核的潜在生物标志物的临床研究

〔摘 要〕 目的：利用生物信息学技术筛选活动性肺结核（PTB）诊断和治疗监测的潜在生物标志物。方法：通过 GEO 数据库下载 GSE19444 和 GSE19435 基因芯片数据集。利用 GEO2R 工具筛选活动性 PTB 患者与健康对照间的差异表达基 因（DEG），使用 CentiScape 插件确定中枢基因（Hub 基因），并通过 GSE56153 数据集验证 Hub 基因在活动性 PTB 治疗 期间的变化。结果：两个数据集中共筛选 505 个 DEG，上调 251 个，下调 254 个。DEG 网络的 9 个子模块中模块 1 评分最 高，包含的 25 个基因主要参与病毒防御、干扰素信号通路等反应。在 25 个基因中筛选了 13 个 Hub 基因，通过验证，提示 上调的 IFIT3、IFI35、STAT1 和 GBP1 在初诊活动性 PTB、治疗 8 周、治疗 28 周和健康对照组的表达水平有显著降低趋势。 结论：筛选出的 IFIT3、IFI35、STAT1 和 GBP1 与活动性 PTB 的发生和治疗密切相关，有望成为 PTB 诊断和治疗监测的潜 在生物标志物。     

钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌细胞系表达谱及免疫微环境的影响

目的 研究钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌细胞系表达谱的影响,筛选出差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）并对功能基因进行分析和挖掘,以期为钩枝藤抗肺癌的分子机制提供理论依据。方法 将非小细胞肺癌NCI-H1975细胞分为对照组和钩枝藤总生物碱处理组,使用RNA-Seq技术开展全转录组测序,获取DEGs;对DEGs进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析;筛选差异基因核心模块并分析其影响功能,进一步分析关键基因对非小细胞肺癌生存期的影响;通过分析钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌免疫细胞肿瘤浸润的情况,确定关键基因表达与免疫浸润水平的相关性。结果 对照组和药物组共检测到2976个DEGs,其中药物组664个DEGs上调,2312个DEGs下调。钩枝藤总生物碱对铁死亡、氧化磷酸化、线粒体、溶酶体、细胞间隙连接、核苷酸结合寡聚化结构域（nucleotide binding oligomerization domain,NOD）样受体等介导的信号通路产生重要影响。在DEGs核心模块中,白细胞介素11（interleukin 11,IL11）的高表达可显著影响非小细胞肺癌患者的生存期,是非小细胞肺癌患者不良预后的关键因素之一;角形四肽重复干扰素诱导蛋白3（interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 3,IFIT3）、白细胞介素7受体（interleukin 7 receptor,IL7R）、2'',5''-寡腺苷酸合成酶2（2'',5''-oligoadenylate synthetase 2,OAS2）、S-腺苷甲硫氨酸基结构域蛋白2（radicalS-adenosyl methionine domain containing 2,RSAD2）、受体转运蛋白4（receptor transporter protein 4,RTP4）、不育α基序结构域9样（sterile alpha motif domain containing 9-like gene,SAMD9L）、X染色体连锁凋亡抑制蛋白相关因子1（X-linked inhibitor of apoptosis associated factor 1,XAF1）的表达水平影响了非小细胞肺癌组织的纯度和免疫细胞浸润的类型,可能改变非小细胞肺癌的免疫微环境。结论 钩枝藤总生物碱能够影响非小细胞肺癌细胞的转录谱,具有潜在的抗非小细胞肺癌活性作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于转录组测序揭示光质对刺五加实生苗基因表达的调控作用

目的 对刺五加Acanthopanax senticosus实生苗进行转录组测序,分析其响应不同光质调控的分子机制。方法 以生长60 d的刺五加实生苗为材料,设置不同光质处理组（LED-1、LED-2）和对照组[高压钠灯（high pressure sodium,HPS）],应用Illumina HiSeq^TM对其叶片进行转录组测序,对测序后的结果进行基因功能注释、差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）筛选和共表达网络分析。结果 转录组测序共获得126 252条Unigene。其中92 681条被注释,3个处理组中筛选出DEGs 7664个。基因本体（gene ontology,GO）富集结果表明,DEGs在代谢过程、刺激响应、细胞结构、催化活性等功能中得到显著富集。京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）途径富集分析表明,DEGs显著富集在植物激素传导、糖代谢、苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成。适度光质胁迫可以促进刺五加实生苗中苯丙素类化合物生物合成途径关键酶基因的表达,是促进刺五加有效成分累积的基础。结论 通过高通量转录组测序,揭示了不同光质对刺五加实生苗基因表达的调控特征,可为深入研究刺五加药效成分的生物合成机制及栽培中的光环境设置提供科学依据。     

基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wet age-related macular degeneration,w AMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个，其中上调基因747个，下调基因1 127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基...     

基于生物信息学探讨胃癌相关基底膜基因及中药预测

目的 探究胃癌患者的基底膜差异基因之间以及与预后的相关性,并预测调控差异基因表达的中药,通过统计分析中药的性味归经、药物分类为中医药治疗胃癌提供理论支持,有利于后续中医药开发及中西医联合治疗策略的制定。方法 下载TCGA数据库中胃癌患者的转录组数据,通过检索文献获取基底膜相关基因并筛选、分析其在胃癌的表达量及共表达情况,并对差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析和疾病本体（disease ontology,DO）富集分析。通过GEPIA数据库对差异倍数大的基底膜差异基因进行预后分析,再通过CTD数据库查找对基因有调控作用的化学成分。应用COREMINE数据库查找相关中药,并通过古今医案云平台统计高频中药的性味归经、药物分类。结果 共筛选出15个与预后相关的基底膜基因,根据参考文献筛选出45种化学成分,得到高频中药为茶树根、姜皮、干姜、丹参、人参等;药性以平、温为主;药味以甘、苦为主;归经以脾、肺、肝经居多;以补虚药、收涩药、清热药、活血化瘀药、理气药、化痰止咳平喘药为主。结论 通过生物信息学分析得出胃癌相关基底膜基因及对应的高频中药,为治疗胃癌的中药新药开发及中医药理论的微观挖掘提供思路。     

基于生物信息学分析肝癌差异基因及潜在的中药干预

目的 探究肝癌患者的差异基因表达量与预后的相关性,以及差异基因在多种癌症的调控作用,并寻找潜在的治疗靶点以及对应中药,为临床中药的使用、中医药组方及加减用药提供依据.方法 从TCGA数据库下载肿瘤患者的转录组数据以及相应临床数据,使用R语言的edgeR包分析得出差异表达基因,并筛选、分析关键基因在泛癌的表达量及共表达情...     

基于生信分析和动力学模拟鉴定阿尔茨海默病免疫标志物及靶向药食同源中药预测

目的 分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s,AD)免疫相关的生物标志物、发病机制、免疫浸润水平和潜在的靶向药食同源中药。方法 从GEO数据库中下载GSE5281、GSE132903数据集的表达谱,获得AD差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。采用加权共表达算法鉴定出AD重要模块基因,再从Imm Port Portal数据库获取免疫相关基因(immune-related genes,IRGs),将这些基因取交集得到免疫重要差异基因;随后应用最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)及机器学习-支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)方法进行分析,筛选出AD共同的免疫相关标志物,并通过基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)...     

中药治疗射血分数保留心衰的核心用药及其作用机制研究

目的 通过数据挖掘总结中药治疗射血分数保留心衰（heart failure with preserved ejection fraction,HFPEF）的核心用药,并使用网络药理学和分子对接的方法对核心中药的作用机制进行探索。方法 检索中国知网（CNKI）、万方数据（Wanfang）、维普网（VIP）、中国生物医学文献数据库（CBM）、PubMed、Cochrane Libarary和Embase数据库,收集治疗HFPEF疗效明确的方剂,使用R语言对方剂进行频次、关联规则和聚类分析,得到核心中药。通过TCMSP、GeneCards、GEO等数据库筛选核心中药有效成分和HFPEF相关靶点并取交集靶点,对交集靶点进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,并筛选关键成分和靶点。使用vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果纳入方剂103首,涉及中药131味,功效以补虚药和活血化瘀...     

治疗咳嗽中药专利复方的用药规律分析

通过分析近20年中药治疗咳嗽的专利现状,探讨中药在治疗咳嗽过程中的用药规律。在SIPO专利检索平台和中国知网的专利数据库对中药治疗咳嗽的专利进行检索,采用Clementine12.0软件进行关联性和高频中药网络分析,分析治疗咳嗽中药和配伍中药药对的使用规律。在治疗咳嗽的316首中药专利中,中药复方中使用频数最高的中药为甘草,其他使用频数较高的中药有桔梗、麻黄、陈皮、半夏等;使用的化痰止咳平喘类药偏多。常用的药对为甘草-桔梗、甘草-陈皮、半夏-甘草、麻黄-甘草。通过对中药频数、药类、药对、关联规则、高频中药网络的分析,结合中医理论可以揭示咳嗽中药复方的配伍规律,为临床用药提供依据。     

胰腺癌“炎-癌”转化关键基因筛选及干预中药的预测分析

目的 通过生物信息学技术筛选胰腺癌（pancreatic cancer）与慢性胰腺炎（chronic pancreatitis,CP）组织的差异基因，预测能够干预胰腺癌“炎-癌”转化进程的中药及其潜在治疗靶点及机制。方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）获取GSE151945、GSE30134基因芯片，应用R软件进行数据标准化、差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）筛选，并进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析；通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络，应用Cytoscape构建蛋白互作网络图，应用CytoHubba插件筛选关键基因；使用R软件对关键基因进行生存分析，筛选显著影响胰腺癌预后的基因，通过Kaplan-Meier曲线进行可视化展示；将上述基因与Coremine Medical数据库相互映射，预测潜在治疗作用的中药。从TCMSP和TCMID数据库获...     

半夏和白蔹分别与生川乌合煎过程中淀粉类成分对生川乌生物碱类成分溶出的影响

目的 分析淀粉类成分在煎煮过程中对生川乌中小分子乌头类生物碱溶出的影响,初步探讨淀粉对生物碱成分的作用机制。方法 将不同来源的淀粉类成分与生川乌药材合煎,运用RRLC-Q-TOF-MS技术分析淀粉对合煎液中乌头类生物碱溶出的影响;运用HPLC-UV技术分析淀粉与生物碱单体合煎后,溶液中生物碱类成分的量;采用方差分析和偏最小二乘判别法进行差异分析。结果 与淀粉合煎后,生川乌中双酯型、单酯型和醇胺型生物碱溶出率均明显降低,其中单酯型和醇胺型生物碱在生川乌与白蔹淀粉、半夏淀粉、市售淀粉、白蔹以及半夏药材5组配伍后其降低更为显著;而生川乌中双酯型生物碱量在与除去淀粉的半夏和除去淀粉的白蔹配伍时出现明显的上升趋势。生物碱类成分直接与淀粉类成分合煎时,合煎液中生物碱量明显低于生物碱单独煎煮。结论 淀粉类成分能够在煎煮液中抑制生川乌中生物碱类成分的溶出,对于游离生物碱,淀粉类成分能够与其发生一定形式的结合,影响生物碱在水溶液中的量。     

基于R语言数据挖掘的中药治疗紧张型头痛的用药规律探析

目的基于R语言数据挖掘平台对现代文献中紧张型头痛(tension-type headache,TTH)的方药信息进行数据挖掘,为TTH的中药治疗提供新思路。方法计算机检索中国知网、万方、维普、中国生物医学、PubMed、Embase和Cochrane Library共7个国内外数据库,筛选中药治疗TTH的相关文献。采用Excel软件对方药信息进行提取,采用R语言对中药使用频次、相关性、关联度和聚类等方面进行挖掘分析。结果共提取出中药治疗TTH的306首经验方药,中药共238味,频次共3187次,其中使用频次100次的药物依次为川芎、白芍、柴胡、甘草、当归和白芷,使用频次30次的药物以解表药、活血化瘀药、清热药、补虚药、平肝熄风药为主,相关系数较高的前20味药对组合多为补虚药和活血化瘀药,关联分析和聚类分析形成以川芎、白芍、柴胡和当归为基础的核心药物组方。结论中药治疗TTH以川芎、白芍、柴胡和当归为核心药物组方,在此基础上加入针对风、火、痰、虚、瘀等致病因素的相应中药,临床可取得较好疗效。建议后续研究应更多关注TTH的核心药物组方,开展高质量的随机对照试验,为TTH的临床治疗提供新思路。