应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

食管癌相关基因的表达谱研究

从分子水平探讨食管癌发病机理已成为近几年研究的一个热点。目前RT-PCR、免疫组化和Northern Blot方法已经成为研究基因表达的主要手段，然而这些方法只能针对个别基因进行研究，无法实现高通量基因表达研究。基因芯片可以进行高通量的生物信息处理，自动化程度高，可以大量筛选新基因，大大提高了发现新基因的效率。本课题制备了288条人类肿瘤相关基因的寡核苷酸芯片，并且对食管癌和正常组织所表达的基因进行了筛选研究，对差异表达的基因进行了生物信息学分析。本研究旨在揭示这些差异基因与食管癌发生、发展之间的内在联系。     

基因表达谱芯片技术筛选XTP1基因转染细胞差异表达基因

目的 应用基因芯片技术,检测乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白(HBxAg)反式激活基因XTP1的表达对肝母细胞瘤细胞系HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明XTP1蛋白可能的分子生物学功能。方法 设计并合成XTP1基因序列特异性的引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增XTP1基因片段,以常规的分子生物学技术将获得的XTP1编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-XTP1。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取mRNA,逆转录为eDNA,与转染空表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果 构建的表达载体经过限制性内切酶分析和。DNA序列测定,证实准确无误。提取高质量的mRNA,逆转录为cDNA,进行cDNA芯片分析。在1152个基因表达谱的筛选中,发现有3个基因表达水平显著上调,24个基因表达水平显著下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了XTP1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明XTP1蛋白可能的生物学功能提供依据。     

应用基因表达谱芯片研究多囊肾组织基因表达的变化

目的应用基因芯片技术研究多囊肾与正常肾组织基因表达谱的差异,比较其表达水平的不同,为多囊肾病发病机制的研究提供线索. 方法按一步法抽提多囊肾组织和正常对照肾组织的总RNA并纯化mRNA;将4 096种人类基因PCR产物用Cartesian Pixsys 7500点样仪按微矩阵排列制成基因芯片;将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,混合后与上述基因芯片杂交.用Scan Array 5000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用软件进行数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异. 结果在多囊肾组织与正常肾组织中存在414个差异表达基因,其中119个基因在多囊肾组织中低表达,295个基因在多囊肾组织中高表达. 结论本研究从多囊肾组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与了多囊肾病发生及发展过程,从而为下一步研究发病机制提供了更多的靶基因.     

用基因表达谱芯片研究人正常胃和胃癌中与发育相关基因的价值

用8464条人cDNA制成表达谱芯片,利用胃和胃癌组织的mRNA,通过逆转录方法将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两组cDNA上,利用这种cDNA探针与表达谱芯片进行杂交后扫描,通过计算机分析判定基因是否在上述组织中存在差异表达,结果示在197条与生长发育相关的基因中,存在差异表达的共10条,上调的8条（0．095％）,下调的2条（0．024％）,应用这种方法识别出的基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值。     

基因表达谱芯片技术筛选NS5ATP2(615)蛋白反式调节基因

目的:对新基因NS5ATP2(615)转染肝癌细胞的基因表达谱进行分析,探索该基因表达对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能.方法:应用生物信息学(bioinformatics)技术,分析我们研究组通过抑制消减杂交(SSH)技术筛选得到的新基因NS5ATP2(615)的全长编码序列,构建NS5ATP2的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5ATP2(615).应用基因表达谱芯片技术对重组表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATP2(615)和pcDNA3.1(-)空载体分别转染的HepG2细胞的mRNA的差异性表达进行检测.结果:确定基因NS5ATP2(615)由615nt组成,编码204aa的蛋白.基因表达谱芯片所检测的1 152条目的基因均为GenBank中登录的基因,NS5ATP2(615)表达质粒转染的细胞有40条差异表达基因,其中18条基因表达增强,22条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、肿瘤的发生密切相关.结论:基因表达谱芯片技术对于初步探索新基因的功能提供重要的资料.本实验结果为进一步阐明NS5ATP2(615)生物学功能及HCV NS5A的致病机制提供了理论依据.     

不同转移潜能大肠癌细胞株基因表达谱的差异分析

目的从基因表达谱轮廓分析不同转移潜能大肠癌细胞株的特点,探讨大肠癌亲器官转移的分子机制。方法应用Affymetrix HG-U133 Plus 2.0原位合成寡核苷酸芯片检测同一亲本分别具有不同转移潜能和转移器官亲和性的大肠癌细胞株SW620、SW480和SW480肝转移细胞株基因表达谱差,以SW480为对照细胞株,筛查"大肠癌转移相关基因"和"亲器官转移相关基因",应用GOTM软件对基因功能进行分析。结果筛查出SW620、SW480肝转移细胞株两组共同表达的"大肠癌转移相关基因"共422个,筛查出的"亲器官转移相关基因或ESTs"3 054个。"转移相关基因&ESTs"功能主要涉及细胞代谢、细胞生理进程调节、信号传导、大分子代谢、基本代谢和代谢调节等。"亲器官转移相关基因或ESTs"的GO分析结果表明SW620、SW480肝转移细胞株在基因表达谱功能分类差异主要表现在细胞黏附、信号传导、细胞运动、调节酶活性、核酸代谢和金属离子结合等方面。结论不同转移潜能大肠癌细胞株基因表达谱存在差异,通过对基因表达谱轮廓分析,可进一步了解大肠癌转移器官亲和性的分子机制和筛查转移相关基因。     

应用基因表达谱芯片研究高果糖大鼠胰岛素抵抗相关基因

目的 比较正常大鼠和高果糖大鼠骨骼肌组织基因表达差异,探讨胰岛素抵抗的发病分子机制.方法 实验大鼠分为正常对照组和高果糖组;从大鼠骨骼肌组织抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源cDNA探针;cDNA探针与4096条大鼠cDNA基因表达谱芯片杂交,扫描,重复2次实验,通过计算机数据处理.结果 筛选出胰岛素抵抗差异表达的基因共140条,基因上调有62条,基因下调有78条.结论 从骨骼肌组织中筛选出大量的差异表达基因,这些基因可能参加了胰岛素的发生发展过程.     

结肠腺瘤和结肠癌基因表达谱分析

目的 研究结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱,筛查结肠癌相关基因.方法 用BRB-Array Tools对公共基因芯片数据库GEO中的结肠腺瘤、结肠癌基因芯片表达数据进行统计学分析,找出在结肠腺瘤和结肠癌发生发展中均发生变化的基因及二者的特异性基因,进一步分析其功能.结果 样本聚类表明各类组织分类正确,比较后得到在腺瘤和腺癌中共同表达的104条基因,其中48条共同上调,56条共同下调;差异基因的功能涉及物质代谢、内环境稳态、细胞间通讯、细胞黏附、细胞增殖等多种肿瘤发生发展的重要生物学过程.结论 生物信息学方法发现的结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱可为结肠癌的发病机制及治疗靶位的研究开辟新思路.     

人胚肝脂代谢相关基因的表达谱

运用cDNA微阵列结合荧光半定量聚合酶链反应技术，首次大规模分析人胚发育过程中肝脏脂代谢相关基因的表达情况，比较孕早、晚期人胚肝脂代谢相关基因的表达谱。抽提孕早、晚期胎儿肝脏组织总RNA，取等量mRNA逆转录标记33P，制成cDNA探针后与人类全基因cDNA微阵列芯片杂交，用相应软件分析杂交信号扫描结果。有差异表达的基因再用实时荧光半定量PCR方法进一步确认。在进入研究的可信基因中，与脂代谢相关的基因共有135条，其中28条有差异表达(2倍以上)，随胎龄增长，脂肪酸分解的相关基因呈现上调趋势，脂肪酸和胆固醇合成的相关基因呈现下调趋势，差异范围从0．43～8．3倍。检测15例胚肝组织的脂质含量，发现胆固醇和甘油三酯水平随胎龄增长而逐渐下降。人类胚胎肝脏的胆固醇和甘油三酯的合成率及含量可能随着发育成熟呈现下降趋势。     

褪黑素对T淋巴细胞株免疫相关基因表达谱的作用

目的 利用基因表达谱芯片研究T淋巴细胞株(HUT78)在褪黑素作用后免疫相关基因表达的差异性。方法 用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将干预组和对照组的HUT78细胞的mRNA分别标记成两种探针，并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交，通过扫描荧光强度，计算机软件分析，寻找经褪黑素作用后表达有差异的基因。结果 T淋巴细胞株受褪黑素作用24h后，共筛选出42条差异表达基因，其中35条基因上调，7条基因下调。结论 褪黑素激活的人淋巴细胞，是通过对一些基因的调控而发挥免疫调节作用。     

亚砷酸钠对几个肿瘤相关基因表达水平影响的研究

为探讨砷作用的分子遗传机制，采用寡核苷酸芯片和cDNA芯片两种方法来研究砷对已知基因(c-myc和p53）和未知基因表达水平的影响，结果表明亚砷酸钠造肝细胞中p53抑癌基因、人肿瘤抑制基因表达增强，c-myc癌基因和解偶联蛋白基因表达减弱，说明亚砷酸钠在正常人肝细胞中表现出抗癌效应并能促进能量储存。     

用cDNA芯片检测大鼠心肌缺血预适应后基因表达谱的改变

为了检测缺血预适应后大鼠心肌基因表达谱的改变，采用cDNA芯片方法对缺血预适应后大鼠心肌基因谱的改变进行检测。结果发现，缺血预适应大鼠心肌中差异表达基因共75项，其中表达上调基因48项，表达下调基因27项。采用逆转录—聚合酶链反应进一步验证了cDNA芯片结果的可靠性，并初步分析了基因表达谱改变在缺血预适应诱导的心肌内源性保护作用中有一定意义。以上研究有助于从基因水平阐明缺血预适应诱导的心肌保护的分子机制，为临床防治缺血／再灌注损伤及缺血性心脏疾病提供新的思路。     

动脉粥样硬化基因表达谱研究概况

基因芯片又称DNA芯片或微阵列,为近些年发展起来的一项前沿技术—生物芯片中的一种(广义的生物芯片还包括蛋白芯片、组织芯片等)。基因表达芯片是用于基因表达谱研究的一种应用型基因芯片。本文主要综述了基因表达芯片在炎症、氧化低密度脂蛋白、感染、同型半胱氨酸、血流动力学、吸烟等与动脉粥样硬化关系上的研究概况。     

重组DNA甲基化酶1表达质粒对结肠癌细胞相关基因表达的影响

目的 分析DNA甲基化酶1(DNMT1)基因的真核表达质粒对人结肠癌细胞肿瘤相关基因的表达影响。方法 分别构建并转染含有人正义和反义DNMT1的真核表达质粒入结肠癌SW1116细胞，PCR和限制性内切酶证实转染结果，以Western印迹法分析各组细胞DNMT1蛋白的表达情况。定量PCR检测hMLH1、hMSH2及c—myc、p16^INK4A基因的表达。结果 经G418筛选得到稳定转染DNMT1基因的结肠癌细胞系，且分别在该转染有正义和反义质粒的细胞系中，DNMT1蛋白表达上调和下调。同时发现转染正义DNMT1的细胞中hMLH1、hMSH2及c—myc的表达降低，而转染反义DNMT1的细胞中hMSH2的表达明显增强。各组细胞p16^INK4A基因的表达差异不明显。结论 DNMT1基因调控人结肠癌细胞中肿瘤相关基因的表达。     

结直肠癌组织芯片肿瘤相关基因表达的研究

结直肠癌的发生是多种基因畸变的结果,我们采用组织芯片(TMA)联合免疫组化法检测结直肠癌、腺瘤以及相应癌旁正常结直肠组织中过氧化物酶增殖物活化受体γ(PPARγ)和与张力蛋白在10号染色体同源缺失的磷酸酶(PTEN)的表达,并对其临床意义进行探讨。     

基因芯片技术在食管鳞癌转移相关基因表达谱筛选中的应用

目的 研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法 选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray 3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因58条,其中表达上调基因36条、下调基因22条,包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 基因芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱可为明确食管鳞癌转移机制提供重要参考。     

心力衰竭患者心脏全基因及能量代谢相关基因表达谱的研究进展

<正>心力衰竭(heart failure,心衰)是指由于各种原因引起的心肌结构和功能的变化并导致心室泵血和(或)充盈功能低下的临床综合征。目前,随着高血压、冠心病治疗水平的提高以及人口的老龄化,心衰在我国的发病率和患病率呈逐年增加趋势,已经给社会和家庭带来了沉重的医疗负担[1]。1心衰不同阶段心肌全基因表达谱研究进展心衰的本质是心肌组织细胞中某些相关基因表达与调控异常而引起的心肌病,从某种角度上说心力衰竭是一种基     

应用基因芯片技术对系统性红斑狼疮患者外周血基因表达谱的初步研究

目的 研究系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血的基因表达谱的改变，以探讨SLE发病机制，诊断及鉴别诊断，以及基因功能的研究。方法 首先从外周血提取总RNA，反转录合成单链，双链cDNA后，体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交，再通过抗原抗体反应机制标记上荧光染料Cy3后，使用芯片扫描仪进行图像扫描。使用分析软件进行表达差异和聚类分析。结果 在3000多个基因点中，与正常对照相比较，鉴定出94个基因存在表达差异相关基因，其中有33个基因表达上调，61个基因表达下调。这些表达差异基因有细胞因子及受体，转录相关基因，凋亡相关基因，生长分化相关基因，信号转导相关基因，细胞周期相关基因，电子传递和氧化相关基因，转移酶相关, 酶相关基因等。聚类分析结果显示不同的疾病以及不同临床表面的同一疾病其外周血的基因表达谱是有差异的，可以用于疾病的诊断和鉴别诊断。基因聚类发现，根据表达谱聚类在一起的基因存在功能上的相似性，可以用来发现已知基因的免疫相关功能。结论 该基因芯片技术方法有较高的重复性和稳定性，能有效地进行SLE致病基因的筛选，更好地理解SLE发生的分子机制，诊断及鉴别诊断，以及基因功能的研究。     

基因表达谱芯片分析日本血吸虫感染慢性期CD4+细胞的应答特征

目的　立足于全基因水平考察日本血吸虫慢性感染小鼠CD4+细胞的相关细胞因子的变化 ,探讨其与疾病的相关性。方法　采用高密度寡核苷酸芯片 (Affemetrix芯片 )结合三色流式细胞术 ,对日本血吸虫感染 13周的小鼠脾脏中的CD4+细胞进行基因转录及蛋白表达水平的分析 ,获得相关细胞因子的变化图谱。结果　日本血吸虫慢性感染小鼠CD4+细胞中IL 4的转录及蛋白表达水平均明显高于正常小鼠 (P <0 .0 5) ,尤其以可溶性虫卵抗原刺激后最为显著 (P <0 .0 1) ;感染小鼠IFN γ的转录及蛋白表达水平也有所增高 ,但不及IL 4的升高程度 ;IL 10、IL 1β、小诱导细胞因子(smallinduciblecytokine)等因日本血吸虫的感染而升高 ,但TGF β1呈下降趋势。结论　日本血吸虫慢性感染小鼠细胞因子分泌谱表现为Th1和Th2型细胞因子并存的格局 ,但以Th2应答为主。它们可能通过诱导产生相应的趋化因子共同参与疾病的病理改变