PPP1R105基因在肝细胞癌中的表达相关信号通路及其与患者预后关系

背景肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是临床上常见的实体恶性肿瘤,预后较差.本文拟采用生物信息学技术分析PPP1R105基因在肝细胞癌中的表达相关信号通路及其与患者预后关系.同时,采用免疫组织化学法对PPP1R105生物信息数据进行验证.目的探讨PPP1R10基因(Ki-67或MKI67)在HCC中的表达及其临床意义.方法在TCGA数据中,检索PPP1R105基因在各个肿瘤组织中的相对表达情况;分析PPP1R105基因在肝细胞癌组织和癌旁组织中的相对表达水平,并比较是否存在差异.应用蛋白相互作用数据库STRING构建PPP1R105基因编码蛋白相互作用网络.比较PPP1R105高低表达组患者无疾病进展生存(disease free survival, DFS)和总生存(overall survival, OS)是否存在差异.选取我院手术治疗的原发性肝细胞癌患者81例进行回顾性分析,采用免疫组织化学法检测肝细胞癌组织中PPP1R105蛋白表达情况,并与患者的临床特征进行相关性分析.结果PPP1R105基因mRNA在不同肿瘤中表达水平差异并不显著,其表达不具备肿瘤间特异性.在肝细胞癌中,癌组织PPP1R105m RNA表达水平显著高于癌旁正常肝组织(P0.05),且表达水平与患者临床分期有关(P 0.05).蛋白相互作用网络区域聚集指数为0.99,蛋白相互作用网络富集明显(P0.01). PPP1R105及其相关基因信号通路主要富集于细胞周期、细胞衰老、病毒致癌及p53信号通路. KIF18B与PPP1R105正相关表达最为显著(rpearson=0.91, P 0.05);而MCELL基因与PPP1R105负相关表达最为显著(rpearson=-0.59, P 0.05);PPP1R105高表达组OS (HR=1.90, P 0.01)和DFS(HR=1.90, P 0.01)显著低于低表达组.PPP1R105蛋白主要表达于细胞核质及核仁, 81例患者中高表达者30例(37.0%).PPP1R105蛋白高表达患者肿瘤大于5cm及TNM分期Ⅲa期患者比例显著高于MIK67蛋白低表达者(P0.05).结论肝细胞癌患者PPP1R105高表达,其与患者总生存和无疾病进展生存较短有关,可作为肝细胞癌患者预后不良分子标志物.     

MAGEA4在非小细胞肺癌中的表达以及与患者预后的关系

目的探讨MAGEA4基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关生物学功能及其与患者生存期的关系。方法检索肿瘤基因表达谱数据库(TCGA)中MAGEA4基因在NSCLC患者癌组织和癌旁组织中的表达情况;应用STRING数据构建MAGEA4基因编码蛋白-蛋白相互作用网络,并对网络中的蛋白进行基因本体论(GO)和KEGG信号通路富集;应用linkedomics在线分析软件,分析TCGA数据中与MAGEA4正负相关表达基因。同时回顾性分析我院手术治疗的68例NSCLC患者组织标本,采用免疫组织化学法(IHC)检测患者癌和癌旁组织中MAGEA4蛋白表达水平并分析其与患者临床病理特征的关系,对前述生物信息分析结果进行验证。结果 MAGEA4基因mRNA在NSCLC患者癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P0.05);与MAGEA4蛋白相互作用网络中,区域聚类指数为0.90,蛋白相互作用网络富集明显(P0.05);与MAGEA4正相关表达最为显著的基因为MAGEA410(r=0.80,P0.05),而负相关表达最为显著的基因为DE4D (r=-0.37,P0.05);功能富集分析显示,MAGEA4生物学过程、细胞成分及分子功能分别主要富集于磷脂酰肌醇3激酶结合、细胞粘附的蛋白质复合物和核苷酸受体活性;KEGG信号通路富集显示,MAGEA4及相关共表达基因主要富集于Notch信号通路、维生素代谢信号通路和DNA复制相关信号通路等。生存分析显示,MAGEA4基因mRNA高表NSCLC患者总生存低于低表达患者(HR=1.3,95%CI:1.04～3.21,P0.05);而高低表达组无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.82,95%CI:0.36～1.94,P0.05);IHC分析显示,MAGEA4蛋白表达水平与NSCLC患者肿瘤分化程度(P0.05)和淋巴结转移(P0.05)存在相关性,MAGEA4蛋白高表达者肿瘤分化程度较低,淋巴结转移率较高。结论 MAGEA4在NSCLC癌组织中表达明显增强,MAGEA4高表达与患者的预后不良有关。抑制MAGEA4基因表达有望成为NSCLC治疗的新靶点。     

CDKN2A基因在非小细胞肺癌中表达及生物学功能生物信息分析

目的探讨细胞周期蛋白依赖激酶抑制剂2A(CDKN2A)在人非小细胞肺癌(NSCLC)中表达、生物学功能和患者预后的关系。方法应用生物信息分析技术探讨癌症基因组图谱数据库(TCGA)中CDKN2A在NSCLC患者肿瘤组织和正常肺组织中的表达情况。采用蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库STRING分析CDKN2A编码蛋白作用网络,并进行聚类分析。采用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)富集CDKN2A和相关蛋白的生物学功能和信号通路。同时分析CDKN2A高低表达与NSCLC患者的无疾病进展生存和总生存的关系。同时采用免疫组化检测62例NSCLC患者癌组织和癌旁组织中CDKN2A表达情况分析CDKN2A阳性和阴性表达组患者生存期是否存在差异。结果CDKN2A基因在多种实体肿瘤包括乳腺癌、食管癌、肠癌等中表达水平明显上调。在NSCLC患者癌组织中CDKN2A表达水平明显高于正常肺组织(P<0.05)。而CDKN2A表达水平与肿瘤分期无明显相关性(P>0.05)。CDKN2A相关蛋白PPI网络中,相互作用关系指数为24.8,区域聚类指数为0.74,相互作用蛋白呈现明显的聚类表达(P<0.05)。CDKN2A编码蛋白主要定位在细胞核、细胞膜和囊泡;分子功能主要为蛋白结合、核蛋白结合和铁结合。而生物学过程主要集中于代谢、细胞增殖及对刺激的反应。KEGG信号通路主要为细胞周期调控、DNA蛋白结合以及Wnt信号通路。CDKN2A高表达NSCLC患者总生存期明显低于低表达组,且差异有统计学意义(HR=1.3,P=0.02),而CDKN2A高低表达组间NSCLC患者无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.94,P=0.59)。62例NSCLC患者癌组织中CDKN2A阳性表达11例(17.7)而对应癌旁组织中阳性表达49例(79.0%),癌组织中CDKN2A阳性标的率显著高于癌旁组织(P<0.05)。而CDKN2A阳性组与阴性组患者生存期差异无统计学意义(HR=0.99,P>0.05)。结论CDKN2A在NSCLC患者癌组织中表达升高,并与患者预后不良有关,有望成为NSCLC预后和治疗的靶点。     

TM6SF2在肝细胞癌组织中的表达及其生物信息学功能分析

目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌(HCC)组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异。结果与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达(|log2FC|cut-off=0. 5,P 0. 01)。相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间(χ2=9. 897,P 0. 01)。数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个。GO分析提示,TM6SF2表达相关基因功能富集在脂肪酸合成、脂肪酸连接酶激活、凝血酶调节等生物学过程(P 0. 05)。KEGG pathway分析提示,TM6SF2表达相关基因主要参与了丙氨酸代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆汁分泌等信号通路过程(P 0. 05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示,SERPINC1、NR1I2、SERPINA10、SLC10A1等基因与TM6SF2有明显或潜在的相互作用(P 0. 01)。结论肿瘤数据挖掘能迅速获取HCC组织中TM6SF2表达的相关信息,为探索TM6SF2在HCC发生发展中的作用提供生物信息学理论基础。     

基于多数据库分析肝细胞癌组织FAM49B基因水平及其临床意义

目的 利用多数据库分析肝细胞癌(HCC)组织FAM49B基因水平及其临床意义。方法 利用Oncomine和GEPIA数据库分析HCC组织与正常肝组织FAM49B基因水平,从TCGA获取临床病例资料,应用SPSS 21.0软件统计分析不同临床和病理学特征的HCC组织FAM49B基因水平的异同。自Kaplan Meier Plotter数据库分析不同FAM49B基因水平的HCC患者预后的异同,自MethHC数据库分析FAM49B启动子区甲基化水平,利用String数据库分析与FAM49B相互作用的蛋白网络,采用基因集富集分析(GSEA)预测FAM49B在HCC发病过程中可能的信号调控通路。结果 对Oncomine和GEPIA数据库分析显示HCC组织FAM49B基因水平显著高于正常肝组织(P均<0.01);不同性别(P=0.001)、有无肝硬化(P=0.003)、不同肿瘤分化程度(P=0.004)的HCC组织FAM49B基因水平显著不同,而不同年龄、肿瘤大小、病理学分期、甲胎蛋白水平和有无脉管侵犯者无显著性差异(P均>0.05);与FAM49B低水平患者比,FAM49B高水平患者总体生存期显著缩短,具有统计学意义(HR=1.8,P=0.0012);与正常肝组织相比,HCC组织FAM49B启动子区甲基化水平显著降低(P＜0.005);与FAM49B相互作用的蛋白有SERPINA1、ISLR和FERMT3;在FAM49B mRNA高水平组织富集到细胞凋亡、细胞周期、调节自噬和P53信号通路等相关基因集(P均<0.05)。结论 FAM49B在HCC组织呈高水平,其基因水平与HCC恶性程度和患者不良预后相关,可能作为癌基因在HCC发生发展过程中发挥作用,有望成为HCC诊断及预后评估的新靶点。     

肝细胞癌组织miR-139水平及其靶基因功能的生物信息学分析

目的 探讨肝细胞癌（HCC）组织miR-139水平及其临床意义,并对其潜在的靶基因进行生物信息学分析,为miR-139在HCC发病机制中的作用研究提供理论基础。方法 通过分析国际癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）HCC数据库,比较HCC组织与癌旁组织mir-139水平,分析不同临床和病理学（TNM）分期肿瘤组织mir-139水平差异及其与患者生存之间的关系。通过mirTarBase数据库获取经实验证实的miR-139靶基因,并利用DAVID生物信息数据库对miR-139靶基因进行Gene Ontology功能富集分析及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes信号转导通路富集分析。结果 HCC组织mir-139水平（143.12±117.55）显著低于癌旁组织【（486.48±145.18）g,P＜0.01】;随着TNM分期增加,癌组织mir-139水平呈逐渐下降趋势（I期、II期、III期、IV期分别为161±104、124.1±132.5、128±128.5、91.08±77.88,P<0.01）;癌组织mir-139水平与TNM分期呈负相关（r=-0.2563,P<0.001）;随着肿瘤T分期的增加,癌组织mir-139水平呈逐渐下降趋势（I期、II期、III期、IV期分别为159.8±101.8、121.3±129.2、135.3±131.5、72.57±48.52,P<0.01）,且肿瘤组织mir-139水平与HCC T分期呈负相关（r=-0.2586,P<0.001）,而与淋巴结转移（N分期）或远处转移（M分期）无显著性相关（均P>0.05）;肿瘤组织mir-139水平与患者生存呈正相关,将癌组织mir-139水平由低到高分为4个区间,其中位生存时间分别为16.05 m、16.12 m、24.05 m 和24.19 m,组间差异具有统计学意义（Log-rank,P<0.001）;miR-139靶基因功能主要富集于与启动子结合、RNA聚合酶II介导转录和细胞内信号通路传递等分子功能上,相关信号通路主要富集于各种肿瘤相关信号通路、B细胞受体信号通路、Ras信号通路和T细胞受体信号通路传递等。结论 HCC组织miR-139水平降低,且与患者临床分期和生存呈负相关。miR-139靶基因功能显著富集于转录调节和肿瘤相关信号通路传递,提示miR-139在HCC的发生、发展中起到潜在的抑癌基因作用,并可能作为新的治疗靶点和预后标志物。     

核糖体RNA加工蛋白15在肝细胞癌中的表达、功能和临床意义

背景:核糖体RNA加工蛋白15(Rrp15)是一种主要定位于核仁,参与核糖体RNA加工处理的蛋白质。关于Rrp15基因在肝细胞癌(HCC)中的表达、功能和临床意义目前尚未见报道。目的:探讨Rrp15在HCC中的表达水平及其对患者预后和HCC细胞增殖能力的影响。方法:利用GEPIA网站、TCGA数据库和手术切除HCC组织标本分析Rrp15在HCC中的表达水平、其表达与患者临床病理特征的关系以及对预后的影响。利用慢病毒感染技术构建敲减Rrp15基因的人肝癌细胞株HuH7,以流式细胞术、台盼蓝排斥实验和平板克隆形成实验检测细胞凋亡、活性氧产生和细胞增殖能力。结果:HCC组织中的Rrp15 mRNA和蛋白表达水平显著高于癌旁组织(P 0. 05);Rrp15高表达者总体生存率和无病生存率显著降低(P=0. 012,P=0. 049)。HCC组织中Rrp15的差异表达与肿瘤质量相关(P=0. 020),与其他临床病理参数无明显相关性(P 0. 05)。敲减Rrp15的HuH7细胞,细胞凋亡比例和细胞内活性氧水平增高(P 0. 05),细胞短期和长期增殖能力均受抑(P 0. 05)。结论:Rrp15在HCC中高表达并与肿瘤的恶性生物学行为和不良预后相关。敲减Rrp15基因可显著抑制HCC细胞的增殖能力。     

mTOR/P70S6K信号通路在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的:研究mTOR/P70S6K信号通路在肝细胞肝癌(HCC)中的表达,探讨其在HCC发生发展中的作用及意义.方法:用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术检测120例HCC患者癌组织、癌旁肝组织以及10例正常肝组织中mTOR及P70S6K mRNA表达情况;并分析mTOR及P70S6K mRNA的表达与相关临床参数的关系.结果:mTOR及P70S6K mRNA在HCC组织中的表达水平显著高于在癌旁肝组织和正常肝组织中的表达水平(mTOR mRNA:0.594±0.218 vs 0.437±0.156.0.594±0.218 vs 0.383±0.081,均P＜0.05;P70S6K mRNA:0.610±0.147 vs 0.486±0.162.0.610±0.147 vs 0.440±0.141,均P＜0.05).mTOR mRNA和P70S6KmRNA在HCC组织中的表达呈正相关(r=0.548,P=0.012),且两者在癌旁肝组织及正常肝组织中的表达亦正相关性(r=0.607,0.737,P=0.005,0.015).mTOR及P70S6K mRNA在HCC组织中的表达水平与病理分期、门静脉癌栓等明显相关,而与肿瘤直径、血清AFP水平、性别等无明显关系.结论:mTOR/P70S6K信号通路在HCC中特异性激活.mTOR/P70S6K信号通路可能在肝细胞肝癌的发生、发展中起重要作用.     

IKKi在肝硬化相关肝细胞癌中的表达

目的:研究核因子κB(nuclear factorκB,NF-κB)信号通路中IKKi蛋白在肝硬化相关肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达水平及其临床病理意义.方法:采用免疫组织化学方法检测66例肝硬化相关HCC IKKi蛋白表达,同一病例癌旁肝硬化组织作为对照,收集患者临床病理资料,分析HCC IKKi蛋白表达水平以及与临床病理参数的关系.结果:(1)IKKi在HCC与癌旁肝硬化组织表达水平有明显差异性(P=0.016),IKKi在癌周肝硬化组织表达强度明显强于HCC;(2)IKKi在HCC中的表达水平与肿瘤分化程度呈正相关,即IKKi表达水平越低,HCC分化程度越低(P=0.019,r=0.278);与肿瘤直径呈负相关,即IKKi表达水平越低,肿瘤体积越大(P=0.011,r=-0.311);(3)IKKi在HCC中的表达水平与年龄(P=0.034,r=0.261)、Child-Pugh分级(P=0.046,r=0.246)、乙型肝炎家族史(P=0.017,r=0.292)呈正相关.结论:IKKi在HCC表达下调提示IKKi在乙型肝炎病毒感染-病毒性肝炎-肝硬化-HCC的发生中可能起抑制肿瘤形成的作用.     

CBX8基因在肝细胞癌中的表达及功能分析

目的探讨色素框同源蛋白8(CBX8)在肝细胞癌(HCC)中的表达情况、临床意义及作用机制,为HCC的预防、诊治和预后提供新思路和方向。方法基于生物信息学的方法,应用肿瘤基因数据库分析CBX8在HCC组织中的表达和基因突变情况,并分析其与人口学特征、病理特征及预后的关系。利用蛋白质相关数据库分析CBX8基因的蛋白质表达水平,构建相关蛋白质互作网络并进行通路富集分析。结果HCC组织的CBX8 mRNA表达水平高于正常肝组织。CBX8 mRNA的表达与体重、TP53突变情况、组织学分类、肿瘤分级存在显著关联(P<0.05),且CBX8 mRNA高表达患者的总体生存率较低(P<0.05)。CBX8基因的突变类型主要为C>T突变和错义突变。CBX8主要参与细胞周期、组蛋白泛化等生理过程,可能在干细胞多能性的信号调控通路和癌症关联的microRNA网络中发挥作用。结论CBX8在HCC中高表达,与HCC预后相关,可能参与了HCC的发生和发展。     

Holliday交叉识别蛋白在肺鳞状细胞癌组织中的表达及临床意义

目的研究肺鳞状细胞癌中Holliday交叉识别蛋白(Holliday Junction Recognition Protein, HJURP)的表达及临床意义。方法从美国TCGA肿瘤数据库中,下载肺鳞状细胞癌患者的基因表达和临床特征数据,分析HJURP表达与肺鳞状细胞癌临床病理特征和预后的关系;进一步收集我院2014年1月至2020年1月我院74例肺鳞状细胞癌组织标本进一步验证HJURP在肺鳞状细胞癌中的表达与预后的关系。进一步采用GSEA基因富集通路研究HJURP的相关生物学机制。结果 HJURP基因在人肺鳞状细胞癌组织中显著高表达,且表达随着病理分级的恶性程度的升级而增高,与肺鳞状细胞癌的肿瘤转移密切相关,生存分析显示高表达HJURP组患者,预后明显比HJURP组患者差(P=0.032)。我院临床样本进一步验证发现HJURP在肺鳞状细胞癌组织中高表达,且与临床病理分期有关(P0.05),K-M生存曲线分析显示,HJURP高表达预示患者更差的生存期(P=0.026)。GSEA富集分析发现HJURP高表达样本富集至G1 pathway, ATM pathway, cell cycle pathway及ERK pathway通等信号通路集。结论 HJURP在肺鳞状细胞癌组织表达升高,是一个预后不良因素,其可作为肺鳞状细胞癌的潜在临床诊治靶点及预后标志物。     

肝细胞肝癌组织中TFAM、PDLIM1表达及与患者临床病理特征和预后的关系

目的 探究肝细胞肝癌（HCC）组织中线粒体转录因子A(TFAM)和PDZ-Lim结构域蛋白1(PDLIM1)表达及与患者临床病理特征和预后的关系。方法 采用免疫组化法检测103例HCC患者癌和癌旁组织中TFAM和PDLIM1蛋白表达。Spearman秩相关分析TFAM和PDLIM1蛋白表达的相关性。比较不同临床病理特征HCC患者TFAM、PDLIM1蛋白表达差异。应用Kaplan-Meier法分析TFAM、PDLIM1蛋白表达与HCC患者预后的关系。利用单因素及多因素Cox比例回归模型分析影响HCC患者预后的因素。结果 HCC癌组织中TFAM和PDLIM1蛋白表达阳性率分别为21.36%(22/103)、29.13%(30/103)，癌旁组织中TFAM和PDLIM1蛋白表达阳性率分别为76.70%(79/103)、78.64%(81/103)，癌组织中TFAM和PDLIM1蛋白表达阳性率低于癌旁组织（χ2分别为63.111、50.811,P均<0.05）。HCC癌组织中TFAM与PDLIM1表达呈正相关（r=0.801,P<0.05）。不同肿瘤最大径、肿瘤TNM分期HCC癌...     

肝细胞癌中CBX2的免疫和预后意义的综合分析

背景 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC),是世界上第六大常见恶性肿瘤和第三大癌症死亡原因,在过去的30年里,全世界肝癌患者的发病率从每10万人1.6人上升到4.6人.广西是我国HCC的高发区,其死亡率居广西肿瘤死因谱首位,约占全部恶性肿瘤的40%.因此探讨色素框同源物2 (chromobox homolog 2, CBX2)在肝细胞癌免疫中的作用,将为HCC治疗提供潜在的价值.目的 探讨CBX2基因在HCC组织中的表达及其免疫和预后意义.方法 采用组织微阵列和免疫组织化学方法检测75例HCC及其对应癌旁非肿瘤组织中的CBX2的表达,分析CBX2与HCC的临床病理特征以及患者生存预后之间的关系.探讨CBX2与免疫调节因子之间的关系,并通过GO和KEGG通路富集分析确定CBX2与免疫事件有关.使用COX回归模型开发多基因风险预测模型,由此产生的风险评分是一个独立的预测因子.我们使用接受者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线方法评估风险评分的预测准确性.最后,构建了带有校准曲线的预后诺模图,以预测个体的3年和5年生存概率.结果 CBX2在HCC组织中的阳性表达为66.7%(50/75),明显高于癌旁非肿瘤组织25.3%(19/75),差异有统计学意义(P0.01).结合临床病理学特征分析发现, CBX2的表达与HCC患者的TNM分期和AFP具有相关性(P 0.05).进一步生存分析发现,CBX2阳性组患者的生存时间明显高于阴性组,提示CBX2阴性表达可能与HCC患者的不良预后相关; CBX2表达与辅助型T细胞2的浸润水平呈正相关;我们确定了CBX2与10个免疫抑制因子和23个免疫刺激因子之间的关系,相关的GO和KEGG通路富集分析表明CBX2与介导的免疫事件相关.结论 CBX2阳性表达是HCC患者的预后危险因素; CBX2可能是HCC的潜在免疫预后标志物.     

基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响*

目的 通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物。方法 搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析。根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集“c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt”行KEGG富集分析。结果 在TCGA-LIHC数据库,收集374例HCC组织和50例癌旁组织所对应的临床和病理学参数;高风险组HCC患者总体生存率显著低于低风险组患者;研究筛选出具有显著水平性基因DNTM1、PRIM1和UCK2,进行GSEA富集分析,GSEA显示了许多显著丰富的信号通路,进一步证明了上述基因与HCC发生及与患者预后的显著性关系,从而揭示了HCC组织DNTM1、PRIM1和UCK2基因水平对生存有显著性影响。结论 通过TCGA数据库筛选和验证,发现HCC患者癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1 基因水平显著上调,而CYP2C9基因显著下调,它们可以作为肝癌的分子标志物而指导临床,判断预后。     

精氨酸酶1在肝细胞癌中的表达及其临床病理意义

目的 检测人类精氨酸酶1(ARG1)在肝细胞癌(HCC)中的表达,分析其与患者临床病理特征的关系.方法 利用高通量组织芯片技术和免疫组织化学方法评价167例HCC及癌旁肝组织中ARG1蛋白的表达情况,采用x2检验和Spearman秩相关分析ARG1蛋白表达与各临床病理特征间的关系.应用实时荧光定量PCR方法检测68例HCC及其癌旁肝组织中的ARG1 mRNA表达水平.结果 HCC中ARG1蛋白表达水平为3.540±3.702,明显低于癌旁肝组织(10.290±2.303;t=-22.421,P=0.000).ARG1表达与HCC分化程度、组织学分级、微血管侵犯、术前甲胎蛋白水平、术后复发有关(P值均＜0.05).68例HCC组织中ARG1 mRNA表达水平为0.0997(0.213),低于癌旁肝组织0.563(0.459);u=-6.544,P=0.000].结论 ARG1在HCC中低表达,其可能参与HCC发生发展.检测ARG1表达可能有助于HCC辅助诊断、评估分化程度及预后判断.     

HBV相关肝细胞癌患者血清N-糖组图谱改变与肝组织糖基转移酶表达变化的关系

目的本研究通过对HBV相关肝细胞癌(HCC)患者血清N-聚糖检测及肝癌组织与癌旁组织中糖基转移酶基因表达水平比较分析,探索HCC患者血清N-聚糖变化的可能机制。方法收集解放军总医院2018年—2019年HBV相关HCC手术患者(34例)的肝癌和癌旁组织及正常肝组织标本,同时采集血清标本。从34例HCC患者中随机选择8例HCC患者血清标本作为HCC试验组,20例健康成年人血清标本作为对照组。应用DSA-FACE法分析HCC试验组与对照组血清N-聚糖图谱。采用荧光定量PCR法检测34例HBV相关HCC患者癌组织和癌旁组织中8种糖基转移酶基因(FUT3、FUT4、FUT6、FUT7、FUT8、Gn-TⅢ、Gn-TⅣa和Gn-TⅤ) mRNA表达水平,并应用蛋白印迹法检测相应蛋白表达水平。计量资料两组间比较采用独立样本t检验。结果与对照相比,8例HCC患者血清中N-聚糖峰9 (peak9,NA3Fb)的丰度明显升高(t=-2.514,P 0.05)。糖基转移酶FUT8、Gn-TⅣa和Gn-TⅤ基因mRNA表达水平在癌组织和癌旁组织间有差异,其中癌组织中FUT8和Gn-TⅤ基因的mRNA与蛋白表达水平显著高于癌旁组织(mRNA:1.50±0.34 vs 0.65±0.11,t=-2.354,P=0.022; 3.57±0.64 vs 1.33±0.16,t=-3.384,P=0.001)(蛋白:0.70±0.11 vs 0.083±0.017,t=9.555,P=0.001; 1.33±0.19 vs 0.60±0.15,t=5.097,P=0.007);癌组织中GnTⅣa基因的mRNA表达水平显著高于癌旁组织(mRNA:2.90±0.47 vs 1.68±0.19,t=-2.403,P=0.019),蛋白表达水平与癌旁组织无显著差异(蛋白:0.52±0.24 vs 0.24±0.11,t=1.833,P=0.141)。癌组织中这些糖基转移酶表达改变与血清中N-聚糖丰度变化一致。结论 HBV相关HCC患者血清中一些N-聚糖水平变化可能与肝癌组织中糖基转移酶基因GnT-V、GnT-IVa和FUT8表达上调密切相关。     

极性蛋白AF-6mRNA在肝细胞肝癌中的表达及其对侵袭的影响

目的:检测肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)癌组织、癌旁组织(adjacent normal liver tissue,ANLT)及不同侵袭能力细胞系中极性蛋白AF-6 m RNA的表达情况,分析其在不同组织及不同细胞系中的表达差异及意义.方法:利用实时定量PCR检测(real-time quantitative,q RT-PCR)检测AF-6 m RNA在3 0对癌组织、A N LT和4种细胞系(L 0 2、Hep G2、MHCC97-H和HCCLM3)中的表达情况.结果:AF-6 m RNA在93.3%(28/30)的HCC中呈低表达;正常肝细胞株L02中AF-6 m RNA含量明显高于肝癌细胞株(P0.05);高侵袭转移能力的细胞系MHCC97-H及HCCLM3只有极低的AF-6 m RNA表达,且明显低于低侵袭转移能力的细胞系Hep G2(P0.05).结论:AF-6 m RNA在肝癌中的低表达可能与高侵袭能力相关,提示AF-6 m RNA在将来可能会成为治疗侵袭性HCC的潜在靶点.     

长链非编码RNA RMRP和miR-34在肝细胞癌组织的表达及相关性

[目的]探讨长链非编码RNA(Long noncoding RNAs,Lnc RNA)线粒体RNA处理核糖核酸内切酶RNA组份(RNA component of mitochondrial RNA-processing endoribonuclease,RMRP)对肝细胞癌(HCC)细胞生物学行为的作用及与患者预后的关系。[方法]购得66例HCC组织和16例癌旁组织的cDNA芯片,采用实时荧光定量PCR(quantitative realtime PCR,qRT-PCR)法检测HCC组织中RMRP和微小RNA-34(microRNA-34,miR-34)的表达;分析RMRP表达与患者临床病理参数之间的关系;并分析RMRP表达与miR-34表达二者间的相关性。将SMMC-7721细胞系分为空白组(negative control,NC)、对照组(sh-vector)和实验组(sh-RMRP),分别为未感染慢病毒、只感染空载质粒及感染sh-RMRP-慢病毒(lentivirus,lenti),采用MTT实验和克隆形成实验检测细胞增殖能力。[结果]RMRP在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(t=13.41,P0.05),且HCC组织中RMRP的表达与T分级、TNM分期及是否复发相关(P0.05);RMRP与miR-34表达呈明显负相关(r=-0.802,P0.05);细胞转染后培养12、24、48、72 h后,sh-RMRP组吸光度值(OD490值)明显低于NC组和sh-vector组(分别F=30.42,73.68,52.94,107.37,P0.05);sh-RMRP组克隆形成数明显低于NC组和sh-vector组(F=257.0,P0.05),RMRP高表达患者总体生存率明显低于RMRP低表达患者(P0.05)。[结论]LncRNA RMRP在HCC组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良。     

miR-152-3 p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用

目的比较肝癌复发与预后良好患者癌组织的蛋白表达,分析miR-152-3p相关的靶蛋白差异及调控机制,探讨miR-152-3p在肝癌复发中的作用。方法应用TMT标记全蛋白质组学测序方法和RT-PCR分别检测肝癌切除术后2年复发(n=6)与5年预后良好(n=6)患者肝癌组织的蛋白质表达和miR-152-3p的表达水平;联合六大数据库检索分析miR-152-3p靶基因,并运用Gene Ontology、DAVID和REACTOME数据库进行靶基因筛选、富集注释和信号转导通路富集分析;将筛选的miR-152-3p靶基因进行基因突变频率和生存曲线分析,验证miR-152-3p靶基因在肝癌复发中的作用。计量资料2组间比较采用独立样本t检验。肝脏组织有关基因生存率分析采用Kaplan-Meier分析。结果肝癌切除术后预后良好患者癌组织的miR-152-3p转录表达水平显著高于复发患者癌组织的水平(P<0.05)。蛋白测序结果显示,预后良好患者与复发患者的癌组织存在365个差异表达蛋白,联合肝癌复发数据库分析显示,其中有17个蛋白受miR-152-3p调控。进一步的信号通路分析发现,17个受miR-152-3p调控的靶基因其功能集中于线粒体核糖体翻译调控;多重富集发现靶基因与线粒体呼吸链复合体密切关系的蛋白6个,分别为AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1。基因突变频率及生存曲线分析发现,线粒体呼吸链相关靶蛋白的功能缺失或减弱会严重影响患者的生存率。结论miR-152-3p在HCC切除术后预后良好和复发患者的癌组织表达差异显著,miR-152-3p在肝癌复发中作用机制可能是通过调控靶基因AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1作用于线粒体呼吸链,影响细胞氧化呼吸功能导致肝癌复发。     

非小细胞肺癌差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系

目的采用生物信息学方法探讨非小细胞肺癌(NSCLC)差异表达基因筛选、生物学功能富集及其与患者预后关系。方法采用生物信息数据挖掘基因表达数据库(GEO),肿瘤生存数据库Kaplan-Meier Plotter和蛋白相互作用(PPI)数据库String中NSCLC差异表达基因。首先在GEO数据库中筛选NSCLC患者癌组织与正常肺组织差异表达基因芯片数据集,下载数据后选取三个数据集中重叠的差异表达基因为研究对象。对筛选出的差异表达基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)生物功能及信号通路富集分析,同时应用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)预测相关基因编码蛋白相互作用网络(PPI)。并对关键基因高低表达与患者预后关系进行分析。结果差异表达数据集GSE19804,GSE101929和GSE33532为研数据。选取了在三个数据集中均存在差异表达的65个基因为进一步分析对象。层次聚类分析显示65个基因在肿瘤组织与正常肺组织呈现明显的聚类。65个异常表达基因生物学过程主要富集于GTP酶活性调节,单细胞-细胞粘附,凋亡过程的负调节,细胞增殖的正调控,正调控血管生成,蛋白质自磷酸化等;细胞学组分为定位于膜的组成部分,质膜,质膜组成,细胞表面,细胞-细胞连接和肌动蛋白细胞骨架等;而分子功能富集于蛋白质结合,受体活性,ras鸟嘌呤核苷酸交换因子ac等。KEEG信号通路分析显示,上述差异表达基因主要富集于ll粘附分子(cams)。PPI主要为血管生成和细胞粘附等功能通路。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为信号通路关键基因,上述基因高表达患者总生存时间显著低于低表达患者(P0.05)。结论 NSCLC患者存在差异表达基因普,差异表达基因大多参与了肺癌细胞发生、发展及迁移等生物学相关功能。CDH5,TEK,CALCRL,RXFP1和TNNC1为NSCLC信号通路关键基因,并与患者的预后相关。