新的HLA-A等位基因A~*0290的认定

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A的新等位基因与A*02010101的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因和A*02010101的差异在第2外显子区域的292位碱基C>G,导致74编码子CAC>GAC,编码的氨基酸由组氨酸(His)变成天冬氨酸(Asp)。结论该基因为HLA新的等位基因,2005年10月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*0290。     

HLA新等位基因A*3018的序列分析和确认

为了识别和确认中国汉族人群中的HLA新等位基因,使用PCR-SSP、FLOW-SSO以及PCR-SBT等HLA分型技术,发现样本A位点的杂合结果A*240201,300101在外显子2有3个位置与数据库不相符。用组特异性引物分别扩增A*24及A*30基因,对外显子2、3、4进行双向测序,发现1个与A*300101序列相近的新等位基因。分析该等位基因与A*300101序列的差异。用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系。结果表明:该基因与A*300101相比在外显子2有3个碱基的改变,碱基121A→C、123T→C导致密码子17AGT->CGC,17S(丝氨酸)→R(精氨酸);碱基126A→G导致密码子18GGA→GGG,18G(甘氨酸)→G(甘氨酸),该氨基酸是同义突变。成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系,该基因序列已提交GenBank,编号为DQ872509。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,已于2006年8月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*3018(上报编号HWS10004039)。     

HLA新等位基因HLA-A~*2451的认定

目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其中包括与已知所有HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型,其HLA-A位点第3外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与同源性最高等位基因A*2415的差异只是在外显子3区域中的363位碱基发生了G→A1个碱基替代,并导致相应的121密码子由ATG(M)→ATA(I)。结论该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2451。     

HLA-A*110104新等位基因的克隆与序列分析

目的识别并确认中国人群HLA新等位基因。方法采用基因克隆、测序及生物信息学技术,分析HLA新等位基因与HLA已知基因序列的差异。建立HLA新等位基因序列特异引物聚合酶链反应(PCR-SSP)分型方法,并对1200名HLA-A*11阳性的造血干细胞移植无关供者(包含100名HLA-A*11纯合子个体)进行HLA新等位基因筛选和频率分析。结果HLA新基因与A*110101的差异只是在外显子3区域中279位碱基发生C→T突变,导致93位密码子由CAC变为CAT,但氨基酸未发生变化,并最终被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*110104。该新基因出现在2个无关家系中,分别具有2～3代遗传史。在1200名无关供者中未发现其他带有新基因的个体。其基因频率为0．000 83。结论HLA-A*110104新基因具有稳定的遗传性和一定的普遍性,对无关供者的选择和人类学、遗传学等的研究具有一定意义。     

HLA-A新等位基因A*01∶01∶51的DNA序列分析

目的 分析HLA-A*01∶01∶51新等位基因的序列.方法 应用SBT基因分型技术,通过位点特异性PCR扩增和组特异性PCR扩增,对扩增产物进行HLA-A基因的第2、3、4外显子双向测序,将测序结果与数据库进行比对,确认突变的位置.结果 组特异性引物扩增结果显示A位点有2个等位基因,其中1个为A*02∶07∶01,另1个为新等位基因.经BLAST分析,新等位基因与HLA-A* 01∶01∶01∶01序列仅在第4外显子上有1个碱基不同,即第762位C→T,254位氨基酸CTC→CTT,氨基酸没有改变,仍为亮氨酸.新等位基因序列已递交Genebank(JX629459).结论 该HLA-A新等位基因于2012年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*01∶01∶51.     

发现1例新的HLA-A等位基因A~*0299

目的发现和认定一个中国人群中的HLA-A位点新等位基因。方法使用PCR-SSP和PCR-SSO为基础的分型技术筛选可能的HLA新等位基因,应用分子克隆技术和DNA测序的方法确认与最同源HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样品的HLA-A位点结果异常。DNA克隆的测序结果表明,此A位点序列与已知的A*020601的差异在于第3外显子区域中的184位碱基发生了T>A碱基的替换,导致152编码子GTG>GAG,编码的氨基酸由Val>Glu。结论该等位基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2006年7月14日正式命名为HLA-A*0299。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

HLA新等位基因HLA—A＊1127认定

目的发现和认定HLA新等位基因HLA—A＊1127。方法应用PCR—SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,采用分子克隆和PCR产物直接测序方法得到核苷酸序列,通过软件分析基因序列及其与最同源HLA等位基因序列的差异。结果发现1个样品的HLA—A位点结果异常。其序列与已知所有HLA—A等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因A＊1104的差异是在第三外显子区域的570位碱基发生G→C的替换,并导致了相应的166密码子由GAG→GAC,编码的氨基酸由谷氨酸（Glu）变成天冬氨酸（Asp）;571位碱基发生T→G的替换,并导致相应的167密码子由TGG→GGG,编码的氨基酸由色氨酸（Trp）变成甘氨酸（Gly）。结论该等位基因为HLA新的等位基因,被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA—A＊1127。     

中国汉族人群人类白细胞抗原新等位基因A*k1155的确认

背景:在国内发现的新等位基因中,大部分都是先采用人类白细胞抗原分型低分辨方法进行分型,如发现反应格局异常后,再进一步用基因测序或基因克隆方法进行确认,这样有可能导致一些新等位基因末被发现.基因测序分型方法被认为是人类白细胞抗原分型的金标准,它可得出精确的核苷酸序列.目的:直接采用基因测序分型方法对中华骨髓库标本进行检测,识别和确认中国汉族人群中新发现的等位基因.方法:应用中国造血干细胞捐献者测序结果可疑为新等位基凼的重采血样5 mL,采用基因测序分型技术,发现一样本HLA-A位点的杂合结果HLA-A*030101/A*110101在外显子上有1个位置与数据库不符,为了区别哪一个为新等位基因,采用基因克隆(TOPOTA Cloning)技术对两个等位基因1-8外显子进行DNA双向测序,发现1个与HLA-A*110101序列相近的新等位基因,分析两者核苷酸序列的差异.并将测序结果与已知人类白细胞抗原等位基因序列比较分析.结果与结论:通过克隆分离杂合等位基因,再进行测序确认发现新的序列与A*110101相比,在第2外显子第330碱基位置上C→G,密码子86AAC→AAG,发生了氨基酸的改变,由天冬酰氨变为赖氨酸.提示该等位基因为新的HLA-A等位基因,2009-10-31被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-A*1155.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因A~*2466

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A位点新等位基因与A*2402010的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因与已知的HLA-A等位基因均不同,与同源性最高的A*2402010相比,在第3外显子处有4个碱基发生了改变,分别为579位的C>T,580位的C>G,582位的C>A,586位的T>C,最终导致2个氨基酸发生改变:113位的His>Glu,115位的Tyr>His,其中112位的密码子虽然发生了改变,但编码的氨基酸未发生变化,仍然为Tyr。结论该等为基因于2006年7月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2466。     

新等位基因HLA-DRB*116:36的鉴定及确认

目的:鉴定和确认中国人群HLA新等位基因DRB1*16:36。方法:应用PCR-SBT技术对新疆维吾尔族人群血液提取的DNA进行分型,对可能的新等位基因采用组序列特异性引物和单链测序基因分型技术进行测序,与已知同源性最相似基因的序列进行对比,分析两组序列的差异。结果:新等位基因与其同源性最相似的等位基因DRB1*16:23相比,其差异在于第227和236位碱基由A→T和T→C,分别引起第47位氨基酸由酪氨酸→苯丙氨酸、第50位氨基酸由缬氨酸→丙氨酸。结论:确认了该等位基因为HLA-DRB1的一个新等位基因,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*16:36。     

基因测序鉴定新等位基因A＊33：03：14

目的：鉴定一个广东省结直肠癌患者人群中发现的 HLA 新等位基因并检测分析其核苷酸序列。方法采用 Qiagen 试剂盒提取样本 DNA,聚合酶链式反应-直接测序分型技术（PCR-SBT）获得 HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1的核苷酸序列及 HLA 高分辨率分型结果,并分析其与 HLA-A＊33：03：01基因序列的异同。结果发现1个与 HLA-A＊33：03：01核苷酸序列高度相似的新等位基因,与已知 HLA-A＊33：03：01相比,该等位基因在外显子3的碱基位置492出现 T→A 点突变,密码子位置149由 GCT→GCA,所对应编码的氨基酸均为丙氨酸,为同义突变。结论基因测序结果表明该基因序列为新的 HLA 等位基因,已提交 GeneBank,并于2013年2月被世界卫生组织 HLA 因子命名委员会正式命名为 HLA-A＊33：03：14。Genbank 注册号为 HWS10017874。     

HLA-A新等位基因HLA-A~* 110106的核苷酸序列分析

目的研究HLA新的等位基因HLA-A* 110106的分子机制。方法采用商用DNA试剂盒抽提样本基因组DNA,利用HLA-A组特异性引物PCR扩增先证者HLA-A基因的第2、3外显子,经酶法纯化扩增产物后,用第2、3外显子双向测序引物进行测序分析。结果先证者有2个HLA-A等位基因,其中1个为HLA-A*0203,另1个HLA-A等位基因经HLA b last验证为新的等位基因,新的等位基因序列已递交Genbank(EF092416)。与最接近的HLA-A*110101等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第387位G→C,但未引起氨基酸的改变。结论该等位基因为新的HLA-A等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*110106。     

基因测序鉴定新等位基因HLA-A*11:01:37

目的 鉴定1个中国汉族人群中发现的HLA-A新等位基因.方法 应用双链亢接测序分型技术对中华骨髓库志愿捐献者进行常规HLA高分辨分型,发现1份样本HLA-A位点有1个碱基错配,采用单链DNA测序进行新等位基因鉴定.结果 确认1个等位基因序列未曾报道过,与同源性最高的HLA-A*11:01:01相比,该等位基因393位碱基由G变为A,导致107位密码子由GGG变为GGA,编码氨基酸未改变,仍为甘氨酸(Gly).结论 鉴定了1个新的HLA-A等位基因,2012年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*11:01:37,Genbank注册号为JN209962.     

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。     

新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

HLA新等位基因HLA-A~* 33:39的序列分析及鉴定

目的人类白细胞抗原(HLA)新等位基因HLA-A*33∶39的序列分析及鉴定。方法利用多聚酶链反应—基于测序的分型(PCR-SBT)技术鉴定HLA新等位基因。结果发现1个与A*33∶03∶01序列相近的未知等位基因,实验结果表明其在A*33∶03∶01第4外显子649位G>A,其突变造成A*33∶03∶01氨基酸序列中192位的丙氨酸(A)>苏氨酸(T)。结论此为HLA-A位点的1个新等位基因,2010年10月被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-A*33∶0339。     

一例HLA-A新等位基因A*2459的测序分析

本研究探讨HLA新等位基因HLA-A*2459的分子机制。样本DNA抽提采用PEL-FREEZ抽提试剂盒,利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA-A基因的第2-4外显子,PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示:先证者样本中存在2个HLA-A等位基因,其中1个等位基因为HLA-A*1101,另1个经Blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(DQ313255,DQ313256,DQ313257)。与最接近的HLA-A*24020101等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第527位T→C;这导致氨基酸第152位Val→Ala。结论:该等位基因为新的HLA-A等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2459。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。