我国北方蜱中人粒细胞埃立克体16S rRNA基因的检测

本文应用人粒细胞埃立克体病 ( HGE)的病原体的 1 6S r RNA基因序列的特异引物对采自我国北方地区的一些蜱标本进行扩增 ,首次从内蒙古大兴安岭采集的全沟硬蜱、森林革蜱和嗜群血蜱 ,以及从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中扩增出该病原体的 1 6S r RNA基因片段。所测出的 967bp序列与美国 HGE株 ( Gen Bank U0 2 52 1 )的同源性为 1 0 0 %     

荧光定量PCR检测查菲埃立克体

依据查菲埃立克体16SrRNA基因序列设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,以克隆的查菲埃立克体16SrRNA基因片段作DNA模板,建立实时荧光定量PCR检测方法。与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其30倍;用荧光定量PCR检测其他相关立克次体和细菌DNA样本,检出结果为0;对荧光定量PCR检测重复性进行分析,变异系数(CV)批内和批间误差在0·2%~2·0%之间。结果证明本研究建立的荧光定量PCR方法具有种特异性和良好的重复性,可用于检测感染样本中的微量查菲埃立克体DNA。     

用16S rRNA基因序列分析从西藏的微小牛蜱中检出的埃立克体

用埃立克体属特异性套式PCR和DNA序列测定从西藏微小牛蜱检出边缘无形体和埃立克体;用半套式PCR扩得该埃立克体的16S rRNA基因,并测定了它的序列;将该埃立克体的16S rRNA基因序列与其它埃立克体的16S rRNA基因序列进行对比分析,结果证明它的16S rRNA基因与埃立克体属的犬埃立克体群16S rRNA基因相似水平最高(97%～98%);用16S rRNA基因序列做系统发育分析,结果显示该采自西藏的微小牛蜱的埃立克体可能是与查菲埃立克体密切相关的一种新埃立克体.     

人粒细胞埃立克体病——又一种蜱传病

人粒细胞埃立克体病是由人粒细胞埃立克体(HumanGranulocyticEhrlichia,HGE)引起的一种经蜱传播的自然疫源性疾病。该病是继莱姆病、斑点热及人单核细胞埃立克体病等病之后,于1994年发现的又一种蜱传疾病。研究结果表明,HGE是一种以粒细胞为主要靶细胞的埃立克体。通过测?..     

人埃立克体的传播途径及其遗传基础

本文从媒介、宿主、传播途径及其遗传学基础对埃立克体传播循环中获得的最新进展进行综述性回顾,为人埃立克体病的预防提供技术支持和基础资料。     

多重半套式聚合酶链反应检测脑脊液中细菌16S rRNA基因

根据细菌 16Ｓ核糖体ＲＮＡ(ｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ ,ｒＲＮＡ)基因兼有保守性和变异性 ,以及对于本应无菌的体液标本 (如血液、脑脊液 ) ,只要确定有细菌存在即可断定为感染之特点 ,建立了多重半套式聚合酶链扩增 (ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｓｅｍｉ ｎｅｓｔｅｄＰＣＲ)的方法 ,对脑脊液标本中细菌的感染进行检测。在ＧＥＮＥＢＡＮＫ中查得常见细菌 16ＳｒＲＮＡ基因序列 ,用ＤＮＡｓｔａｒ软件进行分析 ,在保守区Ｕ3 和Ｕ8各寻找一段序列作为细菌的通用引物 (上游引物Ｐｕ3:5′ＴＡＣＧＴＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＧＣＧＧＴＡＡＴＡ3′ ,下游…     

RT-PCR方法扩增麻风菌16S rRNA在麻风疗效考核中的价值

目的采用RT-PCR方法检测麻风患者治疗前、中、后皮损组织中麻风菌16S rRNA,观察组织中麻风菌活性,建立评价短程联合化疗（MDT）疗效的指标。方法收集14例麻风患者治疗前、中、后皮损组织,根据临床型别和MDT疗期分组,建立RT-PCR方法扩增麻风菌16S rRNA特异片段。结果 4例少菌型（PB）患者,完成治疗后3例阴转,1例虽未阴转,但该病例分型不详,不排除多菌型（MB）的可能;4例MB患者经治疗6～8个月,其中3例检出麻风菌16S rRNA;6例MB患者,2例完成24个月治疗后患者阴转,另4例经12个月的治疗后,2例阴转,1例呈弱阳性,1例阳性。结论对同一患者在不同疗期采用RT-PCR检测16S rRNA,显示随治疗时间的延长,麻风菌活菌量也随之下降,该方法可评价MDT疗效,结合患者的细菌密度指数,可为确定疗期提供依据。     

16S rRNA基因检测在儿童化脓性脑膜炎早期诊断中的研究

目的探讨儿童化脓性脑膜炎快速诊断方法。方法收集可疑化脓性脑膜炎患儿脑脊液标本85例,分别用16S rRNA基因PCR方法和细菌培养法进行检测,比较两种方法检测病原菌的敏感性。结果85例标本中,PCR方法检测出33例,阳性率为38.82%,培养法检出14例,阳性率为16.47%,PCR方法检出率明显高于培养法（P〈0.01）。结论PCR方法能特异、敏感、快速地检测脑脊液感染的常见病原菌。     

冷血和温血动物血吸虫28S rRNA基因的扩增和酶切片？…

用特异性引物坟增日本血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ）、龙江血居吸虫（Ｓａｎｇｕｎｉｃｏｌａ ｌｕｎｇｅｎｓｉｓ）的成虫和尾蚴和土耳其斯坦东毕吸虫尾蚴２８Ｓ ｒＲＮＡ基因片段,并且用ＴａｐＩ和ＨａｅⅢ两种限制性内切酶对前两者进行酶切,凝胶成像分析结果表明日本血吸虫和东毕血吸虫在该基因片段扩增产物大小表现高度一致,日本血吸虫和龙江血居吸虫在该基因片段的酶切产物存在明显差异,在基因水     

gyrB基因和16S rRNA基因序列分析在沙门菌属细菌鉴别中的临床应用评价

最近研究发现，gyrB基因是16S rRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因。gyrB基因是编码DNA解旋酶B亚单位的基因，其显著优点是基因进化率较快，碱基替换频率较高，在相似细菌的检测和鉴别方面比16S rRNA基因更具优越性。本实验以10株沙门菌为受试对象，     

细菌直接PCR和双引物策略鉴定16S rRNA基因技术的建立

目的探索一种基于16S rRNA基因的快速鉴定细菌方法,为临床诊断治疗及耐药菌的分子遗传分析提供科学依据。方法对卫生部室间质评菌株和临床病人标本分离培养纯菌落,用双蒸水稀释菌落,然后直接以菌液为模板优化反应体系PCR扩增16S rRNA基因片段,再测序扩增片段。将测序结果在细菌Ribosomal数据库中进行同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果本实验鉴定的卫生部质评菌株结果与卫生部报告结果一致。本实验能够一次性鉴定出临床病人标本分离的菌株。结论本研究优化了一种免纯化细菌核酸直接PCR鉴定细菌16S rRNA基因的方法。本研究建立的基于病原细菌16S rRNA基因鉴定方法可用于细菌的快速诊断。     

椰毒假单胞菌部分16SrRNA序列测定及其系统发育地位

采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增了椰毒假单胞菌代表菌株Ｔ７７０７的部分１６ＳｒＲＮＡ基因片段，将扩增片段克隆到Ｍ１３ｍｐ１９噬菌体，扩增后提取其单链ＤＮＡ，用ＤＮＡ测序仪进行测序。所得结果与已发表的其它已知假单胞菌的相应序列进行比较，计算出各菌之间的差异，并据此进行聚类。结果表明椰毒假单胞菌在系统发育上与Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ属的成员关系密切，而与其它假单胞菌种的关系很远。这表明，椰毒假单胞菌应为Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ属的一个种。     

冷血和温血动物血吸虫28S rRNA基因的扩增和酶切片段分析

用特异性引物扩增日本血吸虫 ( Schistosom a japonicum )、龙江血居吸虫 ( Sangunicola lungensis)的成虫和尾蚴和士耳其斯坦东毕吸虫尾蚴 2 8S r RN A基因片段 ,并且用 Taq I和 Hae III两种限制性内切酶对前两者进行酶切 ,凝胶成像分析结果表明日本血吸虫和东毕血吸虫在该基因片段扩增产物大小表现高度一致 ,日本血吸虫和龙江血居吸虫在该基因片段的酶切产物存在明显差异 ,在基因水平证实血吸虫类群中 ,寄生温血动物同属裂体科的日本血吸虫、东毕血吸虫与寄生冷血动物的血居科吸虫相比 ,前两者有着非常相近的亲缘关系。龙江血居吸虫成虫在 PCR扩增过程中 ,除了出现 1条 12 2 7bp的主带外 ,还呈现 1条 962 bp的弱带 ,在尾蚴则并未出现 ,单链构象多态性分析 ( SSCP) ,日本血吸虫成虫和尾蚴带型一致 ,龙江血居吸虫成虫呈现出至少 3条条带 ,而其尾蚴表现出清晰的 2条条带 ,进一步证实在发育过程中 ,龙江血居吸虫虫体间存在有该重复序列的变异。     

Effect of comprehensive validation of the template isolation procedure on the reliability of bacteraemia detection by a 16S rRNA gene PCR

The influence of the DNA extraction method on the sensitivity and specificity of bacteraemia detection by a 16S rRNA gene PCR assay was investigated. The detection limit of the assay was 5 fg with purified DNA from Escherichia coli or Staphylococcus aureus, corresponding to one bacterial cell. However, with spiked blood samples, the detection limits were 10(4) and 10(6) CFU/mL, respectively. The sensitivity of the S. aureus assay was improved to the level of the E. coli test with the addition of proteinase K to the commercial DNA extraction kit protocol. Ten (16.6%) of 60 amplification reactions were positive with templates isolated from sterile blood, while PCR reagent controls were negative, thereby indicating contamination during the DNA extraction process. Blood samples were spiked with serial dilutions of E. coli and S. aureus cells, and six PCR results were obtained from three extractions for each blood sample. A classification threshold system was devised, based on the number of positive reactions for each sample. Samples were deemed positive if at least four positive reactions were recorded, making it possible to avoid false-positive results caused by contamination. These results indicate that a comprehensive validation procedure covering all aspects of the assay, including DNA extraction, can improve considerably the validity of PCR assays for bacteraemia, and is a prerequisite for the meaningful detection of bacteraemia by PCR in the clinical setting.     

产ESBL肺炎克雷伯菌中16S rRNA甲基化酶的分布与相关耐药性的研究

目的 调查我院产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株16S rRNA甲基化酶基因的分布以及与耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学分析中的作用.方法 收集我院临床2010年3月至9月分离出69株非重复产ESBL肺炎克雷伯菌,采用PCR法检测16S rRNA 甲基化酶基因,并对阳性菌株进行ESBL基因及整合子基因分析,通过DNA直接测序确定.质粒接合试验和质粒消除试验确定16S rRNA甲基化酶基因的传播途径,利用ERIC-PCR技术进行基因分型.结果 69株产ESBL肺炎克雷伯菌中有rmtB阳性菌株20株(28.9％),其中2株同时携带有rmtB和armA.在20株产16SrRNA甲基化酶菌株中,均携带有CTX-M基因,测序显示14株CTX-M-14基因,6株CTX-M-15基因;14株携带有TEM-1基因;8株携带有SHV基因,测序显示5株SHV-12基因,3株SHV-11基因;3株携带有OXA-10基因;3株携带有VBE-1基因.另有12株携带有int1阳性,含有5种不同的耐药基因盒,分别携带drfA25、drfA1、drfA12、aadA1、aadA2、sat和blaVEB-1基因.ERIC-PCR法显示20株16SrRNA甲基化酶基因阳性的肺炎克雷伯菌主要分为5型,A型为优势流行克隆株.质粒接合和消除试验发现A型克隆株KP5和KP16 rmtB均位于一质粒上并通过接合传播.结论 本院产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株中存在16S rRNA甲基化酶基因rmtB的普遍流行,导致对多种氨基糖苷类抗生素高水平耐药.rmtB可通过水平基因传播和克隆传播的两种方式进行播散,并且存在同时产ESBLs、16S rRNA甲基化酶和Ⅰ类整合子的肺炎克雷伯菌的传播.     

Early prosthetic joint infection due to Ureaplasma urealyticum: Benefit of 16S rRNA gene sequence analysis for diagnosis

Detection of the most frequently bacteria involved in prosthetic joint infection (PJI) is usually performed by conventional cultures. We report a case of early PJI due to Ureaplasma urealyticum, diagnosed by 16S rRNA gene sequence analysis, which highlights the interest of molecular methods if fastidious bacteria are involved in PJI.     

鲍曼不动杆菌armA基因的分布与耐药性的研究

目的 调查我院鲍曼不动杆菌中16S rRNA甲基化基因armA的分布以及与鲍曼不动杆菌耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学分析中的作用.方法 收集72株鲍曼不动杆菌,采用K-B法对鲍曼不动杆菌进行药物敏感试验,后采用PCR筛选鲍曼不动杆菌的16S rRNA甲基化基因armA,并利用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型.统计各鲍曼不动杆菌菌株对多种氨基糖苷类药物的药敏结果,并分析基因型与耐药性的关系.结果 根据PCR产物片段大小,72株鲍曼不动杆菌共有armA基因阳性菌株20株(27.8%).含有armA基因型鲍曼不动杆菌菌株对庆大霉素、妥布霉素和阿米卡星的耐药率均为90%;随机扩增多态性DNA法显示20株armA基因阳性的鲍曼不动杆菌主要分为7型,A型为优势克隆株.结论 产16S rRNA甲基化基因armA的鲍曼不动杆菌菌株可对多种氨基糖苷类抗生素高水平耐药.同一克隆菌株在病房内和病房间的传播为我院armA基因传播的主要方式.     

Yersinia enterocolitica 16S rRNA gene types belong to the same genospecies but form three homology groups

The species Yersinia (Y.) enterocolitica consists of biochemically and serologically heterogeneous strains. A vernacular nomenclature divides these strains in 'European' and 'American' bioserotypes. We investigated six strains of each group by DNA-DNA hybridization, determination of G + C mol% content and sequence alignment studies. Based on different DNA-DNA hybridization values and the 16S rRNA gene sequences a division into two Yersinia enterocolitica subspecies is justified. We propose the names Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica for strains belonging to the 16S rRNA gene type represented by the Type strain ATCC 9610 and Yersinia enterocolitica subsp. palearctica for strains belonging to the 16S rRNA gene type of strain Y11 (DSMZ13030).