基因芯片技术在肿瘤研究中的应用

基因芯片是将大量靶基因 (或基因片段 )用点样仪有序地(点与点之间的距离一般小于５００μｍ )点在玻璃、硅等载体上制作而成 ,包括ＤＮＡ芯片 (ＤＮＡ微阵列 )与ｃＤＮＡ芯片（ｃＤＮＡ微阵列 )两种。将待测样品用荧光染料标记制成的探针与芯片杂交 ,杂交信号用激光扫描仪检测 ,计算机分析检测结果 ,可获得类似于传统的点杂交等的分子杂交数据 ,比较各组间靶基因表达谱的差异 ,可达到快速、高效、高通量及平行性地分析生物信息的目的。近年来 ,基因芯片技术已广泛地应用于肿瘤的多项研究中。１肿瘤性疾病的分类、诊断和预后与传统的分子诊…     

DNA及寡聚核苷酸微型阵列芯片的研究进展

1　引言近年来,ＤＮＡ及寡聚核苷酸的微型阵列(ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ)芯片(也称ＤＮＡ芯片或基因芯片)在制造技术上得到了很大的发展,在生物学和医学等领域的应用更为世人瞩目。ＤＮＡ及寡聚核苷酸微型阵列芯片,概括说即使用光刻或点样技术将ＤＮＡ或寡聚核苷酸阵列制作在玻璃或尼龙基底上,样品ＤＮＡ经ＰＣＲ扩增和荧光探针插入(或同位素标记)后,对微型阵列进行杂交,从而能进行大量平行的基因表达和基因发现研究。此种技术已成功地用于对上千种基因同时进行表达监控、大范围的基因发现、多态性检测和基因组ＤＮＡ克隆的遗传图谱绘制。微型…     

35例下生殖道病损的HPV基因芯片检测分析

目的比较基因芯片与聚合酶链反应(PcR)在人乳头瘤病毒(HPV)检测分型中的优缺点。方法抽提待检样品的核酸,扩增及荧光标记后与HPV检测及分型基因芯片杂交,用GMS418扫描仪对杂交后的芯片进行扫描检测;同时用PCR的方法对这些样品进行HPV检测。结果3例假性湿疣均无HPV检出,22例尖锐涅疣和6例宫颈癌组织HPV均为阳性,4例CINII-Ⅲ级中3例HPV阳性,1例阴性：基因芯片检测结果与PCR结果一致。结论HPV检测分型芯片是一种敏感高效的HPV检测分型方法。     

DNA芯片对生命科学发展的影响

阐述了基因芯片技术在生命科学中的应用原理及重要影响。 90年代出现的 DNA芯片技术是一种高度集成、超微化、快速、平行核酸序列测定及定量分析技术 ,它是将成千上万个探针分子即特定序列的核酸片段有序地固定在一块厘米见方的玻璃、硅胶、尼龙膜等载体上 ,与标记核酸分子进行杂交 ,通过检测杂交信号的强弱来推断样品的分子数量及序列信息。基因芯片的出现无疑将会给生命科学等众多领域带来一场革命     

基因芯片技术及其在结核病研究中的应用

基因芯片技术是将预先设计好的探针DNA在芯片上做成点阵，按碱基配对的特性与样品中DNA杂交，通过计算机进行高效解读和分析，获取大量信息。本文对该技术及其在结核病的诊断、基因突变和多态性分析、菌种鉴定、药物筛选和致病机制方面进行综述。     

分子生物学技术在肝癌研究中的应用

肝癌的发生是有其分子生物学基础的。自８０年代以来许多技术相继开发应用到肿瘤的分子生物学研究，并取得了显著的成效。一类主要用于基因组ＤＮＡ的检测，如肝癌基因和抑癌基因的定位克隆，比较基因组杂交，代表性差异分析；用于ｃＤＮＡ或ｍＲＮＡ或ｍＲＮＡ水平的技术包括消减杂交、差异显示ＰＣＲ、ｃＤＮＡ代表性差异分析、ＤＮＡ芯片及探微列陈等。这些技术的应用为肝癌的分子生物学研究开拓了一个崭新的领域。１ＤＮＡ水平的研究１．１ 定位克隆癌基因和抑癌基因：利用各种ＤＮＡ多态性标记对癌基因或抑癌基因进行染色体定位进而克…     

DNA分子标记技术：一种新的中药分析方法

中药分析的主要任务是鉴定品种真伪,确定质量优劣。分子生物学研究发现,中药(不含矿物类及分泌物类药材如牛黄、马宝、燕窝和乳香、没药等)所依赖的生物资源———“物种”的生物多样性(Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ)是由于其基因组中ＤＮＡ多态性(Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ)的结果,检测这种多态性的方法就是ＤＮＡ分子标记技术(ＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓ)。它比在形态、组织和化学水平上检测更能代表中药分析的遗传本质。在ＤＮＡ分子水平,分子杂交(Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ)和聚合酶链反应(Ｐｏｌｙｍｅ…     

LAMP联合基因芯片技术在肺炎衣原体检测中的应用

目的 开发一种可以快速、准确检测肺炎衣原体的检测方法.方法 采用环介导等温核酸扩增技术(LAMP)对肺炎衣原体的特异性DNA保守片段进行扩增,将扩增的DNA与基因芯片进行杂交,观察是否可在芯片相应的区域出现杂交信号.结果 只有肺炎衣原体DNA经LAMP反应后出现特异性的扩增条带,经LAMP扩增后的产物与基因芯片杂交,仅肺炎衣原体区域出现杂交信号.结论 LAMP技术联合基因芯片技术具有高度敏感性、高度特异性的特点,可快速准确地检测肺炎衣原体.     

RDPCR技术检测p53基因DNA损伤的研究

目前可资利用的检测特定基因ＤＮＡ损伤的手段较少。连接介导聚合酶链反应 (ｌｉｇａｔｉｏｎ ｍｅｄｉａｔｅｄｐｏｌｙ ｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ ,ＬＭＰＣＲ)技术由于其灵敏度高和特异性强等优点 ,在研究ＤＮＡ加合物和氧化损伤等方面有较多报道[1～ 3] ,我们也成功地将其应用于检测ＤＮＡ链断裂[4 ] 。但该技术需用酶或化学方法处理在碱基修饰位点把ＤＮＡ链人为切断 ,限制了其应用[5] 。Ｇｒｉｍａｌｄｉ等[6 ] 改进设计的单链连接ＰＣＲ (ｓｉｎｇｌｅ ｓｔｒａｎｄｌｉｇａｔｉｏｎＰＣＲ ,ＳＬＰＣＲ)技术 ,虽然克服…     

基因芯片技术及其在疾病诊断上的应用

生物芯片 (或称微阵列技术 )是将大量序列已知的寡核苷酸分子、基因片段或多肽分子等 ,应用特殊的微阵列技术固定在玻璃、硅片、塑料等材料上 ,被测片段经荧光等物质标记后与芯片上的探针分子结合 ,通过激光共聚焦扫描仪或电荷偶联摄像机 (ＣＣＤ)对各阵列荧光信号的强度进行检测 ,就可对大量标本的序列特征、基因表达量或表达差异等进行平行分析[1～ 4 ] 。根据芯片上探针类型的不同 ,生物芯片可分为基因芯片和蛋白芯片两类。从 90年代生物芯片技术出现至今 ,在短短几年内 ,该技术已在基因测序[5] ,基因突变及多态性分析[6～ 7] ,基因表达…     

重组人组织型纤溶酶原激活剂中细胞残余DNA的检测

采用地高辛标记探针,以核酸分子班点杂交技术检测重组人组织型纤溶酶原激活剂（ｒｔ－ＰＡ）中细胞残余ＤＮＡ的方法。从样品中去掉蛋白提取ＤＮＡ的方法能有效的避免蛋白对检测结果的干扰,其灵敏度和结果都能较好地达到ＷＨＯ的要求。     

肝炎基因诊断芯片检测肝炎患者血清及肝组织中HBVDNA、HCVRNA的临床研究

目的：研究乙型和丙型病毒性肝炎基因诊断芯片的制备和其对血清及肝组织中HBVDNA、HCVRNA检测的准确性。方法：根据肝炎病毒的特征基因片段设计探针序列，荧光标记，将其以微阵列形式排列在经过特殊处理的玻片上，同时点上系统监控的内参照基因，制成肝炎基因诊断芯片；从待测血液、组织标本中抽取微量肝炎病原体DNA（RNA），与芯片杂交，用特有的荧光波长扫描芯片通过计算机软件进行分析诊断^[1-5]；用病毒性肝炎基因诊断芯片双盲检测40例乙型肝炎患者血清，40例健康人血清、40例丙型肝炎患者血清，99例肝炎后肝硬化肝组织蜡块标本，15例慢性乙型肝炎患者肝组织活检标本及血清，同时用荧光微粒子定量法测定血清中乙型肝炎病毒标志物HBsAg、HBeAg,PCR法检测血清中HBVDNA、HCVRNA，免疫组化法检测肝组织HBcAg、原位分子杂交法检测HBVDNA。结果：40例乙型肝炎病毒标志阳性血清，基因芯片检测阳性30例，阴性10例，40例丙型肝炎血清，基因芯片检测阳性25例，阴性15例，40例健康人血清，基因芯片检测均阴性。15例血清乙型肝炎病毒标志物阳性的患者做肝活检，血清基因芯片检测阳性15例，肝组织标本免疫组化HBcAg阳性15例，原位分子杂交HBVDNA阳性14例，基因芯片检测阳性14例。99例乙型肝炎后肝硬化肝组织石蜡标本，免疫组化HBcAg阳性67例，HBV DNA原位分子杂交阳性53例，基因芯片检测阳性46例，其中肝组织免疫组化HBcAg、原位分子杂交HBV DNA均阳性者40例，单HBcAg阳性者检出6例，阴性33例。结论：我们设计的基因芯片可同时检测乙型和丙型肝炎病毒；其对丙型肝炎的诊断阳性率较低；其检测肝组织中的HBVDNA，同原位分子杂交，HBVDNA结果相比，阳性检出率可达76％（40／53）；其不但能用于血清中HBVDNA检测，同时可用于肝组织中的HBVDNA的检测。     

彗星试验检测DNA交联及其修复效应的研究

ＤＮＡ交联一般分为ＤＮＡ 蛋白质交联 (ＤＮＡ ｐｒｏｔｅｉｎｃｒｏｓｓｌｉｎｋｓ,ＤＰＣ)和ＤＮＡ ＤＮＡ交联 (ＤＮＡ ＤＮＡｃｒｏｓｓｌｉｎｋｓ,ＤＤＣ)两类 ,它们都是环境污染物和化学致癌物引起的生物大分子物质发生遗传损害的结果。与其他类型ＤＮＡ损伤相比 (如ＤＮＡ链断裂 ) ,ＤＮＡ交联较难修复或易于发生易错修复 ,在细胞周期中维持时间较长。当ＤＮＡ复制时 ,一些重要的基因容易丢失 ,且经常发生染色体断裂 ,甚至致死性突变[1 ,2 ] 。故筛检环境化学物的ＤＮＡ交联性损伤和观察其修复效应具有极其重要的意义。然而 ,由于检…     

基因芯片检测拉米夫定治疗慢性乙型肝炎后引起的HBV YMDD变异

目的 建立乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片对拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中出现的肝炎病毒P基因区YMDD变异进行快速准确的检测诊断方法。方法 设计特异性寡核苷酸探针数组，特别处理芯片载体，用点样法制备乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片。选择30例服用拉米夫定后，HBV DNA转阴(＜500copies／m1)，68周后又反跳≥500copies／ml的病人进行基因芯片杂交检测分析。同时用PCR直接测序法对病人血清标本进行双盲HBV DNA聚合酶活性区域测序对照。结果 30例服药后HBV DNA反跳病人中，基因芯片测得HBV YMDD变异21例，其中YVDD变异11例，YIDD变异10例。HBV DNA PCR直接序列测定结果为有核苷酸A741变为G，使氨基酸由蛋氨酸552变为缬氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YVDD)，6例核苷酸A669变为C，氨基酸由亮氨酸528变为蛋氨酸；核苷酸G743变为T，使氨基酸由蛋氨酸552变为异亮氨酸。(氨基酸基序TM—DD变为YIDD)。其中有3例伴有核苷酸T781变为C，使氨基酸由亮氨酸565变为脯氨酸。标本阳性变异序号与基因芯片检测结果完全一致。结论 乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片可以同时检测YVDD、YIDD变异，与PCR直接测序法比较，准确率达100％。     

基因芯片技术及其在药物研究和开发中的应用

随着人类基因图谱的日益完善和后基因组研究的进展．世界正进入一个以生物信息为重要内容的生命科学时代。药物的研究和开发已经进入基因信息时代，药物基因组学是国际药学界的重要热点研究方向．它将给目前的药物研究和开发应用模式带来一场革命。基因芯片，又称DNA微探针阵列(Microarray)，是在固体基因表面上集成已知序列的基因探针，被测生物细胞或组织中大量标记的核酸序列与上述探针阵列进行杂交，通过检测杂交探针的位置。     

两种检测人乳头状瘤病毒方法的相关性研究

目的探讨导流杂交基因芯片技术和第二代杂交捕获法检测宫颈液标本中人乳头状瘤病毒(HPV)感染的一致性,评价导流杂交基因芯片技术的临床应用价值。方法采用导流杂交基因芯片技术和第二代杂交捕获法对356例疑似HPV感染的标本进行基因诊断,对检测结果不一致的标本进行DNA测序,根据测序结果进行HPV分型,比较这两种方法对13种高危型HPV检测结果的符合情况。结果导流杂交基因芯片技术检测13种高危型HPV的检出率78.9%(281/356),其中单一感染217例,多重感染64例;第二代杂交捕获法检测结果阳性280例;两种方法检测13种高危型HPV的总符合率92.6%,总Kappa指数(KI)0.891,二者有很好的一致性。结论导流杂交基因芯片技术适合更临床筛查HPV感染及对HPV进行基因分型。     

硫霉素产生菌卡特利链霉菌A520基因文库的构建

以大肠杆菌／链霉菌穿梭柯斯质粒ｐＫＣ５０５为载体，构建了卡特利链霉菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓｃａｔｌｅｙａ）Ａ５２０在大肠杆菌ＤＨ１的基因文库，重组质粒插入外源片段的概率在９５％以上，插入外源片段的大小为２０～３０ｋｂ。以链霉菌染色体分子量为１０４ｋｂ计算，由４０００个转化子构成的基因文库可以概括卡特利链霉菌Ａ５２０约９９％的基因组。用已经克隆的硫霉素环化酶基因上游的１．５ｋｂＤＮＡ片段作为探针杂交，从基因文库得到３２个阳性克隆。用利波曼链霉菌（Ｓ．ｌｉｐｍａｎｉ）中的ＩＰＮＳ基因作为探针杂交，从基因文库得到１个阳性克隆ｐＫＷ２０１／ＤＨ１，并为Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交进一步证实杂交片段在ＢａｍＨⅠ２．７ｋｂ片段上。用来自带小棒链霉菌（Ｓ．ｃｌａｖｕｌｉｇｅｒｕｓ）的克拉维酸生物合成途径中的环化酶基因ｃｓ２作为探针杂交进行筛选，得到１个阳性克隆ｐＫＷ３０１／ＤＨ１，说明所构建的基因文库比较完整，并为进一步研究硫霉素产生菌卡特利链霉菌Ａ５２０中抗生素生物合成基因打下了良好基础     

我国生物芯片的研究与产业化进程

自１９９６世界上第一块基因芯片诞生以来,以生物芯片为主体的现代生物技术飞速发展,在短短５年不到的时间内已经产生了许多优异的成果。 生物芯片是指能对生物分子进行快速处理和分析的指甲盖大小的固体薄型器件,是便携式生化分析仪器的技术核心,包括芯片实验室、基因芯片、蛋白芯片等。生物芯片研究与创新,在疾病诊断、预防和治疗方面展现了难以估量的前景。基因芯片利用分子杂交原理,对遗传物质进行分子检测、识别,可用来研究基因功能,进行司法鉴定,疾病检测、药物筛选等。与传统生物技术相比,基因芯片具有高效、快速、准确的…     

Vaxfectin提高抗原特异性抗体滴度并维持对质粒DNA疫苗的Th1型免疫应答

Ｖａｘｆｅｃｔｉｎ是新型阳离子类脂物质。为了探讨其作为质粒ＤＮＡ (ｐＤＮＡ)疫苗佐剂的作用 ,作者分别将编码流感病毒核蛋白 (ＮＰ)、鸡胚溶菌酶 (ＨＥＬ)、大肠杆菌ＬａｃＺ( β ｇａｌ)、小鼠Ｉｄ 人Ｆｃ以及人Ⅸ因子的ｐＤＮＡ与其混合 ,制备成ｐＤＮＡ Ｖａｘｆｅｃｔｉｎ复合物 ,以确定该复合物经肌肉接种后 ,是否改变了由ｐＤＮＡ诱导的Ｔｈ1型免疫应答、所产生细胞因子的变化以及白细胞介素 6 (ＩＬ 6 )对抗体水平的影响。　　选择 6～ 8周龄雌性ＢＡＬＢ ｃ小鼠 ,分别用 5μｇｐＤＮＡ或ｐＤＮＡ Ｖａｘｆｅｃｔｉｎ于小鼠四头…     

天花粉蛋白诱导细胞凋亡相关基因表达

目的　观察细胞凋亡相关基因的表达。方法　天花粉蛋白诱导Ｕ９３７细胞凋亡后,用锚定引物和随机引物进行差异显示逆转录ＰＣＲ反应,回收差异条带,进行ＲＮＡ点杂交。用细胞凋亡时高表达的差异片段筛选胎肝ｃＤＮＡ文库,随后测序,行Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交。结果　用细胞凋亡时高表达的差异片段筛选胎肝ｃＤＮＡ文库,获得一个１－４ｋｂ的ｃＤＮＡ克隆,该ｃＤＮＡ序列中部分碱基与人Ｂｒｕｔｏｎ○ｓ酪氨酸激酶高度同源。用１－４ｋｂｃＤＮＡ进行Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交证实该基因在细胞中有３个转录本存在,其中０－７ｋｂ的ｍＲＮＡ在凋亡细胞中高表达。同时观察到Ｄｒｇ １基因高表达。结论　用差异显示逆转录ＰＣＲ方法结合ｃＤＮＡ文库筛选,寻找到１－４ｋｂ的ｃＤＮＡ片段,部分序列与Ｂｒｕｔｏｎｓ酪氨酸激酶高度同源,是与细胞凋亡有关的新基因的部分片段。凋亡相关基因Ｄｒｇ １在天花粉蛋白诱导Ｕ９３７细胞凋亡时高表达。