登革病毒cDNA的生物信息学分析及其O1igo探针设计

目的 设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法 利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对，得到有意义的特异序列；然后用生物学软件Oligo6．0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果 获得48条70-mer Oligo探针，用于打印成DNA芯片，进行登革病毒的检测。结论 利用BLAST系统和生物学软件Olig06．0设计登革病毒诊断芯片的探针，是一种简便可行、有效的方法。     

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针.方法 使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer 4.2对其进行寡核苷酸探针设计.结果 设计出12条60 mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备.结论 将BLAST系统和Array designer 4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

登革病毒cDNA的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印成DNA芯片,进行登革病毒的检测。结论利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.0设计登革病毒诊断芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片.方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用 DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo探针,并制备成Oligo芯片.B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析.结果与结论获得22条60 mer探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件.     

肝炎诊断芯片60-mer长链寡核苷酸探针的设计研究

目的:通过生物信息学软件对易引起慢性肝炎的三种肝炎病毒基因组结构进行分析,设计肝炎病毒诊断分型芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)、丙型肝炎病毒(HCV)6个亚型的DNA及cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物信息学软件Array designer 3.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得156条60-m er探针,用于打印成DNA芯片,进行HBV、HDV的联合检测和HCV的基因分型。结论:利用BLAST检索系统和生物学软件Array desig-ner 3.0设计肝炎病毒诊断分型芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

HSV-2的生物信息学分析及其探针设计的探讨

目的 利用生物信息学分析单纯疱疹病毒2型(HSV-2)基因序列的特点,设计HSV-2诊断芯片的Oligo探针. 方法 利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5对HSV-2序列进行分析,并通过BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针. 结果 利用Madab7.0和ANTHEPROT V5分析HSV-2二级结构的分布以及其理化性质,同时生物学软件Olig06.0获得13条60-merOligo探针.结论通过生物信息学设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础.     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的 研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(T_m)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果 与结论 获得22条60mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。     

细小病毒B19的芯片检测方法构建

 目的   运用基因芯片技术构建快速简便检测B19 细小病毒的方法,用于B19 病毒的大规模筛查和早期诊断。方法  利用Oligo6.0和primer5.0 软件分别设计出5 对引物（其中每对引物中的1 个用Cy5 标记）和6 个探针,将探针固定在特制的醛基检测芯片上。分别提取B19 病毒全基因组质粒、患者组血清、正常组血清的DNA,进行不对称扩增,产物与芯片杂交,观察结果;DNA测序验证芯片检测结果的准确性;观察等倍稀释不对称PCR 扩增产物杂交信号的强度变化,检测芯片的灵敏度。结果  电泳结果表明PCR扩增获得的DNA片段和预期表达片段大小一致。芯片杂交结果和DNA测序验证结果完全吻合,芯片杂交信号的强弱会随着DNA浓度的降低而减弱。结论  本研究建立了细小病毒B19的芯片检测方法,该方法并具有较高的灵敏度和特异性。     

细小病毒B19诊断芯片探针的制备

目的 制备细小病毒B19诊断芯片探针。方法 利用Primer Premier5．0软件针对细小病毒B19基因保守区域设计PCR引物，纯化扩增产物，克隆鉴定。结果 序列分析表明，扩增片段均为细小病毒B19特异基因。结论 利用PCR扩增产物可制备细小病毒B19诊断芯片探针。     

利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒

目的：利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒。方法：根据序列Blast比对分析结果，设计逆转录不对称PCR扩增引物和寡核苷酸检测探针。采用Trizol试剂从人静脉血中提取总RNA，经过逆转录和不对称PCR扩增得到的PCR产物与排列有寡核苷酸探针的芯片杂交，杂交后的芯片经激光共聚焦扫描分析。结果：SARS阳性样品与寡核苷酸芯片杂交后出现阳性杂交信号，具有不同二级结构的寡核苷酸探针杂交信号强度不一。结论：寡核苷酸芯片适于快速准确、平行大量地检测SARS病毒。     

EBV病毒全基因组cDNA探针的设计与制备

目的 设计和克隆所有EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针用于构建EBV微阵列,以促进研究EBV在其相关疾病中的发病学作用。方法 cDNA探针首先由Oligo6.0,Blast和Primer Primier软件设计和筛选全EBV基因组探针,它们的长度被定在300~600 mer并且具有高度特异性。从B95-8细胞和NPC组织的基因组DNA和RNA中,通过PCR和RT-PCR方法扩增这些探针,之后克隆入T/A克隆载体。所有的探针被测序鉴定。结果 除LF1和LF3基因在B95-8细胞的EBV基因组中不存在外,其余85个基因片段(BWRF1基因有7个重复阅读框架)和两个EBERs基因被成功克隆。结论 EBVcDNA探针的设计和克隆为制备EBV微阵列和进一步研究EBV基因组在其相关疾病中的作用奠定了基础。     

EBV病毒全基因组cDNA探针的设计与制备

目的设计和克隆所有EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针用于构建EBV微阵列,以促进研究EBV在其相关疾病中的发病学作用.方法cDNA探针首先由Oligo6.0,Blast和Primer Primier软件设计和筛选全 EBV基因组探针,它们的长度被定在300～600 mer并且具有高度特异性.从B95-8细胞和NPC组织的基因组DNA和 RNA中,通过PCR和RT-PCR方法扩增这些探针,之后克隆入T/A克隆载体.所有的探针被测序鉴定.结果除LF1和LF3基因在B95-8细胞的EBV基因组中不存在外,其余85个基因片段(BWRFl基因有7个重复阅读框架)和两个EBERs基因被成功克隆.结论EBV cDNA探针的设计和克隆为制备EBV微阵列和进一步研究EBV基因组在其相关疾病中的作用奠定了基础.     

应用PCR快速制备细小病毒B19诊断芯片探针

目的制备细小病毒诊断芯片探针。方法利用Primer Premier 5.0针对细小病毒B19基因保守区域设计PCR引物,将PCR产物克隆pMD-18 T载体。结果序列分析显示,PCR产物均为细小病毒B19特异保守基因。结论利用PCR扩增产物制备诊断芯片探针是一种简便有效的方法。