基于肠道菌群探讨益生菌对儿童营养不良的影响

营养不良严重威胁儿童生长发育,是急需解决的公共健康问题。肠道菌群调解人体的多项生理功能,影响机体健康。研究发现提高肠道菌群的稳定性可为治疗相关疾病提供新思路,近年来相关研究也佐证了营养支持和益生菌介入对肠道菌群的有益影响。因此本综述从肠道菌群的生理功能入手,探讨其与儿童营养不良的关系,着重分析益生菌在治疗儿童营养不良方面的影响,从而根据“个性化”的肠道菌群特征制定益生菌“精准治疗”方案,为预防及治疗儿童营养不良提供新思路。     

高通量测序技术分析喂养不耐受早产儿肠道菌群的动态变化

目的:了解喂养不耐受(FI)早产儿肠道菌群的动态变化。方法:选取2017年1-7月徐州医科大学附属徐州市妇幼保健院新生儿科收治的56例喂养不耐受早产儿,入院后常规应用广谱青霉素,发生喂养不耐受时给予小剂量红霉素促进胃肠动力治疗。采集患儿生后首次胎便(FI1组)、出现喂养不耐受时的粪便(FI2组)、喂养不耐受消失后的粪便(FI3组),采用高通量测序技术对粪便样本中所有细菌进行16S rRNA测序,比较各组菌群的多样性及丰度变化。结果:与FI1组相比,FI2组的Shannon、Ace指数均下降,克雷伯杆菌丰度升高,拟杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、罗尔斯通菌、红球菌的丰度降低(P均<0.05)。FI3组与FI2组的Shannon、Ace指数及克雷伯杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、红球菌丰度比较差异均无统计学意义(P均>0.05),FI3组的拟杆菌、罗尔斯通菌丰度继续降低(P均<0.05)。结论:早产儿喂养不耐受发生时,肠道菌群的多样性及丰度明显降低,克雷伯杆菌丰度升高,拟杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、罗尔斯通菌、红球菌的丰度降低。     

高通量测序技术分析化疗对食管癌患者肠道菌群的影响及其与化疗效果的关系

目的 探讨化疗对食管癌患者肠道菌群的影响及其与化疗效果的关系。方法 选取2021年11月至2022年3月河南省南阳市中心医院收治的食管癌患者12例。收集其化疗前及化疗2个周期后的粪便样本,采用16S rRNA高通量测序技术分析粪便样本中的微生物多样性和组成差异,以及不同化疗效果组之间的菌群差异。结果 在门水平上,化疗前后食管癌的肠道菌群均主要由厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门组成,占总群落的96.0%以上。化疗后粪便样本中表征肠道菌群丰富度的Chao1指数和Observed-species指数以及表征肠道菌群多样性的Shannon指数和Simpson指数均明显高于化疗前样本[(1 916±1 260)比(1 005±302)、(1 672±1 073)比(869±279)、(7.0±1.3)比(5.9±0.7)、(0.96±0.03)比(0.93±0.06)],差异均有统计学意义(均P<0.05)。Beta多样性分析结果显示化疗后与化疗前的粪便样本中的菌群结构差异有统计学意义,组间差异大于组内差异(R=0.089,P=0.049)。线性判别分析效应大小分析显示,肠道菌群厚壁...     

高通量测序分析附子、红参不同比例配伍对大鼠肠道菌群的影响

目的 初步研究附子、红参不同比例配伍对大鼠肠道菌群的影响。方法 红参、附子分别采用8倍体积的70%乙醇加热回流提取2次,每次1 h,制备醇提物。将15只SD大鼠随机分成A、B、C 3组,每组5只,A组为附子醇提物单独给药组,给药量为0.415 g/kg,B、C组分别为附子、红参配伍比例1∶1（红参醇提物1.17 g/kg）和1∶2（红参醇提物2.34 g/kg）给药组,每天ig给药1次,连续给药7 d。给药结束后,于第8天收集大鼠粪便,提取粪便中细菌的DNA,对粪便菌群的16Sr-RNA的V4区进行扩增,利用Miseq高通量测序平台进行基因序列的测定,利用Uparse software对序列进行分析,将相似性在97%以上的序列进行归并,生成分类操作单元（OTU）;利用QⅡME软件计算样品的菌群丰度指数（Ace、Chao1）、菌群多样性指数（Simpson、Shannon）。结果 A组和B组的OTU数量较C组显著增多（P<0.05）;A组和B组Ace、Chao1指数为1 393、1 368和1 085、1 057,C组Ace和Chao1指数为889和884,A组和B组较C组显著增多（P<0.05、0.01）;厚壁菌门、拟杆菌们和变形菌门均为3组样品中的优势菌门;在属的水平上,C组中乳酸杆菌属和拟杆菌属含量较A组和B组增加。结论 红参与附子不同比例配伍可对大鼠肠道菌群产生显著的影响,随红参比例的增加,可能在一定程度上改善肠道的微生态环境。     

白头翁皂苷对大鼠肠道菌群组成及多样性的影响

目的 采用高通量测序研究白头翁皂苷对大鼠肠道菌群多样性及组成的影响.方法 将12只雄性大鼠随机分为两组各6只,给药组灌胃白头翁皂苷,对照组灌胃空白溶剂(羧甲基纤维素钠溶液),均给药7d.采集大鼠新鲜粪便样本,进行微生物群落多样性测序及交互式分析,生物信息分析软件分析测序结果,比较两组大鼠肠道菌群组成和结构.结果 两组大...     

基于高通量测序研究半夏泻心汤对3-脱氧葡萄糖醛酮致糖尿病前期大鼠肠道菌群的影响

目的 研究半夏泻心汤对3-脱氧葡萄糖醛酮(3 DG)致糖尿病前期大鼠肠道菌群的影响.方法 大鼠连续灌胃3DG(50 mg·kg-1·d-1)2周制得糖尿病前期大鼠模型.将雄性SD大鼠随机分为3组:正常组(7只)、模型组(7只)和实验组(3只).造模后,实验组灌胃半夏泻心汤水煎液(5 mL·kg-1),正常组和模型组灌胃...     

饮水摄入抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的 采用抗生素饮水饲喂小鼠,观察抗生素对肠道菌群的影响。方法 高通量测序,分析肠道菌群的共有和特有OTUs、多样性和复杂度;PCA、NMDS、PCoA和UPGMA聚类树作多样本比较分析;聚类热图和柱状图分析小鼠肠道菌群相对丰度并预测肠道菌群功能的改变。结果 饮水摄入抗生素能够显著降低肠道菌群的物种丰富度、多样性、复杂度,升高优势菌群的总体占比,变形菌门的肠道细菌对抗生素的拮抗能力更强,并可能影响其功能。结论 抗生素具备改变肠道菌群的作用,需做好食品特别是饮用水受其污染的防控工作。     

添加肠道微生态制剂对于早产儿肠道菌群影响的研究

目的本研究旨在通过Illumina HiSeq高通量测序平台,初步探讨短时添加肠道微生态制剂对于早产儿早期肠道菌群的影响。方法选取2015年7月~2016年7月在深圳市南山区妇幼保健院新生儿科住院早产儿18例,随机分为治疗组1(g1)、治疗组2(g2)及对照组(g0),g1组生后即添加益生菌,g2组生后1周添加益生菌,g0组不添加益生菌。留取各病例生后1d(t0)、7d(t1)、14d(t2)3个时间段大便标本,利用HiSeq2500 PE250实验分析各组内病例在3个时间段肠道内部分有益菌变化。结果 (1)本研究共检出4个菌门为主:变形菌门(Proteobacteria),硬壁菌门(Firmicutes),类杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)。(2)三组病例出生24h均以大肠杆菌、链球菌为优势菌,随着日龄增长,肠道菌群的数量和种类发生变化,双歧杆菌及乳酸杆菌等有益菌明显增加。(3)g0组双歧杆菌在3个时间点均可检测出,虽含量少,但随着时间的推移逐渐增加,g1、g2组双歧杆菌增加明显,较g0组有统计学差异。乳酸杆菌在t0时刻所有标本均未检测出,随后逐渐增加。g1、g2组乳酸杆菌含量较g0组明显增加,差异有统计学意义。结论添加肠道微生态制剂有助于肠道有益菌定植。     

基于高通量测序技术分析太岁样品中微生物菌群结构

目的 明确太岁样品中的微生物菌群结构.方法 采用高通量测序技术对太岁的细菌和真菌菌群结构进行分析.结果 同一来源的三个太岁样品共得到1178个细菌OTUs和523个真菌OTUs,涉及38个门93纲176目347科578属.太岁样品中的最优势细菌门为Proteobac-teria(42.30％～44.80％),最优势真菌...     

高尿酸血症患者肠道菌群特征分析

目的:探索高尿酸血症(hyperuricemia, HUA)患者与健康对照者肠道菌群是否存在差异。方法:收集某院风湿科10例符合纳入标准的HUA患者的粪便样本为HUA组,另外收取HUA组直系亲属10例健康人的粪便为对照组(D组)。对每份粪便样品的细菌总DNA进行illumina hiseq 2500高通量测序,得到2组的肠道菌群生物信息数据,随后结合文献智库信息挖掘进行样品组间菌群组成分析、样品组间多样性分析、样品组间差异性分析及统计分析。结果:在所有样本中门水平主要包括厚壁菌(Firmicutes),类杆菌(Bacteroidota),放线杆菌(Actinobacteriota),梭杆菌(Fusobacteriota),变形菌(Proteobacteria),疣菌群(Verrucomicrobiota),蓝藻菌(Cyanobacteria)等。属水平主要包括类杆菌(Bacteroides),粪杆菌(Faecalibacterium),普雷沃菌属(Prevotella),双歧杆菌(Bifidobacterium),无杆菌(Agathobacter),梭杆菌(Fusobacterium)...     

BLE通过调节肠道菌群对化疗性肠黏膜炎小鼠的治疗作用

目的研究BLE对化疗性肠黏膜炎(CIM)小鼠肠道菌群的影响,探讨BLE改善CIM模型小鼠的作用与肠道菌群的关系。方法选取24只雄性Balb/c小鼠随机均分为正常对照组、模型组和BLE给药组,联合5-氟尿嘧啶(25 mg·kg~(-1))及伊利替康(25 mg·kg~(-1))腹腔注射4 d制备CIM小鼠模型。给药期间监测小鼠体重及疾病活动指数。给药8 d后,收集小鼠血清,ELISA法测定血清炎性因子含量。采集24只小鼠的粪便样本,提取粪便样本总DNA,采用16SrRNA高通量测序技术,检测小鼠粪便菌群。结果 BLE给药组显著降低疾病活动指数,抑制血清中IL-6、TNF-α含量。粪便菌群分析:通过Alpha多样性分析、Beta多样性分析和物种差异分析得出3组小鼠肠道菌群组成存在明显差异;与对照组相比,模型组毛螺菌属、瘤胃菌属显著降低(P<0.05),拟杆菌属、大肠杆菌属、志贺氏菌属、副杆菌属、肠球菌、梭状芽孢杆菌属和乳球菌属显著升高(P<0.05);与模型组相比较,BLE给药组拟杆菌属、大肠杆菌属、志贺氏菌属、副杆菌属、肠球菌、梭状芽孢杆菌属和乳球菌属均显著降低(P<0.05),Muribaculaceae显著升高(P<0.05);结合环境因子db-RDA、Heatmap图关联性分析得出3组小鼠血清中IL-6、TNF-α的含量与样本肠道菌群的分布呈正相关(P<0.01),且与梭状芽孢杆菌属、乳球菌属、拟杆菌属等相关性显著(P<0.05)。结论 BLE可有效改善小鼠化疗性肠黏膜炎,这一作用与调节肠道菌群密切相关。     

双歧杆菌联合左卡尼汀对菌群失调腹泻模型大鼠肠道菌群的影响

目的:研究双歧杆菌联合左卡尼汀对菌群失调腹泻摸型大鼠肠道菌群的影响.方法:将30只SD大鼠随机分为空白对照组、摸型组、益生菌组(双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊70 mg/mL)、左卡尼汀组(左卡尼汀注射液50 mg/mL)和左卡尼汀+益生菌组(左卡尼汀注射液50 mg/mL+双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊70 mg/mL).除空白...     

16SrRNA高通量测序研究持续性高危型HPV感染患者阴道菌群特征

目的 通过16Sr RNA高通量测序研究高危型人乳头瘤病毒（HR-HPV）感染患者在不同型别和不同宫颈病变组间的阴道菌群特征。方法 选择2020年6月至2021年7月在粤北人民医院就诊的36例持续HR-HPV感染者为HR-HPV阳性组,10例无HR-HPV感染者为HR-HPV阴性组。HR-HPV阳性组按单一和多重HR-HPV感染分为单一HR-HPV阳性和多重HR-HPV阳性两个亚组。HR-HPV阳性组中共有23例接受宫颈活检,按宫颈病变级别分为三组：慢性炎症组、低级别鳞状上皮内病变（LSIL）组、高级别鳞状上皮内病变（HSIL）组。采用16Sr RNA高通量测序结合β多样性分析、微生物组成等生物信息学结果,对单一和多重HR-HPV阳性组与HR-HPV阴性组间、慢性炎症组与LSIL和HSIL组间的阴道菌群特征进行分析。结果 HR-HPV阴性组、单一HR-HPV阳性组、多重HR-HPV阳性组的阴道菌群β多样性分析显示,差异有统计学意义（H=12.872,P <0.001）;单一HR-HPV阳性组和多重HR-HPV阳性组的阴道菌群结构,差异有统计学意义（Z=3.214,P <0....     

基于高通量测序技术的濒危植物黄瑞香Daphne giraldii Nitsche根部内生真菌多样性研究

通过研究濒危植物黄瑞香根部真菌种类的多样性,为濒危植物黄瑞香真菌库的建立及筛选促进黄瑞香生长和提高其活性成分祖师麻甲素含量的内生真菌提供科学依据.以甘肃、山西两省的9份野生黄瑞香植株为研究对象,利用Illumina高通量测序技术对其测序并进行生物信息学分析,共获得632 766条有效序列,包括348个OTU,4门,20...     

溃疡性结肠炎患者临床特征及肠道菌群变化分析

目的 探讨溃疡性结肠炎(UC)患者的发病特点,对比UC患者与健康者肠道菌群的差异性。方法 分析2018年4月至2021年12月入组的50例UC患者的一般情况、临床表现等临床资料。收集粪便样本,提取粪便DNA,行基因扩增与测序,经宏基因组分析技术对不同样本的菌群差异性分析。结果 临床资料显示,有80%的患者为慢性复发型,并且绝大多数处于活动期(占比84%),而病变范围与疾病的严重度密切相关。菌落差异性分析显示,相较于健康参与者,UC组中微生物的多样性减少,其中变形菌门占比增加,厚壁菌门丰度减少,尤其是变形菌门中的大肠杆菌属较正常对照差异明显(P<0.05)。结论 UC患者病变以活动期、慢性复发型多见,严重度与病变范围密切相关,且肠道菌群失调较明显,以变形菌门增加,厚壁菌门减少且大肠杆菌属增加为主,肠道微生物参与UC的发生发展。     

高铅血症儿童肠道菌群构成变化研究

目的探讨高铅血症儿童肠道菌群构成的变化。方法选取2013~2014年海华社康中心儿保门诊儿童,高铅血症患儿29例,1∶1配对健康对照儿童29例,检测两组儿童肠道菌群中双歧杆菌、大肠杆菌、乳酸杆菌和肠球菌的数量以及肠道内双歧杆菌与大肠杆菌数量对数值的比值(即B/E值)。结果与对照组相比,高铅血症患者粪便中的乳酸杆菌、双歧杆菌数量显著下降(两组P值均是0.000),大肠杆菌数量明显升高(t=11.1,P=0.000),肠球菌在两组中无统计学差异(t=0.497,P=0.623),高铅血症患儿B/E值为(0.75±0.34),显著低于健康对照组(1.21±0.36)(t=-7.5,P=0.000)。结论高铅血症患儿体内存在肠道菌群紊乱。     

火麻仁油改善UC模型大鼠的症状及对肠道菌群的影响

目的 研究火麻仁油对右旋葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的溃疡性结肠炎（UC）模型大鼠症状的改善作用,并探讨其对大鼠肠道菌群的影响。方法 将40只SD大鼠随机分为对照组、模型组、火麻仁油组（1 g/kg）和柳氮磺胺吡啶组（阳性对照,300 mg/kg）,每组10只。对照组和模型组大鼠灌胃0.5%聚山梨酯80,火麻仁油组和柳氮磺胺吡啶组大鼠灌胃相应药液,每天1次,连续10 d。从第4天开始,模型组、火麻仁油组和柳氮磺胺吡啶组大鼠连续7 d饮用4%DSS溶液以建立UC模型。观察大鼠体质量、疾病活动指数（DAI）评分、结肠长度、结肠质量、结肠单位长度质量、结肠组织病理学变化,检测其血清肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素6(IL-6)、IL-10含量,通过高通量测序法检测各组大鼠肠道菌群的变化。结果 与对照组比较,模型组大鼠的体质量显著降低,结肠长度显著缩短,DAI评分、结肠质量、结肠单位长度质量和血清TNF-α、IL-6含量均显著增加,IL-10含量显著降低（P<0.05）;结肠组织上皮层发生脱落,炎症细胞浸润且入侵黏膜下层,肠腺紊乱。与模型组比较,火麻仁油组和柳氮磺胺吡啶组大鼠上述指...     

眼表菌群分布和眼表疾病的地理多样性研究进展

大多数人的眼表存在着相对稳定的微生物群落,微环境的改变与眼表健康状态密切相关。16S rDNA/rRNA高通量测序技术的使用大大提升了对眼表微生物群落的认识。人类眼睛,尤其是结膜直接暴露在不断变化的环境中,了解眼表菌群是否存在可识别的微生物群差异非常重要,这些差异有助于解释眼表疾病的地理多样性。该文为应用16S rDNA/rRNA高通量测序对眼表疾病地理多样性进行阐释提供了新思路。     

基于肠道菌群探讨甘草泻心汤对伊立替康致小鼠腹泻的影响

目的 研究甘草泻心汤对化疗相关腹泻小鼠肠道菌群的影响。方法 将小鼠随机分为对照组、模型组、洛哌丁胺（阳性药,0.4 mg·kg^-1）组和甘草泻心汤高、低剂量（16.4、4.1 g·kg^-1）组;采用连续4 d ip 55 mg·kg^-1伊立替康诱导小鼠化疗相关腹泻模型;记录小鼠首次排便时间、稀便级、稀便率和腹泻指数;采用试剂盒测定小鼠肠道消化酶活力及炎症因子水平;采用高通量测序技术分析结肠内容物肠道菌群变化。结果 与对照组比较,模型组小鼠首次排便时间显著缩短（P<0.01）,稀便级、稀便率和腹泻指数显著升高（P<0.01）;消化酶乳酸脱氢酶（LDH）、淀粉酶（AMS）和脂肪酶（LPS）活力显著降低（P<0.01）;炎症因子白细胞介素1β （IL-1β）、环氧化酶2 （COX-2）、细胞间黏附分子1 （ICAM-1）和肿瘤坏死因子α （TNF-α）水平显著升高（P<0.01）;肠道菌群α多样性Simpson指数显著升高（P<0.05）;肠道菌群β多样性差异较大;变形菌门、梭杆菌门、变形菌纲、梭杆菌纲、肠杆菌目、梭杆菌目、拟杆菌科、丹毒丝菌科、埃格特菌科和拟杆菌属丰度显著升高（P<0.01）,Muribaculaceae和norank_f__Muribaculaceae丰度显著降低（P<0.01）。与模型组比较,甘草泻心汤高、低剂量组小鼠首次排便时间显著延长（P<0.05、0.01）、稀便率和腹泻指数显著降低（P<0.05、0.01）,高剂量组稀便级显著降低（P<0.01）;高、低剂量组各消化酶活力显著回升（P<0.05、0.01）;高、低剂量组各炎症因子水平显著降低（P<0.05、0.01）;高剂量组Simpson指数显著降低（P<0.05）,β多样性更趋近对照组,显著回调各优势物种丰度的显著性变化（P<0.05、0.01）。结论 甘草泻心汤对于伊立替康诱导的腹泻小鼠具有明显的治疗作用,可能是其通过调整腹泻小鼠肠道菌群实现。     

基于高通量测序比较不同产地药用银杏根际土壤微生物多样性

不同的生态区的气候、土壤微生物分布都具有差异,因此会用产地来标志药材的质量.对药用银杏种植土壤的微生物空间分布格局的认识,将有助于人们对药用银杏的道地性做出判断,同时也为应对土壤病害等方面提供理论依据,能有效的指导种植.文章以都江堰、平邑、崇明三个不同的药用银杏种植产地采收期(7月)的银杏根际土壤为研究对象,采用16S...