新型冠状病毒Omicron BA.5亚型变异株流行病学特征分析及防控建议

目的 新型冠状病毒（SARS-CoV-2）Omicron变异株自2021年11月在南非首次发现以来迅速在全球传播,并且传播力和免疫逃逸能力增强的新亚型变异株不断涌现,对疫情防控提出更大的挑战。2022年6月以来,Omicron BA.5亚型变异株成为全球流行的优势变异株,并导致多国疫情反弹。我国大陆地区由Omicron BA.5亚型变异株输入并引发本土疫情的频率逐渐增加,疫情波及范围广,防控难度极大。本文对Omicron BA.5亚型变异株流行现状、流行病学特征和输入我国大陆地区的情况进行分析,为口岸防控Omicron BA.5亚型变异株输入提供科学依据。     

新型冠状病毒Omicron变异株病原学及流行病学研究进展

目前新型冠状病毒Omicron变异株为全球流行的优势株,Omicron变异株不断出现新的亚型,且携带更多的突变位点。与原始株和其他值得关切的变异株相比,Omicron变异株感染的致病特征和流行特征发生了明显的改变。Omicron变异株致病性和毒性减弱,免疫逃逸能力陡增,传播速度更加迅速,更易通过物体表面和气溶胶媒介进行传播。人群感染后潜伏期缩短,无症状和轻症者居多,住院和死亡风险降低。本文重点梳理Omicron变异株的致病特征和流行特征,以期为Omicron变异株的科学防控提供参考。     

新型冠状病毒Omicron变异株的流行病学特征及其科学防控建议

目前全球COVID-19疫情仍处于大流行状态。南非于2021年11月24日首次向WHO报告了Omicron变异株感染病例,此后该变异株迅速传播至全球多个国家和地区,已成为当前全球流行的主要优势株。Omicron变异株与SARS-CoV-2野生株或其他变异株相比,具有所致疾病潜伏期短、代际间隔小、病毒传播快、无症状感染者比例高以及病死率低等特点。实践证明,中国坚持“人民至上、生命至上”的抗疫理念、“外防输入、内防反弹”的总策略、“动态清零”的总方针,目前所采取的综合防控措施能够有效应对Omicron变异株。建议现阶段坚持“动态清零”总方针,加强疫情境外输入风险管理、加快推进老年人群疫苗接种、加快特异性药物研发与上市以及提前做好医疗卫生资源储备等措施,为未来的防控决策与疫情应对做好充分准备。     

新型冠状病毒XBB变异株研究进展

随着新型冠状病毒(SARS-CoV-2)不断进化和变异,相继出现多种变异株。XBB变异株于2022年8月13日首次在印度发现,具有传播快、适应性强、免疫逃避等特点,逐渐成为全球主要流行毒株。本文就XBB变异株的致病性、流行特征、免疫逃逸特性和现今疫苗效果等进行总结并对未来应对XBB的防控方式提出建议。     

一起新型冠状病毒变异株XBB.1.5聚集性疫情流行病学调查

目的 针对中山市首起重点关注新型冠状病毒变异株XBB.1.5感染导致的本土聚集性疫情开展流行病学调查,梳理和分析其流行病学传播链和传播特征。方法 根据国家新型冠状病毒变异株流行病学调查方案要求,开展病例、同住和同班核心密接首轮广泛社区流行中的感染情况调查和多轮核酸检测,针对核酸检测阳性且CT值≤32病例开展基因测序,与指示病例基因序列进行比对。结果 该起聚集性疫情波及73人,其中53人（72.6%）在2022年12月有新冠病毒感染史,本次疫情无感染;20人既往无新冠病毒感染史,本次疫情7例感染,感染率为35%(95%CI:14.1%～55.9%),均在同一流行病学传播链,均为轻症,症状主要包括肌肉酸痛（3例）、咳嗽（3例）和发热（2例）。中山市疾控中心针对病例1～5完成基因测序,其基因组覆盖度分别为99.77%、99.83%、99.80%、99.82%、98.65%,均属于Omicron XBB.1.5进化分支。结论 本次新型冠状病毒变异株XBB.1.5聚集性疫情在班级和家庭小范围传播,涉及病例均为首次感染,无重症病例发生。     

新型冠状病毒Omicron变异株BA.5.1.3亚型潜伏期研究

目的研究新型冠状病毒(新冠病毒)感染疫情的Omicron变异株BA.5.1.3亚型的潜伏期。方法基于315例新冠病毒感染者流行病学调查数据, 根据区间删失数据的特点, 采用log-normal和Gamma两种分布估计潜伏期, 利用离散时间马尔科夫链蒙特卡罗算法对分布函数的参数进行贝叶斯估计。结果 315例感染者年龄(42.01±16.54)岁, 男性占30.16%。其中156例报告了症状出现时间, 年龄(41.65±16.32)岁, log-normal和Gamma分布估计发病潜伏期M(Q1, Q3)分别为2.53(1.86, 3.44)d及2.64(1.91, 3.52)d;估计感染潜伏期M(Q1, Q3)分别为2.45(1.76, 3.40)d及2.57(1.81, 3.52)d。结论基于log-normal和Gamma分布进行贝叶斯估计的潜伏期接近, 潜伏期最佳分布均为Gamma分布, 感染潜伏期与发病潜伏期M相差较小, Omicron变异株BA.5.1.3亚型比以往的Omicron变异株的潜伏期M更短。     

北京市3起新型冠状病毒Omicron变异株聚集性疫情的感染来源和传播链分析

目的对北京市3起可能通过跨境物流途径导致的新型冠状病毒(新冠病毒)Omicron变异株聚集性疫情进行调查, 分析其感染来源和传播链。方法应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹, 对活动轨迹涉及的风险点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样, 应用实时荧光定量PCR进行核酸检测, 对核酸阳性标本进行基因测序分析。结果 2022年1-4月北京市3起Omicron变异株聚集性疫情病毒基因序列分别为Omicron变异株BA.1、BA.1.1、BA.2分支, 疫情分别持续8、12、8 d, 报告6、42、32例新冠病毒感染者。1起感染来源可能为国际邮件, 2起可能为进口衣物, 进口物品从境外启运至首发病例接触感染的时间间隔为3～4 d。潜伏期M(Q1, Q3)为3(2, 4)d, 代间距M(Q1, Q3)为3(2, 4)d。结论此次疫情提示常温进口货品通过物流途径输入Omicron变异株疫情的风险, 且Omicron变异株传播速度更快, 应加快流行病学调查处置。     

应高度关注新型冠状病毒变异株奥密克戎

目前,新型冠状病毒在全球流行,已经出现多种流行变异株,给社会带来巨大危害.2021年11月26日,世界卫生组织将B.1.1.529变异株列为"关切变异株",用希腊字母Omicron表示,这也是全球第五种"关切变异株".奥密克戎变异株已经在南非、美国和英国等国广泛流行,引起人们高度关注.本文就奥密克戎变异株的发现与流行、...     

浙江省1998--2009年H3N2亚型流感流行株基因组全序列分析

目的 从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法 选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近十余年间使用的疫苗株序列进行比较.结果 H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00%;其他6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1(氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%)外,其他蛋白的氨基酸变异均＜3.00%;在H3N2亚型流感存在较大范围流行的年份,除HA和NA基因外,流感病毒其他6个内部基因也会发生不同程度的变异.此外,在以往一些年份中,WHO推荐的H3N2流感病毒疫苗株与浙江省同期流行株之间,在许多基因上存在着滞后现象.结论 在加强对H3N2亚型流感毒株表面HA与NA基因监测的同时,也应注意到其他内部基因的变异,为新一轮流感流行株的出现提供重要的预警信息.     

北京市新型冠状病毒Omicron BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期特征分析

目的 对北京市由新型冠状病毒（新冠病毒）Omicron BA.2和BF.7变异株引起的疫情中的感染者进行流行病学调查，估算2种变异株分支的潜伏期及其影响因素，为新冠病毒传播动力学模型的建立提供基本参数。方法 选取北京市2022年4月（Omicron BA.2变异株）及10月（Omicron BF.7变异株）疫情中具有明确暴露时间和发病时间的感染者进行研究，采用秩和检验对不同变异株的潜伏期差异进行分析。使用Weibull、Gamma和lognormal分布对Omicron变异株的潜伏期分布进行拟合。采用多因素方差分析比较不同年龄、性别、变异株类型及疫苗接种状态下的潜伏期。结果 共纳入64例BA.2变异株感染者及58例BF.7变异株感染者。BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期M（Q₁，Q₃）分别为3.00（3.00，4.00）d和3.00（2.00，3.25）d。lognormal分布的拟合效果最佳。多因素方差分析结果显示，不同类型的Omicron变异株潜伏期存在一定差异，与BA.2变异株感染者相比，BF.7变异株感染者的潜伏期更短。结论 Omicron BF.7变异株感染者潜伏期较BA.2变异株的潜伏期短。     

2023年许昌市新冠病毒分子流行病学特征

目的 动态监测河南省许昌市本土流行的新冠病毒毒株组成，及时发现新变异株，评估变异株的传播力、致病力和免疫逃逸能力等生物学特性，为疫情防控提供技术支撑。方法 采用高通量测序方法对2023年2月15-19日来自哨点医院的6例新冠病毒感染者的咽拭子标本进行全基因测序，进行序列对比和进化分析。结果 6例新冠病毒感染者样本进行全基因测序，获得6条长度为29 844～29 853 bp序列。经过Nextclade V2.11.0在线分析，6条序列均属于新冠病毒奥密克戎BA.5变异株，其中病例1为BF.7.14，其余均为BA.5.2.48分支。进化树显示6条序列位于奥密克戎BA.5进化分支，与河南省其他地市BA.5进化株位于同一分支。未发现BQ、XBB等变异株。结论 测序的6例本土病例新冠病毒均为奥密克戎变异株，BA.5.2.48分支变异株依然是许昌市优势流行毒株。     

新型冠状病毒Omicron变异株的流行病学特征及防控研究进展

2021年末,新型冠状病毒变异株Omicron引起全球广泛关注,世界卫生组织(WHO)因其具有更高的传播性、更高的病毒结合亲和力和更高的抗体逃逸等特点,将其列为第5种“值得关注的变异株”(VOC)。自发现至今,Omicron变异株已蔓延至全球150个国家和地区。本文基于目前Omicron变异株的研究进展,对Omicron变异株的流行现状与传播能力、spoke蛋白生物特性以及防控措施等方面进行综述,以期为更好的控制疫情提供支持。     

新型冠状病毒奥密克戎变异株临床特征和防控对策

奥密克戎(Omicron)变异株为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的最新变体,自发现后在全球引起广泛传播。该变异株具有传染力强、传播速度快,短距离内引起广泛传播等特性,同时具有疫苗逃逸能力。了解病毒的临床特点及流行现状,并进行针对性预防是控制疫情的重要措施。本研究将对Omicron的流行现状、传播特征、致病机制、临床特征、疫苗的有效性和防控措施进行综述,以期为COVID-19的疫情防控提供参考。     

广西百色边境40例新冠病毒感染病例SARS-CoV-2分子特征

目的 通过分析广西百色边境地区新冠病毒感染病例的新冠病毒的分子特征及变异情况，评估变异株的传播力、致病力，为科学防控提供依据。方法 对2022年4月—2023年5月广西百色边境地区40例新冠病毒感染病例的新冠病毒全基因组序列的分子特征进行分析，通过序列比对和构建系统进化树，确定毒株型别，分析其遗传变异差异。结果 40条序列在Nextclade数据库上有27条分型属于22B、5条属于21L、4条属于22F、2条属于23A、1条属于22D、1条属于23B。在Pangolin数据库上处于Omicron变异株16个不同分支。与武汉参考株相比，核苷酸突变包括69～106个替换突变，其中BF.8分支发现ORF1a区有C13436T突变、XBB系列变异株的核苷酸在ORF1b区有G15451A突变，所有序列均在N区28881～28883这3个核苷酸位点上有突变。全部Omicron变异株在S区都有G339D、S371F、T376A、D405N、R408S及N440K、T478K、E484A突变。XBB分支均在其受体结合域中比BA.2、BA.5变异株多9个氨基酸突变（V83A、H146Q、 E180V、G...     

新型冠状病毒Omicron变异株研究进展

新型冠状病毒Omicron（B.1.1.529）变异株具有传播力强、传播速度快、免疫逃逸显著等特点,给新型冠状病毒肺炎疫情防控带来新的挑战。该变异株于2021年11月在南非被发现后,历时2个月便成为全球主要流行株,我国已有多个省份报告Omicron变异株引发的本土疫情。然而,Omicron变异株的高度突变对其流行病学特...     

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

十堰市2006-2010年流行性感冒监测结果分析

流行性感冒(Influenza,流感)是由流感病毒引起的一种全球监测的急性呼吸道传染病.流感的病原易发生变异,人对变异株普遍易感,传播迅速,控制难度大[1].加强全球性的流感监测是预防控制流感的关键策略和措施之一,也是每年确定流感流行株、推荐疫苗组分、及早发现变异株、对流感疫情预测和预警的基础[2].湖北省十堰市2005年9月被纳入全国流感监测网络,全年开展流感样病例的报告和病原学监测.为了解十堰市流感流行状况及流行动态变化规律,掌握流感每年的流行株构成及其变异情况,进一步完善了十堰市流感监测网络,现将十堰市2006-2010年度流感监测结果分析如下.     

新型冠状病毒重复感染流行病学研究进展

新型冠状病毒Omicron变异株持续突变演化,新亚型免疫逃逸能力不断增强,重复感染风险增加,且两次感染时间间隔可能缩短。与初始感染相比,尽管重复感染的临床表现较轻、重症/死亡风险降低,但仍可造成超额健康风险。重复感染的发生与疫苗接种状态、个体免疫水平、年龄、职业及居住类型等因素密切相关。未及时接种疫苗者、老年人及合并多种基础疾病者尤其是初始感染的重症/危重症者为重复感染重症发生的高危人群。及时接种新型冠状病毒疫苗可在自然感染基础上对重复感染及重症提供额外保护;此外,口罩仍是抵御新型冠状病毒感染的有效工具。     

2010-2013年中山市流感病毒(H3N2)血凝素基因特征分析

目的研究中山市2010-2013年流行的H3N2亚型流感病毒的血凝素基因特征,分析其基因变异情况。方法选取2010-2013年中山市流行的H3N2亚型流感病毒6株,用MDCK细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增HA基因并测定序列,利用BLASTn对序列进行相似性检索,分析其与疫苗株,不同年份、区域流行株的进化变异情况。结果共分离鉴定到6株H3N2亚型流感病毒,其中2株为2010年流行株,2株为2012年流行株,2株为2013年流行株。各年流行株与其他国家或地区当年大部分流行株在一个分支上,其进化距离随着进化时间变长而变远。2012年流行株相对2010年流行株在HA1区发生12个氨基酸位点变异,有3个位于B、C区。2013年流行株相对2012年流行株发生4个氨基酸位点变异,有2个位于A区。2012年、2013年流行株相对于疫苗株分别发生6、8个氨基酸位点变异,分别有2、4个位于A、B、C区。受体结合位点未发生变异。结论中山市H3N2亚型流感病毒流行株在年度之间存在一定变异程度,进化距离随着进化时间变长而变远,相对于疫苗株也存在一定程度上的变异。     

浙江省麻疹病毒流行株血凝素基因的变异及其与国内外流行株的差异

目的 探讨浙江省麻疹病毒(measles virus,MV)流行株血凝素基因的变异情况,及其与国内外流行株的差异.方法 选取浙江省1999-2011年分离保存的麻疹病毒流行株33株,提取病毒核酸,采用RT-PCR法扩增其血凝素(H)基因全序列,并与GenBank上下载的中国麻疹疫苗株沪191,以及95株国内外各基因型麻疹毒株的H基因序列进行比较分析.结果 从浙江省1999-2011年麻疹患者咽拭子标本中分离麻疹病毒株33株,与1993-2007年我国其他地区麻疹流行株构建H基因系统进化树,结果表明33株浙江麻疹流行株均属于H1a亚型,流行株分布无明显时间和地域特征.以疫苗株沪191为参考株,我国2003-2011年H1a亚型流行株H基因的核苷酸、氨基酸平均变异率以及进化率分别为5.15％、4.44％和5.81％,分别高于1965-1993年(4.75％、3.86％和5.30％),以及1994-2002年(4.80％、4.08％和5.37％)流行株平均变异率与进化率;3个时间段流行株H基因非同义替换率与同义替换率的比值(dn/ds)分别为0.19、0.21和0.23,表明1993-2011年我国H1a型麻疹流行株尚未受到明显的正向选择作用.我国2003-2011年H1a亚型毒株与沪191之间,在H基因上共存在24个稳定的氨基酸变异位点;H1a亚型流行株与A基因型疫苗株间差异最大,遗传距离为0.053,氨基酸差异数为26 ～28个,而B3、D4型代表株与沪191间稳定的氨基酸差异仅为15个.另外,H1a型流行株与B、D基因型毒株间差异明显,组间遗传距离分别为0.074和0.071,氨基酸差异数达27～33个.结论 麻疹病毒H1a亚型流行株与疫苗株以及其他基因型麻疹病毒株,在H基因上存在明显差异,且该差异随时间累积而增大,应该引起足够的重视.