甲1型流感病毒新分离株HA基因的序列分析

目的 研究新分离的H1N1亚型流感病毒株的HA1基因序列。方法 甲型流感病毒通过鸡胚增殖后提取RNA、逆转录合成cDNA,经PCR扩增和产物纯化构建重组质粒,用双脱氧链终止法进行核苷酸序列测定;并进行基因特性分析。结果 新分离到的3株流感病毒株（H1N1）HA1区基因长度为981bp,编码327个氨基酸;与A/桂防/10/94和A/Bayern/07/95（H1N1）标准株比较其同源性分别为92.8%和91.3%,丢失了第130位氨基酸和304位糖基化位点;新分离的3株甲型流感病毒（H1地）标准株比较其同源性分别为92.8%和91.3%,丢失了第130位氨基酸和304位糖基化位点,新分离的3株甲型流感病毒株（H1N1）HA1区氨基酸同源性高达98%;A/桂防/10/94和A/Bayern/07/95(H1N1)毒株HN1氨基酸的同源性高达96%。结论 新分离到的3株H1N1毒株HA编码氨基酸不同于A/Baydrn/07/95(H1N1)和A/桂防/10/94（H1N1）标准株,它们可能为新的甲型流感病毒变异性。     

流感病毒型别及亚型的多重RT-PCR方法快速检测

目的为适应流感疫情监测中快速诊断的需要,建立敏感特异的流感病毒多重逆转录PCR(MRTPCR)检测方法。方法对甲1型(H1N1)、甲3型(H3N2)、乙型流感病毒的血凝素(HA)基因保守区域分别设计引物进行MRTPCR。另设计了两对引物对H1N1和H3N2亚型流感病毒的神经氨酸酶(NA)N1、N2作亚型判断。结果MRTPCR可特异性检测出各型流感病毒的目的片段,相互间无交叉反应。二次PCR反应后对H1N1、H3N2流感病毒的检测灵敏度可达0.10TCID50/50μl以下,对乙型流感病毒的检测灵敏度可达0.01TCID50/50μl以下。应用此方法也可特异性地检测出H1N1和H3N2流感病毒的NA基因。结论用MRTPCR从临床患者含漱液标本中检出相关流感病毒的灵敏度要高于用狗肾传代细胞(MDCK)或鸡胚分离的灵敏度,达到了快速、敏感、正确检测流感病毒及其亚型的目的。     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

无锡地区流感病毒病原学监测及H3亚型血凝素基因变异研究

目的 监测无锡地区2005年至2008年季节性流感型与亚型分布并了解2008年部分A/H3N2分离株血凝素(8A)基因变异状况.方法 无锡地区医院门诊流感样患者及集体单位聚集性流感样暴发患者采集鼻咽拭标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2008年部分H3亚型流感病毒进行HA全基因测序,分析HA基因变异状况.结果 2005年至2008年9月,在无锡地区流感样患者中共分离到435株流感病毒,其中164株为A/H1N1亚型,80株为MH3N2亚型,B型191株.型与亚型有明显季节性分布强弱特征.H3亚型HA序列分析,无锡地区9株分离株与上海地区同期分离株接近,有很多序列相互穿插归属于进化树的同一分支,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.结论 近年无锡地区散发和局部暴发流感病毒感染仍主要为A/H1N1、A/H3N2和B型,A/H3N2 HA基因与上海地区同期分离株接近,与WHO 2008-2009年疫苗推荐株相近.     

2000～2002年我国流行的甲3(H3N2)亚型流感病毒抗原性及基因特性的研究

目的 了解2000～2002年我国流行的甲3流感病毒HA基因突变及其抗原变异情况。方法 鸡胚传代流感病毒，收获尿囊液作为抗原性分析抗原并提取病毒的RNA，进行逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)，扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序，用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果 与A/武汉/359/1995(H3N2)、A／Sydney／5／1997(H3N2)相比，2000～2002年我国分离到的甲3亚型流感病毒的血凝素重链区氨基酸序列存在差异。2001～2002年分离到的甲3毒株与2000年分离出的毒株的血凝素蛋白重链区(HA2)氨基酸序列有4个位点差异，它们分别位于83、186、202和222位，其中83和186分别位于抗原决定簇E和B区，其余均位于受体结合位点(RBS)的左臂。结论 2000～2002年分离到的甲3亚型流感病毒的基因特性发生突变并导致其抗原性发生漂移。     

2004年中国甲3亚型流感病毒(H3N2)抗原性及基因特性研究

目的阐明2004年中国流行的甲3亚型流感病毒血凝素抗原性及其基因变异情况。方法对2004年分离的甲3亚型毒株先进行单向血凝抑制试验及交叉血凝抑制试验;在此基础上选取不同时间、地点的甲3亚型流感毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。结果单向血凝抑制实验结果表明,2004年共有52.3%毒株与A/Fujian/411/2002(H3N2)(20042005毒株)有4倍或以上的血凝抑制滴度差异,交叉血凝抑制实验结果表明,它们间的抗原比为4。HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,我国从2004年2月分离的甲3亚型毒株开始出现了与A/Fujian/411/2002(H3N2)和A/Wellington/1/2004(H3N2)(2005年国际代表株)相比较,在其HA1蛋白分子上存在有4个氨基酸位点(159位Y>F,189位S>N,145位K>N,226位V>I)发生了替换。此类毒株首发于我国南方,然后到我国北方。结论我国2004年2月份以后所分离的甲3亚型流感毒株已经发生抗原性及基因特性的改变。     

H1亚型流感病毒HA蛋白单克隆抗体的制备及部分特性鉴定

目的:制备针对H1亚型流感病毒HA蛋白的单克隆抗体(mAb),并分析其反应特性。方法:分别以2009年甲型H1N1、季节性A1流感病毒裂解疫苗为免疫原,常规法免疫、融合、克隆化,获得各抗原特异性mAb。应用ELISA、HI试验和Western blot等技术研究mAb的反应性和特异性。结果:获得稳定分泌抗H1亚型流感病毒HA蛋白的杂交瘤细胞97株。其中株特异性mAb39株,29株具有HI活性;亚型特异性mAb7株,5株具有HI活性;2009年流行株与季节性A1、A3流行株共同抗原的mAb16株,9株具有HI活性;针对流感病毒共同抗原mAb35株,22株具有HI活性。结论:两种疫苗均具有较好的免疫原性和免疫保护活性,这些mAb的获得为流感病毒株特异、亚型特异性诊断试剂盒及流感病毒通用诊断试剂盒的制备提供了实验资料,为进一步研究H1N1流感病毒HA的抗原表位奠定了基础。     

Genetic analysis of HA gene of pandemic H1N1 2009 influenza viruses circulating in India

The H1N1 2009 influenza pandemic took the health care workers by surprise in spite of warning about influenza pandemic. Influenza A virus has the ability to overcome immunity from previous infections through the acquisition of genetic changes by shift or drift. Thus, understanding the evolution of the viruses in human is important for the surveillance and the selection of vaccine strains. A total of 23 pandemic A/H1N1 2009 viral HA gene sequences were downloaded from NCBI submitted during March and May 2010 by NIV and were analysed. Along with that the vaccine strain A/California/07/2009 was also downloaded from NCBI. All the sequences were used to analyse the evolution of the haemagglutinin (HA) by phylogenetic analysis. The HA gene could be divided into four groups with shift from 1 to lV revealing that the HA genes of the influenza A viruses evolved in a sequential way, in comparison to vaccine strain A/California/07/2009. Amino acid sequence analysis of the HA genes of the A/H1N1 2009 isolates, revealed mutations at positions 100, 220 and additional mutations in different positions 114, 171, 179, 190, 208, 219, 222, 239, 240, 247, 251, 260 and 285 .The mutations identified showed the adaptation of the new virus to the host that could lead to genetic changes inherent to the virus resulting in a reassortant which could be catastrophic, hence continuous monitoring of strains is mandatory.     

应用巢式RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序鉴定甲型H1N1流感病毒

目的 建立一种利用巢式RT-PCR特异扩增HA和NA基因片段并测序鉴定甲型H1N1流感病毒的技术.方法 设计两套共7条特异引物,通过巢式RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA和NA基因片段并测序,所得序列与人感染甲型流感病毒主要HA和NA亚型序列进行进化树分析以对结果作进一步鉴定,蛋白序列比对后分析其特征.结果 4例甲型H1N1流感患者流感病毒HA和NA基因RT-PCR扩增均分别得到442 bp和543 bp片段产物.核苷酸序列进化分析表明,该4例患者HA和NA序列分别与2009年爆发的甲型H1N1流感病毒HA及NA序列聚集在一起,与季节性H1、H2、H3、人禽流感H5亚型及季节性N1、N2、人禽流感N1亚型特异分开.蛋白序列分析表明,4例患者流感病毒HA蛋白裂解位点附近氨基酸序列均为PSIQSR↓GLF,不具有高致病性流感病毒的特性,NA蛋白第275位氨基酸为His,未出现H275Y的耐药变异.结论 本方法能特异扩增甲型H1N1流感病毒HA和NA基因片段,测序后可用于甲型H1N1流感病毒的进一步鉴定;同时,得到的序列也可用于流感病毒致病力及耐药性的分析.     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010（H1N1）和A/Guangdong/ZS01/2010（H1N1）毒株可能已经发生了抗原性漂移。     

1995-2007年深圳市H1N1流感病毒血凝素基因的序列分析

目的 研究1995-2007年深圳市流行的H1N1流感病毒血凝素(HA)的基因特性.方法 选取在该期间分离培养到的64株H1N1流感病毒,对其进行HA片段核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用Simmonic软件和Mega软件对其进行分析.结果 深圳市H1N1流感毒株在进化树上可以划分为A、B、C三个分枝.部分2005-2006年毒株与2001年毒株在同一分枝上.通过同源性分析发现部分WHO所推荐的疫苗株在时间上滞后于深圳株.深圳H1N1株的4个抗原决定簇及受体结合位点均发生了氨基酸的替换.除1995年外其余年份的毒株均在137位上发生了氨基酸的缺失.结论 1995-2007年深圳市H1N1毒株氨基酸的变异主要集中在抗原决定簇及受体结合部位.并且抗原决定簇的变异活跃区域随时间的推移发生了转移.     

H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞表位预测及抗原性分析

目的:应用生物信息学方法预测H1N1亚型流感病毒血凝素Th和B细胞相关抗原表位,并初步分析其抗原性,为研制H1N1亚型流感病毒的表位疫苗奠定基础.方法:依据近年流感病毒流行趋势,从GenBank下载具有代表性的H1N1亚型流感病毒HA蛋白氨基酸序列.进行生物信息学综合分析预测,获得Th和B细胞相关抗原表位,并比较其保守性和特异性.通过Balb/c小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清与表位肽的结合试验,初步鉴定候选表位抗原性.结果:综合多项预测及空间构像模拟结果,我们获得了三条候选Th和B细胞表位,分别为HA_(73～87)、HA_(125～139)、HA_(188～205).候选表位处于H1N1亚型流感HAI蛋白序列上相对保守的区域内,且与目前流行的H1N1亚型流感病毒HA相应区域具有较好的一致性.而不同候选表位在BMB/e小鼠H1N1亚型流感病毒阳性血清反应中显示了不同抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能.结论:所筛选的表位具有成为H1N1亚型流感病毒HA Th和B细胞相关抗原表位的可能.此研究为深入揭示流感病毒感染与免疫机制,H1N1亚型流感功能表位认知及表位疫苗研究奠定了基础.     

2006年中国流感病毒抗原性及基因特性研究

目的分析2006年中国季节性流感的流行状况，以及病毒的抗原性和基因变异情况。方法对来自流感监测网络的毒株进行单向血凝抑制试验，在此基础上选择不同时间、地点分离的毒株进行血凝素基因的序列测定，然后分析其基因特性。结果2006年我国同时流行A型（H1N1亚型、H3N2亚型）和B型流感病毒。H1N1亚型毒株和B型Victoria系流感病毒为优势毒株。对H1N1亚型毒株的HA1区序列比较发现，2006年分离的毒株与A，湖北洪山／53／2005（H1N1）比较，在192、193、196、198位发生氨基酸替换的毒株．这些位点位于抗原决定簇的B区。H3N2亚型毒株与A，云南，1145／2005（H3N2）比较，在142、144位发生氨基酸替换。我国流行的B型流感毒株无论是Victoria系和Yamagata系毒株的抗原性均没有发生变异，与2005--2006年我国的流行株B／shenzhen／155／2005、B／tianjin／144／2005类似。结论2006年中国流行的H1N1亚型和H3N2亚型流感病毒的抗原性及基因特性已经发生改变；B型流感病毒的抗原性和基因特性没有改变。     

2011-2014年青岛地区甲型H3N2流感病毒基因进化分析

目的 了解2011-2014年青岛地区人群甲型H3N2流感病毒流行株基因进化及抗原变异趋势.方法 选取2011-2014年间青岛地区流行的甲型H3N2流感病毒64株,提取病毒RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA、NA、MP 3个基因片段,并进行序列测定,对各基因片段进行系统发育分析及基因和氨基酸位点变异分析.结果 HA进化树分析表明,甲型H3N2流感病毒基本上分为三大分支,并且每个分支与当年的疫苗株都不在同一分支上;HA1蛋白抗原决定簇共有8个位点发生了变化;NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.M2蛋白均发生S31N突变.结论 2011-2014年青岛地区流行的H3N2流感病毒在持续不断地发生基因变异而产生抗原漂移;毒株全部为烷胺类药物耐药株,但对神经氨酸酶抑制剂敏感.