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相似文献
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1.
目的基于网络药理学探讨桂枝芍药知母汤治疗痛风的作用机制。方法结合中药系统药理学数据库与分析平台和文献筛选桂枝芍药知母汤的活性成分和对应靶点。借助GeneCards、OMIM、DisGeNET及TTD数据库检索痛风相关靶点,并将药物与疾病靶点取交集。运用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-靶点-成分网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络,借助R 4.0.3软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果预测桂枝芍药知母汤的活性成分125个,药物-疾病共同靶点60个。GO功能富集分析主要涉及磷酸酶结合、金属内肽酶活性、MAPK活性、转录因子结合、氧化还原酶活性等分子功能,KEGG富集分析显示TNF信号通路、TLR信号通路、IL-17信号通路、Th17细胞分化、CLR信号通路、NF-κB信号通路等与痛风密切相关。结论桂枝芍药知母汤在治疗痛风的炎症反应、尿酸代谢紊乱和骨破坏等多个环节中发挥显著作用,为今后临床试验和实验研究提供理论依据。  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学方法探究芍药甘草汤治疗葡萄膜炎的效应机制。方法:从我国研发的中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选得到芍药甘草汤的主要成分及作用靶点,并通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取葡萄膜炎相关的疾病靶点,进而筛选出相同的靶点作为“药物—疾病”交集靶点。利用STRING数据平台和Cytoscape进行PPI分析与网络构建。在DAVID进行富集分析。结果:获得芍药甘草汤成分93个,中药相关靶点214个,疾病靶点1 463个,交集靶点93个。芍药甘草汤治疗葡萄膜炎的重要有效成分有槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、柚皮素、芒柄花素等,主要靶点为AKT1、TNF、IL6、STAT3、PTGS2,通过IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、Th17细胞分化、弓形虫病等通路发挥作用。结论:芍药甘草汤治疗葡萄膜炎具备多活性成分、多靶点、多渠道的调节免疫、抑制炎症反应的优势,为其临床应用提供了一定的理论依据。  相似文献   

3.
目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...  相似文献   

4.
目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学方法分析酸枣仁汤治疗睡眠障碍的相关靶点及通路,以探讨其作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),得出酸枣仁、川芎、知母、甘草、茯苓的有效成分及其作用靶点,通过UniProt数据库匹配靶点对应基因,使用CytoscapeV3.7.1构建疾病-成分-靶点网络。利用GeneCards、OMIM、TTD等数据库搜集睡眠障碍相关基因,运行R语言筛选出酸枣仁汤与睡眠障碍的交集基因,输入String数据库,得出蛋白相互作用关系,并应用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出酸枣仁汤有效成分88种,相关靶点82个;与睡眠障碍交集靶点36个,其中核心靶点8个;GO富集分析获得645条结果,集中在神经递质水平调节、肾上腺素受体活性和突触后膜的组成部分等方面;KEGG通路获得相关通路61条,主要集中在神经活性配体-受体相互作用、脂肪细胞中的脂肪分解调节和雌激素信号通路等。结论:初步得出酸枣仁汤多成分、多靶点、多通路治疗睡眠障碍的作用机制,为进一步研究提供理论参考。  相似文献   

6.
[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...  相似文献   

7.
目的 利用网络药理学方法探索金鸡胶囊复方治疗盆腔炎的分子机制。方法 使用中药系统药理学分析平台搜集金鸡胶囊药方单味药活性成分,Uniprot数据库获取主要活性成分靶基因,Genecards与OMIM数据库中检索盆腔炎相关靶基因,Draw Venny Diagram在线程序获得单味药活性成分治疗盆腔炎的靶基因,Cytoscape 3.7.1软件构建金鸡胶囊-活性化学成分-靶基因-盆腔炎的中药调节网络,DAVID数据库进行京都基因富集分析;Cytoscape 3.7.1绘图。结果 获得活性成分75个,与疾病的交集基因靶点101个,信号通路等161条。结论 金鸡胶囊治疗盆腔炎呈多成分、多靶基因、多信号途径。  相似文献   

8.
《海南医学院学报》2019,25(22):1686-1692
目的:探讨芍药甘草汤治疗癌性疼痛的关键靶点以及作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选芍药甘草汤的有效成分、潜在靶点,运用Genecards、OMIM数据库搜集癌性疼痛的疾病靶点,借助Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—疾病"网络图,使用STRING数据库绘制PPI网络,对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及KEGG通路富集分析。结果:芍药甘草汤治疗癌性疼痛的潜在靶点有98个,蛋白互作网络提示IL-6、VEGFA、CASP3、EGFR、MAPK8等可能是芍药甘草汤治疗癌性疼痛的核心靶点。GO富集分析得到127个细胞生物学过程,KEGG通路富集分析得到116条相关信号通路,主要包括MPAK、AGE-RAGE、TNF、ErbB等。结论:芍药甘草汤治疗癌性疼痛可能是多靶点、多通路及多层次的,为进一步研究提供思路与依据。  相似文献   

9.
目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点,通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点;借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个,对应靶点238个;DN相关靶点740个,大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点,拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示,涉及74个生物功能,46个细胞功能,92个分子功能;干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...  相似文献   

10.
目的 利用网络药理学方法探讨益气补肺颗粒对肺癌的免疫调节机制。方法应用中药系统药理学数据库分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、公共化合物数据库(PubChem)、药物靶点预测数据库(Swiss Target Prediction)及人类基因数据库(the Human Gene Database,GenCards)分别获得药物成分、药物潜在靶点和肺癌相关靶点,将二者交集靶点通过String数据平台进行药物-疾病蛋白质互作网络构建,进而利用Cytoscape软件筛选出关键药物成分和核心靶点。通过Webgestalt数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析;运用AutoDock进行分子对接。结果益气补肺颗粒含有潜在活性成分129个,主要成分包括3-甲氧基光甘草定、甘草酚、菜豆醇、7-甲氧基...  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果:中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论:甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。  相似文献   

13.
目的通过网络药理学探究苇茎汤治疗哮喘急性发作的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选苇茎汤药物活性成分,使用Uniprot及TCMSP数据库查找药物活性成分及潜在靶点,运用Cytoscape构建"中药-活性成分-靶点"网络图。在Drug Bank、Gene Cards、TTD等数据库中搜索哮喘急性发作的疾病靶点,将苇茎汤药物活性靶点与哮喘急性发作的疾病靶点取交集,并制作韦恩图。借助String数据库及Cytoscape软件分析交集靶点的蛋白与蛋白相互作用,并绘制PPI图。运用的Cytoscape的MCODE及cytohubba插件探索药物-疾病交集靶点关系。运用Metascape分析平台探索交集靶点的GO、KEGG富集情况,使用在线绘图平台绘制GO富集分析图及KEGG动态气泡图。结果苇茎汤共有22个活性成分,获得54个药物活性靶点。搜索哮喘急性发作靶点827个,将药物-疾病靶点取交集,共有20个交集靶点,其中JUN、CHRM1、CASP8、PTGS2、TGFB1等为核心交集靶点。GO富集分析结果为:血液循环、调节离子传输、乙酰胆碱受体活性、蛋白质结构域特异性结合等。KEGG富集分析结果显示苇茎汤治疗哮喘急性发作主要与组织生长因子(TNF)、核转录因子κB(NF-κB)、神经受体-配体相互作用、PI3K-Akt、钙离子、NOD样受体等信号通路有关。结论苇茎汤可能通过控制炎症反应、缓解气道高反应及延缓气道重塑等方面治疗哮喘急性发作。  相似文献   

14.
目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学方法分析二仙汤活性成分、靶点、通路之间的关系,探讨其治疗绝经综合征的作用机制。方法:依托TCMSP和Uniprot数据库检索并筛选二仙汤的主要活性成分及相关作用靶点,利用Cytoscape软件构建二仙汤活性成分和靶点网络关系图;通过OMIM、GeneCards和DisGeNET 3个数据库中检索绝经综合征的相关基因,获取药物和疾病的交集基因,借助String平台构建PPI网络,利用R语言相关数据包对交集基因进行GO和KEGG通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制中药-成分-疾病-通路-靶点网络图。结果:从二仙汤中共预测得到104个活性成分,筛选得出有效作用靶点224个,与绝经综合征有61个交集基因靶点。GO分析结果表明,二仙汤-绝经综合征基因参与的生物学过程变化主要包括多细胞生物过程、活性氧代谢过程等;细胞组分主要包括囊泡腔、线粒体外膜等;分子功能主要包括细胞因子活性、细胞因子受体结合等。KEGG通路分析结果表明,这些靶点与PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路以及疟疾等多种疾病基因信号通路密切相关。结论:二仙汤中多种活性成分作用于绝经综合征多个基因靶点,可能通过影响不同的信号通路相互作用,改善绝经综合征的症状,为该病的临床治疗提供了新的思路。  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...  相似文献   

17.
目的:对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法:运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果:共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论:决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...  相似文献   

18.
目的 运用网络药理学方法筛选麻杏苡甘汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法 通过多个数据库筛选药物主要活性成分、靶点及与RA相关的疾病靶点,获取交集基因.采用Cytoscape 3.7.0软件构建麻杏苡甘汤治疗RA的成分-靶点-通路网络,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用R语言对靶...  相似文献   

19.
目的 运用网络药理学探究健脾复胃颗粒在胃癌治疗中的作用机制。方法 通过TCMSP数据库,根据ADME筛选出健脾复胃颗粒中君臣药成分(白术、半夏、陈皮、党参、茯苓、甘草、黄芪)及其靶点,运用Uniprot数据库,检索靶点相对应的人类基因命名;通过GeneCards、Drug Bank、TTD、OMIM数据库获取胃癌主要靶点,绘制维恩图得到药物活性成分作用靶点与胃癌的主要交集靶点;Perl软件整理数据,采用Cytoscape 3.7.2软件,建立“健脾复胃颗粒中药成分-胃癌靶点”网络;利用String平台分析蛋白质间的相互作用,建立蛋白质相互作用(PPI)网络,探索网络中可能的蛋白质功能模块;采用Metascape平台进行GO富集和KEGG富集分析。结果 通过TCMSP将健脾复胃颗粒君臣药经ADME筛选后共获得白术7种、半夏13种、党参21种、甘草92种、陈皮5种、茯苓15种、黄芪20种活性成分,根据Uniprot数据库,排除无对应基因名部分,排除靶点重复部分,获得靶点271个;以“gastric cancer”为检索词,搜索GeneCards数据库、OMIM数据库、Drug Bank数据...  相似文献   

20.
目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点,利用药物靶标数据库、OMIM?、GeneCards?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集,获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个,取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示,地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示,地榆...  相似文献   

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