苦豆子ISSR标记的遗传多样性分析

目的 通过对产白宁夏、甘肃、青海、新疆和内蒙的苦豆子遗传多样性和亲缘关系的分析,为野生苦豆子资源的驯化和保护等提供依据.方法 采用ISSR分子标记技术,对22个苦豆子居群的DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和主成分分析(PCA),并绘制亲缘关系树状聚类图.结果 51条ISSR引物共检测到433个位点,每条引物5～12个,平均8.49个;平均多态性位点百分率(PPB) 93.30％; Nei's遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(Ⅰ)分别为0.335 1、0.499 8;遗传距离变幅范围0.173 6～0.650 2.结论 22个苦豆子居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离没有明显关系.     

栀子遗传多样性及遗传分化的RAPD分析

 目的应用随机扩增多态性DNA(random amplifed polymorphic DNA,RAPD)标记技术对栀子8个种群遗传多样性和遗传分化进行研究。方法18种随机引物对92个个体进行检测,应用POPGENE软件和AMOVA软件对结果进行处理。结果共得到120个可重复的位点,其中多态位点75个,多态百分率为62.5%。各种群内多态位点百分率在39.17%～68.83%之间,平均为56.98%。河南南阳(POP1)种群最高,其次是江西新干县野生种群(POP7),最低是江西抚州水栀子种群(POP3)。Shannon指数和Nei指数均反映出栀子各种群具有较高的遗传多样性。Shannon指数为0.431 3,各种群Shannon指数在0.2256～0.380 6之间,Nei指数为0.289 2,各种群Nei指数在0.148 2～0.263 0之间。AMOVA揭示种群内遗传多样性占总遗传多样性的76.05%,而种群间遗传多样性只占23.95%。运用POPGENE也得出种群内遗传变异(69.34%)大于种群间(30.66%)的结论。种群间的遗传分化系数为0.306 6。栀子种群间的基因流为1.130 6,遗传相似度平均为0.129 09,遗传距离平均为0.880 72。根据遗传距离聚类分析,河南南阳种群(POP1)与江西樟树新干种群(POP4,POP5,POP6,POP7)聚为一类,湖南种群(POP8)与江西抚州栀子种群(POP2)聚为一类,江西抚州水栀子种群(POP3)与其他各种群间的遗传关系较远。结论目前,虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育,栀子遗传多样性仍较丰富,且种群内大于种群间,种群间存在较少的遗传分化。     

壮药战骨种质资源遗传多样性ISSR分析

目的 对壮药战骨种质资源的遗传多样性进行研究。方法 采用ISSR分子标记技术分析9个战骨种群的遗传多样性。结果 13条引物共检测到73个位点,其中65个位点具有多态性,多态位点百分率（PPL）为89.04%。战骨总的Nei’s基因多样度指数（H）为0.226 5,Shannon’s 多样性信息指数（I）为0.357 2,各种群的平均H、I为0.147 6、0.221 9。种群间基因分化系数（G_st）为0.348 4,基因流（N_m）为0.935 1。9个种群可聚类划分为2个大种群组。结论 战骨种群遗传多样性为中等偏低水平;战骨种群的遗传变异主要存在于种群内;战骨的生物学特性和分布区域的片段化是导致种群间出现一定的遗传分化和种群遗传多样性较低的主要原因。     

苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析

目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数(P)为0～40.7%,平均19.9%;多态信息含量(PIC)为0～0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0～1.814 3,平均0.808 4。观测杂合度(Obs_Het)为0～0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0～0.826 9,平均值0.455 8。18个种群群内近交系数(Fis)值为-0.095 3～0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6～0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0～0.686,平均0.449 6。基因流(Nm)在0.114 4～0.759 4,平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数(Nei)为0～0.401 6、I为0～0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8。在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大。     

我国肉苁蓉寄主梭梭种质资源多样性的AFLP分析

该研究主要采用AFLP技术结合PopGene32和NTSYSpc2.1软件分析了我国西北地区5省14地103份梭梭的遗传多样性。结果表明：梭梭群体总的多态位点百分率为94.13%,5个省居群平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.308 0,Shannon’s多态性信息指数（I）为0.467 6,说明梭梭种群内遗传多样性较高。基因分化系数（G_st）为0.313 8,即68.62%的遗传变异来自省内,31.38%的遗传变异来自省间。5个省间的基因流（N_m）为1.093 5,其基因流属于风媒异交植物的特征。AMOVA分析表明,梭梭89.34%的遗传变异出现在省内,仅有10.66%的遗传变异发生在省与省之间,进一步分析得知省内的遗传变异主要发生在各采样点居群间（84.80%）。依据Nei’s遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析,得知新疆和青海的梭梭样品和其他各省相比其遗传关系较远且各自聚为一支,而甘肃、内蒙古和宁夏产区的样品遗传关系较近聚为一支。总之,我国梭梭种群遗传多样性较高,各地区之间的遗传分化较小,现阶段该物种的种内丰度较高。因此,加强不同地区的梭梭种质繁育和人工种植推广可以有效的保护野生梭梭资源并实现可持续利用。     

NaCl胁迫对膜荚黄芪种子萌发和幼苗生理特性的影响

目的 对壮药战骨种质资源的遗传多样性进行研究.方法 采用ISSR分子标记技术分析9个战骨种群的遗传多样性.结果 13条引物共检测到73个位点,其中65个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为89.04％.战骨总的Nei’s基因多样度指数(H)为0.226 5,Shannon's多样性信息指数(I)为0.357 2,各种群的平均H、I为0.147 6、0.221 9.种群间基因分化系数(Gst)为0.348 4,基因流(Nm)为0.935 1.9个种群可聚类划分为2个大种群组.结论 战骨种群遗传多样性为中等偏低水平;战骨种群的遗传变异主要存在于种群内;战骨的生物学特性和分布区域的片段化是导致种群间出现一定的遗传分化和种群遗传多样性较低的主要原因.     

苦豆子主要生物碱含量表型性状的SSR标记关联分析

为深入研究并充分利用药用植物苦豆子Sophora alopecuroides,寻找与苦豆子生物碱含量相关联的分子标记。该研究利用SSR分子标记对23个苦豆子居群的遗传多样性和群体结构进行探讨,并在此基础上与主要生物碱含量的表型性状做关联分析。23个苦豆子居群P=40.10%,H=0.335 3,I=0.504 5,G_(st)=0.433 7,N_m=0.625 9,表明不同苦豆子居群间基因交流比较少,遗传分化大。UPGMA聚类结果显示来自甘肃、内蒙古、青海的苦豆子居群与来自宁夏的苦豆子居群亲缘关系较近,而来自新疆的苦豆子居群则与其他地区的苦豆子居群亲缘关系较远。群体结构分析将23个苦豆子居群分为2个亚群。关联分析表明13个SSR标记共26个位点分别与MA,OMA,SC,OSC含量4个表型性状相关联(P0.005),单个关联标记位点的表型变异解释率(R~2)为36.45%～77.93%,其中高阈值(P0.000 1)下与MA和OSC含量相关联的位点各有1个,其解释率均超过50%;此外,引物S29在P0.005水平下共有7个位点与MA含量相关联。研究结果为苦豆子生物碱生物合成代谢途径中重要基因的发掘奠定基础。     

基于ISSR的连翘遗传多样性研究

目的研究不同居群连翘的遗传多样性。方法采用ISSR分子标记技术对连翘25个自然居群的样本进行分析,利用POPGENE32软件分析多态位点百分率(P)、Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon多样性指数(I);居群间遗传一致度采用NTSYSpc-2.10软件进行聚类分析。结果选出13条ISSR引物,扩增出353条清晰条带,物种水平P为100%,H为0.252 3,I为0.394 0,遗传分化系数(Gst)为0.331 8,居群间基因流(Nm)为1.007 0,遗传距离0.031 0～0.155 5;NTSYSpc软件进行系统聚类,将25个聚群划分为2大类,7分组;连翘个体间进行聚类分析,195份连翘样品划分为2大类,5分组。结论连翘种群遗传多样性水平较高,但连翘种群间遗传距离与地理距离没有相关性,与生态因子和生长环境有关。     

麦冬不同种群遗传多样性的RSAP分析

利用RSAP标记技术对120份不同地理来源的麦冬种质资源进行多样性分析,结果表明:筛选出的16对引物组合共扩增出326条带,其中318条多态性条带,多态性比率为97.55%,多态性含量PIC在0.87~0.95,平均0.92,表明试供材料间在分子水平上具有丰富的遗传多样性。种群遗传多样性结果表明,20个种群多态性位点比例(PPL)为19.94%~85.58%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别在0.082 6~0.210 7,0.120 6~0.328 1,其中浙麦冬遗传多样性最高,矮小山麦冬遗传多样性最低。种群遗传距离在0.024 6~0.286 8,浙江山麦冬和浙江阔叶山麦冬遗传距离最小,福建短葶山麦冬和沿阶草遗传距离最大。20个自然种群间基因分化系数(Gst)为0.430 7,种群间遗传变异占总遗传变异的43.07%,种群内变异为56.93%,基因流(Nm)为0.660 9。UPMGA聚类分析与主坐标分析结果基本一致,120份样本被分成四大类,聚类结果与形态分类基本一致,同时与地理来源也有很高的的一致性。     

华细辛转录组SSR标记的开发及其在华细辛遗传多样性分析中的应用北大核心CSCD

为探索华细辛的遗传多样性,该研究基于转录组测序结果进行SSR标记的开发,并以来自不同地区的华细辛5个种群为分析样本,利用GenALEx 6.5、NTSYS 2.1和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性评估。结果显示,从华细辛转录组中筛选得到的16个多态性丰富且重复性好的SSR标记,以其两侧序列为模板设计引物,能够对华细辛5个种群的150个个体样本进行稳定扩增,共得到56个多态片段,平均每对引物扩增3.5个多态片段,变化范围为2~8个,检测到平均期望杂合度(H_(e))、Shannon′s多样性指数(I)、Nei′s基因多样性指数(H)、多态性信息含量指数(PIC)的均值分别为0.172、0.281、0.429、0.382。种群间遗传分化系数(F_(ST))均值为0.588,与分子方差分析(AMOVA)结果[华细辛种群间变异程度(69%)大于种群内变异程度(31%)]相一致,各种群的多态位点百分率(PPL)范围从大到小依次为SNJ>LN>SY>SZ>TB。主成分分析(PCoA)和UPGMA聚类分析进一步显示,华细辛个体样本均按地理分布进行遗传聚类,与Structure聚类分析结果一致。综上所述,从转录组中开发的SSR标记能够有效评估华细辛自然分布种群间的遗传分化程度和种群遗传结构,揭示华细辛遗传多样性较为贫乏,遗传变异主要体现在种群水平,以及种群间遗传分化程度与地理距离存在相关性。     

白术遗传多样性ISSR分析

目的:对白术12个栽培居群及3个半野生居群的遗传多样性进行分析.方法:应用ISSR分子标记技术研究浙江、安徽、河北等省15个居群356个样品的遗传多样性;采用POPGEN32进行数据分析,UPGMA绘制聚类图.结果:13条ISSR引物共检测到102个清晰的扩增位点,多态性位点94个,多态位点百分率为92.16％;Nei's基因多样性指数(Hr)为0.406 5,Shannon多样性指数(I)为0.590 3,基因分化系数(Gst)为0.202 5.居群间的遗传相似系数为0.690 7 ～0.960 5,平均为0.825 6.聚类分析可知,居群间并无明显分类.结论:白术具有较高的遗传多样性,遗传分化水平低,无明显地域性差异及品种差异.这与白术目前栽培及种质流通现状呈正相关.     

黄花蒿品种(品系)群体遗传结构及遗传多样性的SCoT分析

利用SCoT分子标记分析国内外8个黄花蒿品种（品系）群体的遗传结构及遗传多样性,运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类生成树状图。结果表明:20条引物共检测到145个扩增位点,其中多态位点122个;物种水平上,PPB=84.1%,H=0.217 3和H_ap=0.341 9,表明8个黄花蒿品种（品系）的遗传多样性较高;在群体水平上,各遗传参数的平均值为PPB=41.9%,H=0.121 5,H_pop=0.186 8,表明遗传多样性较低;Nei’s基因多样性指数计算的遗传分化系数(G_st=0.441 0)说明大部分遗传变异存在于品种（品系）内;品种（品系）间存在基因流障碍（N_m=0.633 9）;品种（品系）间的Nei’s遗传一致度（I）为0.755 1-0.985 7;8个品种（品系）聚为2个大类,具有相同或相似遗传背景的品种（品系）具有聚为一类的倾向。研究结果显示,在黄花蒿品种选育中应加强育成品种的交流、增加优异基因的相互渗透,从而拓宽黄花蒿的遗传基础。     

不同居群蒙古扁桃的等位酶变异及遗传多样性分析

目的:在等位酶水平上对蒙古扁桃4个不同野生居群的遗传多样性进行分析。方法:采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳技术。结果:多态位点百分率P=77.78%,等位基因平均数A=1.7916,平均观察杂合度(Ho)=0.4009,平均期望杂合度(He)=0.4898;蒙古扁桃居群间的遗传分化系数(GST)为0.0693,说明其6.93%的遗传变异来自于居群间;基于遗传分化系数计算的基因流(Nm)为3.3576,说明居群间存在适度的基因流;固定系数(F)为0.0896,显示蒙古扁桃居群纯合体轻微过量,杂合体略显不足。结论:蒙古扁桃种群仍具有较高的遗传多样性并且在适宜的生境中可以完成自然更新,应采取就地保护的保育措施。     

广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究

目的基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究。方法从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究。结果从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11%。基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物。10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100%,多态性信息量(PIC)为0.6889。在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5。居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9。UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系。结论开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析。广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部。     

川滇地区麻疯树遗传多样性及亲缘关系的cpSSR研究

目的:研究川滇地区麻疯树遗传多样性,探讨居群间亲缘关系,为合理利用麻疯树种质资源及良种选育奠定理论基础。方法:作者运用12对叶绿体微卫星(cpSSR)标记引物对10个麻疯树野生居群进行分析,将扩增出的条带作为原始矩阵,用POPGENE version 1.32软件分析遗传多样性参数,并采用NTSYSpc version 2.10软件进行UPGMA聚类分析,构建系统树状图。结果:共检测到多态性位点22个,多态性位点百分率(P)平均为76.28%。其中,云南双柏(YNSB)居群多态性位点百分率最高,达95.45%;而云南泸水(YNLS)居群多态性位点百分率最低,仅45.45%。Nei’s基因多样性指数He 0.402 0,Shannon信息多样性指数I 0.576 7,有效等位基因数Ae 1.713 6,总基因多样性(HT)0.443 3,基因分化系数Gst 0.080 2,基因流(Nm)3.058 5;居群内基因多样性HS 0.405 1,居群间基因多样性(Dst)0.035 7,表明麻疯树居群内的基因多样性在总居群基因多样性中所占比例较大,麻疯树居群间几乎没有分化;ANOVA分析结果表明,91.02%的变异来源于居群内,8.98%变异来源于居群间,即10个供试麻疯树居群遗传变异主要发生在居群内,居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,这与Nei’s基因分化系数分析结果一致;麻疯树各居群遗传多样性由低到高依次为:云南泸水(YNLS)居群<云南西双版纳(XSBN)居群<四川花棚子(SCHPZ)居群<四川会东(SCHD)居群<四川金河(SCJH)居群<云南普洱(YNPR)居群<四川雷波(SCLB)居群<云南双柏(YNSB)居群<云南法依(YNFY)居群<四川会理(SCHL)居群;10个麻疯树居群的遗传一致度为0.812 7～0.979 8;遗传距离为0.020 4～0.207 3,表明这10个居群间的相似程度较高,遗传距离较小,亲缘关系较近;UPGMA聚类分析显示:10个麻疯树居群可分为两大类,即SCJH居群和SCHPZ居群聚为一类;SCHL居群、SCHD居群、SCLB居群、YNSB居群、YNFY居群、YNPR居群、XSBN居群和YNLS居群聚为另一类。结论:川滇地区麻疯树具有丰富的遗传多样性,但各居群间亲缘关系较近。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

基于ISSR的甘肃中麻黄遗传多样性研究

目的研究甘肃不同居群中麻黄Ephedra intermedia的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省11个居群的中麻黄样本进行分析,利用POPGENE 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 12条引物共检测到175个位点,其中多态性位点150个,多态位点百分率(PPL)为85.71%。中麻黄居群间的H为0.211 4,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.332 1,种群间基因分化系数(Gst)为0.259 3,基因流(Nm)为1.428 6,遗传距离0.014 4~0.159 8。结论甘肃中麻黄种群遗传多样性水平较高,但居群内遗传多样性水平低于居群间;中麻黄种群的遗传变异主要存在于居群内;亲缘关系与地理分布具有一定的相关性。     

云贵地区金铁锁EST-SSR遗传多样性分析

目的分析云贵地区金铁锁Psammosilene tunicoides遗传多样性和变异情况。方法采用转录组测序技术开发金铁锁的EST-SSR引物,并利用筛选出的分子标记对金铁锁进行多态性分析。结果共获得了17 530条含SSR位点的EST序列;筛选出了14对具有较高多态性的EST-SSR引物,对云贵地区的17份金铁锁进行多样性分析,发现其在位点水平上多态性信息含量(PIC)范围为0.350 0~0.795 0,具有较高的多态性;在群体水平上明显偏低,多态位点百分率(PPB)为64.29%~100%,Nei’s基因多样性指数的范围为0.188 2~0.477 7,平均0.323 2;云贵地区金铁锁群体内基因流(Nm)较小(Nm均值为0.302 0),群体间存在较大的遗传分化(Fst均值为0.452 9)。结论转录组测序丰富了金铁锁EST数据库;云贵地区金铁锁的遗传多样性可能与其繁殖方式、分布区较长的进化历史有关,群体间遗传分化大可能是地理阻隔截断了不同群体间的基因交流。