响应时代的呼唤,开创关于生命信息学的研究

生命信息学是在生命科学和信息科学的交叉点上生长起来的新兴边缘交叉学科。随着社会生产的主流由物质产品转向信息产品，信息科技日益成为当代高新科技的主导与核心。生物学的重心正在由生命硬件转向生命软件，医学和农学已呈现出明显的“信息化”趋势。基因工程、癌细胞程序性死亡疗法、心理门诊等信息学疗法，迫切地需要理论上的支持与说明。计算机科学的并行分布式处理急需向生命信息处理过程学习。时代呼唤着生命信息学。生命信息学的创立和发展，不仅需要生命科学 、信息科学工作者的参与，而且需要数学、物理、化学、哲学、心理学、以及许多社会文化方面的学者的合作。     

响应时代的呼吸,开创关于生命信息学的研究

生命信息学是生命科学和信息科学的交叉点上生长起来的新兴边缘交叉学科。随着社会生产的主流由物质产品转向信息产品，信息科技日益成为当代高新科技的主导与核心。生物学的重心正在由生命硬件转向生命软件，医学和农学已呈现出明显的“信息化”趋势。基因工程，癌细胞程序性死亡疗法，心理门诊等信息学疗法，迫切地需要理论上的支持与说明。     

生命信息学要走交叉的研究道路

生命信息学的学科体系决定了其研究方法与思路 ;走交叉研究的道路。本文着重论述生命信息学的主要内容 ,以及与各部门信息学的关系 ,最终得出其研究方法     

生命诈学走交叉的研究道路

生命信息学的学科体系决定了其研究方法与思路;走交叉研究的道路,本文着重论述生命信息的主要内容,以及与各部门信息学的关系,最终得出其研究方法。     

展望21世纪 从医药信息学到生命信息学

本文说明信息学与医学相结合的新趋势：从医药信息学到生命信息学。基于五年来的研究与探索，作者提出生命信息学的基本概念，主要原理和知识结构。生命信息学是生命科学与信息科学的边缘交叉学科。当前的医药信息学以传统的生物学为基础，以医疗信息化为目标。生命信息科学的任务是使传统生命科学信息化，全面修订传统的生命观、人体现、健康观、诊疗观及预防观。随着生命信息医学及其疗法的建立与完善，当前的医药信息学将逐步改观。生命信息学的基本原理包括：信息唯物论原理、一般信息学原理、信息决定论原理等。以生命信息运动的层次性为依据，生命信息学的主要分支为：分子信息学（包括遗传信息学），细胞信息学，器官信息学（包括神经系统信息学），个体信息学（包括人体心理学），种群信息学（包括社会心理学、管理科学等）。生命信息学将会成为２１世纪中的新兴带头学科，它不仅给生命科学和医学带来革命性的改变，而且对信息科学、哲学及人文科学也造成重大影响     

关于生命信息学研究中的若干重要发现

本文概述生命信息学研究中若干重要的发现，简述这些研究成果在建立信息科学基础、实现传统的还原论科学体系向新兴的涌现论科学体系转型等方面的意义。     

生命信息科学的诞生

高度密集的信息，特别是以计算机开发和应用为主的现代模糊信息学包括文献信息学，管理信息学等，都应归属于非生命的信息学科学，而生命信息学则是学术领域的新生儿，它以独创一帜的科学依据，与众不同的崭新的思维方式，在信息科学基础理论研究中将领袖群雄，下文主要谈及生命信息科学诞生与发展有关的几个群为人知的问题。     

论生命信息学研究中的方法创新

本文说明方法论上的创新是生命信息学研究的前提，从哲学本体论和方法论上突破，建立一般信息学方法的基础，以及探讨生命信息领域特有的方法论问题，就成了关于生命信息学研究工作的必然结果。     

关于生命信息学研究的回顾与展望

本文的目的是回顾八年来关于生命信息学研究的基本过程，并就这个新兴边缘交叉学科在今后几年的发展提出若干设想。概略地说，可以把相关的研究分为三个阶段。一是关于生命信息学基本思想和概念的形成（１９９２～１９９５），二是其知识体系基本框架的逐步确认（１９９５～１９９８），三是作为学科特定术语集的初步建立（１９９８～２０００）。今后的几年内，关于生命信息学的研究任务是在深入、细化总论的同时，展开对各论的研究，构成生物分子信息学、细胞信息学、个体信息学、社会信息学四大分支，并逐步填平跨在自然科学和社会科学之间的鸿沟。     

理论信息学:概念、原理与方法(Ⅱ/Ⅵ)

本章说明与论题相关的背景情况。本文选题的必要性直接来自信息时代对理论信息学的呼唤。本章的任务是阐述：信息社会没有自己特有的信息科学知识体系；现有的领域信息学由于研究对象特殊、思想方法局限、又受到物理学范式束缚，不可能揭示各类信息现象中的一般规律：所以，关于理论信息学的研究是科学发展和社会进步的迫切需要。     

论信息科学的世界观V／V

第九章信息现象的实证思维、理论思维与哲学思维 本章以物质科学知识体系的发展脉络为参照,讨论了信息科学大致相同的发展逻辑,阐述了信息现象的实证思维、理论思维和哲学思维.笔者自1979年从数学步人计算机领域以来的学术经历,大致从计算机软件工程,经过医学信息学(及生命信息学)、理论信息学,走到了信息哲学.所以这样走过来,并不自觉,是在"跟着感觉走".笔者体会到了某种学术行进的"惯性",好像"身不由己",有时欲停不能,欲罢不忍.本章中包含了笔者与合作伙伴们近三十年来的学术经历总结,其中渗透着指导教授们的心血.     

论生命信息学与医学信息研究

生命信息学是在医学信息研究的基础上萌发的信息学科，而它对“母体”进行拓展、延伸，同时又进行了前所未有的创新，为信息科学理论体系的建立做出了努力的探索，显示出光明的学术前景。医学信息研究要建立起较为系统的科学理论体系，就要突破传统，用生命信息学的既得原理和思维方式去作指导，创立新说。     

论生命及非生命信息运动的一般规律

本文说明信息（生命和非生命的）是一种客观存在。信息既不是物质，也不是能量。信息不能离开物质载体而存在，对实物和场具有依赖性，但对于特定的载体又具有相对的独立性。信息运动是自然界一种基本的运动形式。仅用机械的、物理的、化学的运动规律不足以说明信息运动过程。信息的两重性决定信息运动在本质上不服从物理法则，而遵循它自己独有的信息法则。信息法则主要是不守恒定律、熵减少原理、程序控制原理等。生命运动与仿生（模拟生命）运动中信息过程的主要区别是：前者是编程，后者是他编程。生命运动的本质是自代谢、自繁殖、自组织。自组织的功能是自调控，关键在自编程。Ｎ．维纳批评不承认信息的唯物主义已有半个世纪了，信息社会正在到来，我们应当更自觉地坚持信息唯物论，克服物理唯物论对生命信息科学发的束缚     

社会信息科学发展分期与它的学科层次

从字面上看，信息论与信息学似乎没有区别，许多人文社会科学研究者就是在这种意义上理解和使用它们。同样地，在他们看来，社会信息论和社会信息学之间也不至于有根本性的不同。本文提出了不同的见解，并且讨论了社会信息科学的结构问题。     

论交叉信息科学研究与医学信息学

随着计算机应用的日渐普及和深入，几乎每一个学科都在经历着“信息化”的过程。各个学科的研究者们把计算机作为“硬工具”，处理相关领域中的数据和知识，或(和)把计算机的逻辑模型作为“软工具”，用来分析特定领域中的信息现象。于是，一门又一门应用信息学如雨后春笋，不断地涌现出来，比如生物信息学、医学信息学、管理信息学，等等。本文的目的在于结合医学信息学讨论交叉信息学科研究的地位和作用，学科信息化的一般过程，以及它们之间的关系。     

人体系统中的信息学问题

本文的目的是探讨人体信息系统的层次特征，以及不同层次生命信息之间的关联和调控作用。人体是各种运动形式的统一体。信息学的方法是撇开其生物物质和生物化学能量的特性，侧重研究生命信息及其运动过程的规律性。它强调生命信息系统的组成和关联以及其间的通讯、编程与调控。最后，笔者提出一个有别于传统西方医学的概念，信息医学。     

理论信息学:概念、原理与方法(Ⅴ/Ⅵ)

9理论信息学的方法论任何一门科学都会因为研究对象的特殊性而需要特殊的研究方法,信息科学也不例外。如果说,整个物质科学的基本方法是还原论方法,那么整个信息科学的基本方法是涌现论方法。也就是说,在理论信息学层次上的一般的方法学是涌现论。而在各个领域信息学内有它们各     

信息科学及其发展简史探讨

本文概略地讨论信息科学的研究内容和基本结构,以及应用信息学和理论信息学在其中的地位和作用,简要地回顾信息科学发展的历史,指出它已经经历的信息科学的史前时期、工具信息学时期、领域信息学时期和理论信息学时期的若干重要史实.     

论信息科学的世界观（Ⅰ／Ⅴ）

随着物理学的成熟,一个物质科学的世界现逐渐形成:世界上除了物质和物质的运动,什么都没有了.如今,信息科学技术模拟人脑,造出可以战胜人类棋手的电脑;无所不在的计算(Ubiquitous Computing)推动我们由"E社会"进入"U社会";人类客观知识融入宁宙问普遍的"信息世界"之后,人类精神被还原为生命物质与生命信息.于是,一个信息科学的世界观就形成了:宇宙万物都是物质与信息的对立统一.理论信息学的基本任务有两个:其一,说明信息现象具有区别于物质现象的特殊性;其二,说明信息现象与物质现象的关系.如果说笔者题为<理论信息学:概念、原理与方法>的博士论文把研究重点放在第一个问题上,那么笔者博士后研究工作的侧重点就在第二个问题上.本文的主要目的 是在信息以物质为"载体"的基础上,提出信息能以物质能为"载能",进而提出物质一信息关系的"双二重性"理论模型,并以此论述信息科学的世界现.本文的第一章说明全文的思路与结构.第二章讨论信息时代中新的科学标准,为信息科学的"科学性"进行辩护.第三章回顾信息社会以前的三种基本的世界观(即古希腊世界观、中世纪世界观和近代科学世界观)的演变历程,以及信息时代对一种新世界观的呼唤.第四章叙述波普尔"三个世界理论",重点说明"世界3"(人类客观知识)的独立性和自主性.第五章,在对人类精神现象物理学还原的基础上,提出一种"信息学还原",即把人类精神现象看成是一种生命信息现象,于是通过对"世界2"施行跨学科的"奥卡姆手术".精神世界一分为二(生命物质与生命信息),波普尔的三个世界剩下两个了.第六章,从世界万物的物质与信息的"二重性",结构与过程的"二重性",提出物质与信息的"双二重性"关系的理论模型,论证"两个世界理论"的合理性.第七章,阐述信息科学的世界观(简称"信息世界观")的三个显著特征和八个主要原则.第八章,命名"信息主义"的时代精神,指出新的世界观要从以往世界现的兴衰中吸取有益的经验和教训.第九章,说明与建构物质知识体系相似,建构信息知识体系的过程也经历了由神学、哲学到科学三个发展阶段.半个多世纪以来,信息科学从具体学科中观察与实验的实证思维,上升到探索"信息共性"的理论思维,进而开始寻求信息科学的本体论之根的哲学思维.第十章历数本文的六个主要论点,说明本研究的意义,提出进一步研究的方向与课题.     

从“我思故我在”到“社会思故社会在”——兼谈社会认识论与社会信息科学的逻辑出发点

本文提出和说明一个命题,“社会思故社会在”,认为它是社会认识论与社会信息科学的逻辑出发点。生命世界具有层次结构。站在人类个体的层次上观察,个人通过他的大脑在恩维着;他的每一个细胞都不能思维,即使神经细胞也不能;他所身居其中的社会不能思维,因为社会本身没有类似于人脑的社会脑存在。但是,从理论信息学的角度看,社会、个人、细胞、甚至DNA和生物分子具有“输入-处理-输出”（IPO）的共性,都在“思维”着,其间的区别只是思维的结构和内容不同。如果说工业时代的个体认识论的第一假设是笛卡尔的“我思故我在”,那么信息时代的社会认识论和社会信息科学的第一假设就应当是“社会思故社会在”。