应用基因芯片筛选转染FOXO1后A549细胞差异表达基因

目的研究转染叉头蛋白O1(FOXO1)后A549细胞基因表达谱的改变,为深入探讨FOXO1在急性肺损伤中的作用机制提供线索。方法应用肿瘤坏死因子α(TNF-α)刺激A549细胞,应用脂质体介导的转染方法将真核表达载体GV230-FOXO1转染入经TNF-α诱导的A549细胞,再提取细胞的总RNA,应用基因芯片技术进行分析。结果成功构建并验证了FOXO1真核表达载体,提取了高质量的mRNA进行芯片分析,并通过RNA质量控制(RNA QC)验证。芯片分析结果显示差异表达基因中上调的基因有317个,下调的基因有237个。这些差异表达的基因功能涉及细胞增殖、凋亡、分化等多个方面。结论应用基因芯片技术可成功筛选转染FOXO1基因后A549细胞的差异表达基因。FOXO1在急性肺损伤中可能通过改变细胞的增殖、凋亡与分化等水平来影响疾病的进程。     

基因芯片技术筛选大肠癌肝转移差异表达基因

目的:利用基因芯片技术研究大肠癌肝转移基因表达的改变及其相关基因.方法:收集手术切除5例大肠癌合并肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本,提取总RNA,合成荧光标记的cRNA与Agilent human 1A oligo芯片杂交.挑选10个差异表达基因,分别设计引物,用实时RT-PCR法定量测定21例术中收集的新鲜原发和转移标本中各基因的表达水平,并比较和分析其表达差异.结果:以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在5对标本中,共同上调110个基因,共同下调96个基因.挑选10个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符.结论:大肠癌肝转移涉及众多基因表达的改变,应用基因微矩阵有助于发现基因变化的规律及其分子机理的深人研究.     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

基因芯片筛选稳定转染FATE／BJ-HCC-2基因的肝癌细胞中肿瘤转移相关差异表达基因

目的：筛选稳定转染FA T E／BJ‐HCC‐2基因的肝癌细胞中肿瘤转移相关的差异表达基因。方法分别提取稳定转染FATE／BJ‐HCC‐2的肝癌细胞（5B4）及转染空质粒的对照细胞（Mock）总 RNA ,通过基因芯片技术筛选差异表达基因。结果与Mock细胞比较,5B4细胞共筛选出1694个差异表达基因,有11个基因表达差异明显,其中MMP‐1、PTGS2、FN、CA9、IL‐8、ILK、Areg 7个基因在转染FATE／BJ‐HCC‐2基因后表达量明显上升,差异倍数分别为81．80、49．86、11．30、16．26,3．48、2．79、2．20。E‐cadherin、RhoBTB3、ALPP、HLA‐DRB 4个基因表达量明显下降,差异倍数分别为－5．42、－2．23、－5．93、－8．03。结论采用基因芯片技术对FA T E／BJ‐HCC‐2参与的肝癌转移的差异表达基因进行细致的筛选,其最终目的是为研究肝癌转移机制打下坚实的理论基础。     

基因芯片筛选经 NFE2 L2－RNAi 转染的乳腺癌耐药细胞差异表达基因 CDCA4

目的：应用基因芯片技术探讨Nrf2与乳腺癌化疗耐药可能相关的下游通路。方法选择人乳腺癌多柔比星耐药细胞株 MCF－7／ADM作为研究对象,经NFE2L2－RNAi成功转染,敲除NFE2L2目的基因,应用RT－PCR方法检测目的基因的表达情况,用人类表达谱芯片检测多柔比星耐药细胞株 MCF－7／ADM与敲除目的基因后的MCF－7／ADM基因表达谱的变化。结果通过比较,发现经NFE2L2－RNAi转染的人乳腺癌多柔比星耐药细胞株和人乳腺癌多柔比星耐药细胞株MCF－7／ADM的基因表达存在明显差异。人基因表达谱芯片中共筛选出差异有统计学意义的基因878个,包括表达上调的基因341个,表达下调的基因537个,其中CDCA4表达上调。通过edgeR分析软件,于TCGA公共数据库中,发现CDCA4在大量样本中乳腺癌组织的mRNA表达丰度显著高于癌旁组织。结论通过基因芯片筛出位于Nrf2下游的CDCA4,与乳腺癌细胞对多柔比星的耐药可能存在密切关系。     

Oncology基因芯片表达谱筛选胃癌演进过程中的差异表达基因

目的 在分子水平研究从正常胃黏膜上皮、中度异型增生（mGED）到胃癌演讲过程中的差异基因表达情况。方法 利用基因芯片技术比较筛选正常胃黏膜上皮、中度异型增生与胃癌各12例胃镜标本的差异基因表达。聚合酶链反应(RT-PCR)验证差异基因表达情况。结果 通过t检验和SAM检验筛选差异基因34个,有24个基因在以往的研究中被证实与各类癌症相关,其中6个基因在以往的胃癌研究中被证实与之相关,有10个基因尚未涉及癌症的研究; GO分析结果显示这些基因功能主要涉及细胞外分子结构、分子运动、细胞结构形成、调节细胞活性、细胞粘附、细胞生长发展和凋亡。RT-PCR验证MMP12、CARD14和CHI3L1的mRNA表达水平变化,结果与基因表达谱数据一致。结论 应用基因芯片技术比较筛选出胃癌演化形成过程中的34个显著表达异常基因。通过对这些基因的进一步研究,有望找到准确预测胃癌发生的基因、蛋白或非编码RNA,对提高早期胃癌的诊断率具有现实意义,同时可能找到治疗胃癌的新靶点。     

利用基因芯片技术筛选不同转移能力骨肉瘤细胞差异表达基因

目的：运用基因芯片技术研究骨肉瘤转移相关基因表达．方法：提取具有不同转移特性的骨肉瘤细胞总RNA，反转录制备杂交探针，应用基因芯片筛选与骨肉瘤转移相关的基因．杂交信号用ScanArray3000扫描，结果用ImaCene3．0软件分析．结果：对原位及转移骨肉瘤细胞基因表达诺分析，发现两种肿瘤细胞中存在差异表达基因，其中有抑癌基因、转移相关蛋白基因、细胞周期蛋白基因等，与肿瘤发生发展密切相关．结论：基因芯片技术对肿瘤转移机制研究有重要意义。     

利用基因芯片技术筛选重症肌无力差异表达基因

目的：筛查胸腺组织重症肌无力（MG）相关基因,探讨MG发生机制．方法：分别抽提6例MG患者胸腺组织及正常胸腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的cDNA-链做探针,在含有14000点人类基因组芯片BiostarH-140s上进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePixPr03．0软件对扫描图像进行数字化处理和分析．利用实时荧光定量PCR技术,对筛选出的部分差异表达基因变化水平,在39例MG胸腺组,10例正常对照胸腺组中进行分析验证．结果：筛选出差异表达的基因254个,其中MG胸腺组中表达上调的基因82个,表达下调的基因172个．这些异常表达的基因按照功能,可以分为原癌基因和抑癌基因（3／3,即上调基因3个／下调基因3个,下同）、免疫相关蛋白（1／9）、细胞受体（1／2）、离子通道和运输蛋白（2／3）、细胞信号和传递蛋白（8／13）以及未知功能基因．验证实验显示,MG胸腺组天冬氨酰氨基葡糖苷酶（AGA）和分拣微管连接蛋白17（SNX17）相对表达量分别为[（0．671±0．078）,（0．698±0．085）,n=39],与正常胸腺组的[（0．611±0．043）,（0．617±0．068）,n=10]相比较,差异有统计学意义（P〈0．05）．结果与基因芯片一致．结论：MG患者胸腺组织与正常胸腺组织之间存在明显的基因表达差异,为MG患者提供相当数量的与免疫、细胞受体和细胞信号传递等相关的差异表达基因,为MG早期诊断和治疗提供了线索．     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因

0引言研究证实辛伐他汀能抑制慢性粒细胞白血病细胞增殖并诱导其凋亡,但其作用机理尚不明确.本实验采用基因芯片技术筛选辛伐他汀作用K562细胞的差异表达基因,以探讨其作用机制.     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

基因芯片技术筛选哮喘大鼠差异表达基因的研究

目的 利用基因芯片技术寻找哮喘大鼠与正常大鼠之间差异基因的动态变化,寻找参与哮喘发病的新基因.方法 分别于激发哮喘2、4、8周处死大鼠收集肺泡灌洗液行炎性细胞及嗜酸性粒细胞计数,取肺组织行HE染色、病理图像分析,提取肺组织RNA行基因芯片筛选及实时定量PCR验证.以基因表达倍数值2.0和基因表达倍数值-2.0为阈值来确定差异表达基因,然后用GO及Pathway分析对差异表达基因进行功能分类分析,结果以P ＜0.05为差异显著性标准.结果 从24 358条表达基因谱中,筛选出哮喘大鼠与正常大鼠持续性差异表达2倍以上的基因有13条,其中发现Mal和TPD52L1等新基因参与哮喘疾病过程.结论 Mal、TPD52L1基因在肺组织中异常表达,影响哮喘的病程进展.     

基因芯片技术筛选2型糖尿病胰岛素抵抗脂肪代谢相关差异表达基因

目的:应用基因芯片技术比较2型糖尿病胰岛素抵抗(IR)患者和正常人大网膜组织脂肪代谢相关基因表达谱的差异,探讨IR可能的发病机制.方法:分别用Cy5 和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将IR组(n＝5)和正常对照组(n＝5)脂肪组织的mRNA标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交,通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因.然后对芯片筛选结果中差异表达的FOXC2基因用Northern印迹法进行验证.结果:IR组和正常对照组之间共筛选出82条差异表达已知基因;其中脂肪代谢相关基因10条,表达增加的基因5条,表达降低的基因5条.Northern印迹证实IR组FOXC2 mRNA表达明显升高,与基因芯片检测结果一致. 结论:IR的发病与脂肪代谢相关,FOXC2可能是2型糖尿病IR的候选基因.     

利用基因芯片筛选动脉钙化大鼠差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选正常大鼠和动脉钙化大鼠腹主动脉组织中差异表达基因及检测转化生长因子－β（TGF－β）、基质金属蛋白酶－2（MMP－2）和基质金属蛋白酶－9（MMP－9）的表达量,以探讨动脉钙化发病的可能机制。方法通过皮下注射大剂量维生素D3建立大鼠动脉钙化模型,采用Von Kossa染色观察动脉钙化程度,基因芯片技术筛选两组大鼠差异表达基因及检测TGF－β、MMP－2和MMP－9的表达量。结果与对照组相比,模型组差异表达的基因有710条,其中上调基因344条,下调基因366条。模型组TGF －β1、TGF－β3和MMP－2的表达均明显上调,差异具有统计学意义（P＜0.05）,而TGF－β2和MMP－9的表达则无明显差异（P＞0.05）。结论动脉钙化的形成是多基因共同作用的结果,其中TGF－β、MMP－2和MMP－9对动脉钙化的发生发展起着至关重要的作用,其机制还有待进一步研究。     

基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

基因芯片筛选口腔扁平苔藓差异表达基因的研究

目的 用基因芯片技术筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)相关基因.方法 分别从人OLP组织和正常口腔黏膜组织中提取总RNA并纯化为mRNA,再将2种组织的mRNA分别进行荧光标记,然后与含有32 050个位点的基因的人类基因芯片进行杂交,探针长度是60mer,杂交信号用Axon Genepix 400B Microarray Scanner扫描仪扫描,结果用芯片图像分析软件(Genepix Pro V6.0和Genesring)进行分析.结果 经过杂交筛选并与正常组织比较,从32 050个基因中筛选出差异有统计学意义的表达基因142个,其中上调的基因有25个,下调的基因有117个.结论 OLP的发生、发展过程中存在着多条不同功能基因表达调控的改变,运用基因表达谱芯片可以初步筛选出OLP相关基因.     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

基因芯片技术筛选移位耳廓软骨细胞差异表达基因的研究#

目的：应用基因芯片技术对移位后的弹性软骨进行基因表达差异研究,并分析弹性软骨特征蛋白基因的差异,筛选出与弹性软骨特征相关的关键核心基因。方法：取健康8周龄C57BL/6小鼠,随机分为正常侧耳廓弹性软骨组、对侧耳廓缺损弹性软骨移植组、背部耳廓弹性软骨移植组。取移植后软骨分析移植后弹性软骨的基因表达以及基因表达差异。结果：差异基因pathway分析可见,与氧化应激相关基因NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ;与磷酸化相关NDUFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,COX17,ATP5H,C OX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B,COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD;与再生相关NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ,ND UFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,ATP5H,COX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B,COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD;与迁移相关基因COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD,NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ,NDUFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,AT P5H,COX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B;与核蛋白体相关基因RPL3I,RPL37A,RPS19,RPL39,RPS11,PRS13,RPS25,RPL27,RPS23,RP LP2;与RNA多聚酶相关POLR2I。差异基因共计23个,上调17个,下调6个。结论：通过动物模型筛选出表达差异基因可为进一步干预弹性软骨移位后的转归提供参数和依据,为临床耳再造提供最为生理的支架材料。     

人IL4基因转染胃癌细胞及其表达

目的：评价人ＩＬ４ｃＤＮＡ转染胃癌细胞株分泌ＩＬ４的可行性和γ射线照射的安全性。方法：用脂质体转染法将人ＩＬ４ｃＤＮＡ转入ＳＧＣ－７９１０胃癌细胞株，并检测细胞分泌的Ｉ力５０Ｇｙγ射线照射对肿瘤细胞分泌的影响。结果：人ＩＬ４ｃＤＮＡ可以转入人胃癌细胞，并表达有活性ＩＬ４基因转染可以明显增强ＩＬ２激活的ＬＡＫ细胞的肿瘤杀伤作用。用大剂量的γ射线照射后，转染细胞仍可以持续分泌ＩＬ４３－４周。结论：人