哈尔滨市腹泻患者星状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解黑龙江省哈尔滨市腹泻患者人星状病毒(HAstV)感染情况,并分析其分子流行病学特征。方法 2017年1月-2018年12月共采集340份哨点医院腹泻病人的粪便标本,采用Real-time PCR进行HAstV检测,对HAstV阳性标本采用RT-PCR方法扩增ORF2区,对PCR产物测序并进行系统进化分析。结果 HAstV阳性检出率为6.18％(21/340),男性阳性检出率为8.52%(15/176),女性阳性检出率为3.66%(6/164),差异无统计学意义(χ2=3.466,P=0.063)。HAstV感染阳性的患者年龄主要集中在2岁以下年龄组及3~5岁年龄组,检出率分别为10.71%(18/168)、10.53%(2/19);季节高峰在2月,检出率为18.18％(2/11)。对阳性标本进行测序,获得16株序列,系统进化分析结果显示,11株HAstV-1,且均为1a型;4株HAstV-5型;1株HAstV-4c型。结论 HAstV是哈尔滨市病毒性腹泻的重要病原之一,且存在多种基因型,HAstV-1型是主要流行株。HAstV-1a型及HAstV-4c型是在黑龙江省哈尔滨市首次发现及报道的型别。     

河北卢龙县婴幼儿星状病毒腹泻分子流行病学研究

[目的]研究2006～2007年河北卢龙地区5岁以下住院腹泻患儿中星状病毒感染的流行特征,确定流行毒株的基因型别和基因组别[方法]收集2006年1月～2007年12月河北卢龙地区住院腹泻患儿粪便标本572份,采用RT-PCR方法检测星状病毒,测序确定其基因型别和基因组别[结果]检测出星状病毒阳性标本47份,检出率为8.2%,患儿的性别比为2.36︰1,年龄为1～24月龄,小于18月龄者占93.6%,,发病以秋冬季多见,10～12月为发病高峰期,74.5%的患儿伴有呕吐或/和发热,42份ORF2基因片段序列和38份ORF1a基因片段序列比对结果为HastV-1,genogroupA。[结论]星状病毒是卢龙地区婴幼儿腹泻的重要病原,HAstV-1为该地区的流行毒株。     

下一代测序技术在分子诊断中的应用

DNA测序是破译人类疾病的一种强大技术,尤其在癌症方面。飞速发展的下一代测序(next-generation sequencing,NGS)极大降低了测序成本,并且实现了高通量,这使我们可以获得整个基因组的序列,以及那些临床上确诊病人的全部基因组信息。然而下一代测序技术带来诸多益处的同时也带来了挑战,那就是怎样使这个技术在临床诊断中成为常规手段。本文就目前NGS的几大技术平台原理,在临床诊断中的应用,以及目前面临的挑战等进行综述。     

下一代测序法检测乙型肝炎病毒YMDD突变的方法学建立及性能评价

目的建立乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法,并对此方法进行性能评价。方法采用离心柱法提取血清标本中的DNA,设计引物对乙型肝炎病毒P基因区扩增并靶向捕获,通过下一代测序技术对捕获的DNA进行检测,利用生物信息学分析软件系统对检测结果进行分析,得到基因突变结果,建立下一代测序用于乙型肝炎病毒YMDD突变的检测方法。收集慢性乙型肝炎患者血清样本共229例,采用下一代测序法和Sanger测序法同时检测YMDD基因突变,评价下一代测序法的检测性能。选取5例基因突变阳性的样本(包含不同基因突变型别)、2例基因突变阴性样本,采用下一代测序法对所选样本进行重复检测,评价该方法的重复性。结果建立了乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序检测方法。对229份临床样本的检测中,2种测序方法均检测到74例(74/229,32.31%)YMDD突变,其中下一代测序法检测到44例(44/229,19.21%)rtM204V突变,25例(25/229,10.92%)rtM204I突变,5例(5/229,2.18%)rtM204V/I混合突变。Sanger测序法检测到47例(47/229,20.52%)rtM204V突变、25例(25/229,10.92%)rtM204I突变和2例(2/229,0.87%)rtM204V/I混合突变。下一代测序法检测到3例Sanger测序法漏检的rtM204V/I混合突变。与Sanger测序法相比,下一代测序法的灵敏度、特异度和准确度均为100%,突变类别完全符合率为95.95%(71/74),部分符合率为4.05%(3/74)。2种方法的一致性(κ)为0.97(P<0.01)。经重复性试验检测,下一代测序法的检测结果均一致,重复性符合率为100%。结论本研究建立的乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法灵敏度高,特异性好,重复性好,准确性高,比Sanger测序法更灵敏,能检测到更多的混合突变,为乙型肝炎病毒耐药基因检测提供了新的手段。     

山东省11株人星状病毒的全基因组序列特征分析

目的了解山东省人星状病毒(HAstV)的全基因组特征。方法收集山东省2020—2022年急性弛缓性麻痹病例监测系统的粪便标本, 采用实时荧光定量PCR检测HAstV核酸, 针对阳性标本应用下一代测序技术对HAstV的全基因组序列进行测定和分析, 进行型别鉴定, 使用BioEdit和Mega软件进行同源性比较和系统发生学分析。结果共检测了667份标本, 14份为HAstV核酸阳性(2.1%), 其中HAstV-1基因型6份, MLB1基因型6份, MLB2基因型1份, VA2基因型1份。共有11份标本获得了全基因组序列。其中, 6株HAstV-1型本地序列之间的核苷酸相似性为98.2%～99.9%, 与其他地区HAstV-1的全基因组序列的核苷酸相似性为87.6%～98.6%;4株MLB1型本地序列之间的核苷酸相似性为99.1%～99.9%, 与其他地区的MLB1型全基因组序列相似性为92.2%～99.4%;1株VA2型本地序列与其他VA2型全基因组序列相似性为96.0%～96.3%。基于ORF2编码区的系统发生学结果显示, HAstV-1型本地序列与日本株具有较为密切的亲缘关系, 且与...     

狂犬病病毒分子流行病学研究进展

狂犬病病毒分子流行病学研究是防控狂犬病暴发的前提.已有的研究成果显示,对狂犬病病毒分子流行病学研究以全基因组测序为好,提高犬狂犬病疫苗免疫覆盖率和建立健全狂犬病疫情预警网络平台可能是扭转我国目前狂犬病高发的关键所在.此文综述了基因序列分析和氨基酸序列分析的狂犬病病毒分子流行病学研究进展.     

流行性腮腺炎病毒的分子流行病学研究

流行性腮腺炎(腮腺炎)是由腮腺炎病毒(MuV)引起的急性呼吸道传染病。截止2004年,MuV已发现了12个基因型,分别命名为A~L基因型。不同基因型MuV的分布具有地域性。研究表明,在同一地域的不同时期可能有不同基因型MuV在流行,在一个国家或地区也可能同时有不同基因型的MuV流行。MuV仅一个血清型,不同的MuV基因型之间有抗原交叉性,这种交叉性是至关重要的。可保护接种疫苗后的人群免受不同基因型MuV的感染。但有些体内和体外实验表明,基因型之间的抗原交叉性是有限的。流行病学数据还表明,某些毒株和基因型或基因型内某一组病毒具有神经毒性。近年来,调查了不同MuV的神经毒性,发现C、D、G、HI、、J基因型具有明确的神经毒性。但目前引起神经毒性的遗传学基础还不清楚。虽然,目前还无流行病学证据证明在不同的基因型或毒株之间出现抗原交叉性降低现象。但有数据表明,连续的进化和基因型的再分布在理论上可能导致神经毒力增强或交叉中和能力降低的毒株出现。因此,对MuV进行分子流行病学研究,了解基因型的分布,监测人群对基因型的特异性免疫是非常必要的。     

一起星状病毒引起暴发流行的实验室检测

目的通过实验室技术手段,确认引起暴发流行的病原微生物,并确立病原微生物载体与病人之间的相关性。方法根据现场流行病学调查提示,对二次供水5份、桶装水2份、蓄水池水1份、病人肛拭子7份,粪便1份,呕吐物1份,运用RT-PCR技术筛查确立可疑病原微生物。结果 5份二次供水、1份蓄水池水均检出人星状病毒核酸,7份病人肛拭子中4份阳性,1份粪便和1份呕吐物也均检出人星状病毒核酸,同时排除人杯状病毒、轮状病毒和腺病毒核酸的存在。结论本次急性胃肠炎暴发流行是由星状病毒污染水源引起的。     

人星状病毒的研究进展

人星状病毒(Human Astrovirus,HAstV)是1975年由Appleton和Higgins用电镜检测英国一起腹泻疫情的粪便标本时首次发现,由于病毒颗粒表面呈星形,此后被Madeley和Cosgrove命名为星状病毒.     

基于下一代测序技术的献血者血液细菌16S rDNA检测及分析

目的 基于下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术检测献血人群血液16S rDNA宏基因组,用于分析无偿献血者血液中细菌的分布情况.方法 收集20例无偿献血者抗凝全血并制备相应血浆标本,分别作为待测标本.随机选取另1例献血者血液制备成全血和血浆标本后,加入金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌...     

下一代测序技术在胚胎植入前遗传学检测中的应用

以下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)为代表的基因组学技术的迅猛发展给全面深度的染色体筛查和基因诊断提供了机会。NGS也迅速应用于胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)和胚胎植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)临床检测中,成为常规检测技术,经济与可靠使其具有更广阔的应用前景。单细胞全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)技术的进步使得NGS在PGD和PGS的临床应用中能够更加全面了解植入前胚胎的遗传学信息,可以检测到更加细微的差异;基于NGS技术的PGS和PGD将给移植成功率和试管婴儿(in-vitro fertilization,IVF)出生率带来明显提升。本文主要介绍PGD/PGS的定义、传统的PGD/PGS检测技术,单细胞全基因组扩增技术以及NGS在PGD/PGS中的应用。     

中国CRF01_AE亚型人类免疫缺陷病毒毒株的分子流行病学研究

目的　通过对两次全国范围人类免疫缺陷病毒 (HIV)毒株分子流行病学研究 (NationalMolecularEpidemicStudy ,NMES)中发现的CRF0 1_AE重组HIV 1毒株的分析 ,研究该重组型毒株在我国的流行特点和基因变异特征。方法　从HIV感染者血液中提取前病毒DNA ,使用套式聚合酶链反应 (nested PCR)扩增HIV 1的env基因C2～V4区 ,PCR产物直接测序并使用GCG软件包进行序列分析。结果　到 2 0 0 2年底 ,从全国 31个省市自治区采集的标本中发现CRF0 1_AE重组型样本 16 9份 ,分布在 17个省。虽然CRF0 1_AE重组型仍然以性传播人群为主 [NMES1为 6 2 2 % (2 3/ 37) ,NMES2为5 5 3% (73/ 132 ) ],但吸毒人群中感染该重组型的比例明显增加 ,由NMES1的 2 7% (10 / 37)增加到NMES2的 4 1 6 % (5 7/ 137)。系统树分析可明显看到NMES2吸毒人群流行毒株远离NMES2中性传播人群和NMES1吸毒人群流行毒株。NMES2吸毒人群流行毒株的V3区氨基酸较保守 ,但C3区第 6、8、9、10、12、15、16位氨基酸呈现出规律性变化。结论　CRF0 1_AE亚型已从东南沿海和西南边境扩散至内陆 ,吸毒人群中该亚型比例不断上升。NMES2吸毒人群和NMES1吸毒人群中流行的CRF0 1_AE重组毒株序列明显不同 ,显示其可能有新的来源 ,并呈现扩大流行的态势。     

西宁地区2010年婴幼儿星状病毒流行情况分析

目的对西宁市秋冬季婴幼儿星状病毒进行流行病学的调查研究,对我省流行株和流行趋势进行统计分析,为星状病毒引起的腹泻提供实验室资料,更好地控制传染病的暴发流行。方法采用多重PCR法对西宁地区婴幼儿腹泻的标本进行肠道病毒的检测。结果 202份标本扩增后,根据条带的大小进行分析,结果星状病毒感染11份,占总数的5.44%。结论 2010年西宁地区婴幼儿腹泻中除轮状病毒和诺瓦克病毒是主要的病原外,星状病毒也是主要的感染源。     

2013年南宁市某医院2岁以下腹泻患儿诺如病毒和人星状病毒感染分析

目的 了解南宁市2岁以下腹泻患儿诺如病毒(NoV)和人星状病毒(HAstV)的感染情况.方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊2岁以下腹泻患儿粪便标本,采用实时荧光PCR法进行NoV和HAstV检测.结果 201份粪便标本中NoV和HAstV检出率分别为11.4％ (23/201)和3.0％ (6/201),两种病毒混合感染率为1.0％ (2/201),NoV检出率在8～10月出现高峰,50％的HAstV阳性病例分布在1～3月.结论 NoV和HAstV均为南宁市2岁以下腹泻患儿的重要病原,其中NoV检出率与先前研究相比明显下降,HAstV检出率则处于较低水平,推测本地区婴幼儿NoV感染高峰期可能为夏秋季节,HAstV感染则可能多发于冬春季节.     

天津市秋冬季腹泻患儿星状病毒调查

目的了解天津市秋冬季腹泻患儿的星状病毒感染情况及其分型特点。方法采用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)技术,于2014年9月—2015年2月收集天津市儿童医院住院部1 127例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便样品中的星状病毒核酸进行检测,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果,推断其毒株型别,同时收集患儿的临床资料进行综合分析。结果 1 127份腹泻粪便样品中,星状病毒RT-PCR阳性99份,检出率为8.78%。感染星状病毒的患儿多为1岁以下,患儿年龄中位数为3.00月龄,且1月检出率最高。99例阳性星状病毒患儿中,有52例与其他病毒混合感染,混合感染率为4.61%,其中以诺如病毒合并星状病毒最常见。26份PCR阳性产物送往测序,经Genbank Blast及系统进化树分析,所有星状病毒均为人类星状病毒1型。结论星状病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,本次调查期间星状病毒以人类星状病毒1型毒株流行为主,此外存在一定比例的混合感染。     

一起幼儿园星状病毒和札如病毒混合感染急性胃肠炎聚集疫情调查

目的 调查一起幼儿园星状病毒和札如病毒急性胃肠炎聚集性疫情的原因,为有效控制疫情提供参考。方法 采用描述流行病学方法分析疫情流行病学特征、传播方式及危险因素。对幼儿园食堂、饮水等开展卫生学调查,采用RT-PCR方法对病例和食堂员工肛拭子样本检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、肠道腺病毒及札如病毒。结果 该幼儿园有教职员工76名,在园儿童198名,本起疫情共报告病例13例,均为中一班和中二班儿童。采集患儿肛拭子样本9份,4份为札如病毒阳性,1份为星状病毒阳性,1份为札如病毒和星状病毒阳性,3份阴性;厨师肛拭子样本6份,结果均为阴性。经相关部门及时采取有效防控措施,疫情得到有效控制。结论 本起疫情为一起星状病毒和札如病毒引起的急性胃肠炎聚集疫情,密切接触及消毒处置不规范是该疫情发生的主要原因。     

下一代测序技术的临床应用规范化问题——参考美国医学遗传学与基因组学会行业标准

下一代测序(next generation sequencing,NGS)技术已经在临床实验室中得到应用。该技术的发展以及检测规模和应用范围的扩大,使基因检测成本大大降低。NGS技术在临床上的应用在不断地扩大,如疾病靶向基因组套检测、个体外显子组或全基因组分析等。同时,NGS技术也进一步改善了治疗决策和对某疾病高危人群的预测。然而,NGS技术的发展也充满了挑战性,包括测序平台和技术更新带来的选择困惑、测序结果的临床验证的不一致性问题等。为了帮助临床实验室更好地了解NGS技术、解决临床验证和正确选择NGS测序平台和方法,以及持续监控NGS并保证高质量的测序结果及其临床解释,本文结合美国医学遗传学和基因组学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)关于NGS技术在临床上的应用的专业标准和指南进行归纳和讨论,供我国分子诊断工作者制定国内行业标准时参考。     

基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的 利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法 对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果 系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论 本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。     

湖北省HIV-1分子流行病学研究

目的了解湖北省HIV-1基因型分布特征。方法对湖北省HIV-1主要流行区域进行流行病学调查，应用巢式聚合酶链反应对其中102例HIV-1感染者的env基因V3～V4区、gag基因P17/P24区和tat基因第一外显子区进行扩增，对各基因区阳性扩增样本进行序列测定，并对各基因区核苷酸进行序列分析。结果所有目标人群中共存在B^＋、C2种亚型以及CRF08-BC和CRF01-AE2种重组毒株，B^＋亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者以及二者的配偶和性乱人群，主要分布既往有偿献血员集中的地区。CRF08-BC、CRF01-AE重组主要涉及性乱人群，分布于经济发达的城市或地理位置偏南方的地区。C亚型为离散病例，主要涉及静脉毒品注射者。结论湖北省已由既往单一HIv-1 B^＋亚型转变为多种亚型、重组亚型流行的复杂局面，各亚型在省内高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在湖北省有加快流行和进一步复杂化的趋势。     

单细胞测序技术及其在肿瘤研究和临床诊断中的应用

肿瘤组织的异质性是肿瘤的一个重要特征。肿瘤细胞均一性的缺乏使得肿瘤靶向治疗的难度加大。因此,鉴别肿瘤细胞的异质性是一个重要工作。单细胞测序技术(single-cell sequencing,SCS)是通过下一代测序手段观察单个细胞的基因组序列信息,从而获得细胞间遗传物质和蛋白质信息的差异,因此能够更好地理解单个细胞在其微环境中的功能。通过对单个肿瘤细胞全基因组、转录组以及细胞表观遗传基因进行测序,瘤内异质性的复杂机制可被揭示,从而改善肿瘤诊断、转归预测和治疗效果的监测。本文对单细胞测序技术的发展、检测原理和检测流程、存在的问题及其在肿瘤研究中的应用以及该技术在临床上的潜在价值进行了概述。