宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料，其BALF的mNGS均提示真菌，17例为肺曲霉感染，15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性，对比mNGS和常规方法的检测阳性率，评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比，肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原，其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

支气管肺泡灌洗液高通量测序技术在成人肺部感染中的应用价值

目的评估支气管肺泡灌洗液(BALF)高通量测序技术在肺部感染病原学诊断中的价值及对患者预后的影响。方法计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of science、clinical trials.gov.cn、中国知网、万方数据库和中国生物医学文献数据库, 检索时间为自建库时间至2021年12月8日。比较BALF宏基因组测序与传统病原学检测方法对肺部感染检测的阳性率、敏感度及特异度;根据病原学检测结果调整治疗方案, 比较2组患者的抗生素使用强度、住院时长、28/30 d及90 d病死率。采用Review Manager 5.4.1软件对上述指标分别进行meta分析。结果最终纳入35篇文献, 共2 624例患者, 其中高通量测序组2 248例, 传统病原学检测组2 493例。meta分析结果显示, 高通量测序组阳性率为79.8%(1 793/2 248), 高于传统病原学检测组41.7%(1 039/2 493)(OR=6.84, 95%CI:4.84～9.67, Z=10.88, P<0.001);敏感度、特异度及汇总受试者工作特征曲线下面...     

宏基因组二代测序在肺部感染患者病原微生物检测中的应用价值分析

目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染性疾病诊断中的应用价值.方法 选取2019年8月至2020年5月广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染患者60例作为研究对象,采集患者肺泡灌洗液标本并进行病原微生物mNGS与常规涂片+培养检测,评估mNGS的临床应用价值.结果 纳入研究的60例患者中,进...     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

肺泡灌洗液中葡萄糖、腺苷脱氨酶、癌胚抗原检测在肺癌中的诊断价值

目的评估肺泡灌洗液(BALF)中葡萄糖(GLU)、腺苷脱氨酶(ADA)、癌胚抗原(CEA)在肺癌中的诊断价值,根据统计学方法制定临床诊断肺癌的可能截断值。方法定量检测分析100例肺部阴影患者肺泡灌洗液中GLU、ADA、CEA浓度;ADA采用生化分析仪速率法检测,CEA采用时间分辨仪时间分辨法检测,GLU采用生化分析仪己糖乙酶法检测。同时行肺活检或黏膜活检、刷检等病理学或细胞学检查。结果100例患者确诊肺癌64例,非肺癌36例;两组患者BALF中GLU检测比较差异无统计学意义(P0.05);CEA/GLU≥262.4时诊断肺癌的敏感性为95%,特异性为64.7%;CEA≥7.87ng/m L时诊断肺癌的敏感性为85%,特异性为58.8%。结论 BALF中GLU、CEA检测对肺癌的早诊断有一定指导价值,当CEA/GLU≥262.4,CEA≥7.87ng/m L时,临床诊断肺癌的可能性较大。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

病原体检测对慢性阻塞性疾病并发肺炎的诊断价值

目的 分析慢性阻塞性肺疾病并发社区获得性肺炎(chronic obstructive pulmonary disease complicated with community acquired pneumonia, COPD-CAP)患者的临床特征及多种病原体检测对该疾病的诊断价值。方法 选择2019年1月至2021年1月我院收治的COPD-CAP患者95例为对象,按是否行宏基因测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)病原体检测分为对照组79例,观察组16例。对照组病原体检测采用传统培养,观察组在此基础上采用支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF) mNGS,分析COPD-CAP病原体分布、阳性率及炎症指标情况。结果 COPD-CAP患者病原体检测结果以革兰氏阴性菌为主,其中肺炎克雷伯杆菌22例(23.16%)、铜绿假单胞菌13例(13.68%)、鲍曼不动杆菌11例(11.58%)、嗜麦芽窄食单胞菌7例(7.37%)、大肠杆菌2例(2.11%)。传统培养(痰液、灌洗液、血液培养)病原体...     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

宏基因组学二代测序对脊柱感染患者病原学诊断的价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)对脊柱感染患者病原学诊断价值的效能, 为及时诊治提供参考。方法纳入2020年1月至2022年7月河南省人民医院感染科收治的40例疑似脊柱感染患者, 回顾性分析患者的病灶组织培养、组织病理学检查、组织mNGS检测结果。以临床诊断病例为标准, 分为脊柱感染组(28例)和非脊柱感染组(12例)。比较mNGS和组织培养两种检测方法对脊柱感染患者病原体检出的阳性率、灵敏度和特异度。统计学分析采用配对χ2检验。结果 40例患者中, 男23例, 女17例。mNGS检测阳性率高于组织培养阳性率[75.0%(30/40)比12.5%(5/40)], 差异有统计学意义(χ2=0.08, P<0.001)。以临床诊断病例为标准, mNGS对脊柱感染诊断的灵敏度高于组织培养(82.1%比17.9%), 差异有统计学意义(χ2=0.02, P<0.001), 而其特异度与组织培养相比(33.3%比100.0%), 差异无统计学意义(P>0.05)。结论 mNGS在脊柱感染患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和灵敏度, 可为脊柱感染患者的诊治提供临床指导...     

联合检测血清及支气管肺泡灌洗液半乳甘露聚糖水平诊断侵袭性肺部真菌感染分析

目的探讨联合检测血清及支气管肺泡灌洗液(BALF)半乳甘露聚糖(GM)对侵袭性肺部真菌感染(IFI)的诊断价值。方法选取我院收治的侵袭性肺部感染患者86例作为研究对象,其中IFI患者52例,非IFI患者34例,分别设为IFI组和非IFI组,另选取50名健康体检者作为对照组。对三组对象血清GM和BALF的GM进行检测,并根据非组织标本真菌培养结果,对诊断符合率进行评估。结果 IFI组患者血清和BALF的GM水平显著高于非IFI组患者和对照组(P0.05)。以血清真菌培养结果为诊断金标准,根据血清GM水平诊断IFI的灵敏度为40.38%,特异度为52.94%,诊断符合率为45.35%;以BALF真菌培养结果作为诊断金标准,根据BALF的GM水平诊断IFI的灵敏度55.77%,特异度为55.88%,诊断符合率为55.81%。以血清或BALF真菌培养结果作为诊断金标准,根据血清及BALF的GM水平联合诊断IFI的灵敏度94.23%,特异度为94.12%,诊断符合率为94.19%。单独根据患者血清GM和BALF的GM水平诊断IFI的灵敏度、特异度、符合率比较差异无统计学意义(P0.05);根据血清及BALF的GM水平联合诊断IFI的灵敏度、特异度、符合率均显著高于单独根据血清或BALF的GM水平诊断(P0.01)。结论联合检测血清及BALF的GM水平能够显著提高IFI诊断的符合率。     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对疑似肺结核的诊断价值

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)对肺结核的诊断价值.方法 选择2020年5月22日至2021年2月20日长沙市中心医院收治的行痰液及肺泡灌洗液(BALF)结核分枝杆菌(MTB)抗酸染色涂片法、MTB培养法和BALF TB-DNA、Xpert MTB/RIF(简称Xpert)和mNGS检测的疑似肺结核患者...     

肺泡灌洗液中GM试验的结果在肺部真菌感染中的应用

目的：观察肺泡灌洗液(BALF)中半乳甘露聚糖抗原检查(GM试验)在肺部真菌感染中的应用和价值。方法：选取92例肺部感染患者行支气管镜下肺泡灌洗,收集BALF行GM试验,并同时做外周血清GM试验和痰真菌培养。结果：发现BALF中的GM试验(阳性结果：检测值>1)与肺部真菌感染的危险因素之间没有相关性(P>0.05);与CT影像学(多发结节、多发浸润)、发热之间没有相关性(P>0.05)。BALF与外周血清中GM试验的结果没有相关性(P>0.05),而BALF中GM试验与痰真菌培养阳性结果有明显的相关性(P<0.05)。根据BALF中GM试验阳性结果选择肺部感染的抗真菌治疗,发现64.2%患者抗真菌治疗有效。结论：BALF中GM试验检测能为临床上肺部真菌感染提供一个较好的辅助诊断依据。     

荧光定量PCR对痰涂片阴性肺结核的临床诊断价值

目的探讨荧光定量PCR检测对痰涂片阴性的肺结核的诊断价值。方法采集180例痰涂片阴性的肺结核病患者及100例非结核性肺部疾病患者(肺炎、肺癌及矽肺患者)的支气管灌洗液(BALF),应用荧光定量PCR检测BALF中的TB-DNA,同时进行BALF结核杆菌培养及抗酸染色法检查结核杆菌,比较不同方法对肺结核的临床诊断效率。结果肺结核组中BALF中TB-DNA阳性检出率为62.77%,显著高于BALF抗酸染色法的阳性检出率33.89%(P0.05),与BALF结核杆菌培养法无明显统计学差异(P0.05),治疗1个月后TB-DNA的阳性检出率也高于抗酸染色法(P0.05)。结论荧光PCR定量检测TB-DNA能提高结核杆菌的检出率,可作为诊断及判断疗效的方法。     

宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值

目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing, mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法，收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料，按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准，比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ²=7.575,P=0.015;χ²=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准，mNGS诊断髋/膝关节结核的...