mNGS在诊断鹦鹉热衣原体肺炎中的临床应用

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)在诊断鹦鹉热衣原体肺炎中的临床应用。方法 选择2021年1月至2022年11月本院经mNGS确诊为鹦鹉热衣原体肺炎的11例住院患者进行临床影像学和病原学观察。结果 11例患者中,男性6例,女性5例,其中饲养家禽者4例,家禽屠宰者3例,饲养鸽子者1例。在诊断后使用多西环素、阿奇霉素和喹诺酮类药物(莫西沙星、左氧氟沙星)后,其中10例患者治愈;1例患者治疗后体温下降,病灶部分吸收后给予抗结核治疗,1例患者使用莫西沙星针后出现皮疹。结论 鹦鹉热衣原体肺炎患者多有家禽、鸽子等接触史,有明显的肺部症状,mNGS技术可以提高鹦鹉热衣原体肺炎的诊断,并及时的进行治疗,提高患者的预后。     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

肺泡灌洗液mNGS诊断鹦鹉热衣原体肺炎病例特点分析

目的探讨鹦鹉热衣原体肺炎临床特点、诊断、治疗。方法分析2019年12月至2021年2月河北医科大学第四医院呼吸内科收治的3例鹦鹉热衣原体肺炎患者的病例特点、诊疗过程, 总结其临床特点、诊断、治疗。结果 3例患者均急性起病, 主要表现为发热、咳嗽, 均有鸟类、家禽接触史。部分患者白细胞、降钙素原增高, 3例患者C反应蛋白均增高, 部分患者合并Ⅰ型呼吸衰竭, 3例患者胸部影像学均表现为片状模糊渗出影, 部分边缘不清, 内可见支气管充气征。3例患者均通过肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)诊断, 检出鹦鹉热衣原体, 予以针对性治疗, 抗感染治疗后病情好转。结论 mNGS诊断鹦鹉热衣原体感染是可行的;经支气管镜行肺泡灌洗液检测病原微生物的方法, 因其没有口腔定植菌污染, 取得下呼吸道标本可信度较高, 针对经验性抗感染治疗效果不佳或非典型病原体感染患者可通过肺泡灌洗液mNGS明确感染源, 指导后续治疗, 今后在临床工作中的应用也会越来越广泛。     

基于mNGS诊断的3例鹦鹉热衣原体肺炎报道并文献复习

目的探讨鹦鹉热衣原体感染临床特征、诊断及治疗方案。方法收集3例鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床资料和鹦鹉热衣原体基因序列, 回顾其诊疗经过及预后, 结合国内外相关文献, 对该病例的临床表现、影像学特征、实验室检查、诊治经过及预后情况进行分析, 同时利用耐药数据库进行耐药基因识别。结果本研究通过肺泡灌洗液的宏基因组二代测序(mNGS)检查快速准确地诊断了鹦鹉热衣原体肺炎, 在多西环素、莫西沙星的治疗下患者症状缓解明显, 3例样本中均未找到耐药基因。结论鹦鹉热衣原体肺炎主要表现为发热、气促, 病情进展较快, 但临床症状和常规实验室检查均缺乏特异性, 禽类、哺乳动物接触史对诊断有重要价值。肺泡灌洗液mNGS能帮助临床快速明确诊断, 早期使用多西环素、喹诺酮类药物治疗效果显著。     

支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

新型冠状病毒和鹦鹉热衣原体混合感染致重症肺炎1例

患者女, 69岁, 主诉"咳嗽、发热8 d"。入院时新型冠状病毒核酸检测阳性, 胸部CT示双肺斑片状影、实变影迅速进展, 动脉血气分析示Ⅰ型呼吸衰竭, 初步诊断老年人、无基础疾病的重症社区获得性肺炎, 给予吸氧、糖皮质激素抗炎、抗生素哌拉西林他唑巴坦经验性治疗效果差。支气管镜BALF宏基因组二代测序(mNGS)示鹦鹉热衣原体。确诊新冠病毒和鹦鹉热衣原体混合感染所致的重症肺炎。改用多西环素联合莫西沙星针对病因目标治疗及对症治疗显著好转。出院后随访4周痊愈。因此, 临床诊治新冠感染时需警惕合并鹦鹉热衣原体混合感染。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

宏基因组二代测序诊断惠普尔养障体重症肺炎一例报道并文献复习

惠普尔养障体（TW）重症肺炎是由TW感染引起的罕见病，传统检测方法不易获得其病原学证据，误诊率极高，故其早期诊断与治疗仍面临巨大挑战。宏基因二代测序（mNGS）可检测到传统检测手段无法检测到的罕见病原体，使得TW检出率不断提高。本文报道1例支气管肺泡灌洗液mNGS诊断为TW感染的重症肺炎患者，给予头孢曲松联合复方磺胺甲噁唑治疗，患者病情好转。     

宏基因组第二代测序技术对重症监护儿童支气管肺炎的病原学研究

目的探讨重症监护儿童支气管肺炎应用宏基因组第二代测序技术(mNGS)的病原学诊断价值。方法回顾性分析2019年4月10日至2019年10月10日,广东省妇幼保健院儿童重症医学科收治支气管肺炎的临床资料:肺泡灌洗液mNGS、传统培养及病原核酸荧光定量qPCR等情况。结果 60例患儿入组。mNGS:(1)类别:以病毒多见。(2)属种:G~+菌最多见葡萄球菌属,G~-菌最多见克雷伯菌属、假单胞菌属及百日咳博德特菌属;病毒最多见腺病毒属、人疱疹病毒属、呼吸道合胞病毒属及副流感病毒属;真菌最多见念珠菌属。(3)混合感染:2种以上51.7%,2类以上33.3%。(4)人腺病毒7B型可引发PB(3/5例)、PARDS(2/2例)。(5)传统培养比较:mNGS敏感性69.2%,特异性66%,符合率66.7%,检出率高于传统培养(χ~2=5.188,P0.05)。(6)qPCR比较:mNGS敏感性77.1%,特异性88.9%,符合率79.5%,检出率低于qPCR(χ~2=13.49,P0.05)。结论重症监护支气管肺炎儿童以混合性病毒感染多见。人腺病毒7B型可致PB、PARDS。mNGS具备广谱、耗时少及高诊断效能等优势。     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

儿童哮喘急性发作的呼吸道病原学检测与分析

目的分析儿童支气管哮喘急性发作期呼吸道病原学分布特点及病原学与哮喘急性发作的相关性,为临床有效防治哮喘提供依据。方法本院2014年1月至2016年1月收治的哮喘急性发作患儿92例为研究对象,采集患儿血液和痰液标本进行病原学检测,并分析其病原学分布特点及病原学与哮喘急性发作的相关性。结果 92例哮喘急性发作者中,衣原体检出率为28.26%,支原体检出率为22.83%;病毒检出以呼吸道合胞病毒(27.17%)和腺病毒(3.26%)为主,合胞病毒检出率明显高于其它病毒;细菌检出以肺炎链球菌(15.22%)、流感嗜血菌(17.39%)、卡他莫拉菌(15.22%)、肺炎克雷伯菌(10.87%)为主,其检出率明显高于其它细菌;病毒检出率在不同病情危重度患儿中的差异具有统计学意义,且中度发作组病毒检出率高于轻度发作组和重度发作组(P0.05)。结论儿童哮喘急性发作与病原菌感染密切相关,尤其是病毒感染;病毒感染以呼吸道合胞病毒为主,细菌感染以肺炎链球菌、流感嗜血菌、卡他莫拉菌、肺炎克雷伯菌为主。     

宏基因组学二代测序对脊柱感染患者病原学诊断的价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)对脊柱感染患者病原学诊断价值的效能, 为及时诊治提供参考。方法纳入2020年1月至2022年7月河南省人民医院感染科收治的40例疑似脊柱感染患者, 回顾性分析患者的病灶组织培养、组织病理学检查、组织mNGS检测结果。以临床诊断病例为标准, 分为脊柱感染组(28例)和非脊柱感染组(12例)。比较mNGS和组织培养两种检测方法对脊柱感染患者病原体检出的阳性率、灵敏度和特异度。统计学分析采用配对χ2检验。结果 40例患者中, 男23例, 女17例。mNGS检测阳性率高于组织培养阳性率[75.0%(30/40)比12.5%(5/40)], 差异有统计学意义(χ2=0.08, P<0.001)。以临床诊断病例为标准, mNGS对脊柱感染诊断的灵敏度高于组织培养(82.1%比17.9%), 差异有统计学意义(χ2=0.02, P<0.001), 而其特异度与组织培养相比(33.3%比100.0%), 差异无统计学意义(P>0.05)。结论 mNGS在脊柱感染患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和灵敏度, 可为脊柱感染患者的诊治提供临床指导...     

宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用

目的 观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果.方法 112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案.比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、...     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

新疆伊犁儿童肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体血清抗体调查

目的 调查新疆伊犁地区农村居住儿童肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体感染状况 。方法 采用WHO推荐的微量间接免疫荧光方法(mIFA)半定量分析儿童血清肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体IgG抗体,比较每种病原体在不同调查点及年龄组间阳性率差异。结果 肺炎衣原体、沙眼衣原体及鹦鹉热衣原体人群血清IgG抗体阳性率分别为39.5%、2.1% 及0。巩留县(40.8%)及昭苏县(44.4%)人群肺炎衣原体抗体阳性率明显高于伊宁市(32.4%)。性别、年龄及民族等差异无统计学意义。结论 新疆伊犁农村地区儿童存在较高的肺炎衣原体抗体阳性率,沙眼衣原体阳性率较低。本调查没有检测到鹦鹉热衣原体抗体。     

新疆伊犁儿童肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体血清抗体调查北大核心CSCD

目的调查新疆伊犁地区农村居住儿童肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体感染状况。方法采用WHO推荐的微量间接免疫荧光方法(mIFA)半定量分析儿童血清肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体及沙眼衣原体IgG抗体,比较每种病原体在不同调查点及年龄组间阳性率差异。结果肺炎衣原体、沙眼衣原体及鹦鹉热衣原体人群血清IgG抗体阳性率分别为39.5%、2.1%及0。巩留县(40.8%)及昭苏县(44.4%)人群肺炎衣原体抗体阳性率明显高于伊宁市(32.4%)。性别、年龄及民族等差异无统计学意义。结论新疆伊犁农村地区儿童存在较高的肺炎衣原体抗体阳性率,沙眼衣原体阳性率较低。本调查没有检测到鹦鹉热衣原体抗体。     

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用

目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中,感染组75例(7979%),非感染组16例(1702%),未知组3例(319%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ^2=-223.107,P<005)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ^2=3.840,P=005)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t=4.724,P<005)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<005);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为-5.585、-7.258、-4.678,P值均<005)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。     

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎一例

<正>鹦鹉热衣原体作为一种革兰氏阴性、胞内寄生的病原体,通常在鹦鹉及鸽子中被发现。由于鹦鹉热的低发病率及无特异性的临床表现,其发生易被忽视。而且目前所存在的传统检测方法检出鹦鹉热衣原体病原体较为困难,然而宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)作为一种新型宏基因组二代测序方法,具有快速、准确、全面检测的优势。