四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土疫情流行特征及其溯源分析

目的 对四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土聚集性疫情进行系统分析，对于了解新变异株的特性具有重要意义；对其感染来源及传播链进行调查分析，为新型冠状病毒肺炎及其他传染病疫情的溯源调查和防控提供参考。方法 收集、录入、整理四川省2022年7月15日至7月25日新型冠状病毒肺炎本土病例的流行病学调查报告、实验室检测结果、大数据追踪的轨迹信息及其他疫情相关数据，进行统计和图表绘制，分析其流行特征、实时再生数Rt值及其趋势、感染途径、病例间传播关系等，判定首例病例及其感染来源。结果 本次疫情共报告本土病例149例，涉及3市16区县，50～59岁组最多（42/149,28.19%），离退人员（34/149,22.82%）居多。确诊病例中87.5%为轻症病例，多数表现为咽痛/咽痒、发热、咳嗽/咳痰、乏力和头痛等症状。病毒基因测序结果属于奥密克戎变异株BA.2.12.1（即BG.2进化分支），是一起新毒株引入引发的本土疫情。平均潜伏期为3 d，共5代病例，平均代间距为2 d；病例呈现家庭、工作场所、公共场所聚集性。推测的首例病例有境外人员密切接触史，发病时间最早，是引发...     

广州市2起由新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情流行病学参数研究

目的 本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（R₀）等流行病学参数,探索不同场所聚集性对R₀的影响,为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。方法 收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据,使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计,采用指数增长法和极大似然法估计R₀。结果 两起疫情中位潜伏期为2.94（95%CI：2.52~3.38）d;中位序列间隔为3.32（95%CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情R₀为4.40（95%CI：3.95~4.85）,机场聚集性疫情R₀为11.35（95%CI：11.02~11.67）。结论 广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高,R₀越大,传播速度越快,易呈现暴发疫情,应及时调整防控策略。     

淮安市1起由奥密克戎变异株BA.5.2引起的聚集性疫情的调查分析

目的 了解1起由奥密克戎变异株引起的新型冠状病毒肺炎(简称“新冠”)聚集性疫情流行病学特点。方法 对本起疫情进行流行病学调查、实验室检测和序列分析，并进行溯源分析。结果 本起疫情持续时间为2022年11月1—6日，报告新冠感染者13例，以男性为主(占61.5%),中位年龄为52岁；包括无症状感染者10例(占76.9%)、确诊病例轻型2例(占15.4%)和普通型1例(占7.7%)。病例病毒基因测序结果显示为奥密克戎变异株BA.5.2,与邻省“10.04”疫情1例本土病例感染毒株高度同源。结论 本起疫情高度怀疑为外省输入引发，病毒株为奥密克戎变异株BA.5.2。     

2023年许昌市新冠病毒分子流行病学特征

目的 动态监测河南省许昌市本土流行的新冠病毒毒株组成，及时发现新变异株，评估变异株的传播力、致病力和免疫逃逸能力等生物学特性，为疫情防控提供技术支撑。方法 采用高通量测序方法对2023年2月15-19日来自哨点医院的6例新冠病毒感染者的咽拭子标本进行全基因测序，进行序列对比和进化分析。结果 6例新冠病毒感染者样本进行全基因测序，获得6条长度为29 844～29 853 bp序列。经过Nextclade V2.11.0在线分析，6条序列均属于新冠病毒奥密克戎BA.5变异株，其中病例1为BF.7.14，其余均为BA.5.2.48分支。进化树显示6条序列位于奥密克戎BA.5进化分支，与河南省其他地市BA.5进化株位于同一分支。未发现BQ、XBB等变异株。结论 测序的6例本土病例新冠病毒均为奥密克戎变异株，BA.5.2.48分支变异株依然是许昌市优势流行毒株。     

河南省首起奥密克戎新冠肺炎疫情流行特征分析

目的 分析河南省首起奥密克戎新冠肺炎疫情的流行特点。 方法 收集河南省安阳市2022年1月本土奥密克戎感染者的流行病学特征、实验室检测结果等信息,采用描述流行病学方法进行分析。结果 2022年1月8—29日,安阳市共报告468例感染者,年龄范围在8个月～85岁之间,中位年龄M（P25,P75）为18（17,34）岁,男女比例1∶1.4,职业以学生（64.1%）为主;按照发病日期,疫情共持续28 d（1月2—29日）;按照报告日期,11 d（1月19日起）实现社会面清零;283例（60.5%）来自于汤阴县某寄宿制学校,其他185例涉及4个县区14个乡镇38个村。90例（19.2%）感染者出现临床症状,主要为发热、咽痛、咳嗽、鼻塞流涕、头痛头晕等轻微症状;临床严重程度除2例为重型外,其余均为轻型和普通型,无死亡病例。潜伏期为1～9 d,中位数M（P25,P75）为2 d（2,4）;出现学校、村庄、小区、工厂、诊所、超市、家庭等多起聚集性疫情,家庭续发率为25.0%。基本再生数R0为5.25,实时再生数Rt于采取防控措施后迅速下降,在采取措施后第10 d降至1以下。结论 奥密克戎变异株的潜伏期短,传染性强,引起的临床症状轻微,传播更隐匿,应全面加快疫情防控速度,重点关注疫情放大器场所。     

美国:奥密克戎BA.2.12.1变异株让纽约疫情死灰复燃

美国疾病控制和预防中心(美疾控中心)发布通告,重点关注奥密克戎BA.2.12.1变异毒株. 美疾控中心表示,奥密克戎BA.2.12.1变异毒株比其他奥密克戎亚谱系变异毒株的传播速度更快,这种变异株正在美国变得越来越普遍,并让纽约州、新泽西州的疫情死灰复燃.     

中山市一起奥密克戎变异株新冠感染聚集性疫情调查

目的 对中山市2022年一起奥密克戎(Omicron)变异株新冠感染聚集性疫情及关联个案开展调查，理清传播链、了解个案暴露与传染期，为疫情处置提供依据。方法 收集该起疫情报告个案及关联个案发病时间、初筛阳性时间、暴露史等信息，用Drawin软件绘制传播链图；针对单次暴露传播案例，描述个案暴露时间和二代传播发生时间的间隔。结果该起疫情首发个案发病前7 d均在中山市三角镇，基因测序提示为奥密克戎变异株BA.2.2进化分支，与采样时间2022年6月来自香港地区的序列最相近，推测本起疫情可能为香港地区输入；疫情累计报告65例，其中中山市29例、外省市36例，所有个案均在同一条传播链。疫情于7月9日发现，首例7月3日发病，疫情在中山市持续15 d,传播5～6代，6 d实现社会面清零；疫情集中在7个家庭，家庭以外的传播场所包括奶茶店、医疗机构、餐厅和网约车等。2例阳性个案通过医疗机构、网约车和餐厅同时空传播给12个人，两代个案暴露时间差中位数68 h(40～123 h)。结论 面对源头不清晰的本土聚集性疫情，中山市快速响应，75.9%的个案在管控人群中发现；病毒传播链被快速阻断，未发生大规模社区传...     

新型冠状病毒疫苗对四川省部分地区新型冠状病毒奥密克戎变异株感染人群中的保护效果评价

目的 评价新型冠状病毒（简称新冠病毒）疫苗预防新冠病毒奥密克戎变异株感染所致发病、肺炎和重症的保护效果（Vaccine effectiveness,VE）。方法 采用病例-病例研究，对2022年2至7月四川省成都市和广安市报告的新冠病毒感染本土病例进行调查，分析新冠病毒疫苗预防奥密克戎变异株发病、肺炎和重症的VE以及经年龄、性别、基础性疾病调整后的VE(aVE,Adjusted vaccine effectivenes)，通过SPSS 21.0软件进行单因素和多因素Logistic回归分析，检验水准α=0.05。结果 本研究共纳入新冠病毒感染病例1 683例，均为新冠病毒奥密克戎变异株BA.2感染，临床结局为发病、肺炎和重症分别是511例（30.4%）、66例（3.9%）和11例（0.7%），重症人群中90.9%(10/11)都是60岁及以上老年人群。加强免疫预防奥密克戎变异株发病和肺炎的aVE分别是52.4%(95%CI:17.8%～72.4%)和81.6%(95%CI:60.0%～91.5%)，基础免疫预防肺炎的a VE是69.2%(95%CI:26.9%～87.0%)，未完成全程...     

新冠病毒奥密克戎变异株的特点与防控措施

自2021年11月新型冠状病毒奥密克戎变异株出现以来,几个月内迅速席卷全球。世界各国都出现了以奥密克戎为主要流行毒株的新一轮疫情,我国香港、深圳、上海等城市也未能幸免。奥密克戎刺突蛋白含有大量突变,具有强大的免疫逃逸能力,对现有的疫苗和抗体相关治疗造成了巨大的威胁。虽然奥密克戎变异株引起的疾病症状较轻,但由于其超高的传播率,全球卫生系统均承受了巨大的压力。本文就奥密克戎变异株的病原学特征、变异来源、传播特征、流行现状及防治措施等方面进行综述,以期为科学防控提供参考。     

一起健身场所内新冠病毒感染聚集性疫情调查

目的 对一起健身场所内新冠病毒感染聚集性疫情进行流行病学调查分析，为大流行期间急性呼吸道传染病防控提供参考。方法 收集2022年3月浙江省嘉兴市嘉兴港区一起新冠病毒感染聚集性疫情现场处置期间报告的病例信息和流行病学调查报告，使用WPS Excel进行数据整理和描述性分析，用Microsoft Visio绘图，用SAS 9.4统计分析。结果 本次聚集性疫情共报告感染者25例，由新冠病毒奥密克戎变异株（Omicron BA.2.2进化分支）引起。末次核酸检测阴性前密接1 231人，无人感染；末次核酸检测阴性后密接416人，其中24人感染。共同打球密接的阳性率为77.8%(14/18)。在球场共同打球是暴露后感染的危险因素（OR=29.75,95%CI:15.41～44.07），而暴露时间（F=0.00,P=0.970）、疫苗接种剂次（F=0.00,P=1.000）、末次疫苗接种与本次暴露间隔时间（F=0.03,P=0.857）等因素与是否感染的差异无统计学意义。结论 在密闭空间内Omicron变异株具有较强传染性，但感染者末次核酸检测阴性前无传染性。建议在急性呼吸道传染病大流行期间，充分重...     

奥密克戎毒株最新权威解答

当前,多地报告发现奥密克戎变异株感染病例,引发广泛关注。针对奥密克戎变异株,国家卫生健康委组织中国疾控中心专家就有关问题作了最新解答:奥密克戎变异株的发现和流行情况2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株。11月26日,世界卫生组织(WHO)将其命名为Omicron (奥密克戎)变异株。     

上海某方舱医院新型冠状病毒 奥密克戎变异株感染者流行病学特征分析

[摘要]　目的　探讨上海某方舱医院新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的发病情况及流行病学特征。方法　以2022年4月9日—5月5日上海国家会展中心方舱医院收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者为研究对象,对感染者年龄、性别、地区、疫苗接种等疫情数据进行流行病学特征分析。结果　122 151例新型冠状病毒感染者均为奥密克戎变异株BA.2或BA.2.2亚型感染,其流行病学特征结果显示：患者男女比例为1.51:1;平均年龄为（44.91±15.38）岁;0～17岁、18～30岁、31～60岁和≥61岁感染者分别占4.74%、20.80%、62.52%和11.94%;无症状感染者占80.80%,轻型患者占19.20%;平均住院时间为（7.00±2.77）d;未接种和完成1、2和3次疫苗接种的感染者分别占20.30%、3.18%、31.30%和45.22%,其中≥61岁且完成3次疫苗接种的感染者仅占10.10%。结论　各个年龄段人群对于新型冠状病毒奥密克戎变异株普遍易感。无症状感染者是本次疫情的主体人群,临床症状不典型,早期隐匿传播,积极加强核酸检测是早期发现疫情的必要手段。     

2022年5—9月新疆、江苏口岸输入性新冠病毒基因型分析

目的 对新疆、江苏口岸输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性灭活样本开展全基因组测序，掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供理论指导。方法 采用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒检测2020年5—9月新疆、江苏口岸入境人员咽拭子样本的SARS-CoV-2核酸，检测荧光阈值小于等于32(Ct≤32)的阳性样本用华大二代测序仪进行全基因组测序。结果 2020年5—9月，共检测了新疆、江苏口岸入境人员29 917份咽拭子样本，检出输入性新冠病毒阳性人员156例，其中江苏口岸113例，新疆口岸43例。对其中41份阳性样本开展了全基因组测序，均为奥密克戎（Omicron）变异株，共15个基因型，最多的是BA.5.2变异株，有17株；其次是BA.2.75变异株，4株；此外还有BA.2、BA.5.1、BA.4等基因型。结论 及时掌握了新疆、江苏口岸输入性SARS-CoV-2变异特征，为口岸新冠肺炎防控提供了技术支持。     

严防奥密克戎新变异株输入

当前全球新冠肺炎新增确诊病例仍在增加,我国实施的“外防输入,内防反弹”措施将有利于及时发现输入我国的奥密克戎变异株。一、什么是奥密克戎变异株2021年11月9日,南非首次从病例样本中检测到一种新冠病毒变异株,11月26日,WHO将其列为“需要关注”的变异毒株,并以希腊字母“奥密克戎”命名,定义为奥密克戎变异株。     

北京市新型冠状病毒Omicron BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期特征分析

目的 对北京市由新型冠状病毒（新冠病毒）Omicron BA.2和BF.7变异株引起的疫情中的感染者进行流行病学调查，估算2种变异株分支的潜伏期及其影响因素，为新冠病毒传播动力学模型的建立提供基本参数。方法 选取北京市2022年4月（Omicron BA.2变异株）及10月（Omicron BF.7变异株）疫情中具有明确暴露时间和发病时间的感染者进行研究，采用秩和检验对不同变异株的潜伏期差异进行分析。使用Weibull、Gamma和lognormal分布对Omicron变异株的潜伏期分布进行拟合。采用多因素方差分析比较不同年龄、性别、变异株类型及疫苗接种状态下的潜伏期。结果 共纳入64例BA.2变异株感染者及58例BF.7变异株感染者。BA.2和BF.7变异株感染者潜伏期M（Q₁，Q₃）分别为3.00（3.00，4.00）d和3.00（2.00，3.25）d。lognormal分布的拟合效果最佳。多因素方差分析结果显示，不同类型的Omicron变异株潜伏期存在一定差异，与BA.2变异株感染者相比，BF.7变异株感染者的潜伏期更短。结论 Omicron BF.7变异株感染者潜伏期较BA.2变异株的潜伏期短。     

一起由Omicron变异株BA.5.2引起的义乌市新冠病毒感染疫情传播特征分析

目的 对浙江省义乌市一起由Omicron变异株BA.5.2引起的新冠病毒感染疫情的传播特征进行分析。方法 将2022年8月2日—8月21日义乌市新冠病毒感染疫情所涉及的感染者为研究对象，收集流行病学调查、实验室检测、临床症状等信息，分析家庭续发率、传染性代际（transmission generations,TG）、序列间隔（serial interval,SI）、感染者出现临床症状到核酸检测阳性间隔时间、实时再生数Rt等反映疫情传播特征指标。结果 该起疫情为指示病例发病前7 d有外省高风险区域旅居史和外省阳性感染者的密切接触史后引入义乌市，基因测序显示病毒属于VOC/Omicron(BA.5.2进化分支)变异株。共报告713例感染者，疫情持续20 d。男性343例，女性370例。年龄M(P25,P75)为33(20,74)岁。义乌市除赤岸镇外的13个街道均有病例报告。家庭聚集性疫情138起（74.2%），涉及425例感染者；在传播关系明确的101起家庭聚集性疫情中，家庭续发率为62.2%(95%CI:56.5%～67.5%)，家庭成员全部续发的家庭占39.6%(40/101)，其中引...     

新冠病毒奥密克戎变异株感染的核酸转阴时间分析

目的 分析新冠病毒感染奥密克戎变异株上呼吸道标本核酸转阴时间,为了解新冠病毒感染奥密克戎变异株传染期提供参考。方法 以2022年11月1日—2023年1月10日湖北省荆州市某单位新冠病毒感染者为研究对象,收集感染者年龄、性别、新冠病毒疫苗接种史、2022年流感疫苗接种史以及发病日期、首次核酸检测阳性日期以及往后隔日核酸检测结果。发病日期或首次核酸阳性较早者定义为第0 d;连续2次（至少间隔24 h）核酸检测阴性定义为核酸转阴。采用生存分析计算转阴时间,Cox比例风险回归进行亚组比较。对定点收治医院感染者进行基因测序,监测荆州市流行毒株。结果 共102例新冠病毒感染者纳入研究,男女性别比0.96:1,年龄以40岁以上人群（65例,63.73%）居多,所有感染者既往均接种3剂次灭活疫苗,73例2022年7—8月接种4价流感疫苗。研究期间35名感染者进行基因测序结果显示均为Omicron BA.5.2变异株。感染者发病（或核酸检测首次阳性）5 d后核酸阳性率为97%。核酸转阴中位时间为12 d(95%CI:12～14 d),18 d后核酸均转阴。不同性别和年龄组感染者核酸转阴时间存在差异（P...     

2022年7-12月北京入境旅客中新冠病毒变异株监测分析

目的 掌握2022年下半年北京口岸入境旅客感染的新冠病毒变异株分布情况，探讨其与全球新冠病毒变异株流行的关联性。方法 采集2022年7-12月北京口岸全部入境旅客的呼吸道样本，用RT-PCR法检测新冠病毒核酸，对阳性样本开展基因序列测定，用BioEdit软件进行序列一致性分析，病毒分支由Pangolin COVID-19 Lineage Assigner完成。通过世界卫生组织和GISAID获得全球新冠病毒感染和变异株的监测数据，探讨全球监测数据与北京口岸监测数据的关联性。结果 共采集并检测了入境旅客呼吸道样本121 542件，其中阳性712件；对符合测序条件的631件进行基因测序，获得全基因组序列308条，奥密克戎BA.5.2(22.1%)、 BF.7(9.1%)和BQ.1.1(9.1%)为主要流行株，占40.3%。口岸检出新冠病毒阳性率与同期全球新冠发病水平的相关性无统计学意义（r=-0.71,P>0.05），口岸检出的主要变异株分支多为同期全球主导流行株，但两者的相关性无统计学意义（r=0.41,P>0.05）。具有传播优势的变异株在全球成为主导流行株之前，在入境旅客中...     

一起由新型冠状病毒奥密克戎BA.2.76变异株引起的暴发疫情特征分析

目的 分析2022年9月四川省遂宁市发生的一起新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，为遂宁市的疫情防控提供参考依据。方法 收集本次疫情相关资料，对感染者的流行病学特征进行描述性分析。结果 本起疫情持续15 d，共报告205例感染者，男性85例，女性120例，年龄中位数M(P25,P75)为52(34.5,60)岁；无症状感染者90例，确诊病例115例（轻型106例、普通型3例、重型4例、危重型2例），无死亡病例报告。病毒基因测序为奥密克戎变异株BA.2.76，未完成新冠疫苗加强免疫组患重症的比例为2.44%，高于完成新冠疫苗加强免疫组的0.49%；未完成新冠疫苗加强免疫组首次核酸阳性ORF1ab靶标为25.10、N靶标Ct值中位数为25.10，均低于完成新冠疫苗加强免疫组的29.30和28.45。结论随着防控措施的落实，疫情得到快速有效控制。新冠疫苗加强免疫可以有效降低感染者体内病毒载量，减少重症病例的发生。     

1株境外输入性新冠病毒奥密克戎BQ.1.1全基因组测序及特征分析

目的 针对1例境外输入性新冠病毒感染者咽拭子样本开展全基因组测序，掌握输入性新冠病毒基因组特征，为口岸新冠肺炎疫情防控提供科学依据。方法 对1例从江苏口岸入境的输入性新冠病毒感染者的咽拭子样本，用二代测序技术进行全基因组测序，并通过生物信息学软件进行序列分析并构建进化树。结果 获得1株输入性新冠病毒全基因组序列（GenBank No. OP804248），基因组全长29 762 bp，基因分型结果显示为奥密克戎BQ.1.1型。与原始毒株（GenBank No. NC＿045512.2）相比，该毒株共有78个碱基发生了突变，59个区域发生了缺失；氨基酸突变有62个，氨基酸缺失14个。结论 奥密克戎BQ.1.1型为江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型，为当地口岸新冠病毒的溯源及防控提供重要科学依据。