支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

宏基因组学二代测序对脊柱感染患者病原学诊断的价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)对脊柱感染患者病原学诊断价值的效能, 为及时诊治提供参考。方法纳入2020年1月至2022年7月河南省人民医院感染科收治的40例疑似脊柱感染患者, 回顾性分析患者的病灶组织培养、组织病理学检查、组织mNGS检测结果。以临床诊断病例为标准, 分为脊柱感染组(28例)和非脊柱感染组(12例)。比较mNGS和组织培养两种检测方法对脊柱感染患者病原体检出的阳性率、灵敏度和特异度。统计学分析采用配对χ2检验。结果 40例患者中, 男23例, 女17例。mNGS检测阳性率高于组织培养阳性率[75.0%(30/40)比12.5%(5/40)], 差异有统计学意义(χ2=0.08, P<0.001)。以临床诊断病例为标准, mNGS对脊柱感染诊断的灵敏度高于组织培养(82.1%比17.9%), 差异有统计学意义(χ2=0.02, P<0.001), 而其特异度与组织培养相比(33.3%比100.0%), 差异无统计学意义(P>0.05)。结论 mNGS在脊柱感染患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和灵敏度, 可为脊柱感染患者的诊治提供临床指导...     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染病原学的应用

目的 了解肺泡灌洗液联合宏基因组下一代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并肺部感染中病原学诊断的应用价值。方法 回顾分析2020年1月-2022年5月确诊为肺部感染的免疫抑制患者71例及非免疫抑制患者167例的临床资料，同时收集患者痰培养/痰涂片、肺泡灌洗液联合mNGS病原学的检出结果，针对肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染患者中的诊断及治疗指导效能进行分析，并绘制ROC曲线。结果 免疫抑制组中肺泡灌洗液联合mNGS检出病原体阳性率高于常规痰培养，差异有统计学意义(P<0.05); CRP、PCT、住院费用、住院天数等指标免疫抑制组均高于非免疫抑制组，淋巴细胞绝对计数低于非免疫抑制组(P<0.001)。将免疫抑制组分为4个亚组，其中肾移植组住院天数及住院费用均高于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);而淋巴细胞绝对计数及中位年龄均低于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);免疫抑制组各亚组间肺泡灌洗液联合mNGS、痰培养与预后之间关系无统计学差异(P>0.05)。肺泡灌洗液联合mNGS阳性患者的预后优于阴性的患者，差异有统计学意义(P<0.00...     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料，其BALF的mNGS均提示真菌，17例为肺曲霉感染，15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性，对比mNGS和常规方法的检测阳性率，评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比，肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原，其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用

目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中,感染组75例(7979%),非感染组16例(1702%),未知组3例(319%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ^2=-223.107,P<005)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ^2=3.840,P=005)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t=4.724,P<005)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<005);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为-5.585、-7.258、-4.678,P值均<005)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

支气管肺泡灌洗液高通量测序技术在成人肺部感染中的应用价值

目的评估支气管肺泡灌洗液(BALF)高通量测序技术在肺部感染病原学诊断中的价值及对患者预后的影响。方法计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、Web of science、clinical trials.gov.cn、中国知网、万方数据库和中国生物医学文献数据库, 检索时间为自建库时间至2021年12月8日。比较BALF宏基因组测序与传统病原学检测方法对肺部感染检测的阳性率、敏感度及特异度;根据病原学检测结果调整治疗方案, 比较2组患者的抗生素使用强度、住院时长、28/30 d及90 d病死率。采用Review Manager 5.4.1软件对上述指标分别进行meta分析。结果最终纳入35篇文献, 共2 624例患者, 其中高通量测序组2 248例, 传统病原学检测组2 493例。meta分析结果显示, 高通量测序组阳性率为79.8%(1 793/2 248), 高于传统病原学检测组41.7%(1 039/2 493)(OR=6.84, 95%CI:4.84～9.67, Z=10.88, P<0.001);敏感度、特异度及汇总受试者工作特征曲线下面...     

宏基因组二代测序诊断惠普尔养障体重症肺炎一例报道并文献复习

惠普尔养障体（TW）重症肺炎是由TW感染引起的罕见病，传统检测方法不易获得其病原学证据，误诊率极高，故其早期诊断与治疗仍面临巨大挑战。宏基因二代测序（mNGS）可检测到传统检测手段无法检测到的罕见病原体，使得TW检出率不断提高。本文报道1例支气管肺泡灌洗液mNGS诊断为TW感染的重症肺炎患者，给予头孢曲松联合复方磺胺甲噁唑治疗，患者病情好转。     

呼吸道联检试剂在HIV/AIDS合并呼吸道非典型病原体感染诊断中的应用研究

目的探讨呼吸道联检试剂对HIV/AIDS合并呼吸道感染患者的血清样品非典型病原体的诊断价值。方法采用西班牙Vircell公司生产的呼吸道联检试剂(间接免疫荧光法)对419例HIV/AIDS合并呼吸道感染患者进行9种病原体检测。结果 419例中,非典型病原体总阳性率为26.0%,其中嗜肺军团菌1型阳性率居第一位(17.4%),肺炎支原体阳性率居第二位(9.5%),2种及以上病原体混合感染阳性率为10.3%。结论呼吸道联检试剂对于HIV/AIDS合并呼吸道感染患者的病原学诊断有着重要的临床指导意义。     

宏基因组二代测序技术在免疫功能低下肺部感染患者诊断中的应用研究进展

恶性血液病、实体器官移植、先天性免疫缺陷、艾滋病等免疫功能低下患者肺部感染常见，其中大部分患者会发展成重症感染而导致急性呼吸衰竭、脓毒血症等，预后较差。免疫功能低下患者的病原菌谱及病原体种类与免疫功能正常患者在很大程度上有所不同，多数为机会性病原体与混合性感染为主。因此，早期精准诊断病原体对于治疗和改善临床预后具有决定性作用。宏基因组二代测序（mNGS）是一种可同时独立无偏移检测数千至上亿基因片段的检测技术，以快速及准确的优势在病原体检测诊断中广泛应用。mNGS在免疫功能低下合并肺部感染患者的诊断中具有巨大的潜力，在未来可能成为补充常规诊断方法的宝贵工具。     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

北京地区老年肺炎患者血清中呼吸道病原体IgM抗体检测分析

目的探讨北京地区老年人肺炎的病原学流行特点,为临床诊疗提供病原学依据。方法采用间接免疫荧光法检测人血清中8种呼吸道病原体的Ig M抗体,根据不同性别、不同年龄和不同季节的病原体阳性率以及合并感染情况进行统计分析。结果 855例患者中检出病原体343例(40.1%),其中甲型流感病毒检出阳性率最高,其他依次为:嗜肺军团菌、乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、肺炎支原体、腺病毒和肺炎衣原体;检出病原体阳性343例中感染双重病毒的45例(13.1%),三重及以上11例(3.2%),老年人肺炎病原体混合感染率较高;老年人肺炎患者中男性患者病原体阳性率高于女性(P0.05);不同年龄组呼吸道病原体感染阳性率未见明显差异(P0.05);不同季节病原体的阳性率有差异,春季和冬季的病原体阳性率显著高于夏季和秋季(P0.05)。结论该地区老年人肺炎呼吸道病原体阳性率在性别间和季节性存在差异,在感染年龄上无差异,病原体混合感染率较高,病原体以甲型流感病毒和嗜肺军团菌为主,其他病原体流行有季节性特点。     

糖尿病患者并发呼吸道病原体谱抗体IgM检测结果分析

目的探讨糖尿病患者并发呼吸道病原体谱抗体IgM检测结果。方法选取2017年4月—到2018年6月该院收治的130例糖尿病患者并发呼吸道感染患者,运用间接免疫荧光法对患者的原体谱抗体IgM进行检测,观察单一病原体的阳性检测率、混合病原体的阳性检测率、不同季节的病原体检出情况。结果在单一病原体检测中,肺炎支原体(MP)、乙型流感病毒(IFVB)、呼吸道合胞病毒(RSV)为主要的病原体,阳性率排前三位;混合病原体检测中,MP合并IFVB、MP合并RSV、MP合并副流感病毒(PIVs)为主要的混合病原体,阳性率排前三位;秋季与冬季的检测率较高。结论使用间接免疫荧光法对糖尿病患者并发呼吸道感染患者的病原体谱抗体IgM进行检测具有良好效果,能够对患者进行良好的诊断,为治疗提供较为可靠的保障。     

严重急性呼吸综合征病原体的检测方法探讨

目的 在实验室建立SARS病原学检测方法。方法 采集临床诊断为SARS患者、疑似病人漱口液、用细胞培养分离,荧光定量PCR方法检测。病原体用间接免疫荧光鉴定。结果 漱口液、咽拭子液样本57份作病原体分离,阳性数5份,阳性率8.8％尸解标本7份,其中肺部组织3份、气管黏液、淋巴液、肺积液、心包液各1份。结果细胞分离到7株病原体。阳性率100％。荧光定量PCR方法检测临床确诊SARS患者标本57份,检出阳性结果38份,阳性率为66.7％。密切接触者标本14份,检出阳性结果7份,阳性率为50.0％。疑似患者标本59份中检出阳性12份,阳性率为20.3％。两种方法的比较,统计学上有显著性差异(P<0.001)。结论用荧光定量PCR方法检测SARS患者病原体敏感性高,可靠性和重复性好,优于细胞病毒分离的方法,可以作为SARS临床早期诊断和流行病学调查的重要指标之一。