Chelex-100法提取甲醛固定石蜡包埋组织DNA的研究

福尔马林固定石蜡包埋法(formalin fixed and paraffin embedding,FFPE)是临床及医学科研保存样本的标准方法,这些样本在无法获取新鲜或冷冻组织情况下,为后续的分子生物学研究及法庭科学实践提供了丰富的DNA来源.然而,福尔马林的主要成分甲醛会导致组织中蛋白和DNA的交联导致DNA链脆性增加,偏酸性的固定环境及酚/氯仿法繁杂的操作程序也可导致DNA链断裂[1].     

福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响

目的：比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织ＤＮＡ提取方法对ＰＣＲ的影响,探讨临床组织病理标本理想的ＤＮＡ提取方法及ＰＣＲ应用。方法：采用５种不同的ＤＮＡ提取方法应用ＰＣＲ技术进行了比较。结果：Ｔｗｅｅｎ ２０,ＮＰ ４０加蛋白酶Ｋ法和亚氨基二乙酸法处理标本时ＰＣＲ结果较为理想。结论：合适的福尔马林固定石蜡包埋组织ＤＮＡ提取方法可应用ＰＣＲ进行ＤＮＡ水平的相应的研究。     

福尔马林固定石蜡包埋组织DNA提取方法对PCR的影响

目的：比较多种福尔马林固定石蜡包埋组织ＤＮＡ提取方法对ＰＣＲ的影响,探讨临床组织病理标本理想的ＤＮＡ提取方法及ＰＣＲ应用。方法：采用５种不同的ＤＮＡ提取方法应用ＰＣＲ技术进行了比较。结果：Ｔｗｅｅｎ－２０,ＮＰ－４０加蛋白酶Ｋ法和亚氨基二酸法处理标本时ＰＣＲ结果较为理想。结论：合适的福尔马林固定石蜡包埋ＤＮＡ提取方法可应用ＰＣＲ进行ＤＮＡ水平的相应的研究。     

不同方法提取石蜡包埋组织DNA的比较分析

目的:比较福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中3种提取DNA的方法对DNA质量和回收率的影响,探讨一种高效、简便、实用的石蜡组织中DNA提取方法. 方法:选取新疆医科大学第一附属医院2004～2007年手术切除的10%甲醛固定石蜡包埋甲状腺癌组织标本,分别以试剂盒法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-试剂盒法提取其DNA,然后进行电泳分析. 结果:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿提纯DNA法所得样本DNA的OD260/OD280比值为(1.82±0.15),改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯DNA法为(1.86±0.17),两者比较无明显差异(P>0.05);分别与试剂盒法(1.75±0.14)相比,差异有统计学意义(P<0.01).改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯DNA法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿提纯DNA法所得 DNA产量和质量均高于试剂盒法. 结论:改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯法简单快捷,是较理想的石蜡包埋组织DNA提纯方法.     

石蜡包埋皮肤组织DNA提取方法的改进

医学研究中,有时新鲜材料取材困难,故常选择石蜡包埋组织用于回顾性研究。从石蜡包埋组织中提取基因组DNA有一定难度,尤其像皮肤这样纤维成分含量较高的组织DNA提取更加困难。传统的酚氯仿抽提DNA,其弊端是过程长、标本损失量相对     

石蜡组织存放时间对提取DNA质量的影响

目的探讨储存时间对石蜡包埋组织提取DNA质量的影响。方法采用试剂盒方法,分别提取10例保存1~3a的石蜡组织样品DNA,NanoDrop-2000分光光度仪检测DNA浓度和OD260/OD280比值,质量分数2%琼脂糖进行电泳检测,采用单因素方差分析比较DNA质量。结果琼脂糖凝胶电泳显示:石蜡包埋组织提取DNA降解明显。储存1~3a的石蜡包埋组织提取DNA的浓度有明显差异(P=0.04),储存时间越长,DNA浓度越低,但提取DNA的纯度无明显差异(P>0.05)。结论石蜡包埋组织储存时间越长,提取DNA浓度越低,但纯度无明显差异。     

简易提取石蜡包埋组织DNA

DNA的提取是 PCR成功与否的关键 ,而 DNA提取最好是用新鲜标本 ,但对回顾性研究只能从石蜡包埋组织中提取。传统的石蜡包埋组织 DNA提取是用二甲苯脱蜡 ,酚 -氯仿反复多次的抽提 ,这样使得 DNA不断破坏 ,大量丢失 ,操作非常繁琐 ,费时费试剂 ,不适宜处理大量标本 ,且试剂对人体有毒害作用 ,而得到的 PCR反应的结果阳性率低 ,污染严重。为此 ,本室将传统的石蜡包埋组织 DNA提取法进行改良 ,介绍如下。1　材料与方法1.1　材料　本室 1996～ 2 0 0 0年存档的手术切除的甲状腺癌标本 41例。水浴恒温振摇器 (SHA- C型 ,深圳天南海北实…     

石蜡包埋宫颈组织中三种DNA提取方法的比较

目的:通过比较了三种不同的DNA提取方法对DNA质量的影响,旨在寻找一种高效、简便、实用的石蜡组织中DNA提取方法.方法:取10%甲醛固定石蜡包埋的宫颈组织标本(宫颈癌及宫颈上皮内瘤变标本),分别以二甲苯脱蜡及酚氯仿法提纯DNA(方法1)、,IES水浴脱蜡及酚氯仿提纯DNA(方法2)、IES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA(方法3),然后进行电泳和聚合酶链反应扩增分析.结果:TES;水浴脱蜡及酚氯仿法提纯DNA所得样本·DNA的0D260/0D280比值为1.85±0.22,TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA法为1.81±0.12,两者比较无显著差异(P>0.05);桓分别和二甲苯脱蜡及酚氯仿提纯DNA法相比较有显著差异(P>0.01).DNA电泳和PGR扩增结果示IES水浴脱蜡及酚氯仿提纯DNA、TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA所得DNA质量均高于二甲苯脱蜡酚氯仿提纯DNA法.结论:TES水浴脱蜡及试剂盒提纯DNA法简便快捷,是理想的石蜡包埋组织DNA提纯方法.     

石蜡包埋组织显微切割后快速DNA提取技术

肿瘤的分子病理和分子遗传学研究常受到肿瘤组织成分多样性和取材准确性的影响 ,如瘤组织间质成分以及出血、坏死物等。这些非肿瘤组织的细胞基因组ＤＮＡ将影响肿瘤的分子生物学研究结果。本文以半巢式ＰＣＲ技术扩增胰腺癌组织Ｋ -ｒａｓ基因为例 ,探讨一种不经过复杂的酚 -氯仿抽提 ,而利用组织细胞显微切割技术快速、准确提取石蜡包埋组织ＤＮＡ的方法。1　材料与方法1.1　仪器　ＰＣＲ扩增仪 (Ｈｙｂｒｉｄ公司 ) ;低温高速离心机 (Ｓｉｇｍａ公司 ,3Ｋ30型 ) ;凝胶图像成像仪 (ＢＩＯ -ＲＡＤ公司 ,ＧＥＬ -Ｄｏｃ2 0 0 0型 ) ;立体镜…     

从福尔马林固定、石蜡包埋组织中提取DNA的研究

从福尔马林固定、石蜡包埋组织中提取DNA可望解决分子生物学研究中难以得到大量标本的难题。本文对几种不成熟的从石蜡包埋组织中提取DNA的方法进行了比较,建立了一种简单、有效的方法;并对石蜡包埋组织中的DNA进行了ras基因点突变的分析。     

关于甲醛固定石蜡包埋组织提取DNA质量的探讨

目的:探讨甲醛固定石蜡包埋组织(FFPET)提取DNA后PCR扩增产物检测率的提高。方法:应用从FFPET提取的DNA,PCR反应扩增β-Globin(110bp),分析纯化前后DNAPCR产物的检测率。结果:纯化后的DNA模板PCR反应取得高质量目的基因。结论:纯化后能有效去除不能通过蛋白酶K消化和有机萃取法去除的PCR反应抑制因子,利于PCR反应成功。     

改良一步法从甲醛固定-石蜡包埋组织中提取RNA

作者利用自行改良的一步法(异硫氰酸胍方法),从甲醛固定石蜡包埋组织提取ＲＮＡ并获得成功,现报道如下。一、材料与方法1组织材料及细胞:35例胆囊组织石蜡包埋标本在手术中切下后常规10%甲醛固定2～10ｈ,石蜡包埋。标本在常温下已保存1～7年。ＫＢＶ1细胞株是人类Ｈｅｌａ细胞的子代细胞。从ＫＢＶ1细胞抽提的ＲＮＡ用作逆转录聚合酶链式反应(ＲＴＰＣＲ)实验的对照组。2.从石蜡包埋组织中分离ＲＮＡ:实验过程从一步法[1]中改良得来。根据蜡块中组织块的大小取40～100μｍ组织切片。经脱蜡、离心和梯度乙醇清洗后获取组织。组织干燥后加入0.…     

石蜡包埋组织快速DNA提取方法在诊断病理PCR分析中的应用研究

目的 改良石蜡组织DNA快速提取方法的流程,评价其提取效率,探讨其应用于病理诊断PCR分析的可行性.方法 选取包括淋巴瘤及反应性病变的52例存档蜡块,以缓冲液煮沸方法快速提取DNA,并以传统酚-氯仿抽提法和试剂盒提取法作为对照,采用PCR反应扩增看家基因β-Globin以确定模板DNA质量,并通过测序确定结果的可靠性;同时根据临床病理诊断选择性的进行免疫球蛋白重链基因(IgH)或T细胞受体γ基因(TCRγ)重排检测.结果 快速法提取DNA的浓度虽低于对照方法,但β-Globin扩增效率与对照方法相比差异没有统计学意义(P＞0.05),对IgH和TCRγ重排的检出率与对照相比差异亦没有统计学意义(P均＞0.05).测序结果显示扩增片段与目的基因序列完全符合.DNA可在-20 ℃保存至少4周.结论 快速DNA提取法可以从存档的石蜡包埋组织中提供足量的PCR反应模板,结果稳定可靠,且省时省力,在病理诊断PCR分析中具有应用价值.     

四种微量石蜡组织DNA提取方法的比较

目的:探讨从微量福尔马林固定石蜡包埋组织(formalinfixation and paraffin embeddedtissues,FFPET)中提取DNA的简单而高效的方法。方法:采用Chelex-100提取法、酚氯仿抽提法、单纯消化法、水煮法4种方法提取组织DNA;应用聚合酶链反应扩增100~500bp长度DNA片段,然后进行电泳分析,1年后重复PCR电泳分析。结果:小于200bp长度DNA片段扩增,Chelex-100提取法、单纯消化法阳性率分别为88.8%、78.8%,明显优于酚氯仿抽提法(15.0%)(P<0.01)及水煮法(21.3%)(P<0.01)。随着扩增长度的增加,PCR扩增效率逐渐降低,Chelex-100提取法PCR反应总阳性率为82.5%,单纯消化法为66.5%,水煮法为13.4%,酚氯仿抽提法为13.4%。1年后重复PCR总阳性率分别为80.1%、31.7%、2.5%、9.2%。结论:Chelex-100提取法方便简单,适用于微量石蜡组织DNA扩增分析;单纯消化法及水煮法在一定条件下适用于微量石蜡组织短片段DNA的扩增。     

两种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

目的 比较两种不同的DNA提取方法 对DNA质量的影响.方法 选取石蜡包埋的病理组织24例,采用二甲苯脱蜡法和改良TES水浴法提取DNA.通过对所提DNA的浓度、纯度及完整性的检测,比较两种DNA提取方法 的优劣.结果 二甲苯脱蜡法提取样品D260/D280比值在1.6～1.8之间的为62.5%,电泳条带清晰可见;改良TES水浴法提取样品D2eo/D280比值在1.6～1.8之间的为41.2%,电泳条带模糊不清.结论 二甲苯脱蜡法提取DNA简单快速,需要的组织样品少,是一个值得推荐的石蜡包埋组织DNA的提取方法 .     

一种从石蜡包埋组织中获取高质量基因组DNA的改良方法

目的:比较现有的DNA制备方法,建立一种从甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded tissues,FFPET)提取高质量基因组DNA的方法。方法:将传统基因组DNA提取方法与市场供应的DNA亲和层析柱结合在一起,以水浴脱腊法替代二甲苯脱腊法,设计一种改良的基因组DNA快速提取方法,从石蜡包埋宫颈癌组织标本提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应法进行鉴定。结果:改良的基因组DNA提取法整合了水浴脱蜡与DNA亲和层析柱的优点,从石蜡包埋宫颈癌组织中获得了高质量的基因组DNA,特别是能以很高的效率回收大于20 kb的基因组DNA大片段。结论:改良的基因组DNA提取方法简单快捷,是一种从石蜡包埋组织中回收高质量基因组DNA的有效途径。     

从石蜡包埋的组织中提取DNA的研究

我们将Ｓｈｉｂａｔａ制备ＤＮＡ的方法加以改进，采用二甲苯脱蜡，酚－氯仿－异戊醇抽提、乙醇沉淀等步骤，成功地从经甲醛固定，石蜡包埋的食管癌组织中提取出ＤＮＡ，用于聚合酶链式反应。结果从与新鲜冷冻组织提取的ＤＮＡ结果相似，解决了分子生物学研究中在短时间内难以得到大量新鲜肿瘤组织标本的难题。     

石蜡包埋淋巴瘤组织线粒体DNA的提取及PCR扩增

目的:探讨从石蜡包埋组织标本获取线粒体DNA (mtDNA)并进行PCR扩增的有效方法。方法:选取27例石蜡包埋的淋巴瘤组织,分别使用二甲苯/乙醇和0.5% Tween-20进行脱蜡,改进裂解缓冲液的成分及浓度,酚/氯仿抽提以获取mtDNA并进行电泳和PCR分析。结果:0.5% Tween-20法获取mtDNA纯度及浓度含量明显高于二甲苯/乙醇法(P<0.01);二甲苯/乙醇法和0.5% Tween-20法获取的mtDNA PCR扩增成功率分别为11.1%和40.7%,两者差异有统计学意义(P<0.05)。结论:二甲苯/乙醇和0.5% Tween-20两种方法都可以扩增出mtDNA的目的片段,但0.5% Tween-20法操作简便,PCR扩增成功率高,不用接触二甲苯等有毒化学试剂,是一种较为理想的mtDNA提纯方法。     

浅谈从石蜡包埋组织中提取DNA的方法及体会

用于聚合酶链式反应(PCR)扩增的从石蜡包埋组织中提取DNA的方法在理论上非常简单,但在实际操作中并非如此.必须先溶解组织切片中的石蜡,然后处理组织释放DNA.在实验过程中每一步骤都必须严格要求,否则提取的DNA就不理想,影响下一步实验.本文就从石蜡包埋组织中提取 DNA 的方法谈一些体会.     

石蜡组织DNA提取方法的比较

目的 :选择一种高效、简便、稳定的从蜡块中提取基因组DNA进行聚合酶链反应 (PCR)扩增的方法。　方法 :分别采用四种不同的方法从石蜡组织中提取DNA ,比较所提取的DNA质量 ,PCR扩增cyclinD1基因的效率。对其中的一种方法进行了改良。　结果 :四种方法提取的DNA质量都能达到相关分子生物学实验的要求 ,但在操作程序、扩增效率等方面存在差异。　结论 :微波脱蜡法操作简单、快速、扩增成功率高 ,适合于应用PCR技术对病理标本进行相关研究。