广东流行的三株登革1型病毒包膜蛋白基因的序列测定与分析

目的 通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DV1)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析,了解各流行株之间的遗传差异,追踪其可能的传染来源。方法 应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因,克隆到PMD18-T载体,转化JM109宿主菌,挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定,应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析,并绘制基因系统发生树。结果 3株DV1病毒E基因序列长度均为1485bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性在91%~98%之间,推测的氨基酸序列同源性在94%~99%之间。GD23/95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95%(98%),与其他株的同源性相对较低,2株属同一基因型;GD14/97和GD05/99与Cambodia共享序列非常接近,3株同属另一基因型。结论 广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。     

佛山市登革2型病毒流行株结构基因序列测定及分析

目的对我国登革2型病毒1993年广东省佛山市流行株GD06/93结构蛋白基因进行序列测定及分析,追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系,为研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果GD06/93株结构基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株TSV01、Taiwan-1008DHF、NGC、44、ThD2_0038_74、ThNH81/93、gd08/98、04、Cuba165/97及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为97%、96%、95%、95%、95%、94%、94%、92%、92%、91%。结论GD06/93病毒株的结构基因序列与已发表的其它登革2型病毒株同源性很高。在比较的6株登革2型病毒株中,GD06/93株与同期在澳大利亚流行的TSV01株同源性最高。     

登革2型病毒NS3基因的扩增及序列测定

采用热酚法从登革２型病毒４３株（Ｄ２－４３）感染的Ｃ６／３６细胞中提取了病毒ＲＮＡ,以病毒ＲＮＡ为模板,进行Ｄ２－４３株ＮＳ３基因ｃＤＮＡ片段的反转录－ＰＣＲ扩增,片段长度为１１７６ｂｐ。将扩增的ｃＤＮＡ片段克隆到Ｔ载体ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ－ｋｓⅡ中。通过双脱氧法测定了ｃＤＮＡ片段序列,与国际标准株ＮＧＣ株序列一致。     

2003年广州市登革1型病毒流行株的分离及NS2基因序列分析

目的对广州市区2003年仲夏—批疑似登革病毒感染的患进行确诊，并从基因水平分析流行株的可能来源。方法用免疫层析法(ICT)检测早期疑似患的DV—IgN和IgG抗体；同时用逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)、细胞培养病毒分离分别进行病原的分离和鉴定；对所分离到的毒株进行基因克隆、测序，并与国际参考株及国内流行株相应的序列进行同源性分析，结合患的流行病学资料推测本次流行株的可能来源。结果发病5d内患DV—IgM抗体阳性率为56．5％(13／23)，发病5～10d的患DV—IgM抗体阳性率为66．7％(16／24)；DV—IgG抗体无1例阳性。从18份发病5d内患的血标本中分离病毒7份，经RT—PCR和基因测序检测证实为DVI感染；用RT—PER检测30份早期患血标本，患的阳性率为83．3％(25／30)。基因序列分析表明，2003年流行株与登革1型病毒柬埔寨流行株及我国1997、1999年登革1型病毒流行株的同源性最高，分别为97％、97％、98％。所有患在发病前两个月均在广州市区某大院内居住，无输血史、无外出史。结论2003年广州登革热流行为登革1型病毒感染所致，推测广东可能存在登革1型病毒的疫源地。     

登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。     

广东登革3型病毒株的分离培养和鉴定

目的 对2009年发生于广东地区的3例家庭聚集性登革热患者血清进行登革病毒的鉴定和病毒株的培养分离.方法 用胶体金法检测患者血清中登革病毒特异性IgM、IgG抗体;C6/36细胞培养患者血清中登革病毒;RT-PCR扩增C-PrM基因序列的片段以检测患者血清中登革病毒RNA,PCR产物经序列测定后进行生物信息学分析.结果 3例患者血清学检测均为登革病毒特异性IgM阳性、IgG阴性;特异性RT-PCR产物长约290bp,经琼脂糖电泳和测序分析,证实3例患者血清中均存在登革3型病毒;从1例患者血清中培养分离到了登革病毒株,经RT-PCR和测序证实为登革3型病毒.结论 2009年发生于广东地区的3例登革热患者经病毒培养和分子生物学鉴定,证实均为登革3型病毒感染.     

登革2型病毒全长NS1基因真核表达载体的构建及序列分析

目的克隆登革2型病毒(DEN2)全长NS1基因，构建NS1基因的真核表达重组质粒。方法用RT—PCR技术扩增DEN2(NGC株)全长的NSl基因序列，并定向克隆入pPICZαB的KpnⅠ／XbalⅠ位点，构建真核表达载体pPICZαB—NS1，转化E.coli DH5a菌。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。结果阳性质粒经PCR及KpnⅠ／XbaⅠ双酶切获得了一个核苷酸长度为1134bp的基因；序列测定证实该基因与DEN2(NGC株AF038403)NS1基因序列有99％同源。结论成功构建了含有DEN2全长NS1基因的真核表达载体DPICZαB—NS1，为NS1的进一步酵母表达奠定了良好的基础。     

广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析

目的：对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株（71/02GZ）进行全基因组测序和系统进化分析。方法：采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT-PCR,5’RACE和3’RACE扩增基因组中编码区序列、5’和3’末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt进行系统进化分析。结果：71/02GZ株基因组全长10 735 nt,两端非编码区（NCR）长度分别为94 nt和462 nt。基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株（GZ01/02,GZ/218/2002）,1995年广东分离株（GD23/95,GD01/95）、1995年广州分离株（GZ01/95）组成一个基因型;而1999年广东分离株（GD05/99）,1997年广东分离株（GD14/97）和1980年广州分离株（GZ/80）属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株（98901530 DF DV-1-ID）的同源性最高。结论：71/     

登革2型病毒E蛋白的生物信息学研究

目的 探讨登革病毒包膜糖蛋白E的结构与功能,为阐明登革病毒感染的分子机制提供科学数据.方法 综合利用生物信息学软件(Protean和TMHMM)、数据库(Prosite和PDB)和网络服务器(http://www.expasy.org;http://www.cbs.dtu.dk;http://immune-epitope.org)对E蛋白各级结构及亲水性等多项参数进行分析.结果 E蛋白的氨基酸分布情况,二级结构中形成螺旋、折叠、转角、卷曲的氨基酸区段以及包膜糖蛋白E的跨膜区段均得以展示;同时用于预测B细胞表位的柔韧性、表面可及性和亲水性参数得到综合阐释,另外E蛋白的3个结构域和空间结构也在相关数据库中获得.结论 生物信息学预测和分析结果可为研究在登革病毒致病及机体免疫应答中E蛋白的结构与功能的关系提供丰富资料.     

登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列pcDNA3.1载体的构建

目的：克隆登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,构建NS1基因部分序列的真核表达载体。方法：用PCR技术扩增登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列,并定向克隆入pcDNA3.1（＋）的kpnⅠ、xhoⅠ位点,构建真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1,转化EcoliDH5a。阳性重组质粒用PCR、酶切及序列测定等方法鉴定。电穿孔法将真核重组载体转染COS-7细胞,RT-PCR鉴定其表达情况。结果：阳性质粒经kpnⅠ及xhoⅠ双酶切及PCR获得了1个核苷酸长度为413 bp的基因,序列测定证实与NGC株NS1基因部分基因序列有99%同源,重组真核质粒转染COS-7细胞经RT-PCR鉴定证实有表达。结论：成功构建了含有登革2型病毒NGC株NS1基因部分序列基因的真核重组载体pcDNA3.1（＋）-NS1。     

广东省东莞市2017-2018年登革病毒E基因进化分析

目的 测定广东省东莞市2017—2018年Ⅰ~Ⅳ型登革病毒（DENV-1~DENV-4）的E基因序列,分析其系统进化情况及流行基因亚型,从分子水平探讨病毒来源。方法 收集东莞市2017—2018年140例可疑登革热患者急性期血清,用实时荧光PCR方法检测病毒核酸,阳性血清用C6/36细胞分离培养登革病毒,测定分离株E基因序列,绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果 140份急性期血清中DENV核酸阳性54份,阳性率38.6%,DENV-1阳性占53.7%。分离得到17株毒株。序列比对和系统进化分析显示,10株DENV-1分离株间核苷酸同源性为90.0%~99.9%,氨基酸同源性为96.6%~99.8%,分属基因Ⅰ型和基因Ⅴ型。7株基因Ⅰ型分离株与泰国2015年、缅甸2015年、中山2015年及越南2016年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.9%),其中2018年本地株D2018078与2017年输入株D2017008核苷酸同源性达99.8%;3株基因Ⅴ型分离株与印度2014年、2017年株及新加坡2014年流行株核苷酸同源性较高(97.7%~99.1%)。4株DENV-2分离株间核苷酸同源性为91.0%~98.6%,推导氨基酸同源性为97.6%~99.8%,分属混合型和亚洲Ⅰ型,2株混合型分离株与马来西亚2014年、台湾2015年流行株核苷酸同源性较高(99.6%~99.7%);2株亚洲Ⅰ型分离株分别与越南2015年、泰国2011年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.5%)。2株DENV-3分离株间核苷酸同源性为98.4%,氨基酸同源性为99.4%,均属基因Ⅰ型,与缅甸2017年、马来西亚2015年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.7%)。1株DENV-4分离株与越南2013、2016年流行株同源性较高(99.3%~99.5%),属基因Ⅰ型。结论 2017—2018年东莞市登革热的病原体主要为DENV-1,其次是DENV-2,各至少有2种基因亚型同时在流行;DENV-3和DENV-4各至少有1种基因亚型在流行。流行方式主要为南亚和东南亚国家及我国中山、台湾等地输入病例引起的本地暴发流行,存在输入引起本地感染的风险。     

东莞市2014—2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析

目的 研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒（DENV-1）流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法 采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0%。以9月、10月为发病高峰期,占86.7%;男女比例为0.92∶1,20~<70岁年龄组发病例数最多,占75.1%;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街最多,占76.4%。序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2%~99.6%,氨基酸同源性为96.4%~100.0%,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2%~100.0%和90.2%~100.0%。系统进化树分析显示,2014—2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型 ,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主。所有8株分离株与原型株进化距离较远。结论 2014—2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行。     

登革病毒中国株E基因重组的生物信息学分析

罗替戈汀为选择性多巴胺D1/D2/D3受体激动剂,其透皮贴剂是第一个非麦角类多巴胺受体激动剂贴剂。罗替戈汀贴剂24 h有效,能对帕金森病人持续提供多巴胺能刺激,目前获得FDA和EMA批准上市。对罗替戈汀贴剂研究情况进行简要综述。     

湖南省20株狂犬病毒株与疫苗株N基因序列分析

目的 分析湖南省狂犬病毒株与疫苗株的N基因序列及遗传进化关系,从基因角度解决疫苗的选择问题,为狂犬病的防治提供科学依据.方法 采用KT-PCK法从市售家犬脑组织标本内获得N基因并进行测序,采用DNAStar软件包中的MegAlign软件,将所得结果与国内外发表的代表性疫苗株相应基因进行核苷酸、氨基酸序列同源性比对分析,并以Neighbor-Joining法构建系统发生树.结果 湖南省20株狂犬病毒与国内外13株疫苗代表的株核苷酸同源性在85.3%～94.2%(中位数88.6%).相应地,N基因编码的氨基酸序列同源性为95.4%～99.6%(中位数99.2%).其中,与中国疫苗株CTN、SRV-9,国外疫苗株CVS、RBE3-15、SADB19-1st及HEP-Fllury株的氨基酸序列同源性范围在99.2%～99.6%,并以与CTN疫苗株同源性中位数最高(90%).系统发生分为两大群.湖南省20株研究毒株与中国人用CTN株具有很高的亲缘性,构成第一群.其余的疫苗毒株构成第二基因群.结论 湖南省狂犬病毒株与中国人用疫苗株CTN同源性最高、亲缘关系最近,因此在湖南省使用CTN疫苗株效果可能较好.     

1型登革病毒初次感染患者血清中和抗体的动态反应分析

目的研究感染登革病毒（DENV）后,机体DENV中和抗体产生的特点及其动态变化规律。方法采集2006年DENV-1初
次感染患者在发病2周之内的,以及同一组患者在2010年随诊期间的血清标本,用本实验室建立的以群特异性DENV NS1抗原
捕获ELISA为基础的,可同时测定4型DENV中和抗体的微中和试验（ELISA-MNT）,对这两组血清中的DENV中和抗体滴度
进行检测。这两组血清标本均检测了全部抗4型DENV的中和抗体。此外,2010年的血清标本还检测了抗3种不同毒株的
DENV-1（其中包括1株标准株和2株临床分离株）的中和抗体。结果2006年和2010年这两组不同时间段的血清标本对全部4
型DENV均可显示出一定程度的交叉中和抗体反应,其中,2006年的血清标本交叉中和抗体反应更为明显,表现为其最高的中
和抗体针对的甚至是DENV-2,而不是预计中的DENV-1;2010年的血清标本中最高的中和抗体滴度针对的是同型的
DENV-1。Mann-whitney U检验显示：对于同型的抗DENV-1中和抗体滴度,2010年的血清要明显高于2006年的血清（U=
86.500,P=0.000）,但异型中和抗体滴度在两组血清标本中无明显改变。Friedman检验显示,尽管同属DENV-1,但2010年的血
清标本对3种不同毒株的DENV-1的中和抗体滴度之间还是存在显著差异（χ2=12.123,P=0.002）。结论4型交叉中和抗体反应
是DENV感染后,尤其是在感染早期中和抗体的产生特点,但只有同型DENV中和抗体滴度可随时间的推移而发生明显的上
升;然而即使是同属于一种血清型,不同毒株之间的中和抗体也可能存在差异。
     

基因芯片检测广东省汉族人群HLA-DQB1基因多态性

目的调查研究了700名广东省汉族人群HLA-DQB1等位基因频率及多态性分布.方法采用深圳益生堂生物企业有限公司研制开发的"HLA-DQB1低分辨率基因分型芯片试剂盒",应用PCR-SSP SSO芯片检测技术,对700名广东省的中国人群进行基因分型.结果鉴定了10个HLA-DQB1等位基因.广东省人群HLA-DQB1等位基因频率分布为HLA-DQB1*05＞*0301＞*0303＞*0601＞*02＞*0302＞*04＞*0602＞*0604＞*0603.结论为我国疾病相关性研究、人类学研究提供了可靠的遗传学参数.     

2014年深圳市流行的1型登革病毒分子溯源分析

目的  对2014年深圳市登革热（DF）流行时分离的登革热1型病毒株（DENV-1）进行E基因序列测定,了解其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法  收集35份2014年深圳市DF患者急性期血清标本,用乳仓鼠肾细胞（BHK-21）分离DF病毒,并用逆转录-半套式聚合酶链反应（RT-PCR）反应对其进行型别鉴定。RT-PCR扩增全长E基因,测序并进行同源性与进化树分析。结果  35份血清样本中分离到DENV-1 21株。选取6株深圳DENV-1分离株测序,E基因全长1 485 bp,编码495个氨基酸。6株深圳市DENV-1分离株同源性为100.0％,其同源性与深圳市2010流行株接近,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.5%和99.8%,与新加坡2009和日本2004流行株的核苷酸和氨基酸同源性最高达99.7%和100.0％。进化分析发现,深圳6株DENV-1属于基因型1型,与Shenzhen2010、Singpore2009、Japan2004的亲缘关系较近,在同一进化支上。结论  2014年深圳市DENV-1属GⅠ亚型,最可能来源于东南亚一带,于2010年本地化而引起2014年DF流行。

     

江苏省某地区人源与猪源戊型肝炎病毒的检测和部分序列分析

目的:调查了解江苏省某农村地区人源与猪源戊型肝炎病毒(HEV)的相关性?方法:应用逆转录-巢式聚合酶链法(RT-PCR)对同一地区内一般人群中HEV IgM阳性者?急性戊型肝炎患者血标本和生猪胆囊标本进行HEV RNA检测,并对HEV RNA 阳性标本进行克隆测序和序列分析?结果: 一般人群中检出的HEV基因1?4型比例相近,临床散发性戊肝病例绝大部分为HEV-4型病毒感染所致(95.24%);生猪胆汁标本PCR阳性率为12.11%,猪源HEV基因分型均为HEV-4型;分离于人和生猪的HEV-4型病毒高度同源,同源性81%~97%?结论:该地区人群HEV基因分型以HEV-4型为优势毒株;猪源HEV均为基因4型;人源和猪源的HEV-4型病毒高度同源,猪是当地HEV主要宿主动物之一?