实时荧光定量PCR检测0139群霍乱弧菌研究

目的:利用荧光定量PCR技术,建立一种快速、准确、特异检测0139群霍乱弧菌的定量方法.方法:选取0139群霍乱弧菌糖基转移酶基因(LPSgt)作为检测的靶基因,设计引物和TaqMan探针,探针的两端均进行荧光标记.对PcR扩增体系进行优化,进一步评价实时荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度、重复性后,对收集的临床样本进行鉴定.结果:本文所建立的实时荧光定量PCR方法可准确、特异的检测和鉴定0139群霍乱弧菌,其他菌株均无阳性结果产生;该方法的灵敏度可达到10 cfu/ml;定量检测的批间和批内的变异系数均小于5%;对85例临床样本进行评价,结果获得9例0139群霍乱弧菌阳性,与常规培养法结果完全一致.结论:本文建立的检测0139群霍乱弧菌实时荧光定量PCR方法快速、准确,结果可靠,实用性强,可对结果进行定量分析,为0139群霍乱弧菌的实验室诊断和现场流行病学调查提供了较好的分析手段.     

TaqMan荧光定量RT-PCR技术快速检测EV71方法的建立

目的:建立特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,用于快速检测71型肠道病毒(EV).方法:从Genebank下载EV71型VP1基因序列,在其保守区域设计特异性引物与TaqMan探针,并对荧光定量PCR体系与反应条件进行优化,同时验证方法的特异性、敏感性和重复性.结果:该方法对EV71具有高度特异性,与非71型肠道病毒等均无交叉反应,检测灵敏度达2×10-2 TCID50/mL,反应体系具有很高的稳定性,整个操作过程仅需2.5 h.结论:所建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,适用于EV71的日常监测和暴发时应急诊断.     

TaqMan荧光定量RT—PCR快速检测西尼罗病毒的研究

目的建立特异、快速、灵敏的TaqMan实时荧光定量聚合酶链反应（TaqMan—based Real—timePCR）用于西尼罗病毒（WNV）核酸检测，为WNV的感染诊断和流行病学监测奠定技术基础。方法根据文献公开发表的WNV核酸检测引物和TaqMan探针，优选最佳引物探针。应用DNAWorks2．4在线软件设计8条寡核苷酸片段，基于PCR合成包含引物探针扩增区域的230个核苷酸作为WNV模拟核酸。并对TaqMan-based Real—timePCR条件进行优化，验证该方法的特异性、灵敏度。结果该方法对WNV核酸检测有高度特异性，与流行性乙型脑炎、登革热1～4型等虫媒病毒均无交叉反应，对构建的DNA检测灵敏度达100拷贝／反应。结论TaqMan—based Real—timePCR是一种快速检测WNV特异、敏感的方法，适用于WNV的早期感染诊断和流行病学监测。     

甲肝病毒TaqMan PCR检测方法的建立

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,对甲肝病毒核酸进行检测。方法根据GenBank发表的HAV全基因组序列资料分析结果,在其保守区段设计HAV特异性引物和探针,优化引物、探针浓度,与最佳退火温度,并考察检测体系的特异性、敏感性与重复性。结果本研究体系的引物和探针浓度为0.8μmol/L和0.6μmol/L,退火温度为52℃时,具有良好的特异性与敏感性,检测灵敏度可达0.1TCID50。同一样品重复检测3次,Ct值的变异系数均小于5%。结论本研究建立的HAV TaqMan RT-PCR方法特异、敏感、快速且有效减少交叉污染的概率,为临床及水产品中的甲肝病毒的早期快速检测提供了一种新方法。     

实时荧光定量PCR快速检测腺病毒方法的建立与评价

目的建立针对人腺病毒Hexon基因的实时荧光定量Taq Man PCR检测方法,用于腺病毒感染的早期诊断及病毒核酸定量分析。方法根据人腺病毒Hexon基因高度保守区设计引物和Taq Man探针,建立人腺病毒实时荧光定量Taq Man PCR快速检测方法。对方法的灵敏度及特异性进行评价;选取3个浓度的标准品,进行5次重复检测,对方法的重复性进行验证;用该方法对90份临床标本进行检测。结果建立的检测方法对人腺病毒的检测与其它呼吸道病原无交叉反应;检测灵敏度为10拷贝/μl;对103、104、105拷贝/μl 3个浓度标准品分别进行5次重复检测,其Ct值的变异系数均小于5%。对临床90份发热病例的咽拭子标本检测的腺病毒阳性率为90%,与普通PCR检测法的结果(90%)一致;检测准确率达100%。结论本研究建立的Taq Man荧光定量PCR方法的特异性、灵敏度和重复性均好,适用于人腺病毒的日常监测和暴发疫情的应急诊断。     

登革1型病毒荧光定量PCR快速检测

目的建立登革1型病毒的快速特异的荧光定量PCR检测方法。方法设计登革1型病毒特异的引物和TaqMan探针,制作标准曲线,并检测其特异性、重复性、再现性和敏感性,采用荧光定量PCR和常规PCR对临床标本进行检测比较。结果成功构建了标准曲线,回归方程为Y=-3.410logX+45.10,相关系数R²=0.999,扩增效率Eff=96.5%,灵敏度可达10³ copies/mL,此荧光定量PCR方法对登革1型病毒检测高度特异,与其他3型登革病毒和乙型脑炎病毒之间并无交叉反应;采用登革病毒种特异引物探针和本研究建立的登革1型病毒型特异引物探针对166份cDNA样本进行荧光定量PCR检测,均发现126份为阳性,阳性率均为75.9%,Ct值为20.84～36.36,浓度范围为1～1.3×104copy/μL;常规PCR方法检测到其中36份为阳性,阳性率为21.7%。结论荧光定量PCR方法能够快速灵敏地检测登革1型病毒,并能实现对病毒滴度的绝对定量。     

基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中的沙门菌

目的:建立基于TaqMan探针的荧光定量PCR检测水产品中沙门菌的检测体系。方法:根据沙门菌外膜蛋白Ompc基因的保守序列,设计1对引物和TaqMan探针,并对荧光定量PCR反应体系和反应条件进行优化。利用建立的检测方法对舟山水产品加工厂和舟山菜市场采集的120份样本进行检测。结果:该检测方法可以达到1μl 1.0×101拷贝数量级的灵敏度。样品检出率为10.0%,与国标法检测结果一致。结论:本研究建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法可以特异、灵敏、简便快速的实现对水产品中沙门菌的检测。     

A型肉毒梭菌atx基因TaqMan探针荧光定量PCR检测

目的采用TaqMan探针荧光定量PCR方法对A型肉毒梭菌atx基因进行检测。方法以atx基因为靶基因,设计引物和TaqMan探针,优化反应条件,制作定量标准曲线,进行灵敏度、特异性和重复性验证,建立A型肉毒梭菌TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果构建质粒pUC57-△atx,标准曲线在10³～10³拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.997,灵敏度达到22个拷贝数,比普通PCR提高约100倍;能选择性检测A型肉毒梭菌,与其他5种食源性病原菌无交叉反应,结果与普通PCR一致;重复性试验表明,同一浓度的15个平行样品的变异系数为1.0%。结论 A型肉毒梭菌TaqMan探针荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可以快速、准确、定量地检测A型肉毒梭菌。     

黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法建立

目的 建立用于检测黄病毒属的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法。方法 从GenBank中检索黄病毒属代表株的全基因序列,通过DNAstar进行序列比对和blast进行保守序列搜索和分析,用Beacon Designer 7.0软件进行引物和TaqMan探针设计,以乙脑毒株MB090509 RNA为模板,优化反应条件并应用于现场蚊虫标本检测。结果 确定黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR反应条件为:45℃15 min,95℃10 min,95℃10 s→54℃45 s,40次循环,引物和探针终浓度为200 nmol/L。灵敏度为常规RT-PCR方法 100倍,检出限2.9×10-3噬斑形成单位(PFU)/mL,与甲病毒属、东南亚十二节段RNA病毒属、布尼亚病毒属均无交叉反应。从161份现场蚊虫标本中检测出11份阳性标本,经病毒分离、测序均被证实为乙脑病毒。结论 本研究建立的黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有广泛应用价值。     

荧光定量PCR方法快速检测人博卡病毒的研究

目的建立特异、快速、灵敏的、用于人博卡病毒核酸检测的荧光定量PCR方法。方法对博卡病毒的ns1基因应用Clustal W软件进行序列同源性比对,在保守区设计特异性引物和TaqMan探针,并对荧光PCR反应条件进行优化,验证方法的特异性,并将该方法与国际上通用的针对人博卡病毒ns1基因和np基因的普通PCR方法进行灵敏度比对;同时将该方法应用于疑似患者临床标本检测。结果该方法针对ns1基因进行扩增,对人博卡病毒核酸检测有高度特异性,与副流感1、2、3型,甲型、乙型流感病毒,呼吸道合胞病毒,腺病毒,冠状病毒229E、OC43,偏肺病毒以及鼻病毒等均无交叉反应。检测的灵敏度均比国际上通用的扩增ns1基因及np基因的PCR方法高10倍。用该方法从144份急性上呼吸道感染患者咽拭标本中检出了2份博卡病毒阳性,从病毒核酸提取至检测完成仅需3 h左右;用普通PCR仅能检出1份阳性标本,且耗时需5 h左右。结论该研究建立的TaqMan荧光定量PCR是一种快速检测人博卡病毒特异、敏感的方法,适用于临床早期诊断。     

多重荧光定量PCR同时检测霍乱弧菌、副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法研究

目的:利用多重荧光定量PCR技术检测霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌。方法:以溶藻弧菌等17种相关试验菌株做特异性检测;并将标准菌株稀释成不同梯度,做灵敏度检测。结果:与传统的检测方法相比,该方法有很好的特异性且灵敏度高,检测时间短并可节省人力,具有快速方便等优点。结论:适用于样品中霍乱弧菌、副溶血性弧菌和创伤弧菌的快速检测。检测限分别为:霍乱弧菌为280 cfu/ml;副溶血性弧菌为:100 cfu/ml;创伤弧菌为:450 cfu/ml。     

溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系的建立

目的:建立溶藻弧菌TaqMan实时PCR快速检测体系。方法:根据溶藻弧菌胶原酶基因colH的保守序列设计一对引物和一条TaqMan探针,优化反应体系中的引物浓度和探针浓度,评价此反应体系的特异度,并确定其检测下限。结果:优化的反应体系中,引物浓度为200 nmol/L,探针浓度为200 nmol/L,检测下限为1.0×102拷贝/μl,较普通PCR提高了100倍。特异度为100%。结论:本研究所建立的检测体系能够灵敏和特异地检测溶藻弧菌,可以作为溶藻弧菌的快速检测方法。     

TaqMan探针检测转基因大豆含量方法的建立及应用

目的建立TaqMan探针法检测转基因大豆含量的实时定量PCR方法并应用于市售转基因食品含量的检测。方法以0、0．1％、0．5％、2．0％、5．0％的转基因大豆RoundUp Ready^TM为标准品（Fluka公司），以特异TaqMan探针序列：5’（FAM）-cccactatcettcgcaagaccct-3’（TAMRA），引物序列F：5’-tgatgtgatatctccactgacg-3’，R：5’-tgtatcccttgagceatgttgt-3’，用实时荧光定量PCR方法扩增转基因大豆外源基因CP4EPSPS基因，在实验室建立定量转基因大豆检测的标准曲线，并对市场抽检的豆奶粉、素鸡、热狗肠、黄豆等12种豆类食品及制品进行含量分析。结果在实验室建立了TaqMan探针实时荧光定量PCR检测转基因大豆含量的方法，得到0值对转基因食品百分含量对数值的标准曲线方程式为Y=-2．8194X＋27．1855，相关系数值R^2为0．9994。12种市售大豆及制品中五香茶干、豆奶粉、素鸡、热狗肠、薄白叶检测出转基因成分含量分别为2．46％、6．26％、13．95％、0．48％、0．66％，其余7份样品为阴性。结论建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR法能够快速地进行转基因大豆含量的检测，并可应用于市售转基因食品的检测。     

实时荧光定量PCR技术快速检测麻疹病毒核酸的研究

目的建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,对麻疹病毒的核酸进行检测.方法对设计的引物与探针进行了筛选与条件优化,克服了常规RT-PCR定性检测的不足.结果具有对麻疹病毒检测的高度特异性与准确性,检测的敏感度可达0.1 TCID50,从病毒核酸提取至检测完成仅需3个多小时,操作简便,而且大大减少了常规PCR扩增产物的污染机会.结论采用该方法对麻疹病毒与相关的临床样本进行了检测,均获得了满意的结果,为麻疹病毒的分子生物学检测,提供了一种新方法.     

Taq Man探针检测转基因大豆含量方法的建立及应用

目的 建立TaqMan探针法检测转基因大豆含量的实时定量PCR方法 并应用于市售转基因食品含量的检测.方法 以0,0.1%、0.5%、2.0%、5.0%的转基因大豆RoundUp Ready<'TM>为标准品(Fluka公司),以特异TaqMan探针序列:5'(FAM)-cccactatccttcgcaagaccct-3'(TAMRA),引物序列F:5'-tgatgtgatatctceactgacg-3',R:5'-tgtatcecttgagceatgttgt-3',用实时荧光定量PCR方法 扩增转基因大豆外源基因CP4EPSPS基因,在实验室建立定量转基因大豆检测的标准曲线,并对市场抽检的豆奶粉、素鸡、热狗肠、黄豆等12种豆类食品及制品进行含量分析.结果 在实验室建立了TaqMan探针实时荧光定量PCR检测转基因大豆含量的方法 ,得到Ct值对转基因食品百分含量对数值的标准曲线方程式为Y=-2.8194X 27.1855,相关系数值R<'2>为0.9994.12种市售大豆及制品中五香荼干、豆奶粉、素鸡、热狗肠、薄白叶检测出转基因成分含量分别为2.46%、6.26%、13.95%、0.48%、0.66%,其余7份样品为阴性.结论 建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR法能够快速地进行转基因大豆含量的检测,并可应用于市售转基因食品的检测.     

Taq-Man实时荧光定量PCR同时检测O1和O139群霍乱弧菌

目的针对霍乱弧菌血清群各自编码O抗原的特异性基因建立能够快速、准确地同时检测O1和O139群霍乱弧菌的荧光PCR检测方法,并克服常用PCR检测方法中经常出现的假阳性现象。方法分别以rfbM和wbfR基因作为O1和O139群霍乱弧菌的模板设计引物和探针,通过优化反应条件建立了能够同时检测O1群和O139群霍乱弧菌的二联实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR)。对该方法的特异性、灵敏度进行评估,并对10份模拟食品样品和133份临床样品进行了检测。结果特异性试验表明,该方法能选择性检测O1和O139群霍乱弧菌,能有效地避免O141群霍乱弧菌和拟态弧菌的假阳性,特异性为100%;灵敏度试验表明,O1群霍乱弧菌和O139群霍乱弧菌检出限分别为92cfu/ml和116cfu/ml;另外,试验建立的检测方法对模拟样品和临床样品检测结果与国标法的检测结果完全一致,符合率为100%。结论该实时荧光PCR检测方法能够同时检测O1和O139群霍乱弧菌,而且特异性好、灵敏度高,能有效克服假阳性,适用于基层疾病控制、口岸检疫单位日常疫情监测和临床诊断。     

产气荚膜梭菌实时荧光定量PCR方法的应用

目的利用荧光定量PCR技术,建立快速敏感特异的产气荚膜梭菌检测方法。方法以产气荚膜梭菌基因作为靶序列,设计一对引物和探针,以产气荚膜梭菌菌株提取核酸DNA作为模板,优化引物和探针的浓度比,同时验证方法的灵敏度、特异性、重复性。结果反应体系在上、下游引物浓度均为1μmol/L,探针浓度为0.1μmol/L时,具有良好的特异性和灵敏度,与创伤弧菌等24种相关细菌均无交叉反应,对纯菌检测的灵敏度为9×102CFU/ml,重复性试验证实该体系重复性好,稳定性高;3例临床样本检测结果与细菌培养结果相符。结论建立的实时荧光PCR方法特异、灵敏、快速,能对临床气性坏疽做出快速准确的报告,实现对气性坏疽战时高发性疾病安全、快速和定量检测。     

实时荧光定量PCR快速检测大肠埃希菌的方法研究

目的基于TaqMan探针建立产肠毒素大肠埃希菌实时荧光定量PCR检测方法。方法针对编码大肠埃希菌耐热肠毒素STI、不耐热性肠毒素LTI基因片段设计引物、探针,采用外标法,绘制标准曲线,进行荧光定量PCR检测。结果引物、探针特异性良好,该方法的灵敏度可达到每反应1DNA拷贝,特异性强,检测范围在100～107拷贝每反应,重复性及稳定性好,整个过程只需要2h。结论该方法能快速、灵敏、特异检出产肠毒素大肠埃希菌。     

亚洲型寨卡病毒实时荧光定量PCR检测方法建立

目的分析亚洲型寨卡病毒基因组序列特征,建立亚洲型寨卡病毒的荧光定量PCR检测技术。方法通过分析亚洲型寨卡病毒全基因组核酸序列,选取亚洲型寨卡病毒的保守区设计引物和TaqMan探针,建立标准曲线并检测其特异性与敏感性。结果荧光定量PCR测试结果表明所设计的引物和探针特异性良好,对非洲型寨卡病毒、Ⅰ～Ⅳ型登革病毒和丙型肝炎病毒核酸检测无交叉反应;同时灵敏度较高,可达3.415×10~0 copies/μL;构建了标准曲线,回归方程为Y=–3.227 3logX+38.79,相关系数R^2=1,扩增效率E=102%。结论建立了一种检测亚洲型寨卡病毒的荧光定量PCR技术,可用于临床亚洲型寨卡病毒感染患者的病原分型、早期诊断及预防。     

4重荧光PCR技术在霍乱监测与菌株鉴定的应用研究

目的 应用4重荧光PCR技术检测霍乱弧菌并对菌株进行鉴定.方法 用PCR法对2008-2010年监测的水样、水产品标本及食物中毒疑似菌株以进行检测.同时用细菌学方法分离菌株.再进行PCR检测.结果 1606份标本中.PCR法检出O1群霍乱弧菌阳性标本188份.从中分离到菌株150份(79.8％).O139群霍乱弧菌的P...