霍乱弧菌毒力基因检测与16S rRNA基因分型研究

目的：了解浙江省霍乱弧菌毒力基因携带情况和16SrRNA基因型状况，为霍乱防治提供科学依据。方法：利用16SrRNA基因探针分析了浙江省不同时期分离的88株霍乱弧菌经BglI消化的16SrRNA基因限制性酶谱，以多重PCR法对140株霍乱弧菌进行6种毒力相关基因（ctxA、rtxA、Ace、TcpA、Cri、Zot）检测分析。结果：发现各菌株的杂交片断范围为2～12Kb，每个菌株有6～9条杂交带不等。88株霍乱菌株可分为9个16SrRNA基因型（ribotype，RT），其中埃尔托型霍乱弧菌（el tor vibrio cholerae，EVC）可分为6个RT，0139群霍乱弧菌（vibrio cholerae 0139，VC 0139）分为3个RT；所有VC0139菌株均携带3种以上毒力基因，86．3％的菌株携带全部6种毒力基因，所有EVC流行株均携带2种以上毒力基因，79．1％的菌株携带全部6种毒力基因。结论：认为霍乱流行菌株基因型的变迁可能是引起新一次流行的原因。结合毒素基因检测结果，我们认为VC0139与EVC在遗传特征上有相近的特点，但又有所区别。     

霍乱弧菌H2C全基因组测序及序列分析

目的 了解霍乱弧菌产毒株的基因序列,为霍乱基因组学研究提供资料,对可能发生的公共卫生突发事件提供保障。方法 利用Illumina Hiseq测序平台对1株霍乱弧菌（Vibrio cholerae）H2C进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释。结果 H2C基因组大小为4.09 Mb,GC含量为47.34%,预测编码基因3 642个。在H2C基因组中注释到3 252个基因具有直系同源蛋白簇分类,共查到111个tRNA和9个rRNA基因。与代谢通路相关基因2 366个,与毒力相关基因417个。通过KEGG定位到RTX、CTX和TCP毒力相关基因簇。结论 霍乱弧菌H2C携带多种毒力相关基因,对该菌致病性及环境适应性起到关键作用。     

山东省分离的霍乱弧菌毒力基因的研究

目的：了解山东省不同年代、不同地区收集的霍乱菌株携带的毒力基因情况、分布特点和变迁。方法：应用分子杂交、PCR技术对霍乱弧菌的CTX基因元件中的ctxA、zot基因，VPI毒力岛中的tcpA、tcpH、aldA、toxT、acfB基因，TLC因子中的cri、orf2—3基因，RTX基因簇中的rtxA、rtxC，以及toxR基因进行了检测。结果：用原位杂交检测，180株霍乱弧菌中有168株携带CTX遗传单元中的ctxA、zot、RS1基因，阳性率均为93．33％，表现出高度的一致性。用打点杂交检测不同时期的28株01群霍乱弧菌，所有被检菌都具有ToxR、RTX相关基因，在1980～1987年间分离的O1群霍乱弧菌流行株中，有92．86％携带编码TLC因子的基因，而1994～2000年间分离的流行株菌株中编码TLC因子的基因携带率仅有7．14％。Southern杂交结果显示，48株O1群霍乱弧菌可产生大小为9．4kb和6．5kb左右的两条ctxA杂交带，用zot基因探针进行杂交，11株O1群霍乱弧菌可产生与ctxA杂交带同样大小的条带。1株O139霍乱弧菌具有检测的所有毒力基因，但其ctxA（zot）杂交带与O1群霍乱弧菌有差异。结论：目前已知的霍乱弧菌毒力基因在山东省分离到的菌株中有广泛的分布，并且随时间的推移而发生变迁。     

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。     

嘉兴市霍乱弧菌分离株检测分析

目的比较分析嘉兴市霍乱弧菌菌株的血清型、毒力基因和分子分型特征。方法采用血清学和分子生物学方法对近年来分离到13株霍乱弧菌菌株进行血清型分布、毒力基因(ctxA、ace、zot、tcpA、cri和rtxA)携带和ERIC-PCR分型研究。结果 13株霍乱弧菌菌株,2株为O139群霍乱弧菌,11株为O1群霍乱弧菌,其中小川型9株,稻叶型2株。2株O139群霍乱弧菌菌株携带3种毒力基因;11株O1群霍乱弧菌菌株,除1株携带4种毒力基因外,其余10株携带全部6种毒力基因。ERIC-PCR分型分析显示,不同的霍乱弧菌菌株之间ERIC-PCR型别表现出一定的遗传多样性。结论嘉兴市霍乱弧菌菌株大多携带多种毒力基因,而且来源多样,防控工作任重而道远。     

一起O139群霍乱弧菌引起的食物中毒菌株的耐药性分析

目的：探讨多重耐药0139群霍乱弧菌形成的可能分子机制。方法：对杭州一起暴发的65株0139群霍乱菌株进行药敏试验，取其中20株多重耐药菌株进行结合性转座子样SXT元件标志基因int SXT和Ⅰ类整合子的PCR检测，并对Ⅰ类整合子基因盒区扩增产物应用限制性酶切和DNA测序分析携带的基因盒。结果：65株0139群霍乱菌株中，56株(86．2％)均呈同一耐药谱，对11种抗生素多重耐药，仅对诺氟沙星、环丙沙星及丁胺卡那敏感。20株多重耐药菌株中，SXT元件标志基因int SXT均阳性，Ⅰ类整合子5’保守区、基因盒区和3’保守区也均阳性。其携带基因盒为氨基糖苷腺苷酰基转移酶基因nndA2。结论：此次暴发的多重耐药的0139群菌株均携带有SXT元件，Ⅰ类整合子在多重耐药菌株的形成中起了一定的作用。     

112株霍乱弧菌的生物学特性、毒力基因和耐药变迁的研究

目的：了解浙江温岭霍乱弧菌的生物学特性、毒力基因和耐药情况,为霍乱防治提供科学依据.方法：以霍乱弧菌主要毒力因子基因ctx为引物,对112株霍乱弧菌（O1群92株、O139群20株）进行了PCR扩增.采用WHO推荐的改良K-B纸片法,对所有菌株进行了18种抗菌药物的药敏试验.结果：除外环境检出的4株O1群霍乱弧菌菌株外,其余的霍乱菌株均扩增出与阳性对照一致的ctx毒力基因条带.药敏试验结果显示O139群霍乱弧菌的耐药性明显高于O1群霍乱弧菌,不同年份的菌株耐药的程度不一致.结论：从所有病人中分离到的菌株均为产毒株,与致病性和流行强度有关,治疗霍乱病人应结合本地区情况,根据不同菌型选择相应的抗生素药物.     

下城区健康人群粪便中检出O1和O139群霍乱弧菌毒力株和无毒力株

目的：对下城区饮食、服务行业人员粪便标本进行霍乱弧菌监测。方法：2007年1月-2007年9月采集25052名饮食、服务行业从业人员健康体检者粪便标本,分别接种于碱性蛋白胨水增菌后分离4号琼脂。通过培养特性、菌落形态、革兰染色、动力和生化试验等检查,对所分离的疑似霍乱弧菌菌株进行初步鉴定,采用霍乱弧菌O1群及O139群单克隆抗体的玻片凝集试验、噬菌体生物分型、霍乱弧菌ctxA和tcpA基因PCR检测进一步鉴定各霍乱菌株。结果：上述标本中检出O1血清群和O139血清群霍乱弧菌各1株。1株O1血清群霍乱弧菌噬菌体生物分型为1 L,属埃尔托生物型非流行菌株,霍乱弧菌ctxA和tcpA毒力基因PCR检测结果为ctxA阴性,tcpA阳性,判定为有毒力的非流行菌株。另1株O139血清群霍乱弧菌ctxA和tcpA基因PCR检测结果均为阴性,为无毒力非流行菌株。结论：尽管所检出的2株霍乱弧菌均为非流行菌株,但因携带者从事职业的特殊性,仍应引起高度重视。     

疑似霍乱弧菌鉴定及分子分型检测

目的 对北京市某医院肠道门诊2株疑似霍乱弧菌进行鉴定,检测其主要毒力基因,并分析其基因型别特征.方法 利用细菌生化鉴定条(API 20 E)进行生化鉴定,玻片凝集法确定其血清型别,应用PCR及测序技术分析其16 S rRNA基因;PCR检测其8个主要毒力基因,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析其基因型别.结果 经鉴定,该2株疑似霍乱菌株均为非O 1非139群霍乱弧菌,经16 S rRNA分析与美国国家生物技术信息中心数据库中霍乱弧菌相似性达100%,均包含毒力基因hylA、ompW和toxR,PFGE结果显示2株菌具有完全不同的带型.结论 2株疑似霍乱弧菌为非O 1非139群霍乱弧菌,其致病因素与(hylA)、(ompW)、(toxR)毒力基因有关,并且2株菌遗传关系较远.     

一起霍乱疫情分子流行病学溯源分析

目的分析大连市2004年外环境中和1起霍乱疫情中不同来源的霍乱弧菌之间的遗传相关性。方法选择2004年暴发,散发的22株稻叶型霍乱代表菌株,先做噬菌体-生物分型和PCR技术检测CT毒素基因后,再进行PFGE分型研究。结果分离患者的霍乱菌株都为稻叶1b型,CT阳性。分离自暴发地区外环境的霍乱菌株也为稻叶1b型,CT阳性。但市内外环境的霍乱菌株都为非流行株,CT检测阴性。所试22株霍乱菌株PFGE分型共2大亚类3种带型。其中从开发区疫点所获得的人源菌株在PFGE图谱上带型相同,为2型;分离自散发病例的菌株在PFGE图谱上同优势2型之间相互略有差异,相似度为97.1%;分离自暴发地区自备水的霍乱菌株PFGE带型同样为2型,而来自市内外环境的霍乱菌株PFGE带型都为3型,同优势2带型有很大差异。结论霍乱流行期间分离于患者和疫点自备水的霍乱弧菌PFGE图谱基本一致,与外环境分离的非流行株关系较远。     

表型和分子分型技术在霍乱弧菌研究中的应用

目的分析1999～2005年广州地区O1群和O139群霍乱弧菌代表菌株的致病基因型和PFGE型别,确定霍乱菌株的分子流行病学特征和同源性,研究本地霍乱弧菌的分子特性。方法采用多重PCR方法检测霍乱弧菌的4种致病相关基因,采用限制性内切酶Not I,以脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用分型处理软件BioNumerics Version对PFGE图谱做聚类分析。结果本地霍乱弧菌代表株中存在3种致病基因型(A、B、C型),病例分离的霍乱弧菌多为A型基因,而环境分离的霍乱弧菌则多为C型和B型。总共96株霍乱弧菌分为60个不同的PFGE型,带型范围:8 kb-650 kb。相同或相近的PFGE型(相差1～3条带)存在于多次霍乱暴发疫情分离株中、环境分离霍乱与临床株之间、输入病例与本地病例分离霍乱弧菌间,不同的PFGE克隆型(4～6带及以上)的流行病学联系也较远。结论将致病基因分型、PFGE型与流行病学资料结合,揭示了本地霍乱菌株从受污染的珠江水及水产品传递给人并引起霍乱暴发、散发的特征,提示开展霍乱菌株PFGE分子分型监测及加强地区间合作的必要性和急迫性。     

浙江省霍乱弧菌16S rRNA基因分型研究

利用 16SrRNA基因探针分析我省不同时期分离的 88株霍乱弧菌经Bgll消化的 16SrRNA基因限制性图谱 ,结果发现 :各菌株的杂交片断范围为 2～ 12Kb ,每个菌株有 6～ 9条杂交带不等 ,88株霍乱菌株可分为 9个 16SrRNA基因型 (RT) ,其中EVC可分为 6个RT ,VCO139可分为 3个RT ;认为霍乱菌株基因型的变迁可能是引起新一次流行的原因 ;结合ct基因检测结果 ,我们认为EVC与VCO139在遗传特征上有相近的特点 ,但又有所区别 ,通过 16SrRNA基因的Southern杂交检测 ,可区分这两类菌株。     

烧伤创面耐药黄杆菌产β-内酰胺酶机制的初步研究

目的探讨黄杆菌临床分离多重耐药株产生β-内酰胺酶的机制. 方法质粒和染色体抽提以市售试剂盒进行;黄杆菌产β-内酰胺酶用纸片法定性;质粒和染色体携带β-内酰胺酶基因检测用PCR扩增法;PCR扩增产物进行基因测序和同源性比较. 结果纸片法定性显示该菌产β-内酰胺酶;经PCR扩增和产物序列分析表明其染色体和质粒均携带有β-内酰胺酶PSE-1基因. 结论该多重耐药株对β-内酰胺类抗生素的耐药性由染色体和质粒共同介导的PSE-1基因所决定.     

烟台地区非O1/O139群霍乱弧菌致病性分析

目的了解烟台地区非O1/O139群霍乱弧菌致病性现状。方法分别于2020年7月和11月、2021年的1月和4月对烟台市某两条河入海口采集样本32份, 获得22株非O1/O139群霍乱弧菌分离菌株, 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对分离菌株进行分子分型, 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对该22株分离菌株的毒力基因ctxA、ctxB、ace、cep、zot、rtxA、hlyA、toxR、tcpA和cri进行检测分析。结果 22株非O1/O139群霍乱弧菌菌株间的条带相似度为23.0%～100.0%, 分为17个PFGE型, 呈高度的多态性带型分布。22株非O1/O139群霍乱弧菌分离株主要携带3种毒力基因(rtxA、tcpA和zot), 其中携带rtxA和tcpA最多, 均为17株, 其次是zot, 共14株。14株菌株同时携带rtxA、tcpA和zot, 5株不携带上述毒力基因。结论烟台地区入海口流行的非O1/O139群霍乱弧菌株污染情况多样化, 主要携带具有黏附、毒素以及损伤小肠表皮细胞等方面的致病基因。     

南京地区鲍氏不动杆菌AmpC酶、β-内酰胺酶基因研究

目的了解南京地区多药耐药鲍氏不动杆菌（ABA）临床分离株AmpC酶和β-内酰胺酶基因存在状况。方法自2007年7-10月南京地区住院患者标本中分离出20株多药耐药鲍氏不动杆菌,微量肉汤稀释法测定11种抗菌药物的敏感性,聚合酶链反应（PCR）法测定多药耐药鲍氏不动杆菌2种AmpC酶及18种β-内酰胺酶基因。结果20株ABA AmpC染色体型基因阳性14株（70.0%）、AmpC质粒型基因阳性1株（5.0%）;TEM基因阳性12株（60.0%）、SHV基因阳性1株（5.0%）、CTX-M-1群基因阳性2株（10.0%）、OXA-23群基因阳性1株（5.0%）、OXA-24群基因阳性1株（5.0%）,经测序BLASTn比对为OXA-72型;16、17号株测得AmpC（染色体型）DNA序列翻译成氨基酸序列与美国核酸库已登录的AmpC（染色体型）序列比较分别有两个和1个氨基酸差别,均为新亚型。结论南京地区ABA除可携带TEM、VEB、GESI、MP、VIM、OXA-10、OXA-23基因外,还可携带AmpC染色体型及AmpC质粒型、SHV、CTX-M-1群、OXA-24群基因。同时进行AmpC活性与AmpC染色体型、质粒型基因配对检测为国内首次。     

2005年-2010年武汉市霍乱弧菌监测分析

目的:对2005年-2010年霍乱弧菌监测中分离的25株疑似菌株进行系统鉴定。方法:分离培养、血清学试验、系统生化鉴定(VITEK32)、PCR检测其分型及毒素基因、药敏试验。结果:25株菌鉴定为霍乱弧菌的有21株,与霍乱弧菌发生交叉凝集4株;病例监测主要为O139霍乱弧菌、外环境监测主要为O1群霍乱弧菌;病例监测菌株携带霍乱弧菌毒素基因(ctxAB)、其他菌株均不携带霍乱弧菌毒素基因(ctxAB)。药敏实验结果对诺氟沙星和环丙沙星敏感,对其他抗生素有不同程度的耐药。结论:武汉市霍乱弧菌在病例监测中主要为O139群霍乱弧菌产毒株、外环境监测中主要为O1群霍乱弧菌非产毒株,不同型别菌株存在不同程度耐药性。     

脉冲场凝胶电泳分型方法追溯霍乱传染源

目的　了解四川省 2 0 0 4年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性 ,追溯传染源 ,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法　O139群霍乱弧菌编码脂多糖 (LPS)特异性基因引物聚合酶链反应 (PCR)复核菌株 ,霍乱毒素 (CT)基因引物PCR检测霍乱毒力基因 ,脉冲场凝胶电泳 (PFGE)进行菌株的分子分型。结果　 2 5株受试菌株LPS基因 2对引物PCR结果均为阳性。所有 6株河水中分离的菌株均为CT基因阴性 ,其余均具有CT基因。 2 4株菌PFGE可分为 13个型。结论　LPS基因PCR检测结果从分子水平证实受试菌株均为O139群霍乱弧菌。河水中分离的 6株菌是非产毒株 ,其余菌株均具有致病性。环境水分离的O139群非产毒株之间以及产毒株与非产毒株之间遗传相关性较远。产毒株之间具有较高的同源性。四川省从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致 ,在国内首次以分子流行病学分析提示甲鱼可能是四川省近年霍乱疫情主要传染来源之一。     

2株皮肤软组织感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌全基因组测序分析

目的 对2株(1株ST59型,命名为QY01;1株ST338型,命名为QY02)耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行全基因组测序分析,了解2株菌携带的耐药基因和毒力基因及其差异,为后续对MRSA的耐药机制、群体进化研究提供模板比对序列。方法 使用二代测序平台Illumina Hiseq 2000,PE150测序策略对2株MRSA进行全基因组测序分析;使用FastQC进行测序质控;使用SPAdes进行序列拼接;使用RAST(http://rast.nmpdr.org)进行基因预测及功能注释;使用毒力基因数据库(http://www.mgc.ac.cn/VFs/search_V Fs.html)对携带的毒力基因进行筛查;使用抗生素耐药基因数据库(CARD;http://card.mcmast er.ca/)对携带的耐药基因进行筛查。结果 QY01菌株基因组大小为2 760 018 bp,GC占比32.7%,其基因组草图序列已提交至NCBI GenBank数据库(BioSample:SAMN09711465),QY01菌株携带6个耐药基因,分别是blaZ、mecA、aph(3’)-III、ant(6)-Ia、erm(B)、tet(K);QY02菌株基因组大小为2 776 622 bp,GC占比32.7%,其基因组草图序列已提交至NCBI GenBank数据库(BioSample:SAMN09711466),QY02菌株携带7个耐药基因,分别blaZ、mecA、aph(3’)-III、ant(6)-Ia、erm(B)、tet(K)、cat(pC233)。QY01和QY02菌株均携带11个相同的毒力基因,分别是aur、scn、lukS-PV、lukF-PV、seb、sek、seq、hlb、hlgA、hlgB、hlgC。结论 QY02(ST338型)菌株较QY01(ST59型)菌株携带更多的耐药基因,QY01和QY02菌株携带的毒力基因无差异,2株菌均可产生潘顿-瓦伦丁杀白细胞素(PVL)、金属蛋白酶(AUR)、葡萄球菌补体抑制剂(SCN)等致病物质。     

武汉市霍乱弧菌中毒力相关基因及分类鉴定

目的为了解武汉地区历年收集的霍乱弧菌毒力相关基因分布情况,并对这些菌株进行分类鉴定。方法分别对霍乱弧菌中的ctxA、zot、ace、ompU、tcpA、toxR、tcpI与hlyA等基因进行PCR检测,并对所有霍乱弧菌进行PCR分类鉴定。结果分离的大部分霍乱弧菌菌株携带有所有的毒力基因,有3株细菌仅有个别非核心毒力基因扩增阳性;该PCR方法分类对O1型所有菌株都能很好地进行分类鉴别,对O139型则与血清型鉴定存在不一致情况。结论PCR方法对产毒型和非产毒型O1/O139霍乱弧菌以及O1/O139和非O1/O139霍乱弧菌鉴定效率非常好。     

1995年云南省鼠疫流行区菌株质粒DNA特征

1995年云南省在盈江、普洱、江城、思茅、澜沧、陇川、潞西、耿马、镇康、景谷等 10县 (市 )先后发生鼠疫动物病流行 ,个别县 (市 )波及人间。为了解该年度鼠疫流行相互间的联系以及不同县 (市 )鼠疫菌质粒ＤＮＡ特征。对上述各县(市 )所分离的鼠疫菌中选择 32株具有代表性的菌株及当年分离自孟连境外 3株鼠疫菌进行了质粒检测 ,现将结果报告如下。1　材料和方法1 1　菌株 1995年分离自云南省流行县 (市 )鼠疫菌代表株共35株。菌株分离地区及编号见表 1。表 1　质粒提取菌株来源县 (市 )菌株号合计思茅 2 1 81 (蚤 )　 2 1 67　 2 1 70　 2 …