衣原体噬菌体Chp4衣壳蛋白Vp1二级结构及B细胞抗原表位预测

【目的】对衣原体噬菌体chp4的Vpl蛋白的二级结构进行分析并预测其B细胞表位。【方法】以Chp4Vp1蛋白的氨基酸序列为基础,分别以Gamier～Robson法、Chou—Fasman法和Karplus—Schulz法共同预测其α螺旋、β折叠、转角结构和无规卷曲;按Kyte—Doolittle,法、Hopp—Woods法、Emini法和Jameson—Wolf法预测蛋闩的亲水性、表位可能性和抗原性指数。综合考虑二级结构及后续预测结果挑选最优表位。【结果】Chp4Vpl蛋白结构复杂,有较多潜在的抗原位点,预测其氨基酸残基第1～10、99～111、158～195、272～285、309～320、332～340、412～420为优势表位。【结论】Chp4Vpl蛋白理论上有较强的免疫原性,潜在的优势表位为之后蛋白相互作用研究和衣原体噬菌体野生株筛查提供了理论依据。     

衣原体MOMP蛋白生物多态性及细胞表位分析

目的：预测并分析比较衣原体MOMP蛋白的二级结构和B细胞表位。方法：以各株衣原体MOMP蛋白的氨基酸序列为基础,采用Gamier—Robson法、Chou—Fasman法和Karplus-Schulz法预测蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson—Wolf法预测蛋白的抗原表位;以ClustalX软件序列比对分析其多变区。结果：各株MOMP蛋白含多个抗原位点,各序列在第80—107、165—178、249—264、332—346位序列高度差异,并出现比对“空沟”。多个强表位位于序列保守区内。结论：MOMP蛋白有较强的免疫原性,预测的抗原位点为之后蛋白相互作用研究、单抗制备、亚单位疫苗设计提供了理论依据。     

人卵透明带3蛋白的二级结构和B细胞抗原表位预测

目的:预测并综合分析人卵透明带3(human zona pellucida 3,hZP3)蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法:以hZP3蛋白的基因序列为材料,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构及蛋白骨架区的柔韧性,采用Kyte-Doolittle法对蛋白的亲水性进行分析,Emini法预测蛋白的表面可能性,Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数。结果:hZP3蛋白含有较多的β折叠和转角结构。该蛋白第27~31、36~46、114~133、140~151、237~240和324~329区段可能是α-螺旋中心;hZP3蛋白分子第52~54、60~67、74~78、100~111、158~169、181~185、190~193、210~218、226~229、311~317、335~349和353~360区段可能是β-折叠中心。hZP3蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中近中部区段和近羧基端的第92~95、132~137、171~178、239~245、252~255、279~286、292~305和319~324区段含有潜在的B细胞优势抗原表位。结论:以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数、亲水性参数和表面可能性参数预测hZP3蛋白的B细胞抗原表位,为实验确定hZP3蛋白的B细胞抗原表位并以此进行免疫避孕研究奠定基础。     

沙眼衣原体Tarp蛋白B细胞表位的预测与鉴定

目的：预测并鉴定沙眼衣原体（Ct）Tarp蛋白的B细胞表位,为进一步研究Tarp蛋白的生物学特性及表位疫苗研制奠定基础。方法：利用生物信息学软件综合分析、预测筛选E血清型CtTarp蛋白的B细胞表位,获得6个潜在目的表位。将人工合成的表位肽段与弗氏佐剂充分乳化,经背部皮下多点注射途径免疫BALB/c小鼠（每次100μg/只,3只/组,共24只）,间隔2周,共免疫3次。采用ELISA法检测免疫小鼠血清中Tarp蛋白特异性抗体IgG及其亚类IgG1、IgG2a,以及阴道分泌物中Tarp蛋白特异性sIgA抗体;进一步采用间接免疫荧光实验、免疫沉淀实验和Westernblot法检测表位免疫的血清抗体与Tarp蛋白结合的特异性。结果：筛选并鉴定了Tarp蛋白的一个免疫优势B细胞表位（aa171-186）,该表位可以刺激小鼠产生较高水平的Tarp蛋白特异性IgG抗体和sIgA抗体,且抗体亚类以IgG1为主。免疫荧光实验、免疫沉淀实验和Westernblot法检测结果显示,该段表位肽免疫血清抗体可特异性识别Tarp蛋白。结论：获得了CtTarp蛋白的一个免疫优势B细胞表位,为进一步研究Tarp蛋白的生物学特性及表位疫苗研制奠定基础。     

衣原体噬菌体衣壳蛋白 Vp1 及其高保守区二级结构及 B 细胞表位研究

目的：分析衣原体噬菌体Vpl蛋白及其高保守区的二级结构并预测其B细胞表位。方法：以C｜ustalX程序比对各株衣原体噬菌体衣壳蛋白Vpl序列获得高保守区序列。以Vpl氨基酸序列为基础,采用Gamier—Robson法、Chou—Fasman法、Eisenberg法和Karplus—Schulz法分析蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle法、Emini法和Jameson—Wolf法预测蛋白的抗原表位。结果：衣原体噬菌体Vpl蛋白的二级结构以β折叠为主,有少量α螺旋;其高保守区含多个抗原位点,预测其N端1—8,103—110,158—164,189—196,322—332,427—434,478—488为优势表位。结论：衣原体噬菌体Vpl蛋白及其高保守区存在复杂的蛋白结构,可形成多个可选表位。     

FSHR胞外区抗原的二级结构预测和B细胞表位预测

目的:分析卵泡刺激素受体(Follicle stimulating hormone receptor,FSHR)胞外区蛋白的二级结构,在线预测FSHR胞外区潜在的B细胞表位.方法:利用DNAStar Protein软件对FSHR胞外区蛋白的二级结构和表面特性进行分析,联合在线B细胞表位预测,预测FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位.合成预测的B细胞表位肽,对其抗原性进行鉴定.结果:FSHR胞外区蛋白可能的抗原表位区域为17～34、4244、116～122、142～147、179～193、239～241、266～270、279～282、288～307.选择4个区域合成肽段表位区域能与免疫抗血清发生抗原特异性反应.结论:应用多参数成功预测了FSHR胞外区蛋白抗原的B细胞表位.     

人白细胞介素-33蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的:预测人白细胞介素(IL)-33的二级结构和B细胞抗原表位。方法:以单参数(亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测人IL-33蛋白的二级结构和B细胞表位。结果:人IL-33蛋白的N端1~19、59~75、108~117和204~210区段为预测的B细胞表位。结论:该预测结果将有助于确定人IL-33的B细胞表位及其生物学活性部位。     

沙眼衣原体热休克蛋白60的B细胞表位预测及分析

目的：分析沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis,CT）热休克蛋白60（heat shock protein 60,HSP60）的二级结构并预测其B细胞优势表位,进一步分析其在沙眼衣原体相关自身免疫性疾病发病中的意义。方法：以CT标准株（E/UW-5/Cx）HSP60的完整氨基酸序列为基础,分别采用SOPMA、GOR、nnPredict和HNN四种方法预测CHSP60的二级结构,并结合其跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、极性和柔韧性等参数进行综合分析,预测CHSP60可能的B细胞优势表位,并将B细胞优势表位与人HSP60的氨基酸序列进行比对,分析两者之间的同源性,寻找可能与自身免疫性疾病相关的B细胞表位。结果：四种方法对CHSP60二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。其B细胞优势表位可能位于氨基酸79～85、135～140、433～440和526～532区域,而上述序列与人HSP60氨基酸序列比对后,发现其135～140、433～440和526～532区域与人HSP60氨基酸159～164,457～464、549～556区域有较高的同源性。结论：CHSP60可能的B细胞优势表位中,135～140、433～440和526～532区域可能与CT感染相关自身免疫性疾病的发病有关。     

MUC1抗原的B细胞表位预测

目的预测MUC1抗原的B细胞表位.方法联合运用多种方法对MUC1的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、可塑性、溶剂可及性及免疫原性等方面进行分析,预测MUC1的抗原表位.结果MUC1存在有多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:1-10,24-54,65-77,84-91,108-134,140-156,159-174,179-196,199-210,220-233,237-265,270-299,316-337,351-362,369-396,411-420,445-502.结论应用多参数预测MUC1抗原的B细胞表位,为进一步研究MUC1结构和功能、构建MUC1突变体和选择表达新型MUC1分子奠定了基础.     

SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的稳定性分析

目的预测具有代表性的3株SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位,探讨基因变异对M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的影响。方法采用Chou-Fasman方法、Garnier-Robson方法和Karplus-Schulz方法预测SARS冠状病毒M蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测B细胞抗原表位。结果3株SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和B细胞抗原表位完全一致。结论SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,提示利用某一毒株的M蛋白制备单克隆抗体和疫苗可应用于SARS的诊断和防治。     

牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B细胞和T细胞表位分析

目的分析牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构及其B、T细胞表位,为探索基于抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法从Uniprot数据库中获得牡蛎过敏原Cra g 1的氨基酸序列,通过DNA Star Protean软件,采用Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法分析其二级结构;采用Kyte-Doolittle法、Karplus-Schulz法、Emini法、Jameson-Wolf法综合分析Cra g 1主要的B细胞抗原表位。使用SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ在线网站分析T细胞抗原表位。结果牡蛎过敏原Cra g 1的二级结构主要为α-螺旋,其B细胞表位接近覆盖Cra g 1氨基酸全序列;而T细胞优势表位位于第89～103、108～122、129～143位肽段。结论本研究分析牡蛎过敏原Cra g 1的B、T细胞优势表位,为日后Cra g 1的基础免疫学研究,如疫苗的研制、诊断试剂的制备和其抗原性改造等提供了理论依据。     

肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位预测

目的预测肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位。方法下载EIF4G1蛋白各种亚型的氨基酸序列,以单参数(亲水性、可及性、柔韧性、抗原性)预测为基础,结合ABCpred和二级结构预测筛选等方法综合筛选EIF4G1蛋白质亚型特异性的B细胞表位。结果目前已知EIF4G1蛋白的亚型有5种,亚型间的氨基酸变化局限在一个由300个氨基酸形成的序列区域,亚型特异性的B细胞表位可能位于该区域的14~19、21~27、52~61、106~112、113~139、183~189、201~216和217~224位氨基酸残基区域内或附近。结论EIF4G1蛋白质亚型间存在特异性B细胞表位,这些表位对应用合成肽抗原检测蛋白质亚型和进行肿瘤患者的早期诊断具有重要指导意义。     

EB病毒潜伏膜蛋白2的二级结构分析和B细胞表位预测

目的:预测EB病毒(EBV)潜伏膜蛋白2(LMP2)的二级结构和B细胞表位.方法:以EBV标准株(B95.8)LMP2的完整氨基酸序列为基础,采用SOPMA、GOR、nnPredict和HNN四种方法分别预测LMP2的二级结构;并结合其跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、极性和柔韧性等进行综合分析,预测EBV LMP2的B细胞优势表位.结果:四种方法对EBV LMP2二级结构的预测均表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角.B细胞优势表位可能位于其N端199～209、318～322和381～391区段.结论:用多参数预测EBV LMP2的二级结构和B细胞优势表位,可为其单克隆抗体的制备和表位疫苗设计等研究提供理论依据.     

人宫颈癌基因蛋白B细胞表位及其HLA限制性细胞毒性T细胞表位预测分析

目的:预测人宫颈癌基因(human cervical cancer oncogene,HCCR)蛋白的二级结构,B细胞表位及其HLA-A,B限制性细胞毒性T细胞表位.方法:综合分析二级结构、亲水性、柔韧性、表面可及性与抗原性指数,预测HCCR蛋白的B细胞抗原表位;利用BIMAS,SYFPEITHI和NetCTL方法预测分析其HLA-A*0201限制性CTL表位,运用NetCTL方法对HLA-A的其他等位基因和HLA-B限制性CTL表位进行预测分析.结果:HCCR蛋白的二级结构主要由α-螺旋结构组成,B细胞优势表位位于N端第41～53,216～228,310～325和355～360区段;预测得到5个HLA-A*0201限制性CTL优势表位分别为YLVFLLMYL(152～160),YLFPRQLLI(159～167),LLLHNVVLL(343～351),CLFLGIISI(138～146)和SIPPFANYL(145～153),HCCR蛋白HLA-A,B限制CTL表位主要位于胞外区.结论:应用多参数预测HCCR蛋白B细胞表位及其HLA-A,B限制性细胞毒性T细胞表位,为进一步实验鉴定其表位进而制备单克隆抗体和基于HCCR抗原的肿瘤免疫学治疗奠定了基础.     

新型冠状病毒S蛋白B细胞表位的预测与分析

目的：分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法：基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列,分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构,并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析,预测SARS-CoV-2 S蛋白可能的B细胞表位。结果：对SARS-CoV-2 S蛋白二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。多种参数综合分析推测,其可能的优势B细胞表位位于354～360、437～445、454～471、527～537、567～582、678～685、772～779和806～818位氨基酸。结论：采用多参数预测SARS-CoV-2 S蛋白的B细胞表位,为深入研究S蛋白的功能奠定基础。     

猴B病毒囊膜蛋白gD的B细胞表位预测及鉴定

目的鉴定猴B病毒囊膜蛋白gD的抗原表位。方法利用生物信息学分析猴B病毒囊膜蛋白gD的二级结构、亲水性、表面可及性、抗原性指数以及柔韧性,得到可能的表位肽段;再利用合成肽与B病毒阳性血清进行ELlSA验证,评价表位肽段的特异性和敏感性。结果在异D蛋白上预测得到7个表位肽段;ELISA测定结果显示,4个肽段（序列分别为^46 LPPLEQKTD^54、^106 RGAPEATRSDA^126、^291291PELAPEERGTSRFPGD＾３０６和＾３６１AVYLVRRRGR＾３７０可与B病毒阳性血清发生免疫学反应,敏感性在40％～70％之间。结论B病毒gD蛋白上至少存在4个线性化表位。     

结缔组织生长因子受体结合区域的预测及筛选

目的分析结缔组织生长因子(connective tissue growth factor,CTGF)二级结构,进行其受体结合区域的预测及筛选。方法利用生物信息学手段,分析CTGF二级结构、亲水性以及其它部分物理性质,预测和筛选出CTGF与受体的可能结合区域,为以后人工合成小分子多肽的CTGF拮抗剂做出初步筛选。结果通过对CTGF二级结构、相应同源蛋白对比、以及亲水性和抗原性分析结果显示,CTGF与其受体结合的位点可能位于96～102、104～112、257～272区段,它们的氨基酸序列分别是TAKDGAP、IFGGTVYRS和IRTPKISKPIKFELSG。结论初步筛选出CTGF受体结合位点,为根据其3个氨基酸序列合成CTGF拮抗剂提供了工作基础。