实时荧光定量聚合酶链反应检测沙门菌（A～F群）方法的建立和应用

目的 建立实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测沙门菌,评价其优越性.方法 根据沙门菌保守的HilA基因序列合成引物和探针,建立快速检测沙门菌的实时荧光定量PCR.结果 所建立的实时荧光定量PCR具有简便、快速、敏感性高、特异性强、抗干扰性好和可重复性强等特点,与实际应用检测结果相符.结论 建立的实时荧光定量PCR可用于口岸食品和公共场所从业人员的沙门菌检测.     

实时荧光PCR同时检测沙门菌和单核细胞增生利斯特菌

目的建立一种同时检测沙门菌、单核细胞增生利斯特菌的快速检测方法。方法分别针对沙门菌invA基因、单核细胞增生利斯特菌hlyA基因设计引物和探针,进行多重实时荧光PCR（TaqMan）检测。结果经过对多重实时荧光PCR反应条件的优化,对沙门菌、单核细胞增生利斯特菌检测的灵敏度达到11.5fg和25．5fg。结论实时荧光PCR能够有效地同时检测沙门菌、单核细胞增生利斯特菌,并且该方法操作简便、快速,具有良好的灵敏性和特异性。     

实时荧光定量PCR法与常规细菌鉴定法检测肠道致病菌的对比研究

目的探讨常规细菌鉴定法及实时荧光定量PCR法检测肠道致病菌的价值。方法就诊的3330例腹泻患者的粪便标本,同时进行常规细菌鉴定法及实时荧光定量PCR法检测,观察肠道致病菌中沙门菌及志贺菌检测阳性率。结果 3330例粪便标本中,常规细菌鉴定法检测沙门菌阳性率为3.90%(130/3330),志贺菌阳性率为1.65%(55/3330);实时荧光定量PCR法检测沙门菌阳性率为4.11%(55/3330),志贺菌阳性率为1.80%(60/3330),两种方法检测沙门菌及志贺菌阳性率比较,差异无统计学意义(P均0.05)。所有实时荧光定量PCR法检测阳性标本均经常规细菌鉴定确诊,阳性率为100%。结论实时荧光定量PCR法可直接从粪便中提取DNA,检测肠道致病菌,具有简便、快速等优点,大大缩短了检出时间,为临床早期诊断和治疗提供了依据,值得临床推广。     

多重实时荧光PCR快速检测沙门菌和单增李斯特菌

目的 建立可同时检测沙门菌、单增李斯特菌的双重实时荧光PCR快速检测方法,并应用于食品样品的检测.方法 根据GenBank上下载的沙门菌invA基因、单增李斯特菌hlyA基因的保守区序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立并优化双重实时荧光PCR反应体系.对该方法的特异性、敏感性和稳定性进行评估,并应用于食品标本...     

志贺菌TaqMan-MGB探针实时荧光聚合酶链反应快速检测方法的应用研究

目的建立志贺菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测技术,为从患者、食品和环境中快速分离和鉴定志贺菌提供技术支撑。方法根据志贺菌ipaH基因序列设计一对特异性引物和TaqMan-MGB探针;通过对PCR扩增体系和反应条件的优化,建立志贺菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测方法;用添加已知志贺菌浓度的样本验证方法敏感性;用志贺菌标准菌株、分离株以及大肠埃希菌、沙门菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌等致病菌验证方法特异性。结果用本研究建立的志贺菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测方法检测志贺菌,其Ct值与模板浓度的对数值具有很好的对应关系（Y=-3.93×log（X）＋37.34,R=0.999）,最低检测浓度为30cfu/ml,3株志贺菌标准株,30株志贺菌分离株检测结果均为阳性;而沙门菌、副溶血性弧菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌等91株其他细菌的Ct值均〉35或扩增曲线成一平滑直线。与常规分离鉴定方法比较差异无统计学意义（P〉0.05,χ^2=0.27）。对于纯菌和食品样品整个检测过程仅需2h和10h。结论志贺菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测技术具有特异性强,敏感性高,易操作等优点,有很好的应用前景和研究价值。     

空肠弯曲菌 TaqMan-MGB双重探针实时荧光定量 PCR快速检测

目的　开发一种特异、灵敏的TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 方法,用于空肠弯曲菌的快速定量检 测。方法　针对空肠弯曲菌鞭毛蛋白A 和马尿酸酶基因设计特异性引物和探针,建立一种新型TaqMan-MGB 双重探针 实时荧光定量PCR 检测空肠弯曲菌方法,对该方法的定量检测线性范围、特异度、灵敏度、重复性、稳定性进行评价, 应用该方法对临床标本中的空肠弯曲菌进行检测,同时用细菌培养、普通PCR、基因克隆和测序鉴定。结果　建立的 空肠弯曲菌TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 检测方法专属性强,能准确检出空肠弯曲菌,而与其他细菌无交 叉反应,特异度为100%。该技术灵敏度高,能精确定量检测空肠弯曲菌DNA 线性范围达10 个数量级,最低检测限为 4 个菌落形成单位。重复性和稳定性良好,组内和组间相对标准偏差均小于1%。应用该方法成功从78 例临床标本中定 量检出28 例空肠弯曲菌阳性标本,用普通PCR 和基因克隆测序分析确认,细菌培养方法仅获得6 株存活的空肠弯曲菌。 结论　TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 具有快速简便、可靠稳定、特异灵敏的优点,可用于临床标本中空肠 弯曲菌定量检测,值得推广应用。     

嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用研究

目的 建立嗜肺巴斯德菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法.方法 针对嗜肺巴斯德菌16SrRNA基因设计特异性引物和探针,建立嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异度、敏感度和稳定性.对2008～2011年采集的1 680份样本进行检测.结果 嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法具有高度特异性,对多杀巴斯德菌、产气巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌均无交叉反应,检测灵敏度达22拷贝.标准曲线显示备浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.488,PCR效率为100％.荧光定量PCR检测1 680份样本,检出137份嗜肺巴斯德菌阳性.该方法可直接从样本中特异性地检出嗜肺巴斯德菌.结论 TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、稳定的特性,适用于嗜肺巴斯德菌的快速检测.     

实时荧光定量PCR快速检测百日咳鲍特菌方法学建立及评价

目的 建立实时荧光定量PCR检测百日咳鲍特菌的方法。 方法 以百日咳鲍特菌的重复插入序列IS481为目的基因,设计探针和引物, 以克隆的IS481基因片段为DNA模板,在荧光定量PCR仪上建立实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,并进行灵敏度、重复性、特异性实验。 结果 建立的定量标准曲线阈值循环数（Ct）与模板拷贝数呈良好线性关系(r=0.998);最低检测浓度为10^{2 copies/μl;批内及批间变异系数均小于4%;对临床其他常见呼吸道病原体不出现特异性扩增曲线。 结论 实时荧光定量PCR法检测IS481基因可用于百日咳鲍特菌的快速检测,具有较好的灵敏度、特异性及重复性。}     

荧光探针杂交-聚合酶链反应检测沙门菌的研究及应用

目的建立一种快速检测沙门菌的荧光探针杂交-聚合酶链反应(PCR)方法.方法利用Taq DNA聚合酶的5'-3'核酸外切酶活性降解特异性杂交于模板上的荧光标记探针,导致荧光强度的改变,通过检测荧光强度分析PCR扩增产物.结果选用13株常见致病性沙门菌和7株非沙门菌进行特异性分析,所有沙门菌的荧光△RQ值介于3～8之间,而所有非沙门菌的荧光△RQ值均小于1;在敏感性分析中,采用菌落CFU计数法,最低限度可检测到每PCR扩增体系中含2.25 CFU的沙门菌;与传统细菌培养鉴定方法对照,对40份各种标本进行沙门菌的检测,结果该方法的特异性为100%,敏感性为93.1%,两种方法的符合率为95%.结论用荧光探针杂交-PCR检测沙门菌,是一种快速、敏感的方法.     

基于双启动寡聚核苷酸引物的沙门菌、志贺菌、弯曲杆菌、耶尔森菌多重实时荧光PCR方法的建立

目的建立多重实时荧光PCR同时检测沙门菌、志贺菌、弯曲杆菌、耶尔森菌的方法。方法通过设计针对沙门菌、志贺菌、弯曲杆菌和耶尔森菌的双寡聚核苷酸引物,来建立这4种病原体的多重PCR检测体系。结果建立的多重PCR体系可同时特异性扩增4种病原体的DNA片段。沙门菌和弯曲杆菌的特异性和敏感度都是100.0%,志贺菌和耶尔森菌的敏感度是100.0%,特异性分别是99.3%和98.6%。最低检测限均为103 copies/mL。结论该体系可快速、有效、准确检测出样品中4种病原体的存在,可用于肠胃道相关病原体感染的辅助评价。     

TaqMan实时荧光定量PCR检测艰难梭菌

目的 建立特异敏感的实时荧光定量PCR方法,用于艰难梭菌的快速检测;评价基于纯培养艰难梭菌和粪便中艰难梭菌的2种标准曲线;并应用该荧光定量PCR法对急性艰难梭菌感染（CDI）的小鼠进行粪便含菌量检测评价。方法 针对艰难梭菌基因组中16S rRNA序列设计特异性引物和探针,建立一套快速检测艰难梭菌含量的实时荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、灵敏性;绘制艰难梭菌纯菌浓度梯度稀释标准曲线和粪便中同浓度梯度艰难梭菌的标准曲线,比较两者的差异;用艰难梭菌高毒株NAP1/027感染用抗生素处理的C57BL/6小鼠,建立CDI小鼠模型,同时应用该荧光定量PCR和活菌培养法定量检测小鼠粪便中的艰难梭菌含量变化。结果 建立的TaqMan实时荧光定量PCR具有较高的灵敏性和特异性,生成标准曲线的相关系数为0.999 8,斜率为-3.400 4;用纯培养艰难梭菌和粪便中艰难梭菌分别制备标准曲线,结果表明2种标准曲线定量检测结果差异无统计学意义。建立CDI小鼠模型,应用该荧光PCR能有效、准确的检测出粪便中艰难梭菌的含量,可替代费时费力的活菌培养计数法。结论 用纯培养艰难梭菌来制备标准曲线不影响对含菌粪便标本的准确定量检测,荧光定量PCR能准确快捷地检测CDI小鼠粪便中的艰难梭菌含量,比活菌计数更快速和方便,可用于艰难梭菌感染小鼠模型中小鼠肠道内艰难梭菌定植的定量检测。     

荧光探针杂交—聚合酶链反应检测沙门菌的研究及应用

目的：建立一种快速检测沙门菌的荧光探针杂交－聚合酶链反应（PCR）方法，方法：利用Taq DNA聚合酶的5‘-3‘核酸外切酶活性降解特异性杂交于模板上的荧光标记探针，导致荧光强度的改变，通过检测荧光强度分析PCR扩增产物。结果：选用13株常见致病性沙门菌和7株非沙门菌进行特异性分析，所有沙门菌的荧光ΔRQ值介于3－8之间，而所有非沙门菌的荧光ΔRQ值均小于1，在敏感性分析中,采用菌落CFU计数法，最低限度可检测到每PCR扩增体系中含2．25CFU的沙门菌，与传统细菌培养鉴定方法对照，对40份各种标本进行沙门菌的检测，结果该方法的特异性为100％，敏感性为93．1％，两种方法的符合率为95％，结论：用荧光探针杂交PCR检测沙门菌，是一种快速，敏感的方法。     

实时荧光定量PCR检测志贺氏菌方法的实验研究

目的 建立志贺氏菌实时荧光定量PCR快速方法,探讨在志贺氏菌感染检测和食源性污染监测中的应用价值.方法 根据志贺氏菌ipaH基因设计引物和探针,建立实时荧光定量PCR检测志贺氏菌的诊断方法;通过特异度、敏感度、稳定性和重复性,以验证方法的可行性.结果 成功构建了志贺氏菌重组质粒标准品,为方法学建立奠定基础;通过特异度、敏感度、稳定性和重复性验证,结果表明具有较好的特异度,最低检测限为103 copies/ml,相当于100cfu/ml的菌细胞,并具有良好的稳定性和重复性.结论 利用实时荧光定量PCR方法检测志贺氏菌,可直接用于临床粪便中沙门氏菌的快速检测,也可用于分离菌株的鉴定,以及食品、乳品等的检测,对志贺氏菌感染诊断,提高食(乳)品安全的卫生监督检测具有重要的意义.     

肺炎链球菌TaqMan实时荧光定量PCR的建立及临床应用

目的：建立TaqMan实时荧光定量PCR检测肺炎链球菌的方法,应用于临床儿童社区获得性肺炎（CAP）标本的快速筛查。方法根据 GenBank公布的肺炎链球菌自溶酶基因（lytA）设计引物和探针,建立实时荧光定量 PCR,并对体系进行优化;同时以痰培养法做双盲对照,应用于1504份 CAP患儿标本检测。结果 TaqMan实时荧光定量 PCR菌液的最低检出限可达18.75 cfu/PCR,无交叉反应,特异度好;对1504份儿童CAP标本检测,141份肺炎链球菌实时荧光定量PCR阳性,其中140份肺炎链球菌痰培养阳性,该方法灵敏度为100％,特异度为99.93％。从样品处理到结果报告仅需2.5 h。结论 TaqMan实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强,可用于儿童CAP中肺炎链球菌的初筛和指导抗生素的的合理使用。     

实时荧光定量PCR快速检测脑膜炎奈瑟菌的临床价值

目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)快速检测流行性脑脊髓膜炎(简称流脑)病原菌脑膜炎奈瑟菌(Nm)的临床价值。方法收集70例疑似流脑病例的双份脑脊液标本,1份采用细菌培养法进行检测,另1份采用实时荧光定量PCR进行检测,比较2种方法的检出阳性率以及敏感性和特异性。结果采用细菌培养法检出Nm阳性49例,阳性率为70.00%;实时荧光定量PCR检出Nm阳性67例,阳性率为95.71%,二者阳性率比较差异有统计学意义(P0.05)。实时荧光定量PCR检测结果与细菌培养法阳性符合率为70.00%,其中有18例细菌培养法为阴性而实时荧光定量PCR为阳性。实时荧光定量PCR检测Nm的特异性为100%,无假阴性结果,阳性预测值为73.13%,阴性预测值为0.00%,检测下限为103拷贝/m L,线性范围为2×103~2×107拷贝/m L。结论实时荧光定量PCR检测Nm敏感性高、特异性强,且快速简便,为流脑流行病学调查提供了一种快速、简便的病原学诊断手段。     

实时荧光定量PCR检测人粪便中空肠弯曲杆菌方法的建立与评价

目的：建立一种快速检测人粪便样本中空肠弯曲杆菌的实时荧光定量 PCR方法。方法根据空肠弯曲杆菌保守序列设计特异引物,建立空肠弯曲杆菌的实时荧光定量 PCR检测法。对该方法的线性范围、抗干扰能力进行考察。同时采用培养法和实时荧光定量 PCR法对150例粪便样本进行检测,以培养法检测结果作为参照标准,对实时荧光定量 PCR方法的灵敏度、特异度、准确度和重复性进行考察。采用 Kappa检验对两种检测方法的结果进行统计学分析。结果建立的实时荧光定量PCR方法标准曲线线性关系良好Y＝-3.51 Log（X）＋37.09,相关系数为0.996,理论检测下限为102 CFU/ml。抗干扰能力强,仅空肠弯曲杆菌出现特异性扩增曲线。与培养法相比,其灵敏度、特异度、准确度分别为92.4％,95.8％和94％;检测结果重复性良好（CV％＜5％）。统计学分析显示两种方法检测结果具有一致性,且一致性强度为极强（Kappa＝0.88,P＜0.05）。结论实时荧光定量PCR法能准确快速检测粪便样品中的空肠弯曲杆菌。     

实时荧光PCR技术检测登革病毒的研究

目的：建立登革病毒的荧光定量PCR检测技术。方法：针对1-4型登革病毒3′端非编码区的一段高度保守序列设计引物和探针,建立登革病毒实时荧光PCR检测方法及定量的检测方法。并对10例ELISA法检测为登革病毒阳性的病例,取其发热1-2天的临床血清标本进行荧光定量PCR检测。结果：实时荧光PCR检测1-4型登革病毒均为阳性,该探针和引物是登革病毒检测的通用探针和引物。实时荧光PCR检测10份临床血清,6份为阳性,阳性率为60%。结论：实时PCR方法是一个快速、特异性强、敏感性高的检测登革病毒的方法,适用于登革热的临床早期诊断,具有很好的社会效益和经济效益。     

霍乱弧菌的PCR方法检测及耐药性分析

目的建立PCR检测霍乱弧菌的快速方法,应用于水源、海产品霍乱弧菌快速检测;了解霍乱弧菌的耐药性。方法根据霍乱弧菌的肠毒素基因A亚单位(ctxA)的保守序列,设计引物,以副溶血弧菌和沙门菌为对照,建立PCR检测霍乱弧菌的快速方法,用于霍乱弧菌的快速检测;应用美国德灵公司生产的Walkway40微生物鉴定和药敏分析系统对70株霍乱弧菌进行耐药性检测。结果70株霍乱弧菌出现特异性荧光,其他菌不出现荧光,灵敏度高、特异性强,可在8h内作出诊断。霍乱弧菌对大部分抗生素敏感,对复方新诺明耐药率较高。结论PCR检测霍乱弧菌灵敏度高特异性强可用于水源、海产品霍乱弧菌快速检测;霍乱弧菌对大部分抗生素敏感。     

利用实时荧光定量聚合酶链式反应快速检测人及动物粪便中的沙门菌

目的为了快速检测、鉴定沙门菌属细菌,提高食源性疾病暴发应对能力,本研究建立了针对沙门菌属的实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测方法,并对其特异性、敏感性和检测下限进行评价。方法筛选针对沙门菌的属特异基因,并建立该基因的qPCR检测体系,利用肠道不同种属细菌、不同亚种及血清型沙门菌属细菌、动物及人粪便样本评价该体系的特异度、灵敏度及检测下限。结果获得沙门菌的属特异基因ttrA,建立基于该基因的qPCR检测方法。发现该方法对纯DNA的最低检测下限为2拷贝/反应。对沙门菌属以外的肠道致病菌无扩增,对1 100株不同亚种及血清型的沙门菌的扩增结果均为阳性,对150份沙门菌致腹泻患者的粪便增菌液和210份动物带菌粪便增菌液均检测阳性。结论本研究建立的基于单一基因的沙门菌属快速分子检测方法具有特异度高、灵敏度高的特点,可用于快速筛查、鉴定沙门菌及由其引起的感染性腹泻。     

利用实时荧光定量-聚合酶链反应方法检测粪便标本中的伤寒沙门菌

目的 建立针对粪便标本中伤寒沙门菌的检测方法,评价该方法的特异性、敏感性及检测下限,以提高感染人群粪便标本中伤寒沙门菌的检出率。 方法 根据伤寒沙门菌特异基因STY1633设计特异性引物,优化反应条件,建立实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qPCR)反应体系。利用92株常见的非伤寒病原菌及44株伤寒沙门菌的染色体DNA评价该方法的特异性和灵敏性,并对伤寒沙门菌的粪便模拟标本进行检测下限评价,同时利用10份伤寒患者粪便标本及48份其他病原所致发热和/或伴腹泻的患者粪便标本进行特异性、敏感性验证。 结果 利用本方法检测的伤寒沙门菌纯菌及伤寒患者标本均扩增阳性,其余的非伤寒沙门菌、致腹泻的其他5种肠道致病菌及引起发热症状的8种常见非肠道病原菌纯菌及相应患者标本均扩增阴性。在对纯伤寒沙门菌DNA检测中,qPCR法的最低检测限为500 fg/反应,相当于97个拷贝/反应。以粪便模拟样品提取DNA为模板的检测中,增菌前检测下限达104 cfu/g,增菌后可达50 cfu/g。 结论 基于STY1633基因的实时荧光定量PCR方法在检测粪便中的伤寒沙门菌中具有很好的特异性、灵敏度,为伤寒沙门菌的快速诊断及某些不明原因发热及腹泻症状的病原初步鉴定提供了新的简便型手段,对于伤寒的早期诊断及预防控制提供了技术支持。