基于ITS2条形码鉴定粤产竹根薯及其易混淆品

目的 采用DNA条形码分子鉴定技术鉴定粤产竹根薯（又名竹芋）Marantak arundinacea L.与及其易混淆品（包括飞羽竹芋、苹果竹芋和双线竹芋）,以确保竹根薯药材质量。方法 收集药材样品,对其ITS2序列进行PCR扩增并正向测序,所得序列用Codon Code Aligner软件校对拼接后,利用MEGA 6.05对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法（NJ）构建系统聚类树。结果 竹根薯种内遗传距离明显小于它与其同属的种间遗传距离,基于ITS2序列建立了NJ树,能准确将竹根薯与其混淆品区分。结论 基于ITS2序列可以科学准确地对竹根薯及其易混淆品进行鉴定,为竹根薯的生药鉴别提供新的科学依据。     

基于高通量测序技术的9种铁线莲属药材混合粉末分子鉴定

目的 建立基于高通量测序技术的9种铁线莲属混合粉末分子鉴定方法。方法 采用高通量测序技术,对9种铁线莲属药材混合粉末样品中的总DNA经提取,对ITS2片段进行PCR扩增,利用IlluminaMiSeq平台对DNA片段进行双端测序,最后采用 FLASH、QIIME、GraPhlAn及 MEGA 7.0 软件对序列进行整理并聚类分析,鉴定混合粉末中的物种。结果 混合粉末样品中得到高质量的ITS2序列共496条,铁线莲属物种含有序列72条,比对出棉团铁线莲、女萎铁线莲、短尾铁线莲、灌木铁线莲、单叶铁线莲、黄花铁线莲、粗齿铁线莲等7个物种,未能比对出东北铁线莲和芹叶铁线莲。结论 以ITS2 作为条形码,采用高通量测序技术,可以鉴定出铁线莲属药材混合样品中的 7个物种,为混合药材的鉴定提供依据。     

基于高通量测序的营养不良儿童肠道菌群多样性研究

目的 使用高通量测序模式和方法 ,对比分析营养不良儿童和正常儿童中肠道菌群物种存在的多样性和实际组成特点存在的差异。方法 选取20例营养不良患儿作为A组,选择20例身体正常的儿童作为B组,采集分析粪便样本,提取细菌中的核糖体DNA(RDNA),通过两组聚合酶链式反应(PCR)模式和方法 ,增加V4～V5区域实现高通量的测序设计,并进行生物信息学的分析研究;构建相应的稀释曲线,使用MOTHUR软件实现APLHA的多样化的计算分析,通过R语言实现热图(HEAT MAP)分析研究,实现典型关联分析(CCA),之后分别在样本的门和属两个列表中实现数据的整合和归纳,进行统计分析。结果 两组年龄、性别、分娩方式等一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组生物多样性比较差异无统计学意义(P>0.05)。两组样本中共发现微生物154种。A组肠道菌群的操作性分类单元(OTU)为320, B组大肠产甲烷菌群的OTU为348,以及其共同OTU为290,两组肠细菌群门的细菌中共检出14个。为更好地展现检测结果 ,本研究依托柱状图优...     

高通量DNA测序技术在抗体新药研发中的应用

自2005年首次报道了一种基于微乳液PCR技术的高通量DNA测序技术 (high-throughput DNA sequencing technology) 以来, 高通量DNA测序平台已经发展为基因组和各种基因文库序列检测的强大工具。大容量的抗体基因库是目前获得抗体新药的基础, 高通量DNA测序技术为从海量的抗体基因库中快速发现功能抗体分子提供了可能。本文就近几年高通量DNA测序技术在抗体基因库的多样性分析, 抗体CDR3区的高通量测序、频率分析、功能基因发现及各种展示技术与高通量DNA测序技术的对接应用等方面进行了综述, 以期为抗体新药的研发提供一条新的技术路线。     

基于高通量测序技术分析太岁样品中微生物菌群结构

目的 明确太岁样品中的微生物菌群结构.方法 采用高通量测序技术对太岁的细菌和真菌菌群结构进行分析.结果 同一来源的三个太岁样品共得到1178个细菌OTUs和523个真菌OTUs,涉及38个门93纲176目347科578属.太岁样品中的最优势细菌门为Proteobac-teria(42.30％～44.80％),最优势真菌...     

基于高通量测序技术探究白鲜碱对红色毛癣菌体外抑菌作用

目的 研究白鲜碱对皮肤浅部真菌红色毛癣菌的体外抑菌作用。方法 采用液基稀释法测定白鲜碱对红色毛癣菌的最低抑菌浓度（MIC）;采用高通量测序技术对白鲜碱（25.0、12.5 μg/mL）作用的红色毛癣菌进行转录组测序,对测序序列进行处理和生物学信息分析,进行差异表达基因、基因本体论（GO）功能显著性和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析等。结果 液基稀释法结果表明,白鲜碱对红色毛癣菌的MIC为50 μg/mL。高通量测序结果显示,对照组与白鲜碱 25.0 μg/mL组比较,差异基因总数为890个;其中上调表达384个,下调表达542个。白鲜碱作用后红色毛癣菌的差异基因主要表现于细胞膜结构、膜固有成分、氧化还原酶活性、对药物的反应和细胞色素复合体等。白鲜碱作用后红色毛癣菌在代谢途径、MAPK信号通路、ABC转运蛋白合成、色氨酸代谢等富集通路相关基因均有显著性改变（P<0.05）。结论 白鲜碱对红色毛癣菌的抑菌机制可能与抑制细胞膜结构的完整性、影响红色毛癣菌的能量代谢、降低耐药性等途径有关。     

基于DNA宏条形码技术的中药材苦杏仁表面真菌多样性研究

苦杏仁为药食两用品种,因其富含油脂等营养物质而易受到真菌污染.本研究基于DNA宏条形码技术对苦杏仁中污染真菌的多样性进行分析,为其安全使用提供参考依据.收集来自4个药材市场和3种炮制规格的苦杏仁样品共12批,提取真菌DNA并扩增ITS2序列,基于Illumina MiSeq PE300平台进行高通量测序.结果 表明子囊...     

高通量测序技术分析化疗对食管癌患者肠道菌群的影响及其与化疗效果的关系

目的 探讨化疗对食管癌患者肠道菌群的影响及其与化疗效果的关系。方法 选取2021年11月至2022年3月河南省南阳市中心医院收治的食管癌患者12例。收集其化疗前及化疗2个周期后的粪便样本,采用16S rRNA高通量测序技术分析粪便样本中的微生物多样性和组成差异,以及不同化疗效果组之间的菌群差异。结果 在门水平上,化疗前后食管癌的肠道菌群均主要由厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门组成,占总群落的96.0%以上。化疗后粪便样本中表征肠道菌群丰富度的Chao1指数和Observed-species指数以及表征肠道菌群多样性的Shannon指数和Simpson指数均明显高于化疗前样本[(1 916±1 260)比(1 005±302)、(1 672±1 073)比(869±279)、(7.0±1.3)比(5.9±0.7)、(0.96±0.03)比(0.93±0.06)],差异均有统计学意义(均P<0.05)。Beta多样性分析结果显示化疗后与化疗前的粪便样本中的菌群结构差异有统计学意义,组间差异大于组内差异(R=0.089,P=0.049)。线性判别分析效应大小分析显示,肠道菌群厚壁...     

基于454FLX高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究

 叶绿体基因组序列在中药DNA条形码鉴定及基因工程生物制药方面具有广泛的应用前景。本文应用454高通量测序技术对厚朴进行了叶绿体全基因组测序, 建立了标准测序流程。生物信息学分析共获得有效序列重叠群 (contig) 14个, 测序覆盖度达到99.99%。厚朴叶绿体基因组大小为160 183 bp, 大 (LSC)、小 (SSC) 单拷贝区大小分别为88 210 bp和18 843 bp, 反向互补重复区 (IR) 大小为26 565 bp, 共注释叶绿体基因126个, 其中每个IR区17个。厚朴与木兰亚纲其他物种的叶绿体编码基因在种类、排列顺序及结构大小上基本一致。采用叶绿体81个蛋白编码基因对厚朴及同属5个种9个样本进行了分子鉴定, 鉴定效率100%, 并且可以成功区分不同产地的凹叶厚朴。以上结果表明, 本研究建立的标准测序流程适用于叶绿体基因组测序, 叶绿体基因组序列可有效区分厚朴及近缘物种。     

宏基因组测序技术检测胎菊饮片表面微生物污染方法研究

目的 建立基于宏基因组测序技术检测胎菊表面微生物含量的方法,检测市售中药饮片胎菊微生物污染情况,探索微生物污染途径和来源。方法 利用宏基因组测序比较市售胎菊样品培养组与非培养组之间的表面微生物检出差异,并运用宏基因组测序技术检测2款胎菊商品的表面微生物含量。检测杭州原种场和桐乡新鲜胎菊样品的表面微生物种类,并比较新鲜样品与商品表面微生物种类及相对含量差异。结果 相较于培养组,宏基因组测序技术可以从非培养组中检出更多真菌和古菌。2款胎菊商品表面均检出条件致病菌,饮片表面的微生物与同产地新鲜胎菊样品表面微生物组成相近,表明污染可能来自于种植环境。结论 市售胎菊商品中存在微生物污染情况,宏基因组测序方法可以有效检测胎菊饮片表面微生物,可作为中药饮片微生物污染监测、中药饮片污染微生物数据库构建的有力工具,进而为提高中药饮片的用药安全奠定技术基础。     

西洋参田七胶囊对小鼠的抗疲劳作用研究

目的研究西洋参田七胶囊的抗疲劳功效。方法经口灌胃给予小鼠不同剂量的西洋参田七胶囊30d后,进行负重游泳试验、并测定小鼠的肝糖原、运动时产生的血乳酸、血清尿素氮。结果西洋参田七胶囊能延长小鼠负重游泳时间;使小鼠糖原含量增加：使小鼠运动时产生的血清尿素氮的含量减少、血乳酸曲线下面积减少。结论西洋参田七胶囊具有缓解体力疲劳作用。     

玉簪花的色谱鉴别和含量测定研究

目的:建立玉簪花的鉴别方法及其山柰素含量的测定方法。方法:鉴别采用薄层色谱法;含量测定采用高效液相色谱法,应用Diamonsil C18(4.6 mm×250 mm,5μm)色谱柱,以甲醇-0.4%磷酸溶液(60∶40)为流动相,流量为1 mL.min-1,检测波长为360 nm,柱温为30℃。结果:薄层色谱分离好,斑点清晰,阴性对照无干扰;山柰素在0.05～0.30μg范围内具有良好的线性关系,r=0.999 9,平均回收率为100.26%、RSD为1.69%(n=9)。结论:该方法灵敏、准确、专属性强,重现性好,可用于玉簪花的质量控制。     

基于液相色谱-串联质谱法研究男宝胶囊中人参投料掺伪

目的：采用液质联用法测定男宝胶囊中拟人参皂苷F11和人参皂苷Rf的含量,其中拟人参皂苷F11是西洋参的特征成分,人参皂苷Rf是人参的特征成分,探究该制剂人参投料的概况,建立人参掺伪检测方法。方法：采用高效液相串联三重四级杆质谱仪,色谱柱为Agilent Poroshell 120 SB C18（2.1 mm × 100 mm,2.7 μm）,以乙腈-水为流动相,梯度洗脱,流速0.35 mL·min-1,柱温40℃,进样量5 μL,利用电喷雾离子源（ESI）、负离子采集模式、多反应检测模式（MRM）进行含量测定。通过模拟掺伪制备不同比例的西洋参阳性样品,从而制定合理的检测限度。结果：拟人参皂苷 F11和人参皂苷Rf在线性范围内关系均良好（r ≥ 0.998 9）,平均回收率分别为90.35%（RSD 2.34%）和94.96%（RSD 3.50%）,检测限分别为0.035 μg·g-1和0.028 μg·g-1。72批次男宝胶囊样品有1批次未检出拟人参皂苷F11,其余71批次含量范围为0.072 ~ 43.260 μg·g-1,人参皂苷Rf 5批次未检出,67批次含量范围为1.070 ~ 34.788 μg·g-1。22批次样品拟人参皂苷F11含量大于拟定限度8.3 μg·g-1。结论：建立的检测方法简便、准确,可有效鉴别男宝胶囊中西洋参掺人参投料的问题,为此药的质量控制和市场监管提供参考。     

桂北金槐槐米中芦丁微波提取的工艺研究

目的研究微波辅助提取桂北金槐槐米中芦丁的工艺条件。方法采用乙醇为溶剂,以芦丁粗品的提取率为指标,考察微波功率、料液比、乙醇浓度、提取时间和静置时间对芦丁提取率的影响。结果微波辅助提取槐米中芦丁的最佳工艺条件为：微波功率为380 W,料液比为1∶20,乙醇浓度为55%,提取9 min,再静置8 h后芦丁提取率最高,达30.83%。结论应用微波辅助提取槐米中芦丁的提取时间短,提取率高,具有较好的发展前景。     

山银花、金银花中掺伪钾盐检验方法的研究

目的建立测定银花类药材中掺伪钾盐的补充检验方法。方法火焰类型为空气／乙炔,采用钾空心阴极灯,钾检测波长为766．5nm,乙炔气流量为1．7L／min,空气流量为13．5—15．0L／min,狭缝2．0nm。结果钾离子质量浓度在0．2632～2．632μg／mL范围内与吸光度具有良好的线性关系（r=0．99902）,平均回收率为98．48％,RSD为1．44％（n=6）。结论所用方法简单、快速、准确、重现性好,适用于测定山银花、金银花中钾盐的含量。     

DNA条形码鉴定洋金花及其伪品

为建立有毒中药洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法,采用国际通用的条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL对洋金花原植物白花曼陀罗及其伪品毛曼陀罗、曼陀罗和木本曼陀罗4个种共计20份材料进行了比较研究。PCR及测序成功率分别为ITS2(100%)、matK(100%)、psbA-trnH(90%)、rbcL(85%)。采用CodonCode Aligner进行序列拼接,采用MEGA 4.1计算白花曼陀罗及其伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树。结果显示ITS2序列共有30个单核苷酸多态性(SNPs)位点、psbA-trnH序列有33个单碱基的插入和缺失I。TS2和psbA-trnH序列种间遗传距离大于种内,matK和rbcL种内和种间没有明显Barcoding Gap。4个条形码序列及其组合获得的分子系统树(ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL、matK+rbcL)均分成了两大支,木本曼陀罗单聚为一支,该分子证据支持将Brugmansia提升为属水平。实验结果表明ITS2及psbA-trnH序列可以作为洋金花及其伪品鉴定用的条形码序列。     

市售金银花及其混伪品的微性状鉴别

目的 对市场上销售的金银花药材的真伪及掺杂情况进行微性状鉴别分析.方法采用中药微性状鉴定法对市场上销售的金银花进行真假混伪鉴别.结果 微性状鉴别法可以准确的鉴别出金银花的真假及掺伪情况.结论 通过微性状鉴别法,可以清楚地看出金银花各部位的微性状特征,为金银花的质量评价和金银花与山银花的区分提供直接依据.     

葛花提取工艺研究

目的：优选葛花的最佳提取工艺。方法：提取工艺研究采用正交试验法,筛选出葛花药材的最佳提Jgx-艺。采用HPLC法测定葛花有效成分鸢尾苷的含量。色谱条件：色谱柱：DiamosilC18（2）（150mm×4．6mm,5μm）;柱温：室温;流动相：乙腈-水（20：80）;波长：265nln;流速：1．0ml·min^-1;柱温：室温。结果：葛花的最佳提取工艺为药材加入40％乙醇溶液提取2次,第1次14倍量提取1．5h,第2次12倍量提取1．0h。鸢尾苷浓度在1．1～30μg·ml^-1。之间与峰面积线性关系良好,r=0．9999;鸢尾苷平均回收率为100．3％,RSD=2．0％。结论：本试验方法简单,专属性强,重复性好。     

市售覆盆子药材DNA条形码鉴定研究

目的基于ITS2条形码序列检测市场销售覆盆子药材,为保证覆盆子药材使用的正确性和安全性提供一种新的鉴定手段。方法获取掌叶覆盆子及其5种常见同属易混种ITS2序列,以及GenBank上下载的共计48条序列。使用Gene Tool软件分析ITS2序列长度,GC含量和变异位点等情况,利用Clustal X和MEGA 7.0软件计算遗传距离和构建邻接系统发育聚类树。同时随机检测24份市售覆盆子药材,利用中药材DNA条形码鉴定系统和构建邻接系统发育聚类树确定物种,鉴别真伪。结果掌叶覆盆子基原植物可与其同属易混种进行明显区分;市售药材中正品22份,伪品1份,混合物1份。结论基于ITS2序列的DNA条形码技术能够成功鉴定市场销售的掌叶覆盆子及其混伪品。