基于网络药理学和分子对接方法探究铁皮石斛治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接技术对铁皮石斛治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用机制进行探讨.方法 基于CNKI和PubMed数据库筛选出铁皮石斛的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库对活性成分靶点进行预测,运用Cytoscape软件构建"有效成分–靶点"网络.通过GeneCards和OMIM...     

基于网络药理学和分子对接技术分析二味杜仲汤治疗绝经后骨质疏松的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术分析二味杜仲汤治疗绝经后骨质疏松的作用机制。方法 通过检索文献获取二味杜仲汤包含的活性成分,并通过Swiss Target Prediction平台预测二味杜仲汤各成分作用的靶点;使用Drugbank、Genecards、OMIM、DisGeNET数据库检索绝经后骨质疏松相关靶点,将药物作用的靶点与疾病靶点进行映射得到交集基因,使用STRING数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络获取网络中核心靶点,通过Metascape平台进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,使用Cytoscape3.8.2构建“药物成分–靶点–通路”网络筛选核心成分,利用Vina软件对核心靶点和核心成分进行分子对接。结果 共筛选到25种有效成分,主要为牛蒿素（vulgarin）、伞形花内酯（7-hydroxycoumarin）、阿魏酸（ferulic acid）、异绿原酸（isochlorogenic acid C）、哈巴俄苷（harpagoside）等;药物与疾病共有278个靶点,核心靶点有白蛋白（ALB）、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、丝氨酸/苏...     

基于网络药理学探讨土茯苓防治炎症性肠病的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓防治炎症性肠病（IBD）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获得土茯苓的活性成分;在TTD、OMIM、Gene Cards数据库中去重、合并多平台的IBD靶点信息;获得活性成分和疾病靶点的交集并构建蛋白互作网络图（PPI）、“药物–成分–靶点–疾病”互作网络图;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析,获得相关生物学过程信息及疾病作用通路;利用Cytoscape获得核心靶点并使用Auto Dock Tools 1.5.7对其进行分子对接。结果 共获得15个活性成分、190个药效成分靶点、2 171个疾病靶点,整理得到137个交集靶点,通过界值筛选得到28个核心靶点,其中5个为关键核心靶点,主要涉及P53核内磷酸化蛋白（TP53）、白细胞介素-6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等,并推测磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路是主要作用通路。分子对接结果显示关键核心靶点与土茯苓相关活性成分具有关键的结...     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

基于网络药理学研究蒙药复方三子汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学研究蒙药复方三子汤治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三子汤组方中药物的活性成分,通过UniProt数据库进行靶点预测;通过人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获取RA疾病的相关靶点;绘制韦恩图并获取三子汤活性成分与RA的共同靶点;基于String数据库构建药物疾病共同靶点的蛋白相互作用（PPI）网络;采用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,应用网络分析仪（NetworkAnalyzer）工具进行拓扑分析筛选三子汤发挥治疗RA作用的重要活性成分及核心靶点;对相关靶点进行基因本体（GO）生物功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析研究三子汤治疗RA的作用机制。结果 从三子汤中共筛选出32个活性成分及201个相关靶点;得到三子汤治疗RA的靶点97个;通过网络拓扑分析得出三子汤发挥治疗RA作用的重要靶点基因主要有IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、IL-1β等,重要活性成分有槲皮素、山柰酚、鞣花酸、β-谷甾醇等;GO生...     

基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用机制

目的 运用网络药理学结合加权基因共表达网络分析（WGCNA）探究黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用机制。方法 利用中药系统药理数据分析平台（TCMSP）检索黄精主要活性成分，并采用Pharm Mapper平台挖掘黄精活性成分相关靶点。在GeneCards数据库中下载并整理了代谢性相关脂肪性肝病相关基因。通过GEO平台下载代谢性相关脂肪性肝病相关基因芯片GSE89632，使用R软件limma包进行差异分析，并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因。R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化。采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–共同靶点”网络的构建与分析。将交集靶点基因上传至String数据库，把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因。采用MOE软件进行分子对接。结果 共筛选出黄精活性成分12个，成分相关靶点327个；GeneCards数据库整理获得代谢性相关脂肪性肝病相关基因1 227个；WGCNA关联模块基因2 639个；最终获得黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病靶点基因18个。富集分析发现18个靶点基因通过调控胰岛素抵抗、脂质和动脉粥样硬化、代谢性相关脂肪性肝病等信号通络，参与细胞间信号传导、脂质代谢、氧化应激、炎症反应等生物过程。分子对接研究显示核心靶点与相关黄精活性成分结合稳定。结论 黄精具有治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用，且在治疗代谢性相关脂肪性肝病中具有多靶点、多成分、协同作用的特点。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮的免疫作用机制

目的 运用网络药理学联合加权基因共表达网络分析（WGCNA）探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库检索雷公藤的主要活性成分,并挖掘活性成分相关靶点,通过GEO平台下载SLE相关基因芯片GSE65391,使用R软件limma包进行差异分析,并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因。R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化。利用ADEx平台对交集靶点基因的表达情况进行Meta分析。采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–共同靶点”网络的构建与分析。将交集靶点基因上传至STRING数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因。表达量分析、PPI分析、诊断效能分析被用于展示核心靶点基因的作用与临床价值。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。利用R软件并通...     

基于网络药理学和分子对接探讨癫痫宁片治疗癫痫的潜在作用机制研究

目的 通过网络药理学和分子对接方法,筛选癫痫宁片治疗癫痫的主要活性成分和分子机制。方法 采用TCMSP、Herb数据库筛选癫痫宁片中的主要活性成分及靶点;GeneCard、OMIM、DisGent筛选癫痫的治疗靶点;使用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物活性成分–靶点”网络;将药物–交集基因上传至相互作用数据库String构建蛋白相互作用（PPI）网络。将药物–疾病交集基因上传至利用生物信息学开源软件Bioconductor,对其进行生物学过程的基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对关键靶点与成分进行分子对接验证。结果 共筛选到癫痫宁片有效成分70个,靶点308个,其中degree前9位的活性成分分别为毛钩藤碱、山柰酚、狼尾草麦角碱、β-谷甾醇;核心靶点共10个,分别为V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A（RELA）、转录因子AP-1（JUN）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、信号传导和转录激活蛋白3（STAT3）、肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、雌激素受体α（ESR1）、肿瘤坏死因子（TNF）、有丝分裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）。共筛选出5 195个GO条目,富集到259条与药物治疗癫痫相关的通路。分子对接结果显示,核心靶点与活性成分间结合良好。结论 基于网络药理学和分子对接方法对癫痫宁片治疗癫痫作用机制有了新的认识,阐明药物活性成分与癫痫的关系,为临床药物治疗提供了科学依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中筛选黄芩的主要生物活性成分及其作用靶点,在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb等数据库中获取与糖尿病相关的疾病靶点。构建糖尿病与黄芩的作用靶点韦恩图,获得两者之间的共有靶点。借助STRING数据库生成黄芩治疗糖尿病的蛋白互作网络（PPI）,导出核心靶点,并通过Cytoscape 3.9.1软件绘制“疾病–药物–有效成分–作用靶点”网络图。结合Bioconductor数据库和R 4.3.2软件,对黄芩与糖尿病的交集基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。为了进一步验证药物与靶点之间的相互作用关系,采用分子对接技术进行深入研究。结果 经过筛选,成功识别了36个黄芩主要活性成分,19 201个与疾病相关的靶点基因,96个药物靶点以及94个共有靶点,核心靶点主要涵盖蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）、JUN、环加氧酶2（PTGS2）和雌激素受体1（ESR1）等关键蛋白。GO富集结果显示有1 368个生物过程、165个分子功能、29个细胞组成。KEGG富集分析得到150条通路。分子对接结果显示,黄芩主要活性成分为汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇,与疾病核心靶点Akt1、IL-6、JUN对接情况良好。结论 黄芩可能通过主要活性成分汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇调节Akt1、IL-6、JUN等靶点治疗糖尿病,初步阐明了黄芩治疗糖尿病可能的作用机制,为糖尿病的临床治疗及预防提供理论依据。     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体α(ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3B)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中...     

铁皮石斛多糖的闪式提取工艺及质量评价

目的 建立铁皮石斛多糖的闪式提取工艺及质量标准。方法 采用闪式提取器常温快速提取铁皮石斛粗多糖,正交试验优化液料比、提取次数、提取温度等参数。对24批不同产地、不同品种石斛的多糖糖含量及单糖组成进行聚类分析,拟定铁皮石斛多糖质量标准。结果 铁皮石斛多糖闪式提取最佳工艺条件为：液料比30 mL·g^-1,浸泡30 min后,常温提取3次,每次提取2 min。采用优化工艺制备的铁皮石斛多糖的糖含量为70.68%~99.82%,单糖组成中甘露糖与葡萄糖比例为3.75~25.60,可与水草石斛、金钗石斛多糖明确区分。结论 闪式提取铁皮石斛多糖工艺高效、稳定,所制备的粗多糖糖含量不低于70%,甘露糖与葡萄糖的含量比值不低于3.5。     

基于网络药理学研究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制

目的 探究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制。方法 选取当归芍药散中的当归、白芍、白术、川芎、茯苓、泽泻为研究对象,应用TCMSP数据库对6味中药主要化学成分进行筛选;使用TCMSP数据库,对筛选出的化合物及阿尔茨海默病进行靶点预测,选取当归芍药散与阿茨海默病一致的6个靶点蛋白作为后续研究对象,通过生物分子功能注释系统（MAS 3.0）及KEGG通路数据库进行通路注解及分析,得到当归芍药散治疗阿茨海默病的相关靶点通路预测图及相关信号通路。结果 从当归芍药散中筛选出35个化合物,可作用于阿尔茨海默病6个潜在的蛋白靶点,找出靶点的相关通路22条。作用通路涉及阿尔茨海默病发病机制相关的钙信号途径、炎症、免疫调节、细胞与细胞之间的信号交流、肌动蛋白细胞骨架的调节等各个环节,6味中药既有共同的成分及作用靶点、通路,又各有偏重,各通路间通过共有靶点连接,显示出不同成分间的多靶点、多途径的协同作用。结论 预测出当归芍药散治疗阿尔茨海默病可能与其调节炎症、免疫系统、钙信号、细胞与细胞之间的信号交流等机制有关。     

基于UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS技术的酸枣仁化学成分分析及其抗阿尔茨海默病机制的网络药理学研究

目的 通过超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS）分析酸枣仁中的化学成分,依据解析的化学成分及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、本草组鉴数据库（HERB）获取的酸枣仁主要成分结合网络药理学和分子对接技术初步预测其抗阿尔茨海默病（AD）的药效物质基础,筛选出潜在功效成分,预测作用机制。方法 采用UPLC-Q-Exactive Focus-MS/MS对酸枣仁进行化学成分分析,分别在正、负离子模式下扫描,结合对照品、文献中的碎片离子信息、保留时间进行匹配,确认化学成分。利用TCMSP、HERB数据库获取酸枣仁的主要成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM数据库获得AD相关疾病靶点;将酸枣仁主要成分对应靶点与AD靶点取交集,借助String 11.5平台和Cytoscape 3.7.2软件绘制交集基因蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID 6.8对核心靶点进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接。结果 酸枣仁定性分析中共鉴定出40个化合物,主要包括3个有机酸类、28个黄酮类、8个生物碱类、1个皂苷类;筛选出发挥改善AD作用的核心成分5个,包括拟雌内酯、油酸、山柰酚、乌药碱、酸李碱;酸枣仁改善AD的核心靶点有JUN、AKT1、STAT3、MAPK14、ESR1、IL16等;KEGG通路分析共得到157条通路,其中PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路排名靠前;GO富集分析得到生物过程（BP）条目336个、细胞组分（CC）条目45个、分子功能（MF）42个。分子对接结果显示,酸枣仁的4个核心成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-20.93 kJ·mol^-1。结论 通过UPLC-Q-Exactive-Focus-MS/MS解析的化学成分结合网络药理学、分子对接预测了酸枣仁是通过多成分、多靶点、多途径来发挥抗AD作用的。     

基于网络药理学探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制

目的 通过网络药理学方法筛选金银花-连翘药对中活性成分和IgA肾病靶点,探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索金银花、连翘中活性成分及其作用靶点.通过OMIM、NCBI、GeneCards数据库获取IgA肾病相关基因靶点.利用Venny 2.1软件得到中药活性成分...     

鱼腥草治疗病毒性肺炎作用机制的“成分-靶点-通路”多层次互作网络研究

目的 基于网络药理学方法分析鱼腥草Houttuynia cordata治疗病毒性肺炎的分子生物学机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可行性进行评估。方法 采用在线数据库TCMSP、PubChem Search、Swiss target prediction、Genecards、OMIM获得鱼腥草活性成分、成分靶点及疾病靶点信息。借助Cytoscape3.7.1软件构建鱼腥草活性成分-病毒性肺炎作用靶标网络,将靶蛋白运用String10.0数据库进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,通过DAVID 6.8数据库进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制。结果 从鱼腥草中共筛选出16个主要活性成分,共涉及到311个靶点,与病毒性肺炎相关的靶点64个。从PPI网络分析中发现关键靶点为IL2、TNF、AKT1、JUN、VEGFA、MAPK8、CXCL8、PTGS2等。GO和KEGG通路富集分析发现,鱼腥草治疗病毒性肺炎可能与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性、磷酸酶结合、蛋白磷酸酶结合、内肽酶活性、生长因子受体结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合、丝氨酸型内肽酶活性等73个GO功能有关,涉及到TNF信号通路、IL-17信号通路、C型凝集素受体信号通路、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、甲型流感、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、人巨细胞病毒感染、NOD样受体信号通路等130个信号通路。结论 鱼腥草针对病毒性肺炎具有多成分、多靶点、多机制的显著治疗作用,并且推测能够通过调节与抗炎、抗病毒、免疫调节有关的生物通路对COVID-19进行防御和治疗。     

黄芪-川芎药对治疗脑卒中的网络药理学研究

目的 探讨黄芪-川芎药对治疗脑卒中的药理机制。方法 通过多个数据库并结合文献调研检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘脑卒中的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、脑卒中靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行KEGG通路富集分析。结果 共筛选出黄芪、川芎中49个有效化合物,靶点蛋白272个,核心靶点蛋白39个,KEGG富集通路10条。作用通路涉及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路、松弛素信号通路、核因子（NF）-κB信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、C型凝集素受体信号通路、Toll样信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域（NOD）样信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、p53信号通路。结论 黄芪-川芎药对中槲皮素、山柰酚等化合物可能通过肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路等多条通路发挥治疗脑卒中的作用。     

基于生物信息学技术探讨补骨脂致肝损伤的作用机制

目的 基于生物信息学技术建立补骨脂成分-靶点-信号通路-肝损伤网络,探讨补骨脂导致肝损伤的作用机制。方法 通过TCMIP数据库收集补骨脂成分以及肝损伤有关的靶点,依据反向药效团匹配方法预测补骨脂成分的作用靶点;采用Cytoscape构建补骨脂成分-靶点网络,对补骨脂作用靶点构建网络模型进行GO与KEGG富集分析。结果 补骨脂中有22个成分作用于31个肝损伤靶点蛋白,血清白蛋白（ALB）、谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1)、运甲状腺素蛋白（TTR）和过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)可能是关键节点蛋白。KEGG分析遴选出化学物致癌、AMPK、PPAR信号、P450代谢和谷胱甘肽等信号通路。结论 补骨脂可能是作用于ALB、GSTP1、TTR与PPARG等靶点并调控五类信号通路导致肝损伤。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。