基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中筛选黄芩的主要生物活性成分及其作用靶点,在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb等数据库中获取与糖尿病相关的疾病靶点。构建糖尿病与黄芩的作用靶点韦恩图,获得两者之间的共有靶点。借助STRING数据库生成黄芩治疗糖尿病的蛋白互作网络（PPI）,导出核心靶点,并通过Cytoscape 3.9.1软件绘制“疾病–药物–有效成分–作用靶点”网络图。结合Bioconductor数据库和R 4.3.2软件,对黄芩与糖尿病的交集基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。为了进一步验证药物与靶点之间的相互作用关系,采用分子对接技术进行深入研究。结果 经过筛选,成功识别了36个黄芩主要活性成分,19 201个与疾病相关的靶点基因,96个药物靶点以及94个共有靶点,核心靶点主要涵盖蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）、JUN、环加氧酶2（PTGS2）和雌激素受体1（ESR1）等关键蛋白。GO富集结果显示有1 368个生物过程、165个分子功能、29个细胞组成。KEGG富集分析得到150条通路。分子对接结果显示,黄芩主要活性成分为汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇,与疾病核心靶点Akt1、IL-6、JUN对接情况良好。结论 黄芩可能通过主要活性成分汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇调节Akt1、IL-6、JUN等靶点治疗糖尿病,初步阐明了黄芩治疗糖尿病可能的作用机制,为糖尿病的临床治疗及预防提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学及分子对接研究穿心莲抗炎的分子机制

基于网络药理学方法以及分子对接技术,研究了穿心莲抗炎作用的潜在分子机制.利用TCMSP数据库挖掘穿心莲有效活性成分及靶点,DisGeNET、GeneCards数据库挖掘疾病靶点,分别在STRING、Metascape、Reactome网站提交交集基因,进行蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体(GO)及通路(KEGG)...     

基于网络药理学与分子对接探究鼻渊通窍颗粒治疗慢性鼻窦炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究鼻渊通窍颗粒治疗慢性鼻窦炎的作用机制。方法 通过设置药物的参数范围在TCMSP平台筛选鼻渊通窍颗粒的活性成分,并挖掘各个活性成分相对应的靶点,在DrugBank、GeneCards、OMIM、PharmGKB和DisGeNET数据库探索“慢性鼻窦炎”的有关靶点,将上述共同靶点导入String数据库,获得蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.0的CytoNCA插件获取网络核心靶点。再利用R语言进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.0软件进行“药物–活性成分–作用靶点–疾病”网络模型构建与分析,最后使用Sybyl软件进行核心靶点和药物成分的分子对接并预测其结合能力。结果 鼻渊通窍颗粒有14种药物组分,共筛选出149个活性成分,这些活性成分和慢性鼻窦炎的共同靶点有85个,其中核心靶点有7个,主要与血脂和动脉粥样硬化通路、人巨细胞病毒感染通路、PI3K/Akt信号通路、白细胞介素-17信号通路等相关。分子对接结果显示,核心靶点与活性成分均有一定的结合活性,其中CASP3...     

基于网络药理学的黄芩治疗鼻咽癌分子机制研究

目的 通过网络药理学的方法,筛选黄芩Scutellariae Radix的主要活性成分,构建药物-成分-疾病-靶点网络,探讨其治疗鼻咽癌分子机制。方法 采用TCMSP、String及Genecard等数据库,获取黄芩化学成分及其相关靶点、鼻咽癌疾病的靶点,并制作蛋白互作网络。通过Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-疾病-靶点网络。基于生物信息学开源软件Bioconductor以及R统计程序设计语言对黄芩作用的生物学过程以及KEGG进行富集分析。结果 黄芩的36个有效成分通过调控48个靶点和99条通路对鼻咽癌进行治疗,4个关键的化合物为汉黄芩素、黄芩素、刺槐素及β-谷甾醇,可通过AKT1、JUN、CASP3、VEGFA等关键靶蛋白介导AGE-RAGE、乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路发挥抗鼻咽癌作用。结论 黄芩可以通过多靶点、多途径参与鼻咽癌的治疗。     

基于网络药理学和分子对接的半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制探讨

目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库（Gene Card：The Human GeneDatabase）获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标（基因）”网络图、STRING构建蛋白互作（PPI）网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G：Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学分析黄芩-槐花药对治疗高血压的作用机制

目的 采用网络药理学方法筛选"黄芩-槐花"药对治疗高血压的作用靶点,明确降压作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)中黄芩和槐花的所有化学成分并筛选作用靶点,与TTD、OMIM、CTD和Genecards数据库中的高血压相关靶点取交集,并采用Cytoscape 3.6.0软件绘制相应的"活性成分-作用靶点...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪干预腹膜纤维化的可能机制。方法 利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索黄芪的主要化学成分及靶点,并补充文献报道相关药理作用的成分作为潜在活性成分。以"peritoneal fibrosis"为关键词分别在OMIM、Genecards获取目前已知的与腹膜纤维化相关的疾病靶点,后取两者的交集靶点;对交集基因通过STRING数据库与Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络及蛋白互作(PPI)网络并筛选核心网络。基于R软件使用Bioconductor生物信息软件对核心靶点进行GO及KEGG富集分析,最终采用AutoDock软件将主要有效成分与核心靶点进行分子对接,得出其结合能力。结果 筛选出20个黄芪活性成分及文献报道有相关药理作用4个, 457药物作用靶点,与674个腹膜纤维化病靶点取交集,得到86个共同靶点。GO功能富集分析提示黄芪拮抗腹膜纤维化主要参与了蛋白激酶B信号转导的调节、细胞对化学的应激反应、炎症反应的调节等通路; KEGG通路富集分析主要涉及调控肿瘤、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、人类巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路等;分子对接结果显示关键靶点与活性成分具有较好的结合能力。结论 黄芪治疗腹膜纤维化的分子机制,可能与抑制炎症及氧化应激反应、调节多种信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄治疗脓毒症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探究大黄治疗脓毒症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大黄的有效活性成分及其作用靶点;应用Cytoscape 3.9.1构建大黄-活性成分-靶点的网络图;检索GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库,得到脓毒症相关靶点;通过建立维恩图获得中药与疾病交叉的关键靶点;应用STRING平台构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图;使用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)生物学富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,应用PyMOL软件和AutoDock Vina软件对大黄活性成分及其关键靶点进行分子对接验证。结果 获得大黄10种有效活性成分,其中重要的成分包括β-谷甾醇、芦荟大黄素、泽兰黄醇素等;药物靶点与疾病靶点交集后获得34个关键靶点,核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1B(IL-1β)、肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因(MYC)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体G(PPARG)、转录因子AP-1(JUN)、雌激素受体1(ESR1)、半胱氨酸蛋白酶8(CASP8)。GO富集分析表明大黄的关键靶点主要富集于306个生物过程、29个细胞组成和61个分子功能;KEGG通路富集分析确定了111条相关信号通路,包括磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等;分子对接结果显示,大黄的主要活性成分芦荟大黄素与关键蛋白TNF、IL-1β、TP53、MYC、CASP3拥有良好的结合能力。结论 大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗脓毒症。     

基于网络药理学和分子对接探讨冬虫夏草抗肿瘤的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨三七治疗胃癌前病变的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分(配体)与核心靶点(受体)进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(Akt1)、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白(HSP90AA1),2个核心有效活性成分为槲皮素...     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血（DUB）的潜在作用机制。方法 基于文献研究筛选得到土大黄主要活性成分,利用Swiss Target Prediction平台预测土大黄的作用靶点,利用OMIM、DrugBank、DisGeNet、GeneCards数据库确定DUB的疾病靶点,并通过Venny 2.1.0在线工具将其与土大黄靶点取交集后获得土大黄防治DUB的潜在作用靶点;在STRING数据库进行蛋白互作网（PPI）分析,结合Cytoscape 3.8.2 软件筛选关键靶点。将筛选得到的交集靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后运用AutoDock Tools软件将筛选出的关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 结合文献研究与Swiss Target Prediction平台筛选得到药物活性成分26个,药物靶点392个,疾病靶点436个,共同靶点74个;经PPI及网络拓扑分析后,获取核心靶点7个,分别是信号转导和转录激活因子3（STAT3）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α（PIK3CA）、雌激素受体（ESR1）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、转录因子p65（RELA）;经活性成分–核心靶点网络的构建及网络拓扑分析,得到土大黄防治DUB主要活性成分9个,分别是槲皮素、阿魏酸、豆蔻酸、羟基大黄素、决明柯酮、大黄素甲醚、委陵菜酸、大黄酚、3,4-二羟基苯甲酸乙酯;GO富集到基因功能303个（P＜0.01）,KEGG富集到基因通路122条（P＜0.01）,结果表明,土大黄防治DUB的作用机制是通过调节低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶（p-PI3K）–蛋白激酶B（Akt）等信号通路来发挥防治DUB的作用。分子对接验证结果显示,关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 初步揭示了土大黄防治DUB的有效成分和可能的作用机制,并为深入研究药效物质基础、作用机制以及临床应用提供了科学参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术分析川楝子致肝毒性机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探究川楝子肝毒性机制。方法 通过TCMSP、PubChem、SwissADME数据库及文献检索筛选川楝子的潜在毒性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在毒性成分的作用靶点,再通过GeneCards数据库搜索与肝脏损伤相关的靶点,将毒性成分预测靶点与肝脏损伤靶点取交集靶点,获得毒性成分肝脏潜在作用靶点,再利用软件Cytoscape 3.8.2版进行毒性成分–预测靶点、毒性成分–潜在作用靶点、蛋白相互作用（PPI）网络、毒性成分–潜在作用靶点–核心通路网络的构建,采用AutoDock 1.5.6版进行分子对接,并应用PyMOL软件对对接结果进行可视化示例。结果 筛选得到6个川楝子潜在毒性化合物,分别是toosandanin、meliasenin B、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal、butenolide、5-hydxoymethylfurfural,与肝脏损伤共同作用靶点103个。GO和KEGG结果显示,川楝子通过蛋白质磷酸化、凋亡过程的负调控、对异种生物刺激的反应、酶激活的正向调控等过程引起肝脏毒性。分子对接结果显示,川楝子中toosandanin、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal与关键靶点具有较好的结合能力。结论 应用网络药理学及分子对接技术对川楝子致肝毒成分、机制、靶点、通路进行了初步探索,为进一步对川楝子的临床应用研究和效应机制提供数据支持。     

基于网络药理学和分子对接探究葛根调控溃疡性结肠炎的分子机制

目的 通过网路药理学和分子对接探讨葛根调控溃疡性结肠炎的作用机制.方法 通过TCMSP数据库、Uniprot数据库检索葛根有效成分及靶点,通过OMIM、DisGeNET、DrugBank及GeneCards数据库检索溃疡性结肠炎的靶点.采用Cytoscape 3.8.2软件构建"药物–成分–靶点–疾病"关系网络,并将葛...