基于网络药理学的黄瑞香抗胃癌作用机制探讨及实验验证

目的 采用网络药理学方法预测黄瑞香发挥抗胃癌作用的潜在机制,并通过体外细胞实验进行初步验证。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选黄瑞香的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库和PharmMapper数据库筛选获得黄瑞香活性成分的相关靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库检索获得胃癌疾病相关靶点。利用Cytoscape软件构建黄瑞香活性成分-靶点网络;通过STRING、Metascape数据库对成分和胃癌疾病交集靶点进行蛋白质相互作用（PPI）网络和基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用MTT实验考察黄瑞香异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F（broussoflavonol F）、daphnegiravone D、daphgiflavone C体外对胃癌MGC803细胞生长的影响,采用实时荧光定量PCR方法检测这3种异戊烯基黄酮类化合物作用48h后胃癌MGC803细胞表皮生长因子受体（EGFR）、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）和蛋白激酶B（Akt）基因的表达。结果 筛选得到黄瑞香70个活性成分,黄瑞香作用于胃癌的42个相关靶点,其中表皮生长因子受体（EGFR）、鼠肉瘤病毒癌基因同源物B1（BRAF）、Ⅰ类磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基α（PIK3CA）、酪氨酸激酶（MET）以及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等为核心靶点。KEGG富集分析发现黄瑞香作用于胃癌主要富集在癌症、PI3K/Akt以及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等通路中。活性测试结果发现,异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C对胃癌MGC803细胞生长具有较好的抑制作用。同时,与对照组比较,构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C可显著抑制胃癌MGC803细胞EGFR、PI3K和Akt基因的表达（P＜0.05、0.01、0.001）。结论 黄瑞香可能以异戊烯基黄酮为主要的抗胃癌活性成分,以EGFR、BRAF、PIKC3A、MET等蛋白为核心作用靶点,主要经I3K/Akt以及MAPK等相关信号通路发挥治疗胃癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索当归四逆汤中的活性成分并以Swiss Target Prediction数据库预测各活性成分的靶点，采用GeneCards数据库收集系统性硬化症疾病靶点，取其中共同靶点作为潜在的作用靶点并导入String数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络，以Cytoscape软件进行网络拓扑分析。将PPI靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并以OmicShare平台将结果可视化。构建“通路–靶点”网络并筛选其中关键靶点，并采用CB-Dock平台将作用靶点与活性成分进行分子对接以筛选潜在药效成分。结果 收集得到141个当归四逆汤活性成分及1 047个相关靶点，系统性硬化症疾病靶点1 568个。筛选出潜在作用靶点266个，其中关键靶点6个，分别为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、促分裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）。主要涉及MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路的调节。分子对接结果显示，水鬼蕉宾碱、芍药苷、酸枣仁皂苷A等活性成分为治疗中的潜在药效成分。结论 当归四逆汤以多组分、多靶点、多通路干预系统性硬化症，其机制涉及免疫、血管损伤和细胞外基质合成等的调节。     

基于GEO数据库挖掘与网络药理学探讨刺五加治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学和网络药理学方法筛选刺五加治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)的潜在药物靶点和信号通路,初步验证其药效。方法 文献检索获取刺五加成分,利用Swiss ADME对成分进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测潜在靶点;由GSE28146数据集筛选AD差异表达基因;对刺五加靶点和AD靶点进行映射,构建“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络及蛋白质互作网络;利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析;采用Autodock软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。采用D-半乳糖联合氯化铝诱导AD小鼠模型,Morris水迷宫试验检测各组小鼠学习记忆能力,并观察小鼠海马体的病理学变化。结果 筛选获得刺五加治疗AD活性成分24个,潜在靶点74个;“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络提示槲皮素、山奈酚等为刺五加治疗AD的主要成分,蛋白质互作网络提示STAT3、MAPK1、PIK3CA等为关键靶点;得到GO富集条目(P<0.01)366条,KEGG富集通路(P<0.01)109条;主要涉及PI3K-AKT、AGE-RAGE和TNF等通路。分子对接结果显示,刺五加主要活性成分与主要靶点具有较好的结合活性。体内药理实验结果表明,刺五加可显著提高小鼠学习记忆能力,减轻海马组织损伤,降低海马组织中TNF-α、IL-6、IL-1β含量。结论 刺五加可能通过抑制炎症因子表达和减少炎症损伤发挥抗AD作用。     

基于网络药理学与分子对接技术新疆阿魏抗癌作用机制探讨

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨新疆阿魏Ferula sinkiangensisk抗癌的作用机制。方法 通过SymMap和SwissTargetPrediction 数据库筛选新疆阿魏的成分和靶点信息。利用 Genecards 数据库输入“cancer”关键词检索疾病的靶点;利用韦恩图获取药物-疾病的交集靶点,并借助STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对药物-疾病的交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“活性成分-靶点-通路”网络图。利用 AutoDock软件对筛选出的主要活性成分及关键靶点进行分子对接实验,验证其结合活性。结果 获取新疆阿魏化学成分34个,对应靶点537个,通过筛选获得癌症靶点1 155个,药物-疾病的交集靶点134个。GO功能富集分析共获取331条条目（P＜0.05）,其中生物过程（BP）249条,细胞组成（CC）31条,分子功能（MF）51条。KEGG通路 133条,并建立活性成分-靶点-通路网络,分子对接实验表明活性物质阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β -蒎烯与关键靶点 CCND1、JUN、CXCL8、PIK3CA 均具有较好的结合能 力 。 结论 新疆阿魏中阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β-蒎烯等化学物质,通过 CCND1、JUN、CXCL8和PIK3CA等靶点,调节PDL-1表达和PD-1免疫检查点通路、IL-17信号通路、雌激素信号通路和PI3K-Akt信号通路等发挥抗癌作用。     

基于网络药理学及分子对接的胃复春片治疗慢性萎缩性胃炎机制探讨及体外细胞实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨胃复春片治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制,结合体外细胞实验初步验证胃炎相关靶点。方法 综合运用中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药、DrugBank数据库和中药分子机制的生物分析工具检索胃复春片的活性成分和作用靶点,通过OMIM、GeneCards、DisGeNET数据库获取CAG的疾病靶点,取交集获得共同靶点。将作用靶点导入STRING在线平台构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行拓扑分析筛选核心靶点。利用DAVID 6.8数据库进行基因本体论（GO）功能、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后对主要活性成分与关键靶点进行分子对接,同时运用实时荧光定量PCR （qRT-PCR）检测CAG相关基因mRNA的表达。结果 经筛选获得胃复春片活性成分60个,作用靶点550个,经筛选获得胃复春片-CAG关键靶点30个。胃复春片作用靶点涉及磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶（PI3K-Akt）、肿瘤坏死因子（TNF）、核转录因子-κB （NF-κB）、胃癌相关通路等多条信号通路,通过调控细胞增殖、分化、凋亡、炎症反应等发挥抗CAG作用。分子对接结果表明,活性成分与核心靶点有良好的结合能力。细胞实验结果也证实,胃复春片可通过下调肿瘤坏死因子-α（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、白细胞介素-1β（IL1B）、信号转导及转录激活蛋白-3（STAT3）的mRNA表达量（P<0.01）,上调蛋白激酶（AKT1）、白细胞介素-4（IL4）的mRNA表达量治疗CAG。结论 胃复春片能够通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗CAG的作用,其主要作用成分有槲皮素、β-豆甾醇、辛弗林、新橙皮苷、新北美圣草苷等,其主要靶点有TNF、IL6、IL1B、STAT3、AKT1、IL4等。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨大黄肝毒性的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术探讨大黄肝毒性的分子作用机制。方法 在TCMSP检索大黄活性成分及文献获取潜在肝毒性成分，利用Swiss Target Prediction数据库获取成分靶点，通过GeneCards和OMIM数据库获取人类肝毒性相关靶点。利用STRING数据库将Venn图获得成分与疾病共同靶标进行（PPI）网络分析，用Cytoscape软件构建“大黄成分–肝毒性作用靶点”网络，并且利用DAVID数据库进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）（KEGG）通路富集。将部分肝毒性核心成分和关键靶点进行分子对接。结果 共获取大黄潜在肝毒性成分21种，对应靶点724个，人类肝毒性相关靶点957个，大黄与肝毒性的共同靶点151个，核心成分可能是大黄酸、大黄酚、β-谷甾醇、大黄素-1-O-β-D-葡萄糖硫苷、大黄素甲醚二葡萄糖苷、芦荟大黄素等，关键靶点可能是白蛋白（ALB）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤蛋白p53（TP53）等。KEGG通路显示癌症通路、前列腺癌通路等可能在大黄肝毒性中起关键作用。分子对接结果表明，大黄肝毒性核心成分与关键靶点对接良好。结论 大黄通过多成分、多靶点、多通路机制导致肝毒性作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨淡豆豉抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测淡豆豉抗抑郁活性成分、作用靶点及通路，探讨其潜在作用机制。方法 利用CNKI、TCMSP、TCMIP检索并筛选淡豆豉抗抑郁潜在活性成分；运用PharmMapper服务器预测活性成分的作用靶点；利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的基因名；运用DrugBank、GeneCards和DisGeNET数据库检索抗抑郁作用靶基因，并将活性成分靶点相互映射获得淡豆豉活性成分抗抑郁靶点；通过String数据库下载靶蛋白相互作用数据，与获取的潜在作用靶点利用Cytoscape 3.7.2.软件构建淡豆豉–活性成分–潜在靶点相互作用网络图。运用DAVID数据库分析潜在靶点的基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路，最后利用Autodock Vina和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测获得淡豆豉主要活性成分8个，作用靶点396个，与抑郁症交集潜在靶点334个，GO分子功能和KEGG通路涉及多种生物学过程以及脂质和动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、小分子量G蛋白（Ras）信号通路、叉头框蛋白（FoxO）信号通路等多个信号通路。将关键活性成分和靶点进行对接，其中丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）与大豆苷元结合能力较好；磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）与木犀草素、槲皮素结合能力较好；HSP90-α热休克蛋白（HSP90AA1）与黄豆黄素结合能力较好。结论 淡豆豉以多种活性成分、多个作用靶点和途径发挥其抗抑郁作用，为淡豆豉在临床上用于抑郁症的干预和治疗提供依据。     

地菍总黄酮抗2型糖尿病作用机制的网络药理学研究及实验验证

目的 利用网络药理学方法研究地菍总黄酮抗2型糖尿病的作用机制，通过动物实验对靶点进行验证。方法 通过文献检索收集地菍总黄酮的化学成分，并在Swiss Target Prediction平台进行筛选；依据Swiss Target Prediction、GeneCards、TTD、DrugBank数据库预测和筛选地菍总黄酮成分治疗2型糖尿病的作用靶点；由Cytoscape 3.7.1构建“成分–疾病–靶点”网络；String数据库构建靶点蛋白相互作用（PPI）网络；R语言对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。以高脂饮食诱导和ip链脲佐菌素（STZ）方法构建2型糖尿病模型大鼠，将2型糖尿病模型造模成功的40只大鼠随机分成模型组，二甲双胍组（0.2 g/kg）组，地菍总黄酮（0.34、0.45、0.60 g/kg）组，每组8只，继续提供高脂饲料喂养，另设对照组。各组每天ig相应药物，1次/d，对照组和模型组ig 0.5% CMC-Na溶液，连续给药5周。记录大鼠体质量、饮水量和摄食量，检测大鼠血糖及血脂的相关指标，运用qPCR法检测地菍总黄酮对2型糖尿病大鼠肝组织中磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）、蛋白激酶B（Akt）、腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）作用靶点的调控作用。Western blotting法检测各组大鼠肝脏中Akt、AMPK、固醇调节元件结合蛋白-1C（SREBP-1C）的蛋白相对表达量。结果 从地菍总黄酮成分中筛选得到槲皮素、芹菜素、柚皮素等8种活性成分，作用于98个2型糖尿病靶点，GO功能与KEGG富集分析表明，地菍总黄酮抗糖尿病主要通过调节PI3K/Akt信号通路、AMPK相关信号通路等来发挥抗2型糖尿病的作用。动物实验证实，地菍总黄酮可降低2型糖尿病大鼠的空腹血糖（FBG），抑制血脂升高，上调2型糖尿病大鼠肝脏PI3K、Akt、AMPK mRNA表达，显著增加Akt、AMPK蛋白表达含量，降低SREBP-1C蛋白表达含量（P＜0.01、0.05），对糖、脂代谢紊乱均具有改善作用，具有良好的抗2型糖尿病作用。结论 验证了地菍总黄酮多成分、多靶点、多途径治疗2型糖尿病的特点，其抗糖尿病的作用机制可能与调节PI3K、Akt、AMPK、SREBP-1C靶点的表达水平，从而改善糖脂代谢紊乱有关，为后续更进一步研究作用机制提供参考。     

基于网络药理学和实验验证白藜芦醇治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 通过网络药理学、分子动力学模拟探讨白藜芦醇对类风湿性关节炎的治疗作用及潜在机制,并进行实验验证。方法 使用TCMSP、Batman-TCM、SwissTarget Prediction数据库预测白藜芦醇的作用靶点;使用GeneCards和OMIM数据库预测类风湿性关节炎的潜在治疗靶点;使用STRING和Cytoscape3.8.0构建蛋白相互作用（PPI）网络,并进行MCC分析、MCODE分析、基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,对KEGG通路和靶点之间绘制网络图;使用分子对接和分子动力学模拟方法对核心靶点与白藜芦醇进行模拟;构建类风湿性关节炎大鼠模型,Western blotting法检测p-磷脂酰肌醇3-激酶（p-PI3K）、p-蛋白激酶B1（p-Akt1）和p-细胞外信号调节激酶（p-ERK）1/2的表达水平。结果 白藜芦醇有310个靶点,与类风湿性关节炎有207个交集靶点,MCC分析发现Akt1、PIK3CA、PIK3CB、促分裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK3、信号传导与转录激活因子3（STAT3）是其中核心基因。GO和KEGG富集分析发现,癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物–晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、细胞凋亡和PI3K/Akt信号通路可能是白藜芦醇影响类风湿性关节炎的关键通路;分子对接和分子动力学模拟也发现Akt1、PIK3CA和MAPK1与白藜芦醇之间有很强的结合能力。动物实验发现,与对照组相比,模型组大鼠关节炎指数明显增加,而给予白藜芦醇后大鼠的关节炎指数明显下降;p-PI3K、p-AKT表达明显上升,p-ERK1/2的表达明显下降（P＜0.05、0.01）。结论 白藜芦醇能改善类风湿性关节炎大鼠的关节炎指数,并可能通过Akt1、PIK3CA和MAPK1等靶点和PI3K/Akt信号通路来发挥关键治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

人参-黄芪药对治疗2型糖尿病作用机制的网络药理学研究

目的采用网络药理学方法研究人参–黄芪药对治疗2型糖尿病的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取人参–黄芪药对的主要成分和对应靶点,通过UniProt和DrugBank数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape3.6.1构建活性成分–靶点相互作用网络。然后通过TTD、DigSee、CTD多个数据库查询2型糖尿病的相关靶点,与人参-黄芪药对作用靶点取交集后获得人参–黄芪药对–T2DM疾病交集靶点。运用STRING在线数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,最后通过DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果筛选得到41个活性化合物,对应靶点219个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、ADRB2、NCOA2、SCN5A等。PPI网络包含36个蛋白,包括BCL2、CASP3、CASP8、TGFB1、NOS2、PPARG等。GO功能分析获得269个条目(P0.05),KEGG通路富集得到71条信号通路(P0.05),包括胰岛素抵抗通路、PI3K/Akt信号通路、脂肪细胞因子信号通路等。结论人参–黄芪药对治疗2型糖尿病是多成分、多靶点、多通路协同作用,主要参与炎症反应、细胞凋亡、氧化应激等发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接研究黄芩治疗白癜风的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学分析苍术-桂枝治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制

目的 网络药理学筛选苍术-桂枝治疗非酒精性脂肪性肝炎的有效成分和靶点。方法 应用TCMSP和Swiss查找苍术、桂枝的活性成分的靶点,通过OMIM和GeneCards数据检索非酒精性脂肪性肝炎的靶点,获取交集靶点,利用Cytoscape 3.6.0构建苍术-桂枝与非酒精性脂肪性肝炎的“药物-成分-疾病-靶点”的网络图,筛选出关键靶点,进行GO和KEGG富集分析,最后利用分子对接验证关键靶点。结果 得到苍术-桂枝有效活性成分16个,交集靶点77个,蛋白互作分析(PPI)得到ACE、APOB、CAT、TP53、EGFR、PPARG等16个核心靶点。KEGG和GO结果显示：主要影响脂质颗粒、细胞外间隙、内质网等10种细胞成分,脂肪酸结合、肝素结合、脂质转运体活性等10种分子功能,作用于炎症反应、胆固醇稳态、胆固醇代谢过程等10种生物过程,主要通过脂质与动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等13种通路对非酒精性脂肪性肝炎起作用,分子对接结果证明,16中有效成分与靶点具有较强的结合能。结论 苍术-桂枝改善非酒精性脂肪性肝炎的作用机制可能通过胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等通路实现的,具有多个靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨冬虫夏草抗肿瘤的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。     

黄芪-川芎药对治疗脑卒中的网络药理学研究

目的 探讨黄芪-川芎药对治疗脑卒中的药理机制。方法 通过多个数据库并结合文献调研检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘脑卒中的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、脑卒中靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行KEGG通路富集分析。结果 共筛选出黄芪、川芎中49个有效化合物,靶点蛋白272个,核心靶点蛋白39个,KEGG富集通路10条。作用通路涉及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路、松弛素信号通路、核因子（NF）-κB信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、C型凝集素受体信号通路、Toll样信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域（NOD）样信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、p53信号通路。结论 黄芪-川芎药对中槲皮素、山柰酚等化合物可能通过肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路等多条通路发挥治疗脑卒中的作用。     

基于网络药理学探讨黄芪在卒中相关性肌少症中的作用机制

目的 利用网络药理学方法对黄芪进行多成分、多靶点研究,分析其在卒中相关性肌少症中的作用靶点及相关通路。方法 采用TCMSP数据库收集黄芪活性化合物并进行初步筛选;采用Swiss Target Prediction数据库预测活性化合物靶点,通过GeneCards数据库预测卒中相关性肌少症作用靶点,取两者交集获得交互靶点。采用String数据库及Cytoscape软件Network analyzer功能构建共同靶点PPI网络。采用DAVID数据库并结合Cytoscape软件对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果 收集筛选出黄芪20个活性化合物,616个作用靶点,卒中相关性肌少症136个作用靶点,交集出25个交互靶点,其中AKT1、IL-6、TNF、IGF1R、ESR1等蛋白相互作用最明显,主要在细胞基质中影响类固醇结合、锌离子结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、雌激素受体活性、胰岛素及能量代谢等生物过程,通过胰岛素抵抗、HIF-1信号通路、TNF信号通路等在卒中相关性肌少症中发挥作用,AKT1、PI3CG、mTOR、IL-6、TNF等交互靶点在各通路中参与次数较多。结论 黄芪在卒中相关性肌少症中体现了多成分、多靶点、多途径的特点,其可能通过调控IRS-1/PI3K/AKT2/mTOR信号通路,靶向调控胰岛素抵抗途径相关能量代谢障碍,进而治疗和预防卒中相关性肌少症。