利用加权基因共表达网络分析识别胆道闭锁相关的枢纽基因

目的:通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别胆道闭锁（BA）发病相关的枢纽基因。方法:从基因表达汇编（GEO）数据库下载BA基因芯片数据集GSE46960,利用WGCNA构建基因共表达网络,识别与BA相关的模块与枢纽基因,对关键模块进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:通过WGCNA分析构建了20个基因共表达模块,确定与BA显著相关的模块为黄色模块（r=0.69,P＜0.05）,将黄色模块中的基因按基因连通性及基因显著性的不同阈值进一步筛选出16个枢纽基因。对黄色模块进行GO及KEGG分析显示,与BA显著相关的基因主要富集在细胞外基质（ECM）、细胞黏附分子、色氨酸代谢、甘油磷脂代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路。结论:利用WGCNA方法识别出与BA相关的关键模块和16个枢纽基因,其中新发现有12个基因可能与BA发病相关,可能帮助阐明BA发病的机制。     

基于加权基因共表达网络分析识别抑郁症的差异表达基因模块

目的·采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探索抑郁症相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释.方法·在之前对8例抑郁症患者及8名健康对照者(对照组)的外周血mRNA微阵列分析实验的基础上,应用t检验筛选...     

基于生物信息学筛选分析脓毒症预后相关核心基因

目的 基于生物信息学分析影响脓毒症预后的潜在核心基因。方法 利用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选到脓毒症患者的基因表达数据集GSE54514和GSE65682,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和维恩分析筛选与脓毒症预后相关的关键基因,采用Metascape数据库、RcisTarget包和CIBERSORT算法进行基因功能富集分析、转录因子富集分析及免疫浸润分析。选取数据集GSE5772进行验证,筛选与脓毒症预后相关的核心基因并使用Kaplan-Meier法进行生存分析。结果 对数据集GSE54514、GSE65682分别进行WGCNA分析,筛选出与脓毒症预后相关性最高的“绿色”和“棕色”模块,并对两个模块的基因取交集,维恩分析得到20个关键基因。这些关键基因主要富集在细胞形态调节、单核细胞迁移等通路上。转录因子富集分析显示转录因子ZNF148可能是基因集的主要调控因子之一。进一步通过数据集GSE5772验证,发现基因FGD3、MBP、MSN、RNF130和SETD1B在脓毒症患者中明显低表达(P＜0.05)。免疫浸润分析表明这5个核心基因均与免疫细胞含量密切相关,其中只有FGD3、MSN和RNF130的表达与脓毒症患者的生存率相关(P＜0.05)。结论 基于生物信息学分析筛选到与脓毒症预后相关的5个核心基因,这些基因与免疫细胞密切相关,其中基因FGD3、MSN和RNF130可能是脓毒症预后的重要预测因子。     

基于加权基因共表达网络分析识别F2RL1为结直肠癌的核心致病基因

目的 通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证.方法 从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据.通过差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异共表达基因.对差异共表...     

通过加权基因共表达网络分析法探索胰腺癌特异表达的关键基因及表达网络

目的通过使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法研究胰腺癌潜在的分子机制,并寻找关键基因。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获得胰腺癌和对照组的基因表达数据。通过limma包在R中识别差异表达的基因(DEGs)。采用WGCNA构建胰腺癌的基因共表达网络,并识别共表达模块,进行蛋白质相互作用(PPI)分析,及进行关键基因的筛选。结果共鉴定出胰腺癌106个DEGs,通过WGCNA分析,确定了一个关键模块(MEpurple)。进一步筛选出10个关键基因,包括PKP3,EPCAM,RAB25,CBLC,AP1M2,PRP15L,B3GNT3,ESRP1,AGR2,ARHGEF16。结论 WGCNA法可以识别出与胰腺癌相关的模块和基因,为进一步研究胰腺癌发生发展的分子机制以及靶向治疗提供理论依据。     

基于加权基因共表达网络分析阿尔茨海默病相关的核心基因

目的 采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）探索阿尔茨海默病（AD）相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法 从GEO数据库下载转录组测序数据,根据基因的相关性,当关联系数阈值设定为0.85时,参数β=8,以此构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验计算模块基因与临床表型相关性,筛选出与AD显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。进一步建立β-淀粉样蛋白（Aβ1-42）诱导SH-SY5Y细胞损伤模型,在模型组和对照组中检测枢纽基因的表达水平。结果 根据基因表达的相关性,共构建了10个基因共表达模块,其中brown和turquoise模块与AD组显著相关（brown：r=0.66,P<0.001;turquoise：r=-0.68,P<0.001）;结果显示48个基因在共表达网络中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两模块中的基因主要富集在DNA损伤修复通路和代谢相关通路等生物学过程中。基因的差异表达分析显示,DNASE1、TEKT2、MTSS1L等基因在AD组中高表达,ACP2、LANCL2、GMPR2 等基因在 AD 组中低表达;体外实验进一步验证了在 Aβ1-42 诱导的 SH-SY5Y 细胞损伤过程中DNASE1、TEKT2、MTSS1L表达上调（P<0.01）,ACP2、LANCL2、GMPR2表达下调（P<0.01）。结论 brown和turquoise模块与AD高度相关,并从模块中筛选出MTSS1L、GMPR2、ACP2、ACTG1、LANCL2等枢纽基因,可能通过调节DNA损伤和修复参与AD发病机制。     

靶向EGR1对泌乳素瘤的潜在治疗作用

目的：从基因分子水平出发,探究泌乳素瘤（prolactinoma,PRL）患者差异表达基因,从而探究疾病发展的核心驱动基因。旨在为泌乳素瘤患者的临床诊断、治疗及预后提供潜在的靶标。同时针对核心驱动基因,预测治疗泌乳素瘤患者的分子靶向药物。方法：从GEO（gene expression omnibus）数据库获取泌乳素瘤患者基因表达谱数据,进行泌乳素瘤组织和正常组织差异表达基因（differential expressed genes,DEG）筛选。同时进行加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）、蛋白质相互作用网络分析（protein-protein interation,PPI）,确定泌乳素瘤发生发展的核心驱动基因。同时进行GO（gene ontology）分析、KEGG（kyoto encyclopedia of genes and genomes）分析及GSEA（gene set enrichment analysis）分析,探究泌乳素瘤患者发生改变的生物功能和信号通路,探究肿瘤发生发展的分子机制。此外,进行体外划痕实验、克隆形成测定、CCK-8实验及流式细胞术实验,验证分子靶向药物的潜在治疗效果。结果：共鉴定出1 201个差异表达基因,其中EGR1、MAPK1、MYC、BCL2和CALM1居于重要地位;GO和KEGG分析结果表明,泌乳素瘤的形成主要与纺锤极发生改变、卵母细胞减数分裂受到影响相关;泌乳素瘤很可能与帕金森病存在一定的同源性。同时进行CCK-8测定、克隆形成测定和体外划痕测定,验证了EGR1激动剂Genipin具有潜在抗泌乳素瘤的作用。流式细胞术分析结果显示,随着Genipin药物剂量增加,肿瘤细胞的凋亡百分比增加。结论：EGR1、MAPK1、MYC、BCL2和CALM1是泌乳素瘤的核心驱动基因,对泌乳素瘤的发生发展具有重要影响。EGR1的激动剂Genipin能够在体外抑制泌乳素瘤细胞的增殖和迁移,Genipin对泌乳素瘤具有潜在治疗作用。同时,本研究筛选出了泌乳素瘤发生的高风险信号通路,为其临床诊治提供了新的靶标,具有重要意义。     

胆道闭锁实验动物模型的比较

胆道闭锁(biliary atresia,BA)是新生儿时期导致肝移植的重要病因之一,近年来随着诊断技术的提高,本病的发病率也在不断上升,但本病的具体病因及发病机制尚不明确,动物模型的出现是探索本病的重要途径.但国内对本病的认识及相关动物模型的研究还相对滞后,目前BA模型主要分为药物毒物诱导型、胆道机械结扎型、轮状病毒...     

基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析

目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系。方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据。使用R 4.2.1软件中的Limma包筛选出差异表达基因,并利用WGCNA包构建基因共表达网络,获得相关模块及其基因集,然后利用Venn包对相关系数最大的模块基因和差异表达基因取交集。对交集基因进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建交集基因的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件提取出关键基因,分析关键基因与子宫内膜癌预后的关系。结果 共筛选出差异表达基因2 165个,包含5个模块,其中红色模块(包括304个基因)与子宫内膜癌的相关度最高(r=-0.54,P<0.001),取二者交集获得137个基因。交集基因主要涉及细胞器分裂及核分化等生物学过程,且主要富集在同源重组、p53信号通路等信号通路中。PPI网络共筛选出7个关键基因,包括纺锤体样小头畸形相关蛋白基因(ASPM)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(...     

整合生物信息学分析基底型乳腺癌的核心基因

目的 整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-like breast cancer, BLBC)的预后相关的核心基因。方法 首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,借助蛋白-蛋白互作 (protein-protein interaction, PPI)网络和cytohubba筛选出模块中差异最大的前10%基因作为候选基因,对候选基因进行生存分析和表达分析得到核心基因。最后,利用TIMER、TISIDB等生信工具探索核心基因表达和肿瘤免疫浸润、趋化因子及免疫调节剂的相关性并构建核心基因转录调控网络。结果 利用WGCNA筛选出与BLBC相关的黑色模块中共891个基因,从差异性最大的80个候选基因中分析获得ESPL1和CCNB2 两个核心基因。结果显示,两个核心基因与BLBC免疫细胞浸润有关,主要包括Th2细胞、CD8⁺T细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞。而且,核心基因表达水平与趋化因子、免疫刺激因子、免疫抑制因子及MHC分子相关。核心基因上游转录调控网络表明22 种转录因子同时调控两个核心基因。结论 ESPL1和CCNB2是BLBC的预后标志物且与肿瘤免疫相关。     

先天性胆道闭锁肝内毛细胆管超微结构与临床预后关系探讨

目的　探讨先天性胆道闭锁 (CBA)肝内毛细胆管超微结构与临床预后的关系。方法　用PHILIPSCM10透射电镜观察肝内毛细胆管超微结构 ,比较肝组织电镜切片中发育良好与发育不良的毛细胆管数目 ,并与临床预后作比较。结果　 2 5例CBA患儿中 ,肝内毛细胆管发育良好为主的 13例 ,其中 12例术后生存 ,生存率为 92 3% (12 / 13) ;毛细胆管发育不良为主的 12例中 ,仅有 4例生存 ,生存率为 33 3% (4 / 12 ) ,两组生存率有显著性差异 (P <0 0 5 )。结论　肝内毛细胆管的发育情况可作为初步判断术后临床预后指标之一。     

基于生物信息学分析库欣综合征核心基因与互作miRNA

目的利用生物信息学筛选库欣综合征(CS)的核心基因及通路,并预测其相互作用的微小核糖核酸(miRNA)及小分子药物。 方法从GEO数据库下载CS基因芯片数据集并筛选出差异表达基因(DEG),随后对差异基因进行功能富集分析、蛋白互作分析、核心基因筛选,预测互作miRNA及小分子药物并进行验证。 结果共筛选出10个核心基因并预测出479个互作miRNA,相关通路集中在PI3K-Akt、cAMP、CS及MAPK信号通路等,奥那司匹、拉帕替尼是较为显著的小分子药物。 结论利用生物信息学方法筛选出参与CS发生发展的前5条信号通路、10个核心基因及479个互作miRNA,并预测出奥那司匹、拉帕替尼等小分子药物。     

先天性胆道闭锁的早期诊断研究进展

先天性胆道闭锁是新生儿胆汁淤积症最常见的病因,也是小儿肝移植的主要指征,如果不及时诊治,可导致患儿进行性肝纤维化、胆汁淤积性肝硬化甚至死亡.目前普遍认为及时行Kasai术或肝移植可明显改善先天性胆道闭锁患儿预后,因此其早期鉴别诊断极其重要.然而,先天性胆道闭锁与其他原因引起的新生儿胆汁淤积症早期在临床表现、实验室检查以...     

110例胆道闭锁患儿临床资料分析

目的 回顾性分析110例胆道闭锁患儿的临床特征以为胆道闭锁的诊断和治疗提供更多证据.方法 收集2017年8月至2020年8月期间在深圳市儿童医院收治的110例胆道闭锁患儿的临床资料,对患儿的一般资料和实验室检查资料进行总结分析.结果 本研究纳入的110例胆道闭锁患儿中,男49例(39％),女67例(61％).在所有患儿...     

Characteristics of Malaysian infants with biliary atresia and neonatal hepatitis

Cholestatic disorders of infancy (viz neonatal hepatitis and biliary atresia) have not been well studied in Malaysia. In a retrospective study in the Department of Paediatrics, University Hospital, Kuala Lumpur from January 1982 through December 1991, a total of ninety-three infants with such conditions were identified: 35 (38%) had biliary atresia, 58 (62%) neonatal hepatitis. There was a statistically significant male preponderance in the neonatal hepatitis group (P = 0.020). There was no significant difference in the racial distribution and in the proportions of low birthweight infants between the two groups of disorders. When the biliary atresia group was compared with the neonatal hepatitis group, significant differences were observed in the age of presentation (mean +/- SD) 9.8 +/- 6.8 VS 20 +/- 17.3 weeks (P < 0.001), proportion of infants with prolonged jaundice (> seven weeks) 28/35 (80%) VS 20/58 (34.5%) (P < 0.00001), occurrence of alcoholic stools 26/35 (74.3%) VS 27/58 (46.6%) (P = 0.020), liver size (mean +/- SD): 4.3 (1.6 cm VS 3.3 +/- 1.8 cm (P < 0.01) and splenic size: 2.5 (1.8 cm VS 1.4 (1.2 cm (P < 0.001). There was however considerable overlap between the two groups in these features at presentation, making clinical differentiation between the two conditions difficult. Infants with cholestasis tended to present late, compromising the chance of survival. In order to improve the medical care of these patients, these conditions must be emphasised during the training of medical practitioners, and efforts to increase public awareness of these conditions must be created.     

原发性胆汁性胆管炎中IgG亚型分布特征分析

目的探讨原发性胆汁性胆管炎(primary biliary cholangitis, PBC)患者血清中免疫球蛋白G(immunoglobulinG, Ig G)亚型的分布特征。方法选取2018年5月至2019年3月首都医科大学附属北京佑安医院收治的28例PBC患者、29例自身免疫性肝炎(autoimmune hepatitis, AIH)患者及同期30名健康体检者。散射比浊法检测血清Ig G1、Ig G2、Ig G3、Ig G4水平;分析Ig G亚型水平及Ig G亚型占总Ig G水平百分比的分布特征。结果 IgG1、IgG1/IgG、IgG3、IgG3/Ig G在3组中的分布差异均有统计学意义(P <0.05),其中AIH组以Ig G1、Ig G1/Ig G升高为特点,PBC组以Ig G3、Ig G3/Ig G升高为特点。PBC组的Ig G3与Ig M水平呈显著正相关(r=0.709, P <0.001)。PBC患者中Ig G3水平正常组与Ig G3升高组抗线粒体抗体(AMA)的分布差异有统计学意义(χ2=6.910, P=0.030),Ig G3升高组的AMA-M2显著...