基于网络药理学探讨桑枝降压的作用机制

目的:采用网络药理学探讨桑枝治疗高血压的作用机制.方法:通过TCMSP、Batman-TCM、化学专业数据库和CNKI收集桑枝的化学成分,并通过Swiss Target Prediction数据库收集成分相关靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库得到与高血压有关的疾病靶点.取成分靶点与疾病靶点的交集,得到交集靶点;利用String数据库和Cytoscape3.7.1软件,筛选并构建交集靶点相互作用网络;并利用String数据库对交集靶点进行PPI分析、GO分析和KEGG通路分析,并通过Cytoscape软件对结果进行可视化;最后对活性成分与关键靶点进行分子对接验证.结果:通过筛选得到桑枝活性成分18个,潜在作用靶点336个,其中与高血压有关的交集靶点87个;共获得545条GO分析条目和160条KEGG信号通路,分别主要涉及血压调节、调节血管大小等生物过程以及cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、PI3K/Akt信号通路 、Ras信号通路等信号通路;分子对接结果显示18个活性成分与14个关键靶点相结合,其中16个活性成分与其相应关键靶点具有较好结合活性.结论:桑枝可能通过作用于与舒张血管、细胞凋亡等相关的靶点和通路,发挥治疗高血压的作用.     

基于网络药理学研究金银花干预心力衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究金银花干预心力衰竭的主要活性成分及潜在靶点,探讨金银花干预心力衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索关于金银花中的化合物,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18作为筛选金银花活性成分的标准。在Genecards数据库和OMIM数据库中输入关键词—“Heart Failure”,筛选心力衰竭相关靶点。将金银花作用的靶点与心力衰竭相关的靶点取交集,得到金银花干预心力衰竭的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.8.2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行基因GO功能和KEGG 通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。使用Autodock Vina 1.2.0、Discovery Studio 2021、PyMol 2.2进行分子对接,验证网络药理学分析结果。结果：检索TCMSP 数据库得到金银花的23个化学活性成分,共有213个与心力衰竭相关的作用靶点。经GO功能和KEGG 通路富集分析显示,金银花主要参与癌症通路、内分泌抵抗等多种生物途径,主要涉及PI3K-Akt信号通路、cAMP 信号通路、TNF信号通路等。通过构建“成分-靶点-通路”网络,显示金银花干预心力衰竭的主要成分是secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside,排名较高的靶点有AKT1、PIK3R1、PIK3CA。分子对接结果显示上述两种成分与AKT1和PIK3R1结合活性较好。结论：金银花的主要活性成分secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside可能是通过参与调节AKT1、PIK3R1基因,干预PI3K-Akt 、cAMP、TNF等信号通路实现多靶点、多通路干预心力衰竭。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cytoscape3.8.2软件构建药物成分—疾病网络图,利用交集基因构建蛋白质互作网络,并获得左归丸治疗骨质疏松的核心网络和核心靶点基因,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析.最后,利用体外细胞实验进一步验证.结果:预测得到左归丸245个有效靶点和骨质疏松相关的疾病靶点4576个,两者共同靶点有171个.有效成分中度值较高的是槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇、24-亚甲基苯酚,PPI网络中核心基因是APP、NTRK1、EGFR、CUL3、HSP90AA1.GO富集分析涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等多条信号通路发挥作用.体外细胞实验表明左归丸可能抑制破骨细胞的形成.结论:左归丸可能通过抑制破骨细胞生成相关作用机制发挥预防和治疗骨质疏松症,为后续基础实验研究提供新的思考路线及方法.     

基于网络药理学探讨酸枣仁汤治疗睡眠障碍的作用机制

目的:基于网络药理学方法分析酸枣仁汤治疗睡眠障碍的相关靶点及通路,以探讨其作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),得出酸枣仁、川芎、知母、甘草、茯苓的有效成分及其作用靶点,通过UniProt数据库匹配靶点对应基因,使用CytoscapeV3.7.1构建疾病-成分-靶点网络。利用GeneCards、OMIM、TTD等数据库搜集睡眠障碍相关基因,运行R语言筛选出酸枣仁汤与睡眠障碍的交集基因,输入String数据库,得出蛋白相互作用关系,并应用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出酸枣仁汤有效成分88种,相关靶点82个;与睡眠障碍交集靶点36个,其中核心靶点8个;GO富集分析获得645条结果,集中在神经递质水平调节、肾上腺素受体活性和突触后膜的组成部分等方面;KEGG通路获得相关通路61条,主要集中在神经活性配体-受体相互作用、脂肪细胞中的脂肪分解调节和雌激素信号通路等。结论:初步得出酸枣仁汤多成分、多靶点、多通路治疗睡眠障碍的作用机制,为进一步研究提供理论参考。     

基于网络药理学探讨防己黄芪汤治疗慢性心力衰竭的潜在机制

目的:利用网络药理学探讨防己黄芪汤治疗慢性心力衰竭(CHF)的潜在机制。方法:利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索防己黄芪汤的药物活性成分及其相关靶点,并通过全球蛋白质资源(Uniprot)数据库进行基因的标准化处理。通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(GeneCards)数据库检索得到CHF的相关靶点,将药物活性成分靶点与疾病的相关靶点相映射,取得的交集靶点即为防己黄芪汤治疗CHF的潜在靶点。利用Cytoscape软件构建防己黄芪汤治疗CHF的"药物-成分-疾病"靶点网络图,并运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库以及Cytoscape软件构建防己黄芪汤治疗CHF的核心蛋白质互作(PPI)靶点网络图。利用DAVID数据库对获得的交集靶点进行基因本体论(GO)生物过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出的防己黄芪汤治疗CHF的活性成分有124个,相关靶点135个,与CHF相交合的靶点涉及α-1β肾上腺素受体(ADRA1B)和一氧化氮合酶3(NOS3)等。防己黄芪汤治疗CHF的GO生物过程涉及G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性、药物结合、平滑肌收缩的正调控、对药物的反应等;防己黄芪汤治疗CHF可能与钙信号传导途径、神经活性配体-受体相互作用、环磷酸鸟苷酸/环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(c GMP/PKG)信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、心肌细胞中的肾上腺素信号传导等通路相关。结论:防己黄芪汤治疗CHF涉及多个靶点、生物过程与通路,提示防己黄芪汤治疗CHF的机制较为复杂。     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的网络药理学研究

目的:探讨黄芪-川芎药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)的药理机制。方法:通过中药系统药理学分析平台检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘冠心病的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、冠心病靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出黄芪、川芎主要活性成分23个,对应靶点209个,其中15个核心靶点的相关信号通路数是4个。KEGG信号通路包括冠状动脉粥样硬化、核因子-κB信号通路、白细胞介素17信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论:黄芪-川芎药对可通过多靶标、多通路来治疗冠心病。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学的大柴胡汤治疗2型糖尿病机制探讨

目的运用网络药理学研究大柴胡汤治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)筛选大柴胡汤主要化学成分和靶点,通过Gene Cards获得2型糖尿病相关靶点基因,将药物靶点基因和疾病靶点映射而得到大柴胡汤治疗2型糖尿病的预测靶点。利用Cytoscape 3.6.0软件构建中药化合物-靶点网络与蛋白互作网络(PPI)。利用DAVID 6.8数据库进行交集基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果大柴胡汤治疗2型糖尿病有效成分98个,相关靶点260个,关键靶点35个。GO分析包括生物学进程625个,细胞组分71个和分子功能129个。KEGG通路富集分析包括134条信号通路,主要与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、细胞凋亡信号通路等密切相关。结论大柴胡汤主要通过作用于炎症反应、胰岛素抵抗、胰岛β细胞凋亡、血管增生等多方面治疗2型糖尿病。     

基于网络药理学研究血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制

目的 基于网络药理学探讨血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制。方法 通过TCMSP数据库查询并筛选出血必净注射液中5味中药的活性成分及靶点;检索GeneCards、OMIM数据库获取有机磷中毒相关靶点;利用Venny2.1统计复方成分与疾病的交集靶点制作韦恩图。采用Cytoscape3.7软件制作“活性成分-交集靶点”的网络框架图。将交集靶点导入String数据库后获得蛋白-蛋白相互作用网络图。通过DAVID数据库进行基因功能的基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并利用R-studio软件进行柱状图绘制。结果 共收集血必净注射液中活性成分125个,可作用于217个靶点,有机磷中毒的交集核心靶点69个。69个靶点主要作用于AKT1、ALB、CAT、CASP3、JUN、VEGFA等基因,调控IL-17信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路。结论 血必净注射液治疗有机磷中毒具有多成分、多靶点、多通路的特点,本研究为治疗有机磷中毒的潜在网络作用机制提供了新的线索。     

基于网络药理学研究金银花在盆腔炎性疾病中的作用机制

目的：通过网络药理学方法研究金银花对于盆腔炎性疾病的有效活性成分、靶点和潜在分子机制。方法：TCMSP数据库筛选金银花的活性成分及作用靶点,GeneCards数据库检索出盆腔炎性疾病靶点,通过Drugbank和Uniprot数据库将靶点标准化后取交集;Cytoscape 3.9.0构建药物—成分—靶点网络,交集基因建立蛋白质相互作用网络,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点GO生物富集分析和KEGG通路分析,体外测金银花对金黄色葡萄球菌的最小抑菌浓度。结果：筛选到金银花119个有效靶点和盆腔炎性疾病相关的疾病靶点1 038个,两者共同靶点有62个;PPI网络中核心基因有APP、NTRK1、TP53、EGFR、ESR1。GO富集分析主要涉及丝氨酸水解酶活性、磷酸酶的结合、丝氨酸肽链内切酶活性、蛋白酶结合;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过细胞流体切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE细胞传导通路和IL-17细胞传导通路等多条信号通路发挥作用;体外抑菌实验表明金银花在6.25 mg/mL及以上浓度对金黄色葡萄球菌具有明显...     

基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学探讨苇茎汤治疗哮喘急性发作的作用机制

目的通过网络药理学探究苇茎汤治疗哮喘急性发作的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选苇茎汤药物活性成分,使用Uniprot及TCMSP数据库查找药物活性成分及潜在靶点,运用Cytoscape构建"中药-活性成分-靶点"网络图。在Drug Bank、Gene Cards、TTD等数据库中搜索哮喘急性发作的疾病靶点,将苇茎汤药物活性靶点与哮喘急性发作的疾病靶点取交集,并制作韦恩图。借助String数据库及Cytoscape软件分析交集靶点的蛋白与蛋白相互作用,并绘制PPI图。运用的Cytoscape的MCODE及cytohubba插件探索药物-疾病交集靶点关系。运用Metascape分析平台探索交集靶点的GO、KEGG富集情况,使用在线绘图平台绘制GO富集分析图及KEGG动态气泡图。结果苇茎汤共有22个活性成分,获得54个药物活性靶点。搜索哮喘急性发作靶点827个,将药物-疾病靶点取交集,共有20个交集靶点,其中JUN、CHRM1、CASP8、PTGS2、TGFB1等为核心交集靶点。GO富集分析结果为:血液循环、调节离子传输、乙酰胆碱受体活性、蛋白质结构域特异性结合等。KEGG富集分析结果显示苇茎汤治疗哮喘急性发作主要与组织生长因子(TNF)、核转录因子κB(NF-κB)、神经受体-配体相互作用、PI3K-Akt、钙离子、NOD样受体等信号通路有关。结论苇茎汤可能通过控制炎症反应、缓解气道高反应及延缓气道重塑等方面治疗哮喘急性发作。     

基于网络药理学探讨参苓白术散“异病同治”慢性阻塞性肺疾病和溃疡性结肠炎作用机制

目的通过网络药理学方法探讨参苓白术散对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)"异病同治"的作用机制。方法在TCMSP和TCMID数据库检索参苓白术散中10味中药的化学成分和作用靶点,在OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库中查找COPD和UC的疾病靶点,运用Venny 2.1.0工具获取参苓白术散、COPD及UC三者的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物活性成分-靶点-疾病网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果根据筛选条件检索得到参苓白术散活性成分118个,作用靶点195个,COPD靶点1026个,UC靶点835个,交集靶点52个,GO功能分析得到生物过程115个、细胞组成13个、分子功能22个,KEGG富集分析获得95条信号通路,主要涉及HIF-1信号通路、MAPK信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、TCR信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论参苓白术散对COPD和UC"异病同治"的主要机制涉及免疫炎症、代谢以及氧化应激相关信号通路,为参苓白术散在临床中治疗COPD和UC提供理论依据。