用DNA芯片检测结核分枝杆菌耐乙胺丁醇基因突变的研究

目的利用DNA芯片快速检测结核分枝杆菌耐乙胺丁醇embB基因突变。方法根据结核分枝杆菌embB基因序列设计探针并制作DNA芯片。根据结核从分枝杆菌embB基因突变的热点片段设计引物，该片段用TAMRA荧光标记PCR扩增增后与DNA芯片杂交，同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照。结果120株结核分枝杆菌临床分离株中，35株敏感株DNA芯片杂交结果与标准株完全相同；85株耐乙胺丁醇临床分离株中有50株检测到embB基因突变[58．8％（50／85）]，均为306位密码子突变，该突变与PCR．SSCP和测序结果完全一致；85株耐药株中后有35株未检测到突变，占41．2％（35／85）。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分离株的embB基因突变，可协助临床医生制定合理的治疗方案，特别是复治患者，可帮助选择有效药物。     

3种耐药结核分枝杆菌检测及临床应用

目的探讨耐链霉素(SM)、利福平(RFP)、异烟肼(INH)结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG3种基因突变情况及在耐药检测中临床应用的可行性。方法采用聚合酶链反应单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对221株临床分离株,100例涂片阳性肺结核病痰标本进行rpsL、rpoB、KatG3种基因突变分析。221株临床分离株中敏感株34株,单耐SM、RFP、INH分别为32株、37株、28株,耐SH、SR、HR、SHR分别为14株、30株、8株、52株,100例痰标本耐SM、RFP、INH分别为51例、54例、40例。结果以结核分枝杆菌H37RV为对照,34株敏感株rpsL、rpoB基因SSCP图谱正常,特异性为100%,KatG基因2株SSCP图谱异常,特异性为94.1%。单耐SM、RFP、INH结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG基因突变率分别为78.1%(25/32)、86.5%(32/37)、53.6%(15/28),耐多药(SM、RFP、INH)结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG基因突变率分别为78.1%(75/96)、88.9%(80/90)、55.4%(41/74)。100例涂片阳性肺结核患者痰标本经PCR扩增67例阳性,直接检测耐SM、RFP、INH结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG基因突变率分别为74.1%(25/35)、89.1%(33/37)、48.0%(12/25),阳性检出率分别为49.0%、61.1%、30.0%。结论耐单药和耐多药(SM、RFP、INH)结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG基因突变率分别经χ2分析差别无统计学意义(P>0.05),也就是耐单药和耐多药结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG基因突变率相同,耐多药结核分枝杆菌rpsL、rpoB、KatG3种基因突变相互之间无影响。PCR-SSC技术有望直接用于检测涂片阳性肺结核患者痰标本中rpsL、rpoB、KatG基因突变判定耐药,但还需在方法学上进一步改进以达到技术容易掌握、操作简便、影响因素少,结果检出率高等。     

结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分子机制的研究

目的　了解结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分子机制 ,建立快速分子药敏试验方法。方法　通过聚合酶链反应 (PCR) -单链构象多态性 (SSCP)、PCR-限制性片段长度多态性 (RFL P)和 PCR-直接测序 (DS)技术分析 10 7株结核分枝杆菌临床分离株 emb B基因。结果　以 H3 7Rv标准株为对照 ,10 7株结核分枝杆菌临床分离株的 16 S r DNA SSCP电泳图谱均与结核分枝杆菌标准相同。 38株药物敏感株的 emb B基因、SSCP均泳动正常 ,RFL P和 DS分析与对照株相同。 6 9株耐乙胺丁醇 (EMB)分离株中 ,2 5株 (36 .2 % ) emb B基因 SSCP泳动异常 ;8株 RFL P分析异常 ;DS分析 2 5株均为 30 6位密码子突变 ,其中 1株合并有 2 74位 CGC→ CCC突变 ,其 EMB MICs均≥ 2 0 μg/ml;8株为 30 6位 ATG→ATA或 ATT突变 ,17株为 ATG→GTG或 CTG突变 ,后者 EMB MICs均≥ 30μg/ml。结论　部分结核分枝杆菌耐乙胺丁醇是由于其 emb B基因 (尤其是 30 6位密码子 )突变所致 ,PCR- SSCP技术可能成为测定部分结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药基因型的简便、快速的方法     

应用单链探针反向杂交试验检测结核分枝杆菌耐药性分析

目的探讨单链探针反向杂交试验检测结核分枝杆菌耐药性,评价此方法在耐药性检测中的临床应用价值。方法采用聚合酶链反应-单链探针反向杂交试验技术,PCR扩增50株结核分枝杆菌rpoB、katG、rpsL、rrs、embB耐药基因,将标记生物素的基因扩增产物与固定在硝酸纤维膜上的核酸探针杂交,通过链亲和素碱性磷酸酶,BICP/NBT显色系统检测分析基因突变,同时与传统药物敏感实验比对分析。结果 PCR-LiPA方法分析50株结核分枝杆菌临床分离株,耐RFP菌株中检出4株,耐INH菌株中检出5株,耐SM菌株中检出7株,SM敏感株检出1株,50株rrs基因均未检测到相应位点的突变;耐EMB菌株1株、EMB敏感株1株检测到embB基因突变。结论应用PCR-LiPA可快速、简便地检出部分结核分枝杆菌耐药株,可作为临床辅助诊断手段。     

结核分枝杆菌稳定L型耐乙胺丁醇embB基因的研究

目的探讨结核分枝杆菌L型形成乙胺丁醇耐药性的分子机制。方法采用非高渗分离培养法在不含乙胺丁醇与含乙胺丁醇的液体培养基内诱导形成结核分枝杆菌L型,过滤传代后获得稳定L型纯培养物。通过nPCR扩增、PCR-SSCP及PCR-DS技术分别对自发形成与诱导形成的结核分枝杆菌稳定L型耐乙胺丁醇embB基因进行检测和分析。结果自发形成及药物诱导形成的结核分枝杆菌稳定L型embB基因的nPCR及PCR-SSCP结果显示,与其亲代细菌型一致的DNA条带和带型;测序结果显示稳定L型embB基因序列与其亲代细菌相同没有发生改变,其结果与PCR-SSCP分析结果一致。结论 PCR-SSCP和PCR-DS技术可用于结核分枝杆菌L型耐乙胺丁醇基因的检测;无论是自发形成或药物诱导形成的稳定L型embB基因未发生突变,提示结核分枝杆菌L型对乙胺丁醇的耐药性同embB基因突变无关,细胞壁缺陷变异可能是导致结核分枝杆菌产生乙胺丁醇耐药性的一个重要机制。     

PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分支杆菌rpoB,katG,ahpC基因突变的研究

目的：应用PCR－SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分支杆菌rpoB,katG及ahpC基因突变,评价此方法用于结核分杆菌利福平（RFP）及异烟肼（INH）耐药性试验的意义。方法：以结核分支杆菌H37Rv为对照,30例耐RFP（单耐或多耐）、21例耐INH（单耐和多耐）的结核分枝杆菌临床分离株及10例敏感菌株;39例菌阳肺结核患者及30例非结核 性肺部疾病患者痰标本,采用PCR－SS－CP技术检测痰标本和菌株中的结核杆菌rpoB,katG,ahpC基因突变,并与药敏试验对照。结果：PCR－SSCP检测痰标本中结核分支杆菌rpoB,katG及ahpC基因突变的阳性率分别为79％（31／39）、46％（18／39）及5％（2／39）.结论：PCR－SSCP可望成为直接检测临床痰标本中结核分枝杆菌耐利福平及耐异烟肼的快速方法。     

结核分支杆菌耐异烟肼分子机制的研究

目的 探讨结核分支杆菌对异烟肼(INH)的耐药分子机制,检测KatG、inhA基因突变在结核分支杆菌对INH耐药性测定中的应用价值.方法采用PCR和PCR-SSCP方法对95株结核分支杆菌临床分离株和47例耐INH肺结核患者痰标本KatG基因突变进行检测.结果以结核分支杆菌H37RV为对照,44株药物敏感株的KatG、inhA基因突变率分别为4.5%、0.51株耐INH分离株中,31株KatG基因发生突变,突变率为60.8%;3株inhA基因发生突变,突变率为5.9%.47例耐INH肺结核患者痰标本中,KatG基因44例扩增阳性、inhA基因40例扩增阳性,其基因突变检测率分别为47.7%、7.5%.结论 KatG基因突变是INH耐药性的重要分子机制,inhA基因与INH耐药性有相关性.     

糖尿病合并肺结核患者耐多药结核分枝杆菌基因突变的检测

目的：探讨耐多药结核分枝杆菌临床分离株rPOB、KatG和rpsL基因突变在糖尿病合并肺结核患者耐药性检测中的应用价值。方法：采用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术对41株自糖尿病合并肺结核患者痰液中培养分离的同时耐利福平（RFP）、异烟肼（INH）、链霉素（SM）的多耐药临床分离株和46株对RFP、INH、SM敏感株的rPOB、KatG、rpsL基因突变状况。结果：46株药物敏感株的rPOB、KatG、rpsL基因SSCP图谱正常，特异性为100％。PCR扩增产物SSCP分析结果显示：41株多耐药临床分离株中，36株rPOB基因图谱异常，26株KatG基因图谱异常，29株rpsL基因图谱异常，检测敏感性分别为rPOB（87．8％）、KatG（63．4％），rpsL（70．7％）。结论：结核分枝杆菌对RFP、INH、SM产生耐药性的机制主要是由于rPOB、KatG和rpsL基因突变所致。     

结核分支杆菌耐药基因检测结果分析

目的 分析肺结核患者结核分支杆菌获得性耐药情况,比较两种耐药性检测方法的检测效果.方法 用药敏试验(绝对浓度法)检测结核分支杆菌株对利福平(RFP)、异烟肼(INH)、链霉素(SM)、吡嗪酰胺(PZA)和乙胺丁醇(EMB)的耐药情况,采用聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)检测结核分支杆菌耐药rpoB、katG、rpsL、pncA和embB基因突变.结果:400例肺结核耐药患者常规药敏试验耐药316例(79.8%);耐药基因检测耐药株288株,突变率72.0%.RFP耐药例数和耐药率明显高于SM、PZA和EMB(耐药例数:F=2.45,2.56,2.69,P＜0.05;耐药率:F=2.55,2.66,2.79,P＜0.05),rpoB突变株和突变率明显高于katG、rpsL、pncA和embB(突变株:F=2.28,2.46,3.19,3.33,P＜0.05～0.01;突变率:F=2.36,2.61,3.25,3.45,P＜0.05～0.01),高浓度药物耐药菌株的突变株和突变率显著高于低浓度药物耐药菌株,随着不规律用药时间的延长,耐药率和突变率均逐渐上升(耐药率:F=2.77,2.88,P＜0.05;突变率:F=2.72,2.85,P＜0.05).结论 PCR-SSCP是一种快速检测结核杆菌rpoB、katG、rpsL、pncA和embB基因突变敏感、特异的方法.     

耐异烟肼结核分枝杆菌及其katG与inhA基因突变的研究

目的 探讨耐异烟肼临床分离结核分枝杆菌与其katG及inhA基因突变的相关性.方法 对87例临床肺结核患者痰标本进行培养、鉴定及药物敏感性试验,提取菌落DNA、PCR扩增katG和inhA基因片段,并对所有扩增片段进行序列分析.结果 87例菌株经鉴定均为结核分枝杆菌,30(34.5%)例为耐异烟肼菌株,57(65.5%)例异烟肼敏感菌株.30例耐异烟肼株中,18(60%)株出现katG和(或)inhA基因突变.在突变株中,9(50%)株为katG单基因突变,5(27.8%)株为inhA单基因突变,4(22.2%)株为妇心和inhA双基凶联合突变.两个新突变位点(Va1230Met和Pro232Gln)为首次发现,已被美国,欧洲和日本的基因库收录.结论 该研究证实结核分枝杆菌katG和inhA基因突变与耐异烟肼相关,为进一步研究异烟肼的抗菌机制奠定了基础.     

用分子生物学技术快速检测耐多药结核分枝杆菌

目的：用PCR—SSCP技术检测耐INH、RFP、SM结核分枝杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变，评价其在快速检测结核分枝杆菌耐药性方面的临床价值。方法：以结核分枝杆菌H；vRv为对照，20株耐多药菌株和20株敏感株，分别用PCR—SSCP方法检测KatG、rpoB、rpsL基因突变，并将SSCP结果与药敏试验结果作对照分析。结果：PCR—SSCP方法检测20株敏感株SSCP带语均与H37RV标准株相同，而20株耐多药结核分枝杆菌KatG、rpoB、rpsL基因突变的阳性率分别为70％，100％和75％。发现20株耐多药菌株中有11株(55％)共INH、RFP、SM3种耐药遗传标志均发生突变，7株(35％)有2种耐药遗传标志突变，2株(10％)只有RFP耐药标志突变。结论：PCR—SSCP方法敏感、特异，可快速检测结核分枝杆菌KatG、rpoB、rpsL耐药基因突变，有利于耐多药结核分枝杆菌耐药性的快速检测。     

应用PCR—直接测序法测定结核分支杆菌rpsL基因突变的研究

目的：了解我国结核分支杆菌耐链霉素（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｉｎ,ＳＭ）分离株ｒｐｓＬ基因突变情况,建立快速检测结核分支杆菌耐药基因型的分子药敏试验方法。方法：通过聚合酶链反应（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ,ＰＣＲ）－单链构象多态性（Ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄＣｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ,ＳＳＣＰ）、ＰＣＲ－限制性片段长度多态性（ＲｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎＦｒａｇｍｅｎｔＬｅｎｇｔｈＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ,ＲＦＬＰ）和ＰＣＲ－直接测序法（ＤｉｒｅｃｔＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ,ＤＳ）分析３８株结核分支杆菌耐ＳＭ分离株的ｒｐｓＬ基因。结果３８株耐ＳＭ分离株中,２５株ＳＳＣＰ异常、不被ＭｂｏⅡ消化、ＤＳ分析４３位密码子ＡＡＧ→ＡＧＧ突变;１株ＳＳＣＰ异常、可被ＭｂｏⅡ消化、ＤＳ分析３３位密码子ＧＴＡ→ＡＴＡ突变;１２株ＳＳＣＰ正常、可被ＭｂｏⅡ消化、ＤＳ分析未见异常;未发现８８位密码子突变。结论：大多数结核分支杆菌耐ＳＭ是由于其ｒｐｓＬ基因４３位密码子突变所致,采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ、ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＰＣＲ－ＤＳ方法可快速测定部分结核分支杆菌ＳＭ耐药基因型。     

结核分支杆菌临床分离株的基因检测研究

目的 检测结核分支杆菌临床分离株的IS986和embB基因序列,了解结核分支杆菌及其药物敏感性的基因检测同Bactec-460自动检测系统的相关性。方法 用Bactec-460检测系统对获自肺结核患者的8株临床分离菌和1株质控菌进行菌种及EMB药物敏感性的鉴定,采用PCR和PCR—DS技术对菌株进行IS986和embB基因检测和序列分析。结果 8株临床分离菌经Bactac-460自动检测系统鉴定为结核分支杆菌,其中7株对EMB敏感、1株耐药,质控株耐药。各分离菌株及质控株PCR检测出IS986和embB基因序列,符合率100％。1株临床分离耐药株embB基因的第306位密码子发生突变,1株敏感株embB基因的第278位和279位密码子有突变,其余6株敏感菌及质控株未发现序列改变,符合率77．8％。结论 PCR扩增是一种快速、敏感、特异性的结核分支杆菌鉴定方法,鉴定结果同Bactec～460 TB捡测系统一致。结核分支杆菌对EMB耐药性的形成同embB基因突变有关。Bactec-460TB系统检测药物敏感性可发生漏诊或误诊,可能造成药敏结果与临床治疗效果不一致的情况。     

结核分枝杆菌异烟肼耐药基因katG点突变的快速检测

目的：探讨快速检测结核分枝杆菌异烟肼（INH）耐药基因型的分子药敏方法。方法：用聚合酶链反应－单链构象多态性（PCR－SSCP）检测了30株INH敏感菌株及30株耐药株的katG基因，随后用SSCP方法鉴定扩增产物有无突变，以结核分枝杆菌H37Rv作对照。结果：所有INH敏感株均观察到katG基因扩增产物，30株INH耐药株中28株观察到katG基因扩增产物。以H37Rv标准株为对照，30株敏感株SSCP带谱与对照相同；28株INH耐药株中13株与对照相同，15株有不同程度的差异。与药敏试验比较，PCR－SSCP检测INH耐药结核菌的敏感性为57%，特异性为100％。结论：多数结核分枝杆菌耐INH是由于katG基因突变所致，用PCR－SSCP筛选突变株可达到快速检测结核分枝杆菌INH耐药基因型的目的。     

分枝杆菌菌种鉴定DNA微阵列的初步研究与应用

目的制备快速鉴定分枝杆菌菌种的DNA微阵列。方法根据19种分枝杆菌标准株的16SRNA序列设计寡核苷酸探针,制备DNA微阵列,通过反向杂交技术鉴定19种分枝杆菌标准株、9种非分枝杆菌标准株和31株分枝杆菌临床分离株带荧光标记的PCR产物。结果该DNA微阵列与9种非分枝杆菌标准株不杂交,具有分枝杆菌特异性;可将19种分枝杆菌标准株鉴定到群或种,具有较高的分枝杆菌种特异性。应用PCR-SSCP分枝杆菌初步菌种鉴定方法对31株分枝杆菌临床分离株进行初步的鉴定,9株为结核分枝杆菌复合群和22株为非结核分枝杆菌。应用DNA微阵列进一步进行菌种鉴定,9株与探针a杂交阳性,为结核分枝杆菌复合群;2株与探针c杂交阳性,为胞内分枝杆菌;8株与探针d杂交阳性,为堪萨斯分枝杆菌或瘰疬分枝杆菌或猿猴分枝杆菌或胃分枝杆菌;1株与探针k杂交阳性,为戈登分枝杆菌;2株与探针p杂交阳性,为龟分枝杆菌脓肿亚种;2株与探针r杂交阳性,为偶然分枝杆菌;1株与探针s杂交阳性,为草分枝杆菌;2株与探针a和p杂交阳性,为结核分枝杆菌和龟分枝杆菌脓肿亚种复合感染株;1株与探针a和r杂交阳性,为结核分枝杆菌和偶然分枝杆菌复合感染株;3株与该芯片杂交阴性。2株临床分离株经基因测序也证实DNA微阵列鉴定的特异性。结论该DNA微阵列有可能简便、快速、准确地     

耐药性结核分枝杆菌的分子生物学检测方法研究进展

结核病的重新流行使人类健康再次面临严重威胁,为提高抗结核药物的治疗效果,临床需要对结核分枝杆菌的耐药性进行快速鉴定。本文阐述了基于DNA测序技术(DNA直接测序、焦磷酸测序技术)、DNA扩增技术(包括巢式 PCR、PCR-SSCP 法、多位点酶切联合PCR-SSCP法、异源双链形成法、分子信标法等)、分子杂技术(包括限制性片段长度多态性(RFLP)分析、多列探针检测法(LiPA)、基因芯片技术)和 DNA 信号放大技术等分子生物学检测方法在检测结核分枝杆菌耐药性方面的研究进展,以期为临床提供一定的方法参考。     

结核分枝杆菌katG和inhA基因突变的研究

为了解结核分枝杆菌耐异烟肼（ＩＮＨ）分离株ｋａｔＧ基因和ｉｎｈＡ调节序列的突变情况，探讨其在ＩＮＨ耐药性中的可能作用。应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）和ＰＣＲ－单链构象多态性（ＳＳＣＰ）方法对６２株结核分枝杆菌临床分离株的ｋａｔＧ基因和ｉｎｈＡ调节序列进行分析。ＰＣＲ分析结果显示：ｋａｔＧ基因和ｉｎｈＡ调节序列的敏感性为１～１０ｐｇＤＮＡ；其引物ＰＣＲ扩增都具有较高的特异性。以Ｈ３７Ｒｖ标准株为对照，１３株敏感株中，１２株ｋａｔＧ基因扩增产物ＳＳＣＰ泳动正常，１株ｋａｔＧ异常；２４株耐非ＩＮＨ抗结核药物株中，８株ｋａｔＧＳＳＣＰ异常；上述２７株的ｉｎｈＡ调节序列ＳＳＣＰ均泳动正常。２５株耐ＩＮＨ株中，３株ｋａｔＧ基因ＰＣＲ扩增阴性，２２株ｋａｔＧ扩增阳性，其中１６株ＳＳＣＰ泳动异常；４株ｉｎｈＡ调节序列ＳＳＣＰ泳动异常，其ｋａｔＧ基因ＳＳＣＰ也异常。结果表明，某些结核分枝杆菌ＩＮＨ耐药性可能是由于其ｋａｔＧ基因完全缺失、ｋａｔＧ基因或ｉｎｈＡ调节序列突变所致，但某些菌株也可能与其无关，是其它耐药基因所致或存在多种机制，尚需进一步探讨。     

Contribution of AGC to ACC and other mutations at codon 315 of the katG gene in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Middle East

The presence of ACC and other mutations at codon 315 in the katG gene was detected by PCR amplification followed by restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) generated with restriction enzymes Msp I and MspA1 I in 37 isoniazid-resistant and 22-susceptible Mycobacterium tuberculosis isolates from Kuwait obtained in 2001. The mutation AGC to ACC was detected in 22 (60%) isolates while any mutation at codon 315 of the katG gene was present in 24 (65%) of 37 isoniazid-resistant isolates. The typing studies showed that majority of the isolates carrying mutations at codon 315 exhibited unique DNA banding patterns. The results were extended by additional analysis of 67, 28 and 17 isoniazid-resistant and 18, seven and six-susceptible M. tuberculosis isolates from Kuwait, Dubai and Beirut, respectively, that were analyzed previously for ACC mutation alone. These studies showed that one of 21, one of 10 and two of 11 isolates (all recovered from patients of Middle Eastern origin) with no AGC to ACC mutation from Kuwait, Dubai and Beirut, respectively, contained other mutations at codon 315 of the katG gene. None of the susceptible strains contained any mutation at codon 315. The PCR-RFLP with MspA1 I that detects all mutations at codon 315, compared with Msp I that detects only ACC mutation, identified more isoniazid-resistant strains with mutations at codon 315 in the katG gene. The data also showed that mutations other than AGC to ACC at codon 315 in the katG gene occur frequently in M. tuberculosis isolates recovered from Middle Eastern patients and should be incorporated in a rapid screen for the detection of mutations for isoniazid-resistance in the katG gene from this ethnic group.