NF-κB抑制剂（PDTC）对大鼠抗胸腺细胞血清性肾炎系膜细胞凋亡、坏死及增生的影响

目的:研究吡咯二硫氨基甲酸脂(PDTC)作为NF-κB核转录因子特异性抑制剂对大鼠系膜增生性肾炎,即抗胸腺细胞血清性肾炎(ATSN)系膜细胞(MC)凋亡、坏死及增生病变的影响。方法:利用兔抗大鼠胸腺细胞抗血清(ATS)复制大鼠ATSN模型,并将大鼠设为3组,即ATSN模型组、ATSN PDTC处理组和正常对照组。实验40min、24h和7d分别取各组大鼠肾皮质切片用末端转移酶介导的dUTP缺口末端标记(TUNEL)技术和光镜、电镜、免疫组化方法检查其肾小球内NF-κBp65的表达和MC凋亡、坏死及增生病变。结果:ATSN模型组实验40min时肾小球内NF-κBp65即开始表达,与对照组之间有显著差别(P<0.01),24h表达进一步增多,第7d时达到较高水平。而ATSN PDTC处理组7d时,不仅肾内NF-κBp65的表达明显低于ATSN模型组,且肾小球MC的增生及细胞外基质(ECM)的分泌也低于ATSN模型组,但用PDTC处理对ATSN大鼠其早期(40min及24h)MC的病变无抑制效应。结论:NF-κB特异性抑制剂PDTC对ATSN大鼠的肾小球继发增生病变有抑制作用。     

油酸型ARDS大鼠肺基因差异表达的研究

目的： 用全基因表达谱芯片技术研究油酸型急性呼吸窘迫综合征(ARDS）大鼠肺基因的差异表达并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制。方法：采用雄性SD大鼠舌下静脉注射油酸制作ARDS模型,腹主动脉取血并进行血气分析,取肺组织,部分组织固定进行病理学观察,其余组织提取RNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片（涵盖 27 044转录本,代表22 012个基因）杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析。随机选择 3个差异表达基因,用荧光定量 RT-PCR验证。结果：血气分析和病理学观察确定造模成功。芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个,其中代谢相关基因上调的有1个,下调的有29个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号转导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个。结论：油酸型ARDS大鼠肺组织中发生了许多基因差异表达,这些基因涉及代谢、免疫、信号转导和神经等方面的功能,为初步阐明ARDS的发病机制带来启示。     

常染色体显性多囊肾组织差异表达基因的初步研究

目的应用基因芯片技术及最新公共数据库，筛选常染色体显性多囊肾组织中差异表达的基因，对其进行功能分类，并对其中1条基因利用原位杂交技术进行验证。方法将代表8398条人类基因的PCR产物制成基因芯片。将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别用Cy5、Cy3荧光标记，逆转录合成cDNA探针，混合后与上述基因芯片杂交。扫描杂交信号荧光强度，找出差异表达基因，对获得的基因进行分子生物信息学分析。并对其中的上调表达基因IGF1 mRNA进行原位杂交，验证基因芯片结果的准确性。结果（1）在进入研究的8398条基因中，共发现357条差异表达基因。94条基因在多囊肾组织中低表达，263条基因高表达；（2）上调表达基因主要属于原癌基因，细胞骨架蛋白和运动相关蛋白，凋亡相关蛋白，细胞信号和传递蛋白，细胞因子；下调表达基因主要属于抑癌基因，DNA结合、转录和转录因子，细胞信号和传递蛋白，参与代谢的基因；（3）IGF1 mRNA原位杂交结果与芯片结果一致。结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选差异表达基因；多囊肾病的发生、发展中存在着多种不同功能基因表达调控的改变。     

胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的制备和初步应用(英文)

目的：研究胰腺癌相关基因寡核苷酸芯片的构建及其在检测胰腺癌基因表达谱方面的应用。方法：有目的地筛选胰腺癌相关基因，采用合成后点样的方法将合成的寡核苷酸探针点于同型双功能偶联剂（APS-PDC）包被的基片上，制成寡核苷酸基因芯片。Trizol法抽提组织总RNA，并用Qiagen Rneasy kit 进一步纯化。在cDNA第1链合成过程中，通过反转录酶将CyDye标记核苷酸直接渗入到cDNA中制备荧光探针，其中用Cy3-dCTP标记胰腺癌组织，Cy5-dCTP标记正常胰腺组织。将荧光标记探针定量后与芯片杂交16-18 h。用Agilent 扫描仪进行扫描，Imagene3.0软件（Biodiscovery,Inc.）图像分析，计算2种荧光Cy3 与Cy5信号强度的比值。挑选差异基因CDC25B和TUSC3进行荧光定量PUR（Sybrgreen方法）验证，以B-actin基因为内参照基因，PCR产物的定量方法采用比较Ct法。结果：芯片杂交扫描图像信号清晰，具有较低的整体背景和较高的信噪比，各阳性质控点信号均匀一致，阴性质控点和空白点信号低。与正常组织相比，胰腺癌组织中差异表达基因24条，占全部基因的25.5%，其中上调基因17条（占18.1%），下调基因7条（占7.4%）。荧光定量PCR验证，CDC25B和TUSC3基因在胰腺癌中的表达分别为上调和下调，其表达趋势与芯片实验的结果一致。结论：制备的胰腺癌相关基因芯片，可同时、并行检测多种胰腺癌相关基因的表达改变，具有一定的特异性和灵敏性。胰腺癌组织与正常胰腺组织相比，基因表达谱具有明显的差异，为进一步研究胰腺癌的发病机理和早期诊断提供了有用的信息。     

补体C5b-9抗血清对抗胸腺细胞血清性肾炎大鼠肾组织一氧化氮合成及其病变的影响

目的: 探讨抗鼠补体C5b-9复合物抗血清对系膜增生性肾炎大鼠肾组织合成一氧化氮 (NO)及其病变的作用。方法: 复制大鼠系膜增生性肾小球肾炎即抗胸腺细胞血清性肾炎 (ATSN)模型 ,用抗大鼠C5b-9复合物抗血清处理 ,观察其对ATSN大鼠NO相关指标及其病变的影响。结果: 抗鼠C5b-9复合物抗血清既能减少ATSN大鼠肾组织诱生性NO合酶 (iNOS)mRNA的表达和大鼠尿液中硝酸盐 /亚硝酸盐 (NO₃^- /NO₂^- )排泄量 ,还能减低大鼠肾组织病变的程度。NOS抑制剂L -NAME也可降低尿NO₃^- /NO₃^- 排泄量 ,同时减轻肾组织病变程度。结论: 抗鼠C5b-9复合物抗血清能够抑制肾细胞NO的合成及其肾小球系膜细胞的增生。     

颞叶癫痫大鼠海马差异表达基因和蛋白质的筛选研究

目的：寻找颞叶癫痫大鼠海马组织的差异表达基因和蛋白质，以期为进一步探讨颞叶癫痫的发病机制，寻找新的治疗靶点和研发新的治疗手段奠定基础。方法:运用cDNA微阵列、二维电泳和MALDI-TOF-MS技术，分析氯化锂-匹罗卡品（LiCl-PILO）致痫大鼠模型海马组织的基因表达谱和蛋白质表达谱，并对发现的差异表达基因和差异表达蛋白质进行分析和鉴定结果和。结论：发现LiCl-PILO致痫大鼠海马组织中192个基因差异表达，159条可在GenBank中登陆，其中表达上调的基因84条，表达下调的基因75条；筛选到78个差异表达蛋白质斑点，其中31个在癫痫组表达下调，47个在癫痫组表达上调。有5个蛋白质最终鉴定确认。本研究结果为运用蛋白质组学方法寻找癫痫治疗新靶点研究提供实验依据。     

NP9对鼻咽癌细胞系CNE1基因表达谱的影响

目的： 确定NP9表达对鼻咽癌CNE1细胞基因表达谱的影响。方法: 稳定表达NP9基因和稳定转染空载体的CNE1细胞分别作为基因芯片分析的实验组和对照组，用高通量的基因芯片筛选实验组细胞的差异表达基因，荧光定量逆转录PCR验证部分基因表达差异。结果: 所分析的14 500个基因中，266个检测出有表达差异，其中82个基因呈现表达上调（RA＞1），184个基因显示表达下调（RA＜1）。显著上调和下调的基因分别为34个（RA＞1.5）和75个（RA＜1.5）。结论: NP9基因的表达导致了CNE1细胞中与细胞周期调控、细胞增殖和分化、细胞信号转导、细胞黏附相关基因表达的改变，为NP9的功能及分子机制研究提供了新的线索。     

基因芯片检测吴茱萸碱对小鼠DC细胞功能调控相关基因表达的影响

目的：利用基因芯片技术检测吴茱萸碱对小鼠骨髓来源DC功能调控相关基因表达的影响。方法：分离BALB／c小鼠骨髓细胞，经GM-CSF体外诱导培养10天的未成熟DC细胞（iDC）经不同因素处理并分为：对照组（Ⅰ）、吴茱萸碱组（EVO）（Ⅱ）、内毒素（LPS）组（Ⅲ）、EVO＋LPS组（Ⅳ），24小时后收集各组细胞，抽提总RNA，利用SuperArray公司小鼠DC与抗原提呈细胞基因芯片MM-604对细胞功能相关基因进行检测。结果：Ⅱ／Ⅰ上调≥2倍基因7个，下调≥2倍基因10个；Ⅲ／Ⅰ上调≥2倍基因37个，下调≥2倍基因12个；Ⅳ／Ⅱ上调≥2倍基因46个，下调≥2倍基因7个；Ⅳ／Ⅲ上调≥2倍基因24个，下调≥2基因2个，对这些基因功能进行检索分类，主要涉及细胞因子分泌及其受体表达、抗原摄取、抗原提呈、细胞表面受体、信号传导。结论：吴茱萸碱对DC作用涉及多个基因的表达调控，这些基因控制并影响着DC功能、分化和成熟，为进一步寻找药物靶点提供了线索。     

基于生物信息学挖掘子宫内膜异位症发病的关键基因及机制研究

目的 运用生物信息学方法筛选子宫内膜异位症的差异表达基因，系统探讨子宫内膜异位症的病因病理机制。方法 通过GEO数据库搜索子宫内膜异位症基因芯片，联合Perl语言及R语言分析异位子宫内膜组织与正常组织的差异表达基因；利用STRING数据库及Cytoscape软件绘制PPI网络图；通过g:profiler数据库对关键差异基因进行GO和KEGG富集分析。结果 共纳入2套子宫内膜异位症基因芯片，筛选出共同差异表达基因308个（178个上调，130个下调），剔除degree值为1和2的基因后得到关键差异表达基因170个（上调91个，下调79个），其中差异最显著的基因为：TAGLN（上调）、EpCAM（下调）；PPI网络图中得到degree值最大的差异基因为：CDK1。差异表达基因GO生物过程富集分析得出细胞周期改变、细胞黏附、增殖异常等与EMs发生发展密切相关，KEGG通路富集分析发现包括ECM受体相互作用通路、局灶性黏着斑、PI3K-Akt信号通路等在内的8条通路参与其中。结论 子宫内膜异位症的病因病理机制可能与TAGLN、EpCAM、CDK1基因表达异常及其涉及的表观遗传修饰改变、上皮-间...     

抗胸腺细胞血清性肾炎模型大鼠肾小球中C5b-9的沉积及NO、TNFα含量分析

目的: 探讨抗胸腺细胞血清性肾炎(ATSN)大鼠肾小球内C5b-9复合物的沉积与某些炎症介质和细胞因子如:一氧化氮(NO)和肿瘤坏死因子α(TNFα)的含量情况。 方法: 大鼠一次性静脉注射抗胸腺细胞抗血清(ATS)建立ATSN模型,定期对ATSN大鼠肾小球中的补体C5b-9复合物进行免疫组化染色定位、显微图像扫描半定量分析;并对有C5b-9包绕的肾小球系膜细胞(MC)进行计数。测定ATSN大鼠肾中诱生型NO合酶(iNOS) mRNA的表达、尿液中NO的代谢产物(NO^-₂／NO^-₃)及TNFα的排泄量。 结果: ATSN模型大鼠肾小球MC先溶解坏死后继发增生,病变早期(溶解时相)补体C5b-9复合物主要定位于肾小球系膜区及MC表面;随着病程的进展,被C5b-9包绕的MC逐渐减少, 病程初期ATSN大鼠肾小球MC有明显的 iNOS mRNA表达, 尿液中NO^-₂／NO^-₃ 和TNFα的排泄量也明显增加。在ATSN病变的增生阶段(一般7 d后),上述指标的变化逐渐趋缓。 结论: ATSN模型大鼠肾小球中MC逐渐溶解与补体C5b-9沉积及NO和TNFα的合成与释放有一定关系。     

Transforming growth factor-beta receptors in self-limited vs. chronic progressive nephritis in rats

Increases in transforming growth factor-beta (TGF-beta) expression and extracellular matrix accumulation are transient in acute self-limited mesangial proliferative glomerulonephritis induced by a single injection of anti-thymocyte serum (ATS), while these increases persist following repeated injections that produce chronic progressive sclerosing glomerulonephritis with tubulointerstitial lesions. However, little is known about the expression of TGF-beta receptors (TbetaRs) in cells involved in the proliferative and sclerosing renal lesions. A study of protein and mRNA expression for type I (TbetaRI), type II (TbetaRII), and type III (TbetaRIII) TbetaR in both forms of nephritis was therefore carried out by immunohistochemistry and in situ hybridization. Inhibition of cell proliferation and stimulation of matrix production by TGF-beta1 were assessed in isolated glomeruli using [(3)H]thymidine incorporation and [(3)H]proline metabolic labelling, respectively. In acute self-limited nephritis, expression of TbetaRI, TbetaRII, and TbetaRIII increased in the glomerular and Bowman's capsular epithelial cells comprising the glomerular tuft adhesions to Bowman's capsules. However, TbetaRII expression was not prominent in proliferating mesangial cells. Glomeruli isolated from rats with acute self-limited nephritis at day 7, when mesangial cell proliferation was maximal, were partially resistant to the mitoinhibitory effects of TGF-beta1. In contrast, expression of all three TbetaRs was elevated in glomerular and tubulointerstitial lesions in chronic progressive nephritis, and glomeruli isolated from rats with chronic progressive nephritis 7 days after the second ATS injection were sensitive to TGF-beta1. These data suggest that distinct cellular responses to TGF-beta1 resulting from differential expression of TbetaR underlie the difference between acute self-limited mesangial proliferative and chronic progressive sclerosing ATS nephritis in the development of proliferative and sclerotic renal lesions.     

Dextromethorphan alters gene expression in rat brain hippocampus and cortex

Dextromethorphan is a widely used anti-tussive drug with non-competitive antagonistic effects on excitatory amino acid receptors of the N-methyl-D-aspartate (NMDA) type. This study examined the effect of daily dextromethorphan administration on gene expression in rat brain hippocampus and cortex regions using Rat 5K cDNA microarrays. Triplicate microarray assays were performed at each time point (1, 3 and 10 days), and results were confirmed using semi-quantitative RT-PCR on a subset of differentially expressed cDNA. The microarray analysis proved able to detect changes in gene expression following dextromethorphan injection. Moreover, these changes were mostly mediated by an NMDA receptor. The hippocampus region showed more alterations in gene expression than cerebral cortex following dextromethorphan treatment. The expression of many glutamate-induced apoptosis-related genes, and NO-dependent apoptosis-associated genes, was down-regulated. Expression of anti-apoptotic genes, such as nucleophosmin/B23, Rab2, MAP kinase kinase and CREB binding protein, was up-regulated by dextromethorphan. Angiogenesis is likely to be inhibited in our system due to observed down-regulation of VEGF-associated genes. Expression of some SNARE genes was up-regulated in rat brain hippocampus and cortex regions after dextromethorphan injection.     

敲减PTGS2对皮肤成纤维细胞基因表达谱的作用

 目的 运用RNAi干扰正常皮肤成纤维细胞前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)基因的表达,应用基因芯片技术研究其对成纤维细胞全基因组表达谱的影响,在基因水平上探索防治瘢痕疙瘩的新途径。方法 对成纤维细胞PTGS2基因进行siRNA干扰,利用RealTime RT-PCR验证siRNA沉默效果;应用全基因组芯片检测基因表达谱变化。结果 成纤维细胞的PTGS2基因经siRNA干扰后,其mRNA表达水平明显下调;全基因组芯片表达谱检测到的差异表达基因,按1.5倍差异共189个（115个上调,74个下调）,按2倍差异共14个（9个上调,5个下调）;基因表达谱的变化与瘢痕疙瘩基因表达谱的变化相吻合,可能促使正常皮肤成纤维细胞向瘢痕疙瘩方向进展。结论 检测到与PTGS2基因相关的、在瘢痕疙瘩形成中可能共同发挥作用的相关基因,证明PTGS2与瘢痕疙瘩的发病机制有着密切的关系,为治疗瘢痕疙瘩提供了一个潜在的候选靶点。     

基因芯片检测人肺鳞癌和肺腺癌基因表达的异同

目的用基因芯片技术检测肺鳞癌和肺腺癌基因表达的异同。方法提取人肺鳞癌和肺腺癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,检测肺鳞癌和肺腺癌组织基因表达的异同。结果肺鳞癌和肺腺癌表达共同上调的基因17条,共同下调的基因19条;肺鳞癌表达显著高于肺腺癌的基因20条,显著低于肺腺癌的基因14条。结论多基因参与肺癌发病,基因芯片技术是肺癌基因表达检测的有效方法。     

卵巢良性肿瘤组织和卵巢上皮癌组织基因表达差异的研究

目的 探讨卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.方法 采用含384条肿瘤相关基因的cDNA阵谱检测了卵巢上皮癌组织及卵巢良性肿瘤的基因谱,分析卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.结果 在384条候选基因中,与卵巢癌相关的差异表达基因36条,其中23条表达上调,13条表达下调.结论 cDNA阵谱技术是筛查卵巢癌相关基因的有效方法.     

Microarray analysis using amplified mRNA from laser capture microdissection of microscopic hepatocellular precancerous lesions and frozen hepatocellular carcinomas reveals unique and consistent gene expression profiles

The indirect labeling cDNA microarray technique was used to evaluate gene expression profiles of pure cell populations from frozen sections of carcinomas and adenomas harvested from precancerous hepatocellular lesions by using laser capture microdissection (LCM). The levels of differentially expressed genes were investigated using a cDNA microarray with 9,984 features with only 2 ug of two-round amplified aRNA, equivalent to 35 cells from LCM-adenomas and frozen samples of carcinomas from simian virus 40 (SV40) large T antigen transgenic rats. A total of 855 genes were identified as being 3-fold or more differentially expressed in carcinomas or adenomas as compared to normal tissue controls. Among these 855 genes, 71 genes were differentially expressed in both carcinomas and adenomas. Commonly up-regulated genes in both carcinoma and adenomas were 28 while 41 of the 71 genes were commonly down-regulated. Two genes, Igh1 (immunoglobulin heavy chain 1(Serum IgG2a), Image clone ID: 875880) and EST clone (AI893585, Image clone ID: 596604) were more than 7-fold up-regulated in carcinomas and 6-fold down-regulated in adenomas. In Cy5 and Cy3 reciprocal experiments for screening out false positive signals, the amplified carcinomas showed higher Pearson Correlation Coefficient values (-0.94 and -0.92) than the LCM-amplified adenoma samples (-0.79 and -0.84). LCM-amplified samples provided higher signal intensities over backgrounds and a greater average of Cy5:Cy3 ratios. Expression levels of mRNAs from selected genes, determined by using traditional dot blot analysis, revealed that 36 of 40 tested expression profiles were consistent with the microarray data. Thus, amplified aRNA harvested from homogeneous cell types using LCM can be applied to study gene expression profiles by use of microarray analysis.     

基因芯片筛选妊娠高血压综合征胎盘差异表达基因

目的了解妊高征患者胎盘与正常胎盘在分子水平的差异,为研究妊高征病因提供新的线索.方法以混合的4例正常胎盘总RNA为对照,用cy5dUTP和cy3dUTP分别标记对照cDNA和妊高征胎盘cDNA.用4000点cDNA表达谱芯片检查4例妊高征患者胎盘基因表达的改变.结果在4次芯片杂交过程中,分别有58-131条不等的基因发生差异表达,其中出现2次以上重复一致的异常表达基因共22条:表达增高的有13条,表达降低的有9条.结论应用cDNA表达谱芯片可快捷、高通量地筛选出妊高征胎盘可能的致病基因,为研究妊高征的病因提供新的思路和线索.