微卫星用于鸡群体遗传结构研究

目的 探索微卫星用于研究实验动物群体遗传结构的可行性。方法 用选自鸡基因组中的20个微卫星标记，对岭南黄鸡100个个体的基因组DNA进行PCR扩增，聚丙烯酰胺电泳后，检测微卫星多态性，并检测出多态位点的等位基因数、平均多态信息含量(PIC)和平均杂合度(H)。结果 在20个微卫星中，有13个微卫星呈现出明显的多态性，其等位基因数为4～7个，平均多态信息含量(PIC)为0．6109，平均杂合度(H)为0．67l2。结论 微卫星是一种研究实验动物群体遗传结构的有效方法。     

上海市汉族人群与PKD1基因紧密连锁的微卫星DNA的多态性分析

目的；研究与多囊肾病PKD1基因紧密连锁的4个微卫星DNA的多态性，为家系连锁分析和临床分子诊断提供有用的遗传标记。方法：抽提上海市80名汉族无关个体（均为健康志愿者）的DNA，对其进行4个微卫星位点（KG8，SM6，CW2和SM7）的PCR扩增，采用毛细管电泳分离PCR扩增增加，用GeneScan^TM,Genotyper^TM软件对其进行基因分型。结果：在上海市汉族人群中，发现KG8，SM6，CW2，SM7分别有4，10，11和9个等位基因片段，其杂合度和多态信息含量分别为0.29和0.274,0.852和0.819,0.786和.779,0.85和0．827，群体分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论：微卫星位点SM6，CW2，SM7具有较高的杂合度和多态信息含量，在基因连锁分析和群体遗传学中具有产重要的应用价值。     

雪貂微卫星DNA遗传多样性分析

目的筛选、优化雪貂微卫星DNA引物,评估、分析雪貂种群的遗传多样性。方法采用21个雪貂微卫星位点,对随机抽取的30只雪貂血液样本进行基因组DNA提取及PCR扩增,PCR产物经2%Agrose电泳和6%PAGE电泳鉴定后进行STR扫描检测,用Popgene1.32软件对STR扫描结果进行数据处理和分析。结果 21个微卫星标记均呈现出遗传多样性,共检测到49个等位基因,观测等位基因数1~4个,平均2.3个;有效等位基因数1.000~3.750个,平均1.6685个;观察杂合度0~0.7333,平均0.3216;期望杂合度0~0.6424,平均0.3394;香隆指数0~1.1773,平均1.0768;多态信息含量0~0.6100,平均0.5485。结论本文筛选的21对雪貂微卫星引物,通过微卫星扫描分析验证,具有稳定的PCR扩增,微卫星标记均表现为多态性,并处于期望数值范围,没有显著地偏离Hardy-Weinberg平衡期望值。     

猪资源家系中肉质性状基因定位和遗传效应分析

目的 研究和探讨猪肉质性状主基因的定位方法及定位区间。方法 以3头英系大白公猪和7头梅山母猪建立F2资源家系，随机选留屠宰147头F2代个体，获得肉质性状表型数据。对家系内所有个体1、2、3、4、6和7号染色体上的48个微卫星位点进行PCR扩增、判定基因型。利用线性模型最小二乘法对内质性状进行数量性状位点(QTL)区间定位，利用置换法确定显著性阈值。结果 猪4号染色体(SSC4)上肌内脂肪QTL接近染色体显著水平，达到建议水平。SSC2、6和7上定位了肌肉含水量QTL，达到染色体显著水平(P＜0．05或P＜0．01)。肌肉含水量QTL均有印迹效应，梅山和大白猪各有增效基因。结论 QTL定位时，不同的资源群体，定位的结果有差异。     

微卫星标记在布氏田鼠封闭群遗传结构研究中的应用

目的：使用微卫星标记分析连续三代布氏田鼠封闭群遗传结构的稳定性。方法使用高盐沉淀法从鼠尾中提取布氏田鼠基因组DNA,将筛选出7对微卫星引物并用荧光标记（ Fam）,然后对布氏田鼠封闭群连续三代的基因组DNA进行PCR扩增,测序仪检测PCR产物,整理原始数据并对布氏田鼠基因组DNA进行微卫星分析。结果由平均有效杂合度和多态信息含量的分析得出该布氏田鼠种群传代过程中保持着较高而且稳定的杂合度。结论该实验结果说明本实验室布氏田鼠封闭群的遗传结构比较稳定。     

微卫星标记对封闭群和近交第五代WHBE兔的遗传分析

目的分析比较封闭群白毛黑眼（WHBE）兔和近交第五代（F5）WHBE兔的微卫星结构的变化,寻找针对WHBE兔品系的遗传监测基因位点并应用于实际监测。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对封闭群和近交F5代WHBE兔进行遗传多样性检测和对比。结果在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对微卫星引物。封闭群WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3－8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．0344个,平均杂合度为0．4956,平均多态信息含量（PIC）为0．6130,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9683,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9980;近交F5代WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3-9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为1．8132个,平均杂合度为0．3808,平均多态信息含量（PIC）为0．5241,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9264,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9933。在10个封闭群WHBE特有的等位基因中（与日本大耳白兔、新西兰兔DNA多态性比较）,其中7个微卫星位点的8个等位基因为封闭群与近交F5代WHBE兔所共同特有。近交F5代WHBE兔的平均有效等位基因数和平均杂合度均比封闭群低,说明经过5代培育,近交F5代的基因纯合度高于封闭群,具有更优的遗传稳定性。结论本研究选取的21个微卫星位点中的11个适用于WHBE兔近交系培育的遗传监测。     

基于微卫星DNA标记的恒河猴遗传多样性研究

目的分析评估恒河猴遗传多样性水平,为建立标准化的恒河猴监测方法提供基础资料。方法利用19个微卫星DNA标记对恒河猴遗传多样性进行分析,经基因组DNA提取、PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等,用POPGENE1．32软件及Excel进行统计分析。结果19个微卫星座位均呈现出了高度多态性,共检测到了等位基因164个,各座位的观察等位基因数在6—11个之间,平均为8．6316个;各基因座位的有效等位基因数在3．5727—8．9416个之间,平均为6．0709个;各微卫星座位的观察杂合度在0．2560—0．6364之间,群体平均值为0．4309;期望杂合度在0．7230～0．9010之间,群体平均值为0．8270;多态信息含量在0．6771—0．8874之间,群体平均值为0．7979;香隆信息指数在1．4249～2．2662之间,群体平均值为1．8901;本研究检测的19个微卫星座位均偏离Hardy—Weinberg平衡（P〈0．01）。结论所研究的恒河猴群体遗传多态性比较丰富,本实验为今后建立恒河猴质量监测方法提供理论依据。     

广西环江苗族人群染色体16p13．3多囊肾相关基因的遗传多态性分析

目的 探索与常染色体显性遗传多囊肾病基因PKD1连锁的微卫星KG8、SM6、CW4、CW2四个DNA位点在广西环江县苗族人群中的遗传多态性分布规律,为家系连锁分析和临床基因诊断提供有用的遗传标记.方法 采用PCR体外扩增KG8、SM6、CW4、CW2四个位点的DNA片段,然后用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离等位基因,以标准DNA片段为标识进行比较,作直线回归计算等位基因片段的大小.结果 在KG8位点,被检的58例广西环江苗族人正常个体中共检出16种等位基因,片段长度在96～136 bp,其多态信息含量(PIC)为0.907;在SM6位点,被检的57例正常个体中共检出29种等位基因,片段长度分布在74～160 bp,PIC为0.945;在CW4位点,被检的61例正常个体中检出25种等位基因,片段长度在122～214 bp,PIC为0.911;在CW2位点,被检的60例正常个体中共检出17种等位基因,长度在115～153 bp,PIC为0.890.结论 广西环江苗族人群与PKD1连锁相关的微卫星KG8、SM6、CW4和CW2四个基因位点属于高杂合度和高多态信息含量的基因座,是理想的遗传标记,在连锁分析和群体遗传学中具有较重要的价值,可用于ADPKD的基因诊断.     

小鼠18号染色体肿瘤易感性QTL初步定位研究

目的:研究小鼠骨髓瘤SP2/0细胞肿瘤接种实验,BALB/c为易感性近交系小鼠,C57BL/6J为抗性近交系小鼠,亲本杂交产生F1和F2代小鼠,并在F2代小鼠中进行移植瘤实验。方法:选定2个分布于小鼠基因组的微卫星DNA为遗传标记,用PCR方法扫描了208只产生了移植瘤和未产生移植瘤的小鼠18号染色体基因组。结果:通过连锁不平衡制图(mapping)软件Map Manager QTX20分析,发现分布于18号染色体上2个高连锁值的QTL,其中一个QTL位于D18Mit123与D18Mit49之间,似然比(likelihood ratio statistics,LRS)达到25.1,变异解释率为26%;另一个QTL位于D18Mit68与D18Mit123之间,似然比达9.0,变异解释率为9%,这两个QTL的P值均<0.01。结论:QTL的发现对我们精确定位肿瘤易感性和抗性基因有极大的帮助。     

基于微卫星DNA标记分析福建猕猴与河南猕猴的遗传多样性

目的应用微卫星DNA标记分析福建猕猴与河南猕猴的遗传多样性。方法采用14个微卫星DNA标记技术对福建猕猴与河南猕猴遗传多样性进行分析,经基因组DNA提取、PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等,用POPGENE 1.32等软件统计分析。结果14个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,共检测到了等位基因166个,其观察等位基因数(Na)在5~15个,平均为10.071 5个;有效等位基因数(Ne)为3.6046~11.8788;杂合度(H)为0.7357~0.9325;香隆信息指数(I)为1.3957~2.5578;多态信息含量(PIC)为0.6750~0.9095。以14个微卫星标记为测度,福建猕猴的Ne、H、I和PIC的平均值均低于河南猕猴。结论本研究有效地分析了福建猕猴与河南猕猴两群体的遗传多态性,为今后建立两种群遗传质量监测方法提供理论依据。     

新西兰狼疮鼠抗染色质抗体易感基因染色体定位研究

目的确定新西兰小鼠自身抗染色质抗体的遗传易感基因染色体定位.方法建立新西兰黑色品系(NZB)与新西兰白色品系(NZW)F1×NZB回交小鼠模型.采用覆盖小鼠19条染色体的微卫星遗传标记及数量性状位点(QTL)分析进行基因定位.结果确定了自身抗染色质抗体产生的两个遗传易感基因,一个位于NZW小鼠第9染色体中段30厘摩临近;另一个易感基因位于NZW小鼠第17染色体近中心端19厘摩处(Lods值＞3).结论(NZB×NZW)F1小鼠自身抗染色质抗体的产生受多基因调控,候选易感基因不仅来自于NZB,也来自于NZW.     

小鼠15号染色体上脊髓颈膨大截面积数量性状基因座的精细定位

目的 :对 15号染色体上控制小鼠脊髓颈膨大截面积的数量性状基因座 (QTL)进行精细定位。方法 :以高级互交系小鼠 (A/J)X(C5 7BL/6J) (F4)为研究对象 ,在D15Mit15 8位点附近作高密度图谱的基因组扫描 ,用MapManagerQTX13对脊髓颈膨大截面积与基因型进行连锁分析。结果 :在 15号染色体D15Mit10 7和D15Mit2 0 8附近出现了两个连锁峰 ,LRS值分别为 7.2 (P <0 .0 5 )和 6.4(P <0 .0 5 )。结论 :原 15号染色体上控制脊髓颈膨大截面积的一个QTL实际包含有两个QTL ,分别位于D15Mit10 7、D15Mit2 0 8附近 ,宽约 3 .2cM和 10 .2cM的区间内     

豚鼠基因组26个多态性微卫星标记的筛选

目的：筛选豚鼠基因组的多态性微卫星标记，为豚鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法：采用磁珠富集法和豚鼠基因组数据库筛选法获取微卫星位点序列，通过分析和初步筛选，挑选部分候选位点，根据其序列设计引物，对5种不同来源的豚鼠基因组DNA标本进行PCR扩增，以期获得多态性分子标记。结果：本实验采用磁珠法共获得微卫星序列304个，设计引物125对，最终获得多态性位点1个，暂未发现多态性的特异性位点17个；用数据库筛选法共获得微卫星序列292个，设计并合成相应引物178对，最终发现多态性位点25个，暂未发现多态性的特异性位点28个。结论：本实验共获得26个多态性微卫星标记，45个潜在的候选标记，为微卫星标记在豚鼠遗传质量监测及突变基因定位等工作的应用奠定了基础。     

小鼠15号染色体上脊髓重数量性状基因座的精细定位

目的以前的研究结果表明,控制小鼠脊髓重的一个数量性状基因座(QTL)位于15号染色体D15Mit158附近,跨度约30cM。为分离和确认脊髓重相关基因,本文对该QTL区域进行了精细定位。方法以高级互交系小鼠A/J×C57BL/6J(F4)为研究对象,选择脊髓重偏向两极的个体,在D15Mit158位点附近作高密度局部基因组扫描,用Map Manager QTX19软件对脊髓重与基因型进行连锁不平衡分析。结果在15号染色体D15Mit107附近出现了一个很强的连锁峰,LRS值为17.3(P=1.8×10-4),变异解释率为27%,LOD值达到3.75,可以认定为一主效QTL。该QTL跨度范围为3.2cM。另一个提示可能具有连锁关系的QTL位点在D15Mit28附近,LRS值为7.6(P=0.02),变异解释率为13%,跨度范围为5.0cM。结论控制小鼠脊髓重的D15Mit158区域实际上含有两个QTL,其中一个主效QTL位于15号染色体上宽约3.2cM的D15Mit107位点附近;另一个可能的QTL位于宽约5.0cM的D15Mit28附近。     

豚鼠个体及品系间多态性微卫星位点筛选

目的筛选豚鼠多态性微卫星标记,为鉴定豚鼠遗传结构及基因定位提供基础信息。方法从国外网站筛查得豚鼠基因组DNA资料,选择AC、GT为核心的微卫星序列,根据其旁侧序列用软件设计400对引物。经过二轮PCR及电泳等实验,以电泳条带作为遗传标记,通过豚鼠微卫星结构的评价筛选出多态性引物。结果第一步用5个品系豚鼠的10份DNA样本进行PCR,从400对引物中筛选出约110对具有多态性的豚鼠引物,其产物电泳条带数为1~3条。第二步用5个品系豚鼠的60份DNA样本进行PCR,从上述110对引物中筛选出51对电泳条带分辨率高的多态性引物,其中10余对引物在品系间呈标记一致或多数一致的差异。结论筛选出的51对引物在个体及品系间呈多态性,未见其他报道,可用于常规检测研究,部分可能用于豚鼠性状基因定位。     

全基因组扫描2型糖尿病KKTa小鼠白蛋白尿易感基因定位

 目的 利用全基因组扫描方法进行2型糖尿病KKTa小鼠白蛋白尿易感基因定位。方法 以近交纯品系雌性BALBc小鼠与雄性KKTa小鼠交配建立第一代杂交小鼠(F1),以雄性(KKTa×BALBc)F1小鼠与雌性KKTa小鼠回交。提取208只雄性回交小鼠基因组DNA。根据扩增的101个微卫星DNA分离片段大小决定回交小鼠基因型,同时测定体质量、血糖、尿白蛋白及尿肌酐等表现型。采用基因定位专用软件(MAPMAKERQTL, Map manager)进行数量性状位点(QTL)分析。结果 KKTa小鼠的体重、空腹血糖水平、经腹腔葡萄糖耐量试验空腹与注射葡萄糖后2 h血糖之和显著高于BALBc和F1小鼠(P0.01)。20,28周龄的KKTa小鼠平均尿白蛋白水平显著高于BALBc和F1小鼠(P0.01)。20周龄与28周龄的白蛋白尿水平与第2条染色体83.0 cM D2Mit311微卫星DNA标记附近区域显著连锁,最大对数优势积分值(LOD)为3.5,我们将这一易感基因座位命名为UA-1(尿白蛋白1)。KKKK组回交小鼠20周龄和28周龄的尿白蛋白水平显著高于KKBALB组回交小鼠。结论 与2型糖尿病KKTa小鼠尿白蛋白水平紧密连锁的易感基因座位位于第2条染色体83.0 cM处D2Mit311微卫星DNA标记附近区域（UA-1）。UA-1区域附近的生长激素释放激素(GHrH)基因Ghrh、生长抑素受体4基因Smstr4、血栓调节蛋白(TM)基因Thbd等为糖尿病肾病的可能易感基因。