细胞外基质相关基因预后模型在脑胶质瘤中预测预后能力分析

目的 构建细胞外基质（ECM）相关基因预后模型,评价其预测胶质瘤患者预后的能力,探索基于该模型的胶质瘤免疫微环境特征。方法 基于肿瘤基因组图谱（TCGA）和基因型-组织表达（GTEx）数据库中胶质瘤以及正常脑组织数据,筛选获得差异基因（DEGs）;基于基因本体论（GO）数据库获取ECM相关基因,基于单因素Cox回归分析获取胶质瘤预后基因。将上述三部分取交集获得重叠候选基因,再经由Lasso分析获取最佳的4基因预后模型,并于TCGA以及中国脑胶质瘤图谱数据库（CGGA）中胶质瘤队列中进行生存分析和Cox回归分析。基于4基因预后模型以及TCGA患者预后数据构建预后列线图,并在CGGA胶质瘤队列中进行验证。最后,基于富集分析、免疫检查点分析以及免疫浸润分析探索4基因预后模型相关的免疫微环境特征。结果 22个重叠候选基因经由Lasso分析后获得最佳4基因预后模型,该模型的风险评分能够较好地预测TCGA以及CGGA胶质瘤患者的预后,并且是危险因素。细胞系验证实验中提示U251细胞系（人源胶质瘤细胞）最佳4基因表达均高于HA1800（人源星形胶质细胞）,符合TCGA以及CGGA数据库分析结果。基于4基因预后模型构建的预后列线图同样具有较好地预测患者预后的能力。高风险组患者肿瘤组织内具有较高水平的M2型巨噬细胞浸润且免疫检查点相关分子（PD-L1,B7-H3,CTLA4,PD1,TIM3以及LAG3）高于低风险组。结论 ECM相关基因模型以及预后列线图均能够较好地预测胶质瘤患者的预后,高风险组患者具有抑制性免疫微环境特征,免疫检查点抑制剂可能是该类患者的潜在治疗方式。 [国际神经病学神经外科学杂志, 2024, 51(2): 35-47]     

基于细胞周期相关基因的胶质瘤患者预后模型构建与验证

目的 探讨细胞周期相关基因在胶质瘤患者中的表达及预后价值。方法 利用CGGA数据库筛选与胶质瘤患者预后相关的细胞周期基因，并基于CGGA与TCGA中胶质瘤患者的临床数据，通过LASSO回归分析，构建预测患者生存情况的预后模型。根据计算公式，区分高低风险组患者，组间进行GSEA富集分析与ssGSEA免疫微环境分析。结果 筛选到10个与患者预后密切相关的细胞周期基因，LASSO回归分析纳入4个基因[细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2C（CDKN2C）、姐妹染色单体分离的PTTG1调控因子（PTTG1）、细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）、WEE1 G2检查点激酶（WEE1）]构建预后模型，计算公式为：风险值（risk socre）=（0.008）×CDKN2C表达量+（0.022）×PTTG1表达量+（0.031）×CDK2表达量+（0.127）×WEE1表达量。生存分析显示，高风险组患者生存率低于低风险组，ROC曲线表明，模型在CGGA与TCGA队列中，均具有较好的预测能力。GSEA富集分析显示，高风险组富集到多个细胞周期进程相关的信号通路，提示可能参与胶质瘤的恶性进程。免疫微环境分析表明，高风险组患者的免疫细胞浸润与免疫反应激活程度均高于低风险组。结论 基于细胞周期相关基因的预后模型可较好地应用于胶质瘤患者的预后预测，纳入的关键基因可能是胶质瘤治疗的可靠靶点。 [国际神经病学神经外科学杂志, 2023, 50(4): 15-24]     

基于多个lncRNA表达量的风险模型预测胶质母细胞瘤患者预后的研究

目的 构建基于长链非编码RNA(lncRNA)的风险模型;研究其预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后和指导临床管理的价值。方法 从肿瘤基因组图谱计划(TCGA)和GSE16011中的GBM转录组表达数据，筛选出在GBM中异常表达的lncRNA。通过单因素Cox回归分析鉴定出与GBM患者生存相关的lncRNA。采用LASSO回归进一步筛选目标lncRNA，最终构建基于lncRNA表达量的风险模型。用KaplanMeier生存曲线评估不同风险组患者在预后方面的差异。整合风险模型和临床病理特征构建列线图，并通过校正曲线和决策曲线分析验证其在实际临床管理中的价值。结果 鉴定出26个肿瘤中差异表达的lncRNA，并筛选出8个与预后相关的lncRNA。通过LASSO回归分析最终确定了7个候选lncRNA，并成功构建基于lncRNA的风险模型。在TCGA和GSE16011数据库中，高风险患者的生存时间显著差于低风险组;同时该模型在预测患者预后方面有良好表现。风险模型和临床病理特征构建的列线图能个体化地预测GBM患者预后，以及指导临床治疗决策。结论 基于lncRNA构建的风险模型能够作为预测GBM预后的生物标志物;并为研究GBM发生发展的潜在机制提供新的思路。     

固有免疫分子CD58在人脑胶质瘤中表达及意义的初步研究

目的 对CD58在胶质瘤中的表达及意义做初步研究。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中获取胶质瘤相关样本的基因测序结果及临床信息,分析胶质母细胞瘤（GBM）组、低级别胶质瘤（LGG）组和非瘤脑组织（Non-tumor）组中CD58的表达差异及生存预后相关性,构建预后模型分析CD58表达与危险度评分关系及CD58高表达组和低表达组的总生存期差异,采用多变量Cox回归分析CD58表达对预后的影响;将40例临床样本分为三组：非瘤脑组织（Non-tumor）组,I、Ⅱ级胶质瘤为低级别胶质瘤（LGG）组,Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤为高级别胶质瘤（HGG）组,运用免疫组织化学（免疫组化）检测三组中CD58的表达,并分析各组之间的表达差异。结果 表达差异分析显示,GBM组、LGG组和Non-tumor组的CD58表达依次降低（均P＜0.05）;危险度评分与CD58表达正相关,表达越高患者生存期越短（P＜0.05）;多变量Cox回归分析显示CD58表达水平是影响胶质瘤预后的因素,表达水平越高,死亡风险越大;免疫组化结果显示CD58阳性反应物位于细胞胞膜,HGG组阳性细胞数高于LGG组和Non-tumor组（均P＜0.05）,但三组的阳性例数无差别。结论 CD58在高级别胶质瘤中的表达高于低级别胶质瘤和非瘤脑组织,其表达差异与胶质瘤生存期相关,CD58高表达是胶质瘤预后的危险因素。CD58可以作为判定胶质瘤的恶性程度及预后的一项指标。