基因表达系列分析及其应用前景

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression，SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术，它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究，并且可以发现新基因信息，还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响，明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案、技术发展与演变及其应用前景进行详细介绍。     

基因表达系列分析技术的原理及应用进展

生物体的特性由内在基因表达决定。个体发育和疾病发生与基因选择性表达密切相关,因此,要了解生命活动和疾病发生、发展的分子机制,就必须深入了解基因表达的时空性和差异性。基因表达系列分析技术(SAGE)是新近建立的能够定性和定量研究基因表达的有效工具,不仅可提供基因组表达丰度较完整的数量信息,而且还可帮助寻找和发现新基因。     

基因表达系列分析及其应用

基因表达系列分析 (serial analysis of gene expression,SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术 ,它能够直接读出任何一种类型细胞或组织的基因表达信息 ,因此是研究基因表达定性和定量的一种有效工具。近年来人们利用此技术对动植物及人类的基因表达信息进行了广泛的研究 ,本文就 SAGE特点、方法及其应用作一简要介绍。     

鼻咽癌组织基因表达谱的研究

目的和方法：用Ｃｌｏｎｔｅｃｈ公司的Ａｔｌａｓ＾ＴＭＨｕｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ ｃＤＮＡ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｒｒａｙ对人胚鼻咽、正常成人鼻咽、ＨＮＥ１细胞、鼻咽低分化鳞癌、肺癌和头颈部其它３种肿瘤５８８个与肿瘤相关基因的表达谱进行了研究。结果：在选定的９１个基因中,有３６个基因的鼻咽癌组织中表达加强,５１个基因鼻咽癌组织中表达下调,在鼻咽癌组织中表达下调的基因相对较多。周期素依赖性刺酶抑制子－     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库，具有社区共建和数据共享的特征，为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具，体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因，提示细胞内的信号转导途径的变化，甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究，因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息，提高科研效率有重要的意义。     

基因表达系列分析及在移植耐受研究中的应用进展

基因表达系列分析（SAGE）是一种能够快速、详细、准确地反映生物体内在不同的发育期及生理病理状态下基因表达水平的高效技术。SAGE不需要已知基因序列,可以发现新的转录本,可以对组织、细胞进行基因表达的定量定性研究,在生物学及医学研究中得到了广泛的应用。     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库,具有社区共建和数据共享的特征,为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具,体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因,提示细胞内的信号转导途径的变化,甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究,因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息,提高科研效率有重要的意义。     

用主成分分析探索基因表达模式

以时间点(阵列)为变量,对酵母时间表达序列进行主成分分析,提取出三个主成分:第一主成分代表整个酵母细胞周期中平稳的基因表达状态,第二主成分代表酵母细胞周期中lateG1期和M期差异的基因表达状态,第三主成分表示的是earlyG1期和S/G2期差异的基因表达状态。由第二、和第三主成分揭示出基因表达谱中四个周期性基因表达模式:分别对应lateG1期、M期、earlyG1期和S/G2期,而且发现了一批表达水平呈周期性变化的基因,为进一步研究基因周期性表达和基因调控网络提供有价值的指导。     

基因表达连续分析技术及应用研究的进展

随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达连续分析技术 (SAGE)已成为高通量研究基因表达谱的新手段。 SAGE技术不仅可以用来研究大部分基因组序列尚未鉴定的生物个体的基因表达谱 ,其实验结果还可以直接与发表在 SAGEmap表达数据库中不同来源的已知文库相比较 ,应用日益受到重视。     

大蒜新素对巨细胞病毒感染细胞周期蛋白基因表达谱的影响

目的 探讨人巨细胞病毒(human cytomegalovirus，HCMV)对感染细胞周期蛋白基因表达谱的影响及大蒜新素的干预效应。方法 利用基因芯片技术对比分析大剂量大蒜新素处理正常细胞和感染细胞(MOI=2．5)72h以及同期培养的感染和正常细胞周期相关蛋白基因(239条)表达谱的变化。结果 感染细胞有24条(10．04％)基因发生有意义的差异性表达；其中9条表达增加，15条表达降低。大蒜新素对ll条HCMV感染所致表达改变的基因无影响；使HCMV感染下调作用消除的基因有ll条；使HCMV感染上调作用消除的基因有2条。另外，药物对感染细胞和正常细胞基因表达均有影响的有2条；仅引起正常细胞基因表达改变的有3条。结论 HCMV感染使部分细胞周期相关蛋白基因差异性表达可能是HCMV导致宿主细胞周期紊乱的原因之一。大蒜新素至少可使HCMV所致13条基因差异性表达作用消除，提示药物干预了病毒对细胞周期的影响。     

uPA基因表达调控研究进展

uPA的高表达与肿瘤侵袭转移密切相关。研究表明在乳腺癌、肺癌、结肠癌等肿瘤组织中都有uPA的高表达。已经证实细胞内uPA蛋白合成增加主要由基因的转录水平引起 ,uPA基因启动子上含有AP1、NFκB、PEA3等增强子元件 ,可与相应转录因子结合增强uPA的基因转录 ,许多调节分子如细胞内cAMP、生长因子和佛波酯等都是通过核内转录因子起调节作用的。另外肿瘤细胞内外信号传导通路的某种改变也导致了uPA表达的增高 ,促进细胞浸润转移。     

应激状态下环加氧酶-2基因表达调控的研究进展

环加氧酶-2是体内催化花生四烯酸合成前列腺素的关键酶。它在细胞因子、有丝分裂原、生长因子等诱导刺激下可以大量表达,并在炎症和肿瘤的发生发展过程中发挥着重要作用。近年来的研究表明,应激状态下,环加氧酶-2转录增强和(或)mRNA稳定性增强,导致其蛋白表达量增加及产物前列腺素增多,从而引起机体一系列的生理和病理反应。     

急性白血病的基因表达谱分析与亚型分类特征的鉴别

本研究基于生物信息学理论，运用模式识别方法和计算技术，对急性白血病的基因表达谱数据进行分析，研究急性白血病的亚型识别与分类信息基因选取问题。首先去除无关基因，然后利用浮动顺序搜索算法搜索特征空间生成候选特征子集，最后以支持向量机作为分类器进行急性白血病的亚型识别，并以误识率为依据鉴别出了5个包含完整分类信息的基因。实验结果表明，本研究鉴别出的5个信息基因能以100％的正确率准确识别急性白血病亚型。     

小鼠肺钩虫感染基因表达谱的生物信息学分析一种系效应

目的从基因水平探索肌萎缩侧索硬化（ALS）其发病机制并发现治疗ALS的新靶点。方法通过GeneSifter软件对野生型（WT）和重度联合免疫缺陷型（SCID）小鼠肺组织钩虫感染的微阵列表达谱进行分析．使用two—wayANOVA的统计学方法对数据聚类，并结合Gene Ontology和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes）生物学通路，深入分析具有种系效应的517个差异基因（P〈0．001）。结果显示ALS的信号转导通路在两组小鼠问差异具有统计学意义（Z〉2），与Th2反应相关的多个基因对ALS的代谢异常具有保护作用。结论筛选出的3个特异基因，可作为治疗肌萎缩侧索硬化的新候选基因。     

多实验平台下基因及异构体表达分析综述

转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq。首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果。